MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 764

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478455845
2	NC_020942	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478455846
3	NC_020942	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478455846
4	NC_020942	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478455846
5	NC_020942	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478455846
6	NC_020942	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478455847
7	NC_020942	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020942	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478455849
9	NC_020942	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478455850
10	NC_020942	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478455851
11	NC_020942	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478455852
12	NC_020942	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478455852
13	NC_020942	AAGAA	2	10	12394	12403	80 %	0 %	20 %	0 %	478455853
14	NC_020942	AAAGA	2	10	13792	13801	80 %	0 %	20 %	0 %	478455854
15	NC_020942	GGTGT	2	10	13896	13905	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020942	GATTT	2	10	15639	15648	20 %	60 %	20 %	0 %	478455856
17	NC_020942	CGTTC	2	10	16750	16759	0 %	40 %	20 %	40 %	478455857
18	NC_020942	GCTTC	2	10	17123	17132	0 %	40 %	20 %	40 %	478455857
19	NC_020942	GAAGG	2	10	17494	17503	40 %	0 %	60 %	0 %	478455857
20	NC_020942	GTTGT	2	10	20920	20929	0 %	60 %	40 %	0 %	478455860
21	NC_020942	AAGAT	2	10	22032	22041	60 %	20 %	20 %	0 %	478455861
22	NC_020942	TTTGC	2	10	22643	22652	0 %	60 %	20 %	20 %	478455861
23	NC_020942	GGAAA	2	10	24397	24406	60 %	0 %	40 %	0 %	478455861
24	NC_020942	AGAGG	2	10	26122	26131	40 %	0 %	60 %	0 %	478455862
25	NC_020942	GGAGA	2	10	27901	27910	40 %	0 %	60 %	0 %	478455863
26	NC_020942	ATCCG	2	10	28652	28661	20 %	20 %	20 %	40 %	478455865
27	NC_020942	AGGGT	2	10	29170	29179	20 %	20 %	60 %	0 %	478455865
28	NC_020942	CCTAT	2	10	30210	30219	20 %	40 %	0 %	40 %	478455866
29	NC_020942	AAGGA	2	10	31010	31019	60 %	0 %	40 %	0 %	478455867
30	NC_020942	GAGCT	2	10	32049	32058	20 %	20 %	40 %	20 %	478455868
31	NC_020942	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020942	TCAGT	2	10	36289	36298	20 %	40 %	20 %	20 %	478455874
33	NC_020942	CTATT	2	10	36723	36732	20 %	60 %	0 %	20 %	478455874
34	NC_020942	TCCTA	2	10	36770	36779	20 %	40 %	0 %	40 %	478455874
35	NC_020942	ACGAT	2	10	38686	38695	40 %	20 %	20 %	20 %	478455875
36	NC_020942	TTTGA	2	10	39051	39060	20 %	60 %	20 %	0 %	478455875
37	NC_020942	AGCAA	2	10	42701	42710	60 %	0 %	20 %	20 %	478455878
38	NC_020942	CGATG	2	10	42758	42767	20 %	20 %	40 %	20 %	478455878
39	NC_020942	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020942	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020942	TTTAT	2	10	44831	44840	20 %	80 %	0 %	0 %	478455882
42	NC_020942	CTTTC	2	10	46928	46937	0 %	60 %	0 %	40 %	478455884
43	NC_020942	AGTTT	2	10	47467	47476	20 %	60 %	20 %	0 %	478455884
44	NC_020942	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020942	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020942	CTTTT	2	10	50630	50639	0 %	80 %	0 %	20 %	478455887
47	NC_020942	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478455890
