MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 22969

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_020937	A	6	6	249076	249081	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5502	NC_020937	TTG	2	6	249256	249261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447943
5503	NC_020937	TCT	2	6	249278	249283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447943
5504	NC_020937	TC	3	6	249325	249330	0 %	50 %	0 %	50 %	478447943
5505	NC_020937	T	7	7	249361	249367	0 %	100 %	0 %	0 %	478447943
5506	NC_020937	CCA	2	6	249374	249379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478447943
5507	NC_020937	AAC	2	6	249427	249432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447943
5508	NC_020937	AATA	2	8	249481	249488	75 %	25 %	0 %	0 %	478447943
5509	NC_020937	GCT	2	6	249491	249496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447943
5510	NC_020937	ACA	2	6	249556	249561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447943
5511	NC_020937	CCA	2	6	249588	249593	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478447943
5512	NC_020937	CAA	2	6	249636	249641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447943
5513	NC_020937	CCCA	2	8	249761	249768	25 %	0 %	0 %	75 %	478447944
5514	NC_020937	CTT	2	6	249890	249895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447944
5515	NC_020937	AAT	2	6	249969	249974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447944
5516	NC_020937	CTC	2	6	249980	249985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447944
5517	NC_020937	ACT	2	6	249988	249993	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447944
5518	NC_020937	GAA	2	6	250006	250011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447944
5519	NC_020937	CTC	2	6	250037	250042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447944
5520	NC_020937	GCAA	2	8	250051	250058	50 %	0 %	25 %	25 %	478447944
5521	NC_020937	AAC	2	6	250068	250073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447944
5522	NC_020937	GTT	2	6	250113	250118	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447944
5523	NC_020937	AAC	2	6	250152	250157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5524	NC_020937	A	6	6	250166	250171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5525	NC_020937	TAA	2	6	250217	250222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5526	NC_020937	TTC	2	6	250235	250240	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447945
5527	NC_020937	GCT	2	6	250267	250272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447945
5528	NC_020937	T	7	7	250276	250282	0 %	100 %	0 %	0 %	478447945
5529	NC_020937	AGCA	2	8	250313	250320	50 %	0 %	25 %	25 %	478447945
5530	NC_020937	CTT	2	6	250330	250335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447945
5531	NC_020937	TCT	3	9	250341	250349	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447945
5532	NC_020937	GATAA	2	10	250369	250378	60 %	20 %	20 %	0 %	478447945
5533	NC_020937	TCG	2	6	250435	250440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447945
5534	NC_020937	CATA	2	8	250456	250463	50 %	25 %	0 %	25 %	478447945
5535	NC_020937	TCC	2	6	250475	250480	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447945
5536	NC_020937	TAA	2	6	250508	250513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447945
5537	NC_020937	AG	4	8	250533	250540	50 %	0 %	50 %	0 %	478447945
5538	NC_020937	A	6	6	250552	250557	100 %	0 %	0 %	0 %	478447945
5539	NC_020937	AGA	2	6	250563	250568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447945
5540	NC_020937	CAC	2	6	250570	250575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478447945
5541	NC_020937	CAA	2	6	250616	250621	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447945
5542	NC_020937	GTA	2	6	250638	250643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447945
5543	NC_020937	ACA	2	6	250697	250702	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447945
5544	NC_020937	A	6	6	250737	250742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5545	NC_020937	TA	3	6	250784	250789	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5546	NC_020937	CCAA	2	8	250819	250826	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5547	NC_020937	A	7	7	250843	250849	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5548	NC_020937	TAT	2	6	250862	250867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447946
5549	NC_020937	TTCA	2	8	250894	250901	25 %	50 %	0 %	25 %	478447946
5550	NC_020937	AGA	3	9	250930	250938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447946
5551	NC_020937	TGTT	2	8	250968	250975	0 %	75 %	25 %	0 %	478447946
5552	NC_020937	CGA	2	6	251089	251094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447946
5553	NC_020937	GCAAA	2	10	251101	251110	60 %	0 %	20 %	20 %	478447946
5554	NC_020937	AATA	2	8	251187	251194	75 %	25 %	0 %	0 %	478447946
5555	NC_020937	A	6	6	251253	251258	100 %	0 %	0 %	0 %	478447946
