MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478474770
2	NC_020940	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
3	NC_020940	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474774
4	NC_020940	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020940	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474780
6	NC_020940	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474780
7	NC_020940	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474781
8	NC_020940	GTTCCT	2	12	19989	20000	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474787
9	NC_020940	CTTTTT	2	12	22143	22154	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474789
10	NC_020940	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478474790
11	NC_020940	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474802
12	NC_020940	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474803
13	NC_020940	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474803
14	NC_020940	TTTTGA	2	12	45577	45588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478474809
15	NC_020940	TGAACG	2	12	52818	52829	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474816
16	NC_020940	GTGATT	2	12	52837	52848	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474816
17	NC_020940	GATCTG	2	12	55486	55497	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474818
18	NC_020940	GTGTAA	2	12	55534	55545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474818
19	NC_020940	GGTTCA	2	12	55623	55634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474818
20	NC_020940	GAAAAG	2	12	56882	56893	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474819
21	NC_020940	AGTTGT	2	12	58233	58244	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474820
22	NC_020940	TTGTTC	2	12	59153	59164	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474820
23	NC_020940	TGAAAA	2	12	59623	59634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474821
24	NC_020940	TCCTAA	2	12	59962	59973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474821
25	NC_020940	AAAAAT	2	12	61457	61468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	GTTCTT	2	12	63882	63893	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474823
27	NC_020940	CTATTT	2	12	72204	72215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478474830
28	NC_020940	ACTCTT	2	12	73333	73344	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474831
29	NC_020940	TTTCTG	2	12	73883	73894	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474832
30	NC_020940	GATCAT	2	12	74013	74024	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474832
31	NC_020940	TAGTAC	2	12	77007	77018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474833
32	NC_020940	ATCTAG	2	12	77186	77197	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020940	GGTTTA	2	12	80658	80669	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474836
34	NC_020940	TTTAGT	2	12	82431	82442	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478474838
35	NC_020940	GTCTGT	2	12	83702	83713	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478474839
36	NC_020940	TTCTGA	2	12	89316	89327	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474843
37	NC_020940	AAAAGA	2	12	94380	94391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474849
38	NC_020940	AGCTGT	2	12	96473	96484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474850
39	NC_020940	TCTTTT	2	12	97138	97149	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474852
40	NC_020940	GGGGCT	2	12	98086	98097	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478474852
41	NC_020940	TTTGAG	2	12	100290	100301	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474854
42	NC_020940	TCAGAA	2	12	106931	106942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474859
43	NC_020940	CATAAC	2	12	109975	109986	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478474862
44	NC_020940	TGTTCT	2	12	112739	112750	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474864
45	NC_020940	ACTTCG	2	12	116023	116034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474866
46	NC_020940	TTTTAG	2	12	116458	116469	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020940	TTGCCA	2	12	119561	119572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474871
48	NC_020940	TAAAAA	2	12	121053	121064	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020940	TTGGTA	2	12	121101	121112	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474873
50	NC_020940	AGGATC	2	12	121480	121491	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474873
51	NC_020940	AAGGGT	2	12	123287	123298	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474874
52	NC_020940	GGGTTT	2	12	124250	124261	0 %	50 %	50 %	0 %	478474875
53	NC_020940	TTGCAT	2	12	124532	124543	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474875
54	NC_020940	AAGAGA	2	12	124901	124912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474875
55	NC_020940	TTAAAA	2	12	133835	133846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474881
56	NC_020940	AGGTTG	2	12	135077	135088	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478474882
57	NC_020940	CTGTTT	2	12	135772	135783	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474883
58	NC_020940	GAGTTA	2	12	140127	140138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474891
59	NC_020940	TGGAAA	2	12	142680	142691	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478474894
60	NC_020940	TGGAAT	2	12	143555	143566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474895
61	NC_020940	ATGGTT	2	12	143799	143810	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474895
62	NC_020940	TGCTCT	2	12	145990	146001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474898
63	NC_020940	GAAAGG	2	12	149728	149739	50 %	0 %	50 %	0 %	478474900
64	NC_020940	GCTTTG	2	12	149971	149982	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478474900
65	NC_020940	CCTCAT	2	12	155391	155402	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474905
66	NC_020940	TGGAGA	2	12	156849	156860	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474907
