MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478474773
2	NC_020940	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478474774
3	NC_020940	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478474774
4	NC_020940	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478474774
5	NC_020940	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478474774
6	NC_020940	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478474775
7	NC_020940	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020940	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478474777
9	NC_020940	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478474778
10	NC_020940	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478474779
11	NC_020940	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478474780
12	NC_020940	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478474780
13	NC_020940	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478474781
14	NC_020940	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478474782
15	NC_020940	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020940	GATTT	2	10	15648	15657	20 %	60 %	20 %	0 %	478474784
17	NC_020940	CGTTC	2	10	16759	16768	0 %	40 %	20 %	40 %	478474785
18	NC_020940	GCTTC	2	10	17132	17141	0 %	40 %	20 %	40 %	478474785
19	NC_020940	GAAGG	2	10	17503	17512	40 %	0 %	60 %	0 %	478474785
20	NC_020940	GTTGT	2	10	20929	20938	0 %	60 %	40 %	0 %	478474788
21	NC_020940	AAGAT	2	10	22041	22050	60 %	20 %	20 %	0 %	478474789
22	NC_020940	TTTGC	2	10	22652	22661	0 %	60 %	20 %	20 %	478474789
23	NC_020940	GGAAA	2	10	24406	24415	60 %	0 %	40 %	0 %	478474789
24	NC_020940	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478474790
25	NC_020940	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478474791
26	NC_020940	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478474791
27	NC_020940	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478474793
28	NC_020940	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478474793
29	NC_020940	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478474794
30	NC_020940	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478474795
31	NC_020940	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478474796
32	NC_020940	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020940	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478474802
34	NC_020940	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478474802
35	NC_020940	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478474803
36	NC_020940	TTTGA	2	10	39059	39068	20 %	60 %	20 %	0 %	478474803
37	NC_020940	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478474806
38	NC_020940	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478474806
39	NC_020940	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020940	CAAAA	2	10	43244	43253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020940	TTTAT	2	10	44840	44849	20 %	80 %	0 %	0 %	478474809
42	NC_020940	CTTTC	2	10	46936	46945	0 %	60 %	0 %	40 %	478474811
43	NC_020940	AGTTT	2	10	47475	47484	20 %	60 %	20 %	0 %	478474811
44	NC_020940	GAAGA	2	10	48609	48618	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020940	CTATT	2	10	50187	50196	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020940	CTTTT	2	10	50638	50647	0 %	80 %	0 %	20 %	478474814