5556	NC_020937	A	7	7	251284	251290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5557	NC_020937	ATA	2	6	251298	251303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5558	NC_020937	CCT	2	6	251353	251358	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5559	NC_020937	AAAC	2	8	251427	251434	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
5560	NC_020937	AAG	2	6	251551	251556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447947
5561	NC_020937	AGC	2	6	251585	251590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447947
5562	NC_020937	CAAT	2	8	251691	251698	50 %	25 %	0 %	25 %	478447947
5563	NC_020937	TTA	2	6	251763	251768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447947
5564	NC_020937	CTTCT	2	10	251795	251804	0 %	60 %	0 %	40 %	478447947
5565	NC_020937	T	6	6	251838	251843	0 %	100 %	0 %	0 %	478447947
5566	NC_020937	CA	3	6	251897	251902	50 %	0 %	0 %	50 %	478447947
5567	NC_020937	AAT	2	6	251912	251917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447947
5568	NC_020937	ACA	2	6	251988	251993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447947
5569	NC_020937	TTG	2	6	252052	252057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447947
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5571	NC_020937	TAG	2	6	252127	252132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447947
5572	NC_020937	TTTTTA	2	12	252149	252160	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5573	NC_020937	GAG	2	6	252276	252281	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5574	NC_020937	ATT	2	6	252288	252293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447948
5575	NC_020937	T	6	6	252292	252297	0 %	100 %	0 %	0 %	478447948
5576	NC_020937	ACG	2	6	252298	252303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447948
5577	NC_020937	CCTGCA	2	12	252309	252320	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447948
5578	NC_020937	CTG	2	6	252366	252371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447948
5579	NC_020937	TTG	2	6	252397	252402	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447948
5580	NC_020937	TCTG	2	8	252422	252429	0 %	50 %	25 %	25 %	478447948
5581	NC_020937	TCC	2	6	252452	252457	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447948
5582	NC_020937	TTG	2	6	252471	252476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447948
5583	NC_020937	T	6	6	252504	252509	0 %	100 %	0 %	0 %	478447948
5584	NC_020937	TACT	2	8	252527	252534	25 %	50 %	0 %	25 %	478447948
5585	NC_020937	CGA	2	6	252542	252547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447948
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5588	NC_020937	ACG	2	6	252649	252654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447948
5589	NC_020937	AACC	2	8	252693	252700	50 %	0 %	0 %	50 %	478447948
5590	NC_020937	CAG	2	6	252717	252722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447948
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5592	NC_020937	CTG	2	6	252750	252755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447948
5593	NC_020937	TAA	2	6	252792	252797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447948
5594	NC_020937	GCT	2	6	252878	252883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447948
5595	NC_020937	ATTT	2	8	252935	252942	25 %	75 %	0 %	0 %	478447948
5596	NC_020937	ATA	2	6	252989	252994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5597	NC_020937	AAT	2	6	253013	253018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5598	NC_020937	AG	3	6	253075	253080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5599	NC_020937	A	8	8	253093	253100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5600	NC_020937	TC	3	6	253101	253106	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5601	NC_020937	TC	3	6	253187	253192	0 %	50 %	0 %	50 %	478447949
5602	NC_020937	A	6	6	253196	253201	100 %	0 %	0 %	0 %	478447949
5603	NC_020937	ATG	2	6	253207	253212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447949
5604	NC_020937	ATCT	2	8	253256	253263	25 %	50 %	0 %	25 %	478447949
5605	NC_020937	T	7	7	253298	253304	0 %	100 %	0 %	0 %	478447949
5606	NC_020937	GCT	2	6	253308	253313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447949
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5608	NC_020937	T	6	6	253339	253344	0 %	100 %	0 %	0 %	478447949
5609	NC_020937	CT	4	8	253407	253414	0 %	50 %	0 %	50 %	478447949
5610	NC_020937	TTA	2	6	253472	253477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447949
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5612	NC_020937	TTCG	2	8	253669	253676	0 %	50 %	25 %	25 %	478447949
5613	NC_020937	CTT	2	6	253705	253710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447949
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5617	NC_020937	TC	3	6	253898	253903	0 %	50 %	0 %	50 %	478447949
5618	NC_020937	TCT	2	6	253960	253965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447949
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5623	NC_020937	CAC	2	6	254091	254096	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478447949
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