MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 763

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478448620
2	NC_020939	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478448621
3	NC_020939	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478448621
4	NC_020939	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478448621
5	NC_020939	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478448621
6	NC_020939	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478448622
7	NC_020939	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020939	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	478448624
9	NC_020939	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	478448625
10	NC_020939	GGCTG	2	10	10327	10336	0 %	20 %	60 %	20 %	478448626
11	NC_020939	CCTCT	2	10	11119	11128	0 %	40 %	0 %	60 %	478448627
12	NC_020939	AAAGG	2	10	11278	11287	60 %	0 %	40 %	0 %	478448627
13	NC_020939	AAGAA	2	10	12397	12406	80 %	0 %	20 %	0 %	478448628
14	NC_020939	AAAGA	2	10	13795	13804	80 %	0 %	20 %	0 %	478448629
15	NC_020939	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020939	GATTT	2	10	15642	15651	20 %	60 %	20 %	0 %	478448631
17	NC_020939	CGTTC	2	10	16753	16762	0 %	40 %	20 %	40 %	478448632
18	NC_020939	GCTTC	2	10	17126	17135	0 %	40 %	20 %	40 %	478448632
19	NC_020939	GAAGG	2	10	17497	17506	40 %	0 %	60 %	0 %	478448632
20	NC_020939	GTTGT	2	10	20923	20932	0 %	60 %	40 %	0 %	478448635
21	NC_020939	AAGAT	2	10	22035	22044	60 %	20 %	20 %	0 %	478448636
22	NC_020939	TTTGC	2	10	22646	22655	0 %	60 %	20 %	20 %	478448636
23	NC_020939	GGAAA	2	10	24400	24409	60 %	0 %	40 %	0 %	478448636
24	NC_020939	AGAGG	2	10	26125	26134	40 %	0 %	60 %	0 %	478448637
25	NC_020939	GGAGA	2	10	27904	27913	40 %	0 %	60 %	0 %	478448638
26	NC_020939	GGATA	2	10	27930	27939	40 %	20 %	40 %	0 %	478448638
27	NC_020939	ATCCG	2	10	28655	28664	20 %	20 %	20 %	40 %	478448640
28	NC_020939	AGGGT	2	10	29173	29182	20 %	20 %	60 %	0 %	478448640
29	NC_020939	CCTAT	2	10	30213	30222	20 %	40 %	0 %	40 %	478448641
30	NC_020939	GAAGG	2	10	31012	31021	40 %	0 %	60 %	0 %	478448642
31	NC_020939	GAGCT	2	10	32052	32061	20 %	20 %	40 %	20 %	478448643
32	NC_020939	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020939	CTATT	2	10	36725	36734	20 %	60 %	0 %	20 %	478448649
34	NC_020939	TCCTA	2	10	36772	36781	20 %	40 %	0 %	40 %	478448649
35	NC_020939	ACGAT	2	10	38688	38697	40 %	20 %	20 %	20 %	478448650
36	NC_020939	TTTGA	2	10	39053	39062	20 %	60 %	20 %	0 %	478448650
37	NC_020939	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	478448653
38	NC_020939	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	478448653
39	NC_020939	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020939	TTTAT	2	10	44834	44843	20 %	80 %	0 %	0 %	478448656
41	NC_020939	CTTTC	2	10	46930	46939	0 %	60 %	0 %	40 %	478448658
42	NC_020939	AGTTT	2	10	47469	47478	20 %	60 %	20 %	0 %	478448658
43	NC_020939	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020939	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020939	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	478448661
46	NC_020939	CCGTA	2	10	54297	54306	20 %	20 %	20 %	40 %	478448664