47	NC_020940	CCGTA	2	10	54305	54314	20 %	20 %	20 %	40 %	478474817
48	NC_020940	AATTT	2	10	54545	54554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020940	TCAGA	2	10	55197	55206	40 %	20 %	20 %	20 %	478474818
50	NC_020940	TTATC	2	10	55724	55733	20 %	60 %	0 %	20 %	478474818
51	NC_020940	TGAGT	2	10	55745	55754	20 %	40 %	40 %	0 %	478474818
52	NC_020940	GTTGT	2	10	56792	56801	0 %	60 %	40 %	0 %	478474819
53	NC_020940	ATTTT	2	10	58965	58974	20 %	80 %	0 %	0 %	478474820
54	NC_020940	GAGCA	2	10	60308	60317	40 %	0 %	40 %	20 %	478474821
55	NC_020940	TGTGA	2	10	62757	62766	20 %	40 %	40 %	0 %	478474823
56	NC_020940	CCTTC	2	10	64558	64567	0 %	40 %	0 %	60 %	478474824
57	NC_020940	AGGAG	2	10	66786	66795	40 %	0 %	60 %	0 %	478474826
58	NC_020940	GTTAA	2	10	66916	66925	40 %	40 %	20 %	0 %	478474826
59	NC_020940	CAAGC	2	10	69294	69303	40 %	0 %	20 %	40 %	478474828
60	NC_020940	AAAAG	2	10	69542	69551	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020940	GCGAT	2	10	70354	70363	20 %	20 %	40 %	20 %	478474829
62	NC_020940	CTCTT	2	10	70708	70717	0 %	60 %	0 %	40 %	478474829
63	NC_020940	AGGGG	2	10	71354	71363	20 %	0 %	80 %	0 %	478474829
64	NC_020940	AAGAA	2	10	71396	71405	80 %	0 %	20 %	0 %	478474829
65	NC_020940	CTTGC	2	10	72485	72494	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020940	ATTGG	2	10	72686	72695	20 %	40 %	40 %	0 %	478474831
67	NC_020940	GAAAA	2	10	73758	73767	80 %	0 %	20 %	0 %	478474831
68	NC_020940	TGGGA	2	10	74175	74184	20 %	20 %	60 %	0 %	478474832
69	NC_020940	TATTT	2	10	76702	76711	20 %	80 %	0 %	0 %	478474833
70	NC_020940	AAAAG	2	10	77235	77244	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020940	ATCAA	2	10	78933	78942	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020940	TGTCT	2	10	80495	80504	0 %	60 %	20 %	20 %	478474836
73	NC_020940	TTACT	2	10	81002	81011	20 %	60 %	0 %	20 %	478474836
74	NC_020940	AGAAA	2	10	82392	82401	80 %	0 %	20 %	0 %	478474838
75	NC_020940	GGAAG	2	10	82905	82914	40 %	0 %	60 %	0 %	478474838
76	NC_020940	TTTGT	2	10	85670	85679	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020940	GATCC	2	10	86456	86465	20 %	20 %	20 %	40 %	478474841
78	NC_020940	AGAGC	2	10	87791	87800	40 %	0 %	40 %	20 %	478474842
79	NC_020940	AATAA	2	10	88669	88678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020940	TTTTC	2	10	91523	91532	0 %	80 %	0 %	20 %	478474845
81	NC_020940	GGATG	2	10	91783	91792	20 %	20 %	60 %	0 %	478474846
82	NC_020940	CAACA	2	10	93322	93331	60 %	0 %	0 %	40 %	478474847
83	NC_020940	ACAGC	2	10	94367	94376	40 %	0 %	20 %	40 %	478474849
84	NC_020940	CTTTT	2	10	94741	94750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020940	GGAAC	2	10	95079	95088	40 %	0 %	40 %	20 %	478474850
86	NC_020940	GGATT	2	10	95979	95988	20 %	40 %	40 %	0 %	478474850
87	NC_020940	CAATC	2	10	97081	97090	40 %	20 %	0 %	40 %	478474852
88	NC_020940	TTTGC	2	10	97215	97224	0 %	60 %	20 %	20 %	478474852
89	NC_020940	ATTCA	2	10	97479	97488	40 %	40 %	0 %	20 %	478474852
90	NC_020940	GATCC	2	10	97738	97747	20 %	20 %	20 %	40 %	478474852
91	NC_020940	GTTTT	2	10	98159	98168	0 %	80 %	20 %	0 %	478474852
92	NC_020940	ACAAA	2	10	98286	98295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020940	AAGCT	2	10	99362	99371	40 %	20 %	20 %	20 %	478474853
