MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478454932
2	NC_020943	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
3	NC_020943	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454936
4	NC_020943	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020943	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454942
6	NC_020943	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454942
7	NC_020943	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454943
8	NC_020943	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454949
9	NC_020943	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454951
10	NC_020943	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478454952
11	NC_020943	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454964
12	NC_020943	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454965
13	NC_020943	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454965
14	NC_020943	TTTTGA	2	12	45579	45590	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478454971
15	NC_020943	TGAACG	2	12	52712	52723	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454978
16	NC_020943	GTGATT	2	12	52731	52742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454978
17	NC_020943	GATCTG	2	12	55364	55375	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454980
18	NC_020943	GTGTAA	2	12	55412	55423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454980
19	NC_020943	GGTTCA	2	12	55501	55512	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454980
20	NC_020943	CTGGAG	2	12	56410	56421	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478454981
21	NC_020943	GAAAAG	2	12	56604	56615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454981
22	NC_020943	AGTTGT	2	12	57973	57984	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454982
23	NC_020943	TCTTGT	2	12	58891	58902	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454982
24	NC_020943	TGAAAA	2	12	59363	59374	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478454983
25	NC_020943	TCCTAA	2	12	59702	59713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454983
26	NC_020943	AAAAAT	2	12	61197	61208	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020943	GTTCTT	2	12	63622	63633	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454985
28	NC_020943	CTATTT	2	12	71944	71955	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454992
29	NC_020943	ACTCTT	2	12	73073	73084	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454993
30	NC_020943	TTTCTG	2	12	73623	73634	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454994
31	NC_020943	GATCAT	2	12	73753	73764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454994
32	NC_020943	TAGTAC	2	12	76747	76758	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454995
33	NC_020943	ATCTAG	2	12	76926	76937	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020943	GGTTTA	2	12	80397	80408	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454998
35	NC_020943	TTTAGT	2	12	82170	82181	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478455000
36	NC_020943	GTCTGT	2	12	83441	83452	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455001
37	NC_020943	TTCTGA	2	12	89055	89066	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455005
38	NC_020943	AAAAGA	2	12	94119	94130	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455011
39	NC_020943	AGCTGT	2	12	96212	96223	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455012
40	NC_020943	TCTTTT	2	12	96877	96888	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455014
41	NC_020943	GGGGCT	2	12	97825	97836	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478455014
42	NC_020943	TTTGAG	2	12	100029	100040	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455016
43	NC_020943	TCAGAA	2	12	106670	106681	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455021
44	NC_020943	CATAAC	2	12	109714	109725	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455024
45	NC_020943	TGTTCT	2	12	112478	112489	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455026
46	NC_020943	ACTTCG	2	12	115762	115773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455028
47	NC_020943	TTTTAG	2	12	116197	116208	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020943	TTGCCA	2	12	119301	119312	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455033
49	NC_020943	TAAAAA	2	12	120793	120804	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020943	TTGGTA	2	12	120841	120852	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455035
51	NC_020943	AGGATC	2	12	121220	121231	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455035
52	NC_020943	AAGGGT	2	12	123027	123038	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455036
53	NC_020943	GGGTTT	2	12	123990	124001	0 %	50 %	50 %	0 %	478455037
54	NC_020943	TTGCAT	2	12	124272	124283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455037
55	NC_020943	AAGAGA	2	12	124641	124652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455037
56	NC_020943	TTAAAA	2	12	133574	133585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455043
57	NC_020943	AGGTTG	2	12	134816	134827	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478455044
58	NC_020943	CTGTTT	2	12	135511	135522	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455045
59	NC_020943	GAGTTA	2	12	139866	139877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455053
60	NC_020943	TGGAAA	2	12	142419	142430	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478455056
61	NC_020943	TGGAAT	2	12	143294	143305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455057
62	NC_020943	ATGGTT	2	12	143538	143549	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455057
63	NC_020943	TGCTCT	2	12	145730	145741	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455060
64	NC_020943	GAAAGG	2	12	149468	149479	50 %	0 %	50 %	0 %	478455062