47	NC_020939	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020939	TTATC	2	10	55700	55709	20 %	60 %	0 %	20 %	478448665
49	NC_020939	TGAGT	2	10	55721	55730	20 %	40 %	40 %	0 %	478448665
50	NC_020939	GTTGT	2	10	56756	56765	0 %	60 %	40 %	0 %	478448666
51	NC_020939	GAGCA	2	10	60284	60293	40 %	0 %	40 %	20 %	478448668
52	NC_020939	TGTGA	2	10	62733	62742	20 %	40 %	40 %	0 %	478448670
53	NC_020939	AGTGA	2	10	64254	64263	40 %	20 %	40 %	0 %	478448671
54	NC_020939	CCTTC	2	10	64528	64537	0 %	40 %	0 %	60 %	478448671
55	NC_020939	AGGAG	2	10	66756	66765	40 %	0 %	60 %	0 %	478448673
56	NC_020939	GTTAA	2	10	66886	66895	40 %	40 %	20 %	0 %	478448673
57	NC_020939	CAAGC	2	10	69264	69273	40 %	0 %	20 %	40 %	478448676
58	NC_020939	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020939	GGAGC	2	10	70134	70143	20 %	0 %	60 %	20 %	478448677
60	NC_020939	GCGAT	2	10	70324	70333	20 %	20 %	40 %	20 %	478448677
61	NC_020939	CTCTT	2	10	70678	70687	0 %	60 %	0 %	40 %	478448677
62	NC_020939	AGGGG	2	10	71324	71333	20 %	0 %	80 %	0 %	478448677
63	NC_020939	AAGAA	2	10	71366	71375	80 %	0 %	20 %	0 %	478448677
64	NC_020939	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_020939	ATTGG	2	10	72656	72665	20 %	40 %	40 %	0 %	478448679
66	NC_020939	GAAAA	2	10	73728	73737	80 %	0 %	20 %	0 %	478448679
67	NC_020939	TATTT	2	10	76672	76681	20 %	80 %	0 %	0 %	478448681
68	NC_020939	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020939	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020939	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020939	TGTCT	2	10	80459	80468	0 %	60 %	20 %	20 %	478448684
72	NC_020939	TTACT	2	10	80966	80975	20 %	60 %	0 %	20 %	478448684
73	NC_020939	AGAAA	2	10	82356	82365	80 %	0 %	20 %	0 %	478448686
74	NC_020939	GGAAG	2	10	82869	82878	40 %	0 %	60 %	0 %	478448686
75	NC_020939	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020939	GATCC	2	10	86420	86429	20 %	20 %	20 %	40 %	478448689
77	NC_020939	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	478448690
78	NC_020939	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020939	TTTTC	2	10	91487	91496	0 %	80 %	0 %	20 %	478448693
80	NC_020939	GGATG	2	10	91747	91756	20 %	20 %	60 %	0 %	478448694
81	NC_020939	CAACA	2	10	93286	93295	60 %	0 %	0 %	40 %	478448695
82	NC_020939	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020939	ACAGC	2	10	94330	94339	40 %	0 %	20 %	40 %	478448696
84	NC_020939	CTTTT	2	10	94704	94713	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020939	GGAAC	2	10	95042	95051	40 %	0 %	40 %	20 %	478448697
86	NC_020939	GGATT	2	10	95942	95951	20 %	40 %	40 %	0 %	478448697
87	NC_020939	CAATC	2	10	97044	97053	40 %	20 %	0 %	40 %	478448699
88	NC_020939	TTTGC	2	10	97178	97187	0 %	60 %	20 %	20 %	478448699
89	NC_020939	ATTCA	2	10	97442	97451	40 %	40 %	0 %	20 %	478448699
90	NC_020939	GATCC	2	10	97701	97710	20 %	20 %	20 %	40 %	478448699
91	NC_020939	GTTTT	2	10	98122	98131	0 %	80 %	20 %	0 %	478448699
92	NC_020939	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020939	AAGCT	2	10	99325	99334	40 %	20 %	20 %	20 %	478448700
94	NC_020939	AGGGG	2	10	99684	99693	20 %	0 %	80 %	0 %	478448700