48	NC_020942	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020942	TTATC	2	10	55813	55822	20 %	60 %	0 %	20 %	478455891
50	NC_020942	TGAGT	2	10	55834	55843	20 %	40 %	40 %	0 %	478455891
51	NC_020942	GTTGT	2	10	56881	56890	0 %	60 %	40 %	0 %	478455892
52	NC_020942	GAGCA	2	10	60329	60338	40 %	0 %	40 %	20 %	478455894
53	NC_020942	TGTGA	2	10	62778	62787	20 %	40 %	40 %	0 %	478455896
54	NC_020942	AGTGA	2	10	64299	64308	40 %	20 %	40 %	0 %	478455897
55	NC_020942	CCTTC	2	10	64573	64582	0 %	40 %	0 %	60 %	478455897
56	NC_020942	AGGAG	2	10	66801	66810	40 %	0 %	60 %	0 %	478455899
57	NC_020942	GTTAA	2	10	66931	66940	40 %	40 %	20 %	0 %	478455899
58	NC_020942	AAAAG	2	10	69557	69566	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020942	GGAGC	2	10	70179	70188	20 %	0 %	60 %	20 %	478455902
60	NC_020942	GCGAT	2	10	70369	70378	20 %	20 %	40 %	20 %	478455902
61	NC_020942	CTCTT	2	10	70723	70732	0 %	60 %	0 %	40 %	478455902
62	NC_020942	AGGGG	2	10	71369	71378	20 %	0 %	80 %	0 %	478455902
63	NC_020942	AAGAA	2	10	71411	71420	80 %	0 %	20 %	0 %	478455902
64	NC_020942	CTTGC	2	10	72500	72509	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_020942	ATTGG	2	10	72701	72710	20 %	40 %	40 %	0 %	478455904
66	NC_020942	GAAAA	2	10	73773	73782	80 %	0 %	20 %	0 %	478455904
67	NC_020942	TGGGA	2	10	74190	74199	20 %	20 %	60 %	0 %	478455905
68	NC_020942	TATTT	2	10	76717	76726	20 %	80 %	0 %	0 %	478455906
69	NC_020942	AAAAG	2	10	77250	77259	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020942	ATCAA	2	10	78948	78957	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020942	TGTCT	2	10	80510	80519	0 %	60 %	20 %	20 %	478455909
72	NC_020942	TTACT	2	10	81017	81026	20 %	60 %	0 %	20 %	478455909
73	NC_020942	AGAAA	2	10	82407	82416	80 %	0 %	20 %	0 %	478455911
74	NC_020942	GGAAG	2	10	82920	82929	40 %	0 %	60 %	0 %	478455911
75	NC_020942	AGCGA	2	10	85386	85395	40 %	0 %	40 %	20 %	478455913
76	NC_020942	TTTGT	2	10	85685	85694	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020942	GATCC	2	10	86471	86480	20 %	20 %	20 %	40 %	478455914
78	NC_020942	AGAGC	2	10	87806	87815	40 %	0 %	40 %	20 %	478455915
79	NC_020942	AATAA	2	10	88684	88693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020942	TTTTC	2	10	91538	91547	0 %	80 %	0 %	20 %	478455918
81	NC_020942	GGATG	2	10	91798	91807	20 %	20 %	60 %	0 %	478455919
82	NC_020942	CAACA	2	10	93337	93346	60 %	0 %	0 %	40 %	478455920
83	NC_020942	TTTAA	2	10	94220	94229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020942	ACAGC	2	10	94381	94390	40 %	0 %	20 %	40 %	478455921
85	NC_020942	CTTTT	2	10	94755	94764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020942	GGAAC	2	10	95094	95103	40 %	0 %	40 %	20 %	478455922
87	NC_020942	GGATT	2	10	95994	96003	20 %	40 %	40 %	0 %	478455922
88	NC_020942	CAATC	2	10	97090	97099	40 %	20 %	0 %	40 %	478455924
89	NC_020942	TTTGC	2	10	97224	97233	0 %	60 %	20 %	20 %	478455924
90	NC_020942	ATTCA	2	10	97488	97497	40 %	40 %	0 %	20 %	478455924
91	NC_020942	GATCC	2	10	97747	97756	20 %	20 %	20 %	40 %	478455924
92	NC_020942	GTTTT	2	10	98168	98177	0 %	80 %	20 %	0 %	478455924
93	NC_020942	ACAAA	2	10	98295	98304	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020942	AAGCT	2	10	99371	99380	40 %	20 %	20 %	20 %	478455925