67	NC_020940	CTCCAT	2	12	158216	158227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474908
68	NC_020940	TCCTTG	2	12	158812	158823	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474909
69	NC_020940	AACAGC	2	12	161449	161460	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474912
70	NC_020940	AAAAAG	2	12	174036	174047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474919
71	NC_020940	TCCCAA	2	12	182466	182477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474925
72	NC_020940	AGAAAA	2	12	183083	183094	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020940	ACTTCT	2	12	190147	190158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474933
74	NC_020940	ATTTGC	2	12	192839	192850	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474935
75	NC_020940	AAACAT	2	12	193929	193940	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474938
76	NC_020940	AGCAAC	2	12	194264	194275	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474938
77	NC_020940	TATGAA	2	12	195858	195869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020940	TTGCCT	2	12	196973	196984	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474942
79	NC_020940	TCTGGA	2	12	200223	200234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474946
80	NC_020940	CTGGAT	2	12	215814	215825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474959
81	NC_020940	GAAATA	2	12	216137	216148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474959
82	NC_020940	TTTTAC	2	12	221868	221879	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_020940	GATGCA	2	12	223029	223040	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474966
84	NC_020940	ACTCCA	2	12	223919	223930	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474967
85	NC_020940	CTGCTT	2	12	224151	224162	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474967
86	NC_020940	ATTGCT	2	12	227460	227471	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474970
87	NC_020940	TCCTAG	2	12	227750	227761	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474970
88	NC_020940	GCAACG	2	12	228238	228249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474971
89	NC_020940	CTTAGC	2	12	230871	230882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474973
90	NC_020940	TTCCTT	2	12	237703	237714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474978
91	NC_020940	TCTCCT	2	12	240584	240595	0 %	50 %	0 %	50 %	478474979
92	NC_020940	AAACCA	2	12	241159	241170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474980
93	NC_020940	AACCCT	2	12	255583	255594	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020940	ATTTTT	2	12	256387	256398	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020940	CCTGCA	2	12	256548	256559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474998
96	NC_020940	ACCTTT	2	12	261743	261754	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478475003
97	NC_020940	TCATAA	2	12	269590	269601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475010
98	NC_020940	AAGTGT	2	12	270316	270327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475010
99	NC_020940	AGGAGA	2	12	271489	271500	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020940	ATCTAA	2	12	273594	273605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475013
101	NC_020940	TGGAAT	2	12	275792	275803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475015
102	NC_020940	GGAACA	2	12	279679	279690	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478475017
103	NC_020940	ATATTA	2	12	280387	280398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020940	CACGCG	2	12	282052	282063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478475019
105	NC_020940	TTTCTT	2	12	282231	282242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475019
106	NC_020940	CTCCTA	2	12	286393	286404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478475022
107	NC_020940	GCAATG	2	12	292511	292522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475028
108	NC_020940	CGACAT	2	12	293184	293195	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478475029
109	NC_020940	CCCTTA	2	12	294638	294649	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478475031
110	NC_020940	AAAATA	2	12	296736	296747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478475033
111	NC_020940	ACCACT	2	12	299091	299102	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478475035
112	NC_020940	CATTGC	2	12	302337	302348	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478475038
113	NC_020940	CCAAAA	2	12	303516	303527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475039
114	NC_020940	TCTTTT	2	12	305401	305412	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475041
115	NC_020940	CAAGAC	2	12	306492	306503	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478475042
116	NC_020940	AGCTTA	2	12	307773	307784	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478475044
117	NC_020940	CAAAGA	2	12	313145	313156	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478475049
118	NC_020940	ATGGCT	2	12	313761	313772	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478475050
119	NC_020940	TACAAA	2	12	317951	317962	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478475053
120	NC_020940	TTAATT	2	12	319630	319641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478475055
121	NC_020940	AAAACA	2	12	323116	323127	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478475057
122	NC_020940	AAAAAG	2	12	324542	324553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020940	AGAGAA	2	12	325208	325219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475058
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126	NC_020940	AGAATA	2	12	362035	362046	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020940	TTCTTA	2	12	362055	362066	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478475089
128	NC_020940	CAGCCT	2	12	374026	374037	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475103
129	NC_020940	AGCTGA	2	12	374076	374087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475103
