MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020935	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478452225
2	NC_020935	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452229
3	NC_020935	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020935	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452235
5	NC_020935	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452235
6	NC_020935	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452236
7	NC_020935	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452239
8	NC_020935	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452242
9	NC_020935	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452244
10	NC_020935	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478452245
11	NC_020935	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452257
12	NC_020935	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452258
13	NC_020935	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452258
14	NC_020935	TTTTGA	2	12	45508	45519	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478452264
15	NC_020935	TGAACG	2	12	52919	52930	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452271
16	NC_020935	GTGATT	2	12	52938	52949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452271
17	NC_020935	GGTTCA	2	12	55708	55719	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452273
18	NC_020935	GAAAAG	2	12	56964	56975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452274
19	NC_020935	AGTTGT	2	12	58169	58180	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452275
20	NC_020935	AGTTGT	2	12	58313	58324	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452275
21	NC_020935	TCTTGT	2	12	59222	59233	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452275
22	NC_020935	TCCTAA	2	12	60034	60045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452276
23	NC_020935	AAAAAT	2	12	61529	61540	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020935	GTTCTT	2	12	63948	63959	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452278
25	NC_020935	CTATTT	2	12	72258	72269	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478452285
26	NC_020935	ACTCTT	2	12	73387	73398	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452286
27	NC_020935	TTTCTG	2	12	73937	73948	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452287
28	NC_020935	GATCAT	2	12	74067	74078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452287
29	NC_020935	TAGTAC	2	12	77061	77072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452288
30	NC_020935	ATCTAG	2	12	77240	77251	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020935	GGTTTA	2	12	80714	80725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452291
32	NC_020935	GTCTGT	2	12	83758	83769	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478452294
33	NC_020935	TTCTGA	2	12	89377	89388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452299
34	NC_020935	AAAAGA	2	12	94441	94452	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478452304
35	NC_020935	AGCTGT	2	12	96529	96540	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452306
36	NC_020935	TCTTTT	2	12	97194	97205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452308
37	NC_020935	GGGGCT	2	12	98142	98153	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478452308
38	NC_020935	TTTGAG	2	12	100342	100353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452310
39	NC_020935	TCAGAA	2	12	106983	106994	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452315
40	NC_020935	CATAAC	2	12	110027	110038	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452318
41	NC_020935	TGTTCT	2	12	112794	112805	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452320
42	NC_020935	ACTTCG	2	12	116087	116098	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452322
43	NC_020935	TTTTAG	2	12	116522	116533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020935	TTGCCA	2	12	119628	119639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452327
45	NC_020935	TAAAAA	2	12	121194	121205	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020935	TTGGTA	2	12	121242	121253	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452329
47	NC_020935	AGGATC	2	12	121621	121632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452329
48	NC_020935	AAGGGT	2	12	123428	123439	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478452330
49	NC_020935	GGGTTT	2	12	124391	124402	0 %	50 %	50 %	0 %	478452331
50	NC_020935	TTGCAT	2	12	124673	124684	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452331
51	NC_020935	AAGAGA	2	12	125042	125053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452331
52	NC_020935	TTAAAA	2	12	133978	133989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452337
53	NC_020935	AGGTTG	2	12	135220	135231	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478452338
54	NC_020935	GAGTTA	2	12	140268	140279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452347
55	NC_020935	TGGAAA	2	12	142821	142832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478452350
56	NC_020935	TGGAAT	2	12	143696	143707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452351
57	NC_020935	ATGGTT	2	12	143940	143951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452351
58	NC_020935	TGCTCT	2	12	146086	146097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452354
59	NC_020935	GAAAGG	2	12	149824	149835	50 %	0 %	50 %	0 %	478452356
60	NC_020935	GCTTTG	2	12	150067	150078	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478452356
61	NC_020935	TGTGCG	2	12	154177	154188	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478452360
62	NC_020935	CCTCAT	2	12	155475	155486	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452361
63	NC_020935	TGGAGA	2	12	156933	156944	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478452363
64	NC_020935	CTCCAT	2	12	158302	158313	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452364
65	NC_020935	TCCTTG	2	12	158898	158909	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452365
66	NC_020935	AACAGC	2	12	161535	161546	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452368
67	NC_020935	TAAAAA	2	12	173964	173975	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478452374
68	NC_020935	AAAAAG	2	12	174131	174142	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478452375
69	NC_020935	AGAAAA	2	12	183339	183350	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020935	ATTTGC	2	12	189253	189264	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452388
71	NC_020935	AAACAT	2	12	190346	190357	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478452390
72	NC_020935	AGCAAC	2	12	190681	190692	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452390
73	NC_020935	TATGAA	3	18	192275	192292	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020935	TCTGGA	2	12	195952	195963	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452396
75	NC_020935	CTGGAT	2	12	211540	211551	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452409
76	NC_020935	GAAATA	2	12	211863	211874	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478452409
77	NC_020935	TTTTAC	2	12	217594	217605	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020935	GATGCA	2	12	218756	218767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452417
79	NC_020935	ACTCCA	2	12	219646	219657	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452418
80	NC_020935	CTGCTT	2	12	219878	219889	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452418
81	NC_020935	ATTGCT	2	12	223187	223198	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452421
82	NC_020935	TCCTAG	2	12	223477	223488	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452421
83	NC_020935	GCAACG	2	12	223965	223976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452422
84	NC_020935	CTTAGC	2	12	226597	226608	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452424
85	NC_020935	TTCCTT	2	12	233429	233440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452429
86	NC_020935	TCTCCT	2	12	236310	236321	0 %	50 %	0 %	50 %	478452430
87	NC_020935	TTTTTA	2	12	252125	252136	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020935	CCTGCA	2	12	252285	252296	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452449