95	NC_020942	AGGGG	2	10	99730	99739	20 %	0 %	80 %	0 %	478455925
96	NC_020942	ATAGC	2	10	100429	100438	40 %	20 %	20 %	20 %	478455926
97	NC_020942	TTCCC	2	10	101033	101042	0 %	40 %	0 %	60 %	478455927
98	NC_020942	AGCGA	2	10	103357	103366	40 %	0 %	40 %	20 %	478455929
99	NC_020942	TTTCT	2	10	103715	103724	0 %	80 %	0 %	20 %	478455929
100	NC_020942	CTTCT	2	10	103769	103778	0 %	60 %	0 %	40 %	478455929
101	NC_020942	ATCAT	2	10	104921	104930	40 %	40 %	0 %	20 %	478455930
102	NC_020942	GGCAT	2	10	105629	105638	20 %	20 %	40 %	20 %	478455930
103	NC_020942	AAAGC	2	10	109355	109364	60 %	0 %	20 %	20 %	478455933
104	NC_020942	GCATT	2	10	110515	110524	20 %	40 %	20 %	20 %	478455935
105	NC_020942	GCTCT	2	10	114568	114577	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020942	TGTTT	2	10	115192	115201	0 %	80 %	20 %	0 %	478455938
107	NC_020942	CATGT	2	10	115570	115579	20 %	40 %	20 %	20 %	478455938
108	NC_020942	TATCG	2	10	116274	116283	20 %	40 %	20 %	20 %	478455938
109	NC_020942	TTTCT	2	10	116790	116799	0 %	80 %	0 %	20 %	478455939
110	NC_020942	AAAGA	2	10	119035	119044	80 %	0 %	20 %	0 %	478455942
111	NC_020942	GCTTC	2	10	123025	123034	0 %	40 %	20 %	40 %	478455945
112	NC_020942	TACAA	2	10	126814	126823	60 %	20 %	0 %	20 %	478455949
113	NC_020942	ATCCA	2	10	129222	129231	40 %	20 %	0 %	40 %	478455952
114	NC_020942	GAAGA	2	10	130772	130781	60 %	0 %	40 %	0 %	478455952
115	NC_020942	AAAAG	2	10	132685	132694	80 %	0 %	20 %	0 %	478455953
116	NC_020942	GATTC	2	10	133016	133025	20 %	40 %	20 %	20 %	478455953
117	NC_020942	ATTGG	2	10	136301	136310	20 %	40 %	40 %	0 %	478455956
118	NC_020942	TGTTT	2	10	136760	136769	0 %	80 %	20 %	0 %	478455957
119	NC_020942	TTGCA	2	10	137550	137559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020942	TCCAG	2	10	140506	140515	20 %	20 %	20 %	40 %	478455963
121	NC_020942	GTACA	2	10	141237	141246	40 %	20 %	20 %	20 %	478455964
122	NC_020942	TAGAT	2	10	141610	141619	40 %	40 %	20 %	0 %	478455964
123	NC_020942	AAAAG	2	10	142022	142031	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020942	AAAAC	2	10	142502	142511	80 %	0 %	0 %	20 %	478455965
125	NC_020942	TGCTA	2	10	143588	143597	20 %	40 %	20 %	20 %	478455967
126	NC_020942	GGAGC	2	10	143635	143644	20 %	0 %	60 %	20 %	478455967
127	NC_020942	CTGGG	2	10	145049	145058	0 %	20 %	60 %	20 %	478455969
128	NC_020942	GTTTT	2	10	145796	145805	0 %	80 %	20 %	0 %	478455970
129	NC_020942	GAACC	2	10	149530	149539	40 %	0 %	20 %	40 %	478455971
130	NC_020942	ATTCT	2	10	153026	153035	20 %	60 %	0 %	20 %	478455975
131	NC_020942	CTGTG	2	10	153230	153239	0 %	40 %	40 %	20 %	478455975
132	NC_020942	TTCTT	2	10	155703	155712	0 %	80 %	0 %	20 %	478455978
133	NC_020942	TTCTA	2	10	157808	157817	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_020942	AGGAA	2	10	160261	160270	60 %	0 %	40 %	0 %	478455982
135	NC_020942	CAAAA	2	10	162264	162273	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020942	AGAGA	2	10	163492	163501	60 %	0 %	40 %	0 %	478455985
137	NC_020942	AGCAA	2	10	163927	163936	60 %	0 %	20 %	20 %	478455985
138	NC_020942	CAAAA	2	10	167430	167439	80 %	0 %	0 %	20 %	478455987
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262	NC_020942	CTAAA	2	10	344111	344120	60 %	20 %	0 %	20 %	478456146
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