130	NC_020940	ATGCTA	2	12	377943	377954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478475105
131	NC_020940	CAATAG	2	12	384549	384560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475108
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150	NC_020940	CGGAAT	2	12	427653	427664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475148
151	NC_020940	TGATAA	2	12	429558	429569	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478475149
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153	NC_020940	TTCTCC	2	12	443968	443979	0 %	50 %	0 %	50 %	478475163
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155	NC_020940	TAACTC	2	12	453536	453547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475171
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170	NC_020940	AAGAAA	2	12	503572	503583	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020940	GGTAAT	2	12	508374	508385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475215
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204	NC_020940	TTTTGC	2	12	573991	574002	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478475276
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211	NC_020940	CTGCTC	2	12	601412	601423	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478475314
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218	NC_020940	TCTTTT	2	12	618286	618297	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
219	NC_020940	ACTGTA	2	12	619978	619989	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478475330
220	NC_020940	CACTCT	2	12	620294	620305	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478475330
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222	NC_020940	AACCTC	2	12	632144	632155	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478475340
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227	NC_020940	ATCTTG	2	12	643686	643697	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478475354
228	NC_020940	TTAAAT	2	12	646458	646469	50 %	50 %	0 %	0 %	478475356
229	NC_020940	TTATTT	2	12	649497	649508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
230	NC_020940	GCTTCT	2	12	650847	650858	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478475360
231	NC_020940	TAGGAG	2	12	651814	651825	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478475360
232	NC_020940	CACAGG	2	12	653807	653818	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478475362
233	NC_020940	TTCTAT	2	12	667636	667647	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478475371
234	NC_020940	AGAAAG	2	12	669958	669969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475372
235	NC_020940	CATATT	2	12	681832	681843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478475384
236	NC_020940	AGCTGG	2	12	688008	688019	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478475392
237	NC_020940	GCATCA	2	12	689850	689861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478475393
238	NC_020940	ATCAAT	2	12	694175	694186	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475397
239	NC_020940	CCGCAA	2	12	699056	699067	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478475402
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241	NC_020940	GAAAGA	2	12	707136	707147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475405
242	NC_020940	TCTTGA	2	12	712242	712253	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478475408
243	NC_020940	TATCCA	2	12	722425	722436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475418
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245	NC_020940	TCTGCA	2	12	745966	745977	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
246	NC_020940	TGTGAT	2	12	746609	746620	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478475434
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249	NC_020940	GGGAAG	2	12	759566	759577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478475447
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254	NC_020940	TTTCCA	2	12	778033	778044	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478475464
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257	NC_020940	CCCTGA	2	12	793424	793435	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475475
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262	NC_020940	GAGAAA	2	12	802910	802921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_020940	TTTTCT	2	12	805368	805379	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_020940	TAGCCT	2	12	807882	807893	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478475486
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268	NC_020940	CACCTA	2	12	822443	822454	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478475496
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270	NC_020940	AAGAGG	2	12	828282	828293	50 %	0 %	50 %	0 %	478475500
271	NC_020940	GAAAGG	2	12	833158	833169	50 %	0 %	50 %	0 %	478475505
272	NC_020940	AGCTTC	2	12	834612	834623	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478475506
273	NC_020940	TTTTTA	2	12	835585	835596	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_020940	CCTCTA	2	12	870612	870623	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
287	NC_020940	TAAGGA	2	12	878594	878605	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
288	NC_020940	CCGGAG	2	12	879512	879523	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_020940	TTTTCT	2	12	889894	889905	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475541
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322	NC_020940	CTTTAT	2	12	1011836	1011847	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478475645
323	NC_020940	AGCTGG	2	12	1012264	1012275	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478475645
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330	NC_020940	ACCATC	2	12	1037135	1037146	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478475661
331	NC_020940	ATTTTT	2	12	1039117	1039128	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_020940	TAAAAT	2	12	1042740	1042751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.