89	NC_020935	ACCTTT	2	12	257480	257491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452454
90	NC_020935	TCATAA	2	12	265326	265337	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452461
91	NC_020935	AAGTGT	2	12	266052	266063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452461
92	NC_020935	AGGAGA	2	12	267225	267236	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020935	ATCTAA	2	12	269328	269339	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452464
94	NC_020935	TGGAAT	2	12	271527	271538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452466
95	NC_020935	GGAACA	2	12	275414	275425	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478452468
96	NC_020935	ATATTA	2	12	276122	276133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020935	CACGCG	2	12	277787	277798	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478452470
98	NC_020935	TTTCTT	2	12	277966	277977	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452470
99	NC_020935	CTCCTA	2	12	282128	282139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452473
100	NC_020935	GCAATG	2	12	288247	288258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452479
101	NC_020935	CGACAT	2	12	288920	288931	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452480
102	NC_020935	CCCTTA	2	12	290374	290385	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452482
103	NC_020935	AAAATA	2	12	292472	292483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478452484
104	NC_020935	ACCACT	2	12	294827	294838	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452486
105	NC_020935	CATTGC	2	12	298073	298084	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452489
106	NC_020935	CCAAAA	2	12	299252	299263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452490
107	NC_020935	TCTTTT	2	12	301137	301148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452492
108	NC_020935	CAAGAC	2	12	302228	302239	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452493
109	NC_020935	AGCTTA	2	12	303508	303519	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452495
110	NC_020935	CAAAGA	2	12	308893	308904	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478452500
111	NC_020935	ATGGCT	2	12	309509	309520	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452501
112	NC_020935	TACAAA	2	12	313700	313711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478452505
113	NC_020935	TTAATT	2	12	315380	315391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452506
114	NC_020935	AAAACA	2	12	318865	318876	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478452508
115	NC_020935	AAAAAG	2	12	320294	320305	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020935	CAGGAC	2	12	340835	340846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452526
117	NC_020935	ATTCAA	2	12	345762	345773	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452532
118	NC_020935	AGACCG	2	12	345836	345847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452532
119	NC_020935	AGAATA	2	12	357719	357730	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020935	TTCTTA	2	12	357739	357750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478452540
121	NC_020935	CAGCCT	2	12	369816	369827	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452553
122	NC_020935	ATGCTA	2	12	373733	373744	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452555
123	NC_020935	CAATAG	2	12	380339	380350	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452558
124	NC_020935	ACTGAA	2	12	380480	380491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452558
125	NC_020935	CTGCAC	2	12	380673	380684	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452558
126	NC_020935	TCCATA	2	12	391032	391043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452567
127	NC_020935	TTAGGT	2	12	392383	392394	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452569
128	NC_020935	AGGGAA	2	12	393709	393720	50 %	0 %	50 %	0 %	478452570
129	NC_020935	CTGAAG	2	12	394544	394555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452571
130	NC_020935	TAATCT	2	12	399964	399975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478452574
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132	NC_020935	CTAAAG	2	12	400849	400860	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452576
133	NC_020935	CCTTTC	2	12	402013	402024	0 %	50 %	0 %	50 %	478452577
134	NC_020935	TTTTAA	2	12	405877	405888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452579
135	NC_020935	ACATGC	2	12	411554	411565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452587
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139	NC_020935	TTCCTC	2	12	419282	419293	0 %	50 %	0 %	50 %	478452594
140	NC_020935	CTCTAC	2	12	422536	422547	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452596
141	NC_020935	ACATCA	2	12	423181	423192	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020935	CGGAAT	2	12	423443	423454	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452598
143	NC_020935	TGATAA	2	12	425348	425359	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452599
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145	NC_020935	TTCTCC	2	12	439757	439768	0 %	50 %	0 %	50 %	478452613
146	NC_020935	ATGAAG	2	12	448808	448819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478452621
147	NC_020935	TAACTC	2	12	449325	449336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452621
148	NC_020935	ATCCGC	2	12	450250	450261	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452621
149	NC_020935	CTAAAG	2	12	452668	452679	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452622
150	NC_020935	CCAATA	2	12	457653	457664	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452626
151	NC_020935	ATCGGC	2	12	463500	463511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478452634
152	NC_020935	TATTGG	2	12	464093	464104	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452634
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158	NC_020935	CTGAAG	2	12	491990	492001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452651
159	NC_020935	TGAGTA	2	12	492444	492455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452651
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162	NC_020935	AAGAAA	2	12	499427	499438	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020935	GGTAAT	2	12	504229	504240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452663
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185	NC_020935	ATTACA	2	12	547273	547284	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452702
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193	NC_020935	TTTTGC	2	12	569931	569942	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452724
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217	NC_020935	TTAAAT	2	12	642309	642320	50 %	50 %	0 %	0 %	478452803
218	NC_020935	GCTTCT	2	12	646683	646694	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452807
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223	NC_020935	AGCTGG	3	18	683822	683839	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478452839
224	NC_020935	GCATCA	2	12	685664	685675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452840
225	NC_020935	ATCAAT	2	12	689989	690000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452844
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231	NC_020935	CAAAGT	2	12	713604	713615	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452860
232	NC_020935	TATCCA	2	12	718239	718250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452865
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234	NC_020935	TCTGCA	2	12	741791	741802	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_020935	TGTGAT	2	12	742433	742444	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452882
236	NC_020935	TATTTT	2	12	751268	751279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_020935	GGGAAG	2	12	755390	755401	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452895
238	NC_020935	GGAAGA	2	12	759055	759066	50 %	0 %	50 %	0 %	478452897
239	NC_020935	ATGCAA	2	12	761367	761378	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452901
240	NC_020935	GAGAAA	2	12	761596	761607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452901
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.