94	NC_020940	AGGGG	2	10	99721	99730	20 %	0 %	80 %	0 %	478474853
95	NC_020940	ATAGC	2	10	100420	100429	40 %	20 %	20 %	20 %	478474854
96	NC_020940	AGCGA	2	10	103348	103357	40 %	0 %	40 %	20 %	478474857
97	NC_020940	TTTCT	2	10	103706	103715	0 %	80 %	0 %	20 %	478474857
98	NC_020940	CTTCT	2	10	103760	103769	0 %	60 %	0 %	40 %	478474857
99	NC_020940	ATCAT	2	10	104912	104921	40 %	40 %	0 %	20 %	478474858
100	NC_020940	GGCAT	2	10	105620	105629	20 %	20 %	40 %	20 %	478474858
101	NC_020940	AAAGC	2	10	109346	109355	60 %	0 %	20 %	20 %	478474861
102	NC_020940	GCATT	2	10	110506	110515	20 %	40 %	20 %	20 %	478474863
103	NC_020940	GCTCT	2	10	114559	114568	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020940	TGTTT	2	10	115183	115192	0 %	80 %	20 %	0 %	478474866
105	NC_020940	CATGT	2	10	115561	115570	20 %	40 %	20 %	20 %	478474866
106	NC_020940	TATCG	2	10	116265	116274	20 %	40 %	20 %	20 %	478474866
107	NC_020940	TTTCT	2	10	116781	116790	0 %	80 %	0 %	20 %	478474867
108	NC_020940	ATGCT	2	10	118704	118713	20 %	40 %	20 %	20 %	478474870
109	NC_020940	AAAGA	2	10	119025	119034	80 %	0 %	20 %	0 %	478474870
110	NC_020940	GCTTC	2	10	123015	123024	0 %	40 %	20 %	40 %	478474873
111	NC_020940	TACAA	2	10	126804	126813	60 %	20 %	0 %	20 %	478474877
112	NC_020940	ATCCA	2	10	129209	129218	40 %	20 %	0 %	40 %	478474880
113	NC_020940	GAAGA	2	10	130759	130768	60 %	0 %	40 %	0 %	478474880
114	NC_020940	AAAAG	2	10	132672	132681	80 %	0 %	20 %	0 %	478474881
115	NC_020940	GATTC	2	10	133003	133012	20 %	40 %	20 %	20 %	478474881
116	NC_020940	GGATA	2	10	135623	135632	40 %	20 %	40 %	0 %	478474883
117	NC_020940	ATTGG	2	10	136288	136297	20 %	40 %	40 %	0 %	478474884
118	NC_020940	ATTGT	2	10	136321	136330	20 %	60 %	20 %	0 %	478474884
119	NC_020940	TGTTT	2	10	136747	136756	0 %	80 %	20 %	0 %	478474885
120	NC_020940	TTGCA	2	10	137536	137545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020940	TCCAG	2	10	140492	140501	20 %	20 %	20 %	40 %	478474891
122	NC_020940	GTACA	2	10	141223	141232	40 %	20 %	20 %	20 %	478474892
123	NC_020940	TAGAT	2	10	141596	141605	40 %	40 %	20 %	0 %	478474892
124	NC_020940	AAAAG	2	10	142008	142017	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020940	AAAAC	2	10	142488	142497	80 %	0 %	0 %	20 %	478474893
126	NC_020940	TGCTA	2	10	143574	143583	20 %	40 %	20 %	20 %	478474895
127	NC_020940	GGAGC	2	10	143621	143630	20 %	0 %	60 %	20 %	478474895
128	NC_020940	CTGGG	2	10	145035	145044	0 %	20 %	60 %	20 %	478474897
129	NC_020940	GTTTT	2	10	145782	145791	0 %	80 %	20 %	0 %	478474898
130	NC_020940	GAACC	2	10	149516	149525	40 %	0 %	20 %	40 %	478474899
131	NC_020940	ATTCT	2	10	153012	153021	20 %	60 %	0 %	20 %	478474903
132	NC_020940	CTGTG	2	10	153216	153225	0 %	40 %	40 %	20 %	478474903
133	NC_020940	TTCTT	2	10	155689	155698	0 %	80 %	0 %	20 %	478474906
134	NC_020940	TTCTA	2	10	157791	157800	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020940	AGGAA	2	10	160246	160255	60 %	0 %	40 %	0 %	478474910
136	NC_020940	CAAAA	2	10	162249	162258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020940	AGAGA	2	10	163477	163486	60 %	0 %	40 %	0 %	478474913
138	NC_020940	AGCAA	2	10	163912	163921	60 %	0 %	20 %	20 %	478474913
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