95	NC_020939	ATAGC	2	10	100382	100391	40 %	20 %	20 %	20 %	478448701
96	NC_020939	TTCCC	2	10	100986	100995	0 %	40 %	0 %	60 %	478448702
97	NC_020939	AGCGA	2	10	103310	103319	40 %	0 %	40 %	20 %	478448704
98	NC_020939	TTTCT	2	10	103668	103677	0 %	80 %	0 %	20 %	478448704
99	NC_020939	CTTCT	2	10	103722	103731	0 %	60 %	0 %	40 %	478448704
100	NC_020939	ACAGG	2	10	104071	104080	40 %	0 %	40 %	20 %	478448705
101	NC_020939	ATCAT	2	10	104874	104883	40 %	40 %	0 %	20 %	478448705
102	NC_020939	GGCAT	2	10	105582	105591	20 %	20 %	40 %	20 %	478448705
103	NC_020939	AAAGC	2	10	109308	109317	60 %	0 %	20 %	20 %	478448708
104	NC_020939	GCATT	2	10	110468	110477	20 %	40 %	20 %	20 %	478448710
105	NC_020939	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020939	TGTTT	2	10	115145	115154	0 %	80 %	20 %	0 %	478448713
107	NC_020939	CATGT	2	10	115523	115532	20 %	40 %	20 %	20 %	478448713
108	NC_020939	TATCG	2	10	116227	116236	20 %	40 %	20 %	20 %	478448713
109	NC_020939	TTTCT	2	10	116743	116752	0 %	80 %	0 %	20 %	478448714
110	NC_020939	AAAGA	2	10	118989	118998	80 %	0 %	20 %	0 %	478448717
111	NC_020939	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	478448721
112	NC_020939	TACAA	2	10	126768	126777	60 %	20 %	0 %	20 %	478448725
113	NC_020939	ATCCA	2	10	129173	129182	40 %	20 %	0 %	40 %	478448728
114	NC_020939	GAAGA	2	10	130723	130732	60 %	0 %	40 %	0 %	478448728
115	NC_020939	AAAAG	2	10	132636	132645	80 %	0 %	20 %	0 %	478448729
116	NC_020939	GATTC	2	10	132967	132976	20 %	40 %	20 %	20 %	478448729
117	NC_020939	GGATA	2	10	135573	135582	40 %	20 %	40 %	0 %	478448731
118	NC_020939	ATTGG	2	10	136238	136247	20 %	40 %	40 %	0 %	478448732
119	NC_020939	ATTGT	2	10	136271	136280	20 %	60 %	20 %	0 %	478448732
120	NC_020939	TGTTT	2	10	136697	136706	0 %	80 %	20 %	0 %	478448733
121	NC_020939	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020939	TCCAG	2	10	140441	140450	20 %	20 %	20 %	40 %	478448739
123	NC_020939	GTACA	2	10	141172	141181	40 %	20 %	20 %	20 %	478448740
124	NC_020939	TAGAT	2	10	141545	141554	40 %	40 %	20 %	0 %	478448740
125	NC_020939	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020939	AAAAC	2	10	142437	142446	80 %	0 %	0 %	20 %	478448741
127	NC_020939	TGCTA	2	10	143523	143532	20 %	40 %	20 %	20 %	478448743
128	NC_020939	GGAGC	2	10	143570	143579	20 %	0 %	60 %	20 %	478448743
129	NC_020939	CTGGG	2	10	144984	144993	0 %	20 %	60 %	20 %	478448745
130	NC_020939	GTTTT	2	10	145731	145740	0 %	80 %	20 %	0 %	478448746
131	NC_020939	GAACC	2	10	149465	149474	40 %	0 %	20 %	40 %	478448747
132	NC_020939	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	478448751
133	NC_020939	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	478448751
134	NC_020939	TTCTT	2	10	155639	155648	0 %	80 %	0 %	20 %	478448754
135	NC_020939	TTCTA	2	10	157744	157753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020939	AGGAA	2	10	160199	160208	60 %	0 %	40 %	0 %	478448758
137	NC_020939	CAAAA	2	10	162202	162211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020939	AGAGA	2	10	163430	163439	60 %	0 %	40 %	0 %	478448761
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