65	NC_020943	GCTTTG	2	12	149711	149722	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455062
66	NC_020943	TGTGCG	2	12	153833	153844	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478455066
67	NC_020943	CCTCAT	2	12	155131	155142	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455067
68	NC_020943	TGGAGA	2	12	156589	156600	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455069
69	NC_020943	CTCCAT	2	12	157959	157970	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455070
70	NC_020943	TCCTTG	2	12	158555	158566	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455071
71	NC_020943	AAGTTT	2	12	158640	158651	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478455071
72	NC_020943	AACAGC	2	12	161192	161203	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455074
73	NC_020943	AAAAAG	2	12	173779	173790	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455081
74	NC_020943	AGAAAA	2	12	182416	182427	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020943	ACTTCT	2	12	189517	189528	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455094
76	NC_020943	ATTTGC	2	12	192210	192221	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455095
77	NC_020943	AAACAT	2	12	193300	193311	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455098
78	NC_020943	AGCAAC	2	12	193635	193646	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455098
79	NC_020943	TATGAA	2	12	195229	195240	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020943	TTGCCT	2	12	196349	196360	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455102
81	NC_020943	TCTGGA	2	12	199599	199610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455106
82	NC_020943	CTGGAT	2	12	215190	215201	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455119
83	NC_020943	GAAATA	2	12	215513	215524	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478455119
84	NC_020943	TTTTAC	2	12	221243	221254	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020943	GATGCA	2	12	222404	222415	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455126
86	NC_020943	ACTCCA	2	12	223294	223305	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455127
87	NC_020943	CTGCTT	2	12	223526	223537	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455127
88	NC_020943	ATTGCT	2	12	226835	226846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455130
89	NC_020943	TCCTAG	2	12	227125	227136	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455130
90	NC_020943	GCAACG	2	12	227613	227624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455131
91	NC_020943	CTTAGC	2	12	230246	230257	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455133
92	NC_020943	TTCCTT	2	12	237078	237089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455138
93	NC_020943	TCTCCT	2	12	239959	239970	0 %	50 %	0 %	50 %	478455139
94	NC_020943	AAACCA	2	12	240534	240545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455140
95	NC_020943	AACCCT	2	12	254960	254971	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020943	ATTTTT	2	12	255755	255766	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020943	CCTGCA	2	12	255916	255927	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455158
98	NC_020943	ACCTTT	2	12	261111	261122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455163
99	NC_020943	TCATAA	2	12	268958	268969	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455170
100	NC_020943	AAGTGT	2	12	269684	269695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455170
101	NC_020943	AGGAGA	2	12	270857	270868	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020943	ATCTAA	2	12	272962	272973	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455173
103	NC_020943	TGGAAT	2	12	275160	275171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455175
104	NC_020943	GGAACA	2	12	279047	279058	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478455177
105	NC_020943	ATATTA	2	12	279755	279766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020943	CACGCG	2	12	281420	281431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478455179
107	NC_020943	TTTCTT	2	12	281599	281610	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455179
108	NC_020943	CTCCTA	2	12	285761	285772	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455182
109	NC_020943	GCAATG	2	12	291880	291891	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455188
110	NC_020943	CGACAT	2	12	292557	292568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455189
111	NC_020943	CCCTTA	2	12	294011	294022	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455191
112	NC_020943	AAAATA	2	12	296109	296120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478455193
113	NC_020943	ACCACT	2	12	298464	298475	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455195
114	NC_020943	CATTGC	2	12	301710	301721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455198
115	NC_020943	CCAAAA	2	12	302889	302900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455199
116	NC_020943	TCTTTT	2	12	304774	304785	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455201
117	NC_020943	CAAGAC	2	12	305865	305876	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455202
118	NC_020943	AGCTTA	2	12	307146	307157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455204
119	NC_020943	CAAAGA	2	12	312518	312529	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478455209
120	NC_020943	ATGGCT	2	12	313134	313145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455210
121	NC_020943	TACAAA	2	12	317324	317335	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455213
122	NC_020943	TTAATT	2	12	319003	319014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455215
123	NC_020943	AAAACA	2	12	322490	322501	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478455217
124	NC_020943	AAAAAG	2	12	323916	323927	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020943	CAGAAC	2	12	344475	344486	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455236
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127	NC_020943	AGAATA	2	12	361409	361420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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130	NC_020943	AGCTGA	2	12	373450	373461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455263
131	NC_020943	ATGCTA	2	12	377317	377328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455265
132	NC_020943	CAATAG	2	12	383923	383934	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455268
133	NC_020943	ACTGAA	2	12	384064	384075	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455268
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138	NC_020943	CTGAAG	2	12	398134	398145	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455281
139	NC_020943	TAATCT	2	12	403551	403562	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478455284
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154	NC_020943	TTCTCC	2	12	443342	443353	0 %	50 %	0 %	50 %	478455323
155	NC_020943	ATGAAG	2	12	452393	452404	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478455331
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171	NC_020943	AAGAAA	2	12	502989	503000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020943	GGTAAT	2	12	507791	507802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455375
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213	NC_020943	CTGCTC	2	12	600805	600816	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478455474
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218	NC_020943	GGATGG	2	12	611790	611801	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478455485
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220	NC_020943	TCTTTT	2	12	617680	617691	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
221	NC_020943	ACTGTA	2	12	619372	619383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455490
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223	NC_020943	CCTTAG	2	12	623473	623484	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455496
224	NC_020943	AACCTC	2	12	631538	631549	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455500
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229	NC_020943	ATCTTG	2	12	643079	643090	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455514
230	NC_020943	TTAAAT	2	12	645850	645861	50 %	50 %	0 %	0 %	478455516
231	NC_020943	TTATTT	2	12	648889	648900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_020943	GCTTCT	2	12	650239	650250	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455520
233	NC_020943	TAGGAG	2	12	651206	651217	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455520
234	NC_020943	CACAGG	2	12	653199	653210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455522
235	NC_020943	TTCTAT	2	12	667028	667039	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478455531
236	NC_020943	AGAAAG	2	12	669350	669361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455532
237	NC_020943	CATATT	2	12	681224	681235	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478455543
238	NC_020943	AGCTGG	2	12	687399	687410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478455551
239	NC_020943	GCATCA	2	12	689241	689252	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455552
240	NC_020943	ATCAAT	2	12	693566	693577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455556
241	NC_020943	CCGCAA	2	12	698447	698458	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478455561
242	NC_020943	AAATGC	2	12	704409	704420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455563
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245	NC_020943	TATCCA	2	12	721804	721815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455577
246	NC_020943	TATTGA	2	12	737692	737703	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478455586
247	NC_020943	TCTGCA	3	18	745345	745362	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
248	NC_020943	TGTGAT	2	12	745994	746005	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455593
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251	NC_020943	GGGAAG	2	12	758949	758960	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455606
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257	NC_020943	TAGCTG	2	12	779360	779371	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455625
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270	NC_020943	CACCTA	2	12	821807	821818	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455655
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289	NC_020943	TAAGGA	2	12	877944	877955	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
290	NC_020943	CCGGAG	2	12	878862	878873	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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323	NC_020943	GCAATA	2	12	1007798	1007809	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455802
324	NC_020943	CTTTAT	2	12	1011192	1011203	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478455804
325	NC_020943	AGCTGG	2	12	1011620	1011631	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478455804
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328	NC_020943	TTTCTT	2	12	1029404	1029415	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455818
329	NC_020943	GTTTCC	2	12	1030691	1030702	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455818
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332	NC_020943	ACCATC	2	12	1036492	1036503	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455820
333	NC_020943	ATTTTT	2	12	1038474	1038485	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_020943	TAAAAT	2	12	1042097	1042108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.