MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams1 complete genome

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020933	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478466661
2	NC_020933	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466665
3	NC_020933	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020933	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466671
5	NC_020933	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466671
6	NC_020933	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466672
7	NC_020933	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466675
8	NC_020933	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466678
9	NC_020933	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466680
10	NC_020933	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478466681
11	NC_020933	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466693
12	NC_020933	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466694
13	NC_020933	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466694
14	NC_020933	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478466700
15	NC_020933	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466707
16	NC_020933	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466707
17	NC_020933	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466709
18	NC_020933	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466710
19	NC_020933	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466711
20	NC_020933	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466711
21	NC_020933	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478466711
22	NC_020933	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478466712
23	NC_020933	AAAAAT	2	12	61528	61539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020933	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478466714
25	NC_020933	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478466721
26	NC_020933	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478466722
27	NC_020933	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478466723
28	NC_020933	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466723
29	NC_020933	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466724
30	NC_020933	ATCTAG	2	12	77239	77250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020933	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466727
32	NC_020933	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478466730
33	NC_020933	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466734
34	NC_020933	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478466739
35	NC_020933	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466740
36	NC_020933	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466742
37	NC_020933	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478466742
38	NC_020933	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466744
39	NC_020933	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466749
40	NC_020933	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466752
41	NC_020933	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478466754
42	NC_020933	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466756
43	NC_020933	TTTTAG	2	12	116521	116532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020933	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466761
45	NC_020933	TAAAAA	2	12	121193	121204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020933	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466763
47	NC_020933	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466763
48	NC_020933	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478466764
49	NC_020933	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478466765
50	NC_020933	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466765
51	NC_020933	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466765
52	NC_020933	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478466772
53	NC_020933	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478466773
54	NC_020933	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466782
55	NC_020933	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478466785
56	NC_020933	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466786
57	NC_020933	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466786
58	NC_020933	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466789
59	NC_020933	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478466791
60	NC_020933	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478466791
61	NC_020933	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478466795
62	NC_020933	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466796
63	NC_020933	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478466798
64	NC_020933	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466799
65	NC_020933	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466800
66	NC_020933	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466803
67	NC_020933	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478466809
68	NC_020933	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478466810
69	NC_020933	AGAAAA	2	12	183396	183407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020933	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466823
71	NC_020933	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478466825
72	NC_020933	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466825
73	NC_020933	TATGAA	3	18	192333	192350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020933	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466831
75	NC_020933	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466844
76	NC_020933	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478466844
77	NC_020933	TTTTAC	2	12	217654	217665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020933	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466851
79	NC_020933	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466852
80	NC_020933	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466852
81	NC_020933	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466855
82	NC_020933	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466855
83	NC_020933	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478466856
84	NC_020933	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466858
85	NC_020933	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478466863
86	NC_020933	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478466864
87	NC_020933	TTTTTA	2	12	252186	252197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020933	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466883
89	NC_020933	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478466888
90	NC_020933	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466895
91	NC_020933	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466895
92	NC_020933	AGGAGA	2	12	267286	267297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020933	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466898
94	NC_020933	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466900
95	NC_020933	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478466902
96	NC_020933	ATATTA	2	12	276182	276193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020933	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478466904
98	NC_020933	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466904
99	NC_020933	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466907
100	NC_020933	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466913
101	NC_020933	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466914
102	NC_020933	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466916
103	NC_020933	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478466918
104	NC_020933	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466920
105	NC_020933	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466923
106	NC_020933	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478466924
107	NC_020933	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466926
108	NC_020933	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466927
109	NC_020933	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466929
110	NC_020933	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478466934
111	NC_020933	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466935
112	NC_020933	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478466938
113	NC_020933	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478466940
114	NC_020933	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478466942
115	NC_020933	AAAAAG	2	12	320352	320363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020933	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478466961
117	NC_020933	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466966
118	NC_020933	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478466966
119	NC_020933	AGAATA	2	12	357832	357843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020933	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478466974
121	NC_020933	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466987
122	NC_020933	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466989
123	NC_020933	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466992
124	NC_020933	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466992
125	NC_020933	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466992
126	NC_020933	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478467001
127	NC_020933	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467003
128	NC_020933	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478467004
129	NC_020933	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467005
130	NC_020933	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478467008
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132	NC_020933	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467010
133	NC_020933	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478467011
134	NC_020933	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478467013
135	NC_020933	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478467021
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139	NC_020933	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478467028
140	NC_020933	CTCTAC	2	12	422649	422660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478467030
141	NC_020933	ACATCA	2	12	423294	423305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020933	CGGAAT	2	12	423556	423567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467032
143	NC_020933	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478467033
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145	NC_020933	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478467047
146	NC_020933	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478467055
147	NC_020933	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478467055
148	NC_020933	ATCCGC	2	12	450363	450374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478467055
149	NC_020933	CTAAAG	2	12	452781	452792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467056
150	NC_020933	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478467060
151	NC_020933	ATCGGC	2	12	463613	463624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478467068
152	NC_020933	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467068
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154	NC_020933	TCTTCA	2	12	476979	476990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478467073
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156	NC_020933	CCAATC	2	12	485222	485233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478467077
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158	NC_020933	CTGAAG	2	12	492104	492115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467086
159	NC_020933	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467086
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161	NC_020933	TAACTA	2	12	499528	499539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_020933	AAGAAA	2	12	499541	499552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020933	GGTAAT	2	12	504343	504354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467098
164	NC_020933	AGTTTT	2	12	505351	505362	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478467100
165	NC_020933	AGAATA	2	12	505516	505527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020933	GGTTGT	2	12	507479	507490	0 %	50 %	50 %	0 %	478467102
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169	NC_020933	CTCTAT	2	12	513330	513341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478467108
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185	NC_020933	ATTACA	2	12	547442	547453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467137
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192	NC_020933	AAAAAT	2	12	563232	563243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020933	TTTTGC	2	12	570100	570111	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478467159
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200	NC_020933	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478467197
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206	NC_020933	TCTTTT	2	12	614394	614405	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
207	NC_020933	ACTGTA	2	12	616086	616097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478467213
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217	NC_020933	TTAAAT	2	12	642562	642573	50 %	50 %	0 %	0 %	478467238
218	NC_020933	GCTTCT	2	12	646936	646947	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467242
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223	NC_020933	AGCTGG	3	18	684075	684092	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478467274
224	NC_020933	GCATCA	2	12	685917	685928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478467275
225	NC_020933	ATCAAT	2	12	690242	690253	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467279
226	NC_020933	CCGCAA	2	12	695123	695134	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478467284
227	NC_020933	TGCTTG	2	12	697397	697408	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478467285
228	NC_020933	AAATGC	2	12	701080	701091	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467286
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230	NC_020933	TCTTGA	2	12	708308	708319	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478467290
231	NC_020933	CAAAGT	2	12	713857	713868	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467295
232	NC_020933	TATCCA	2	12	718492	718503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478467300
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234	NC_020933	TCTGCA	2	12	742041	742052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_020933	TGTGAT	2	12	742683	742694	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467316
236	NC_020933	TATTTT	2	12	751518	751529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_020933	GGGAAG	2	12	755640	755651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478467329
238	NC_020933	GGAAGA	2	12	759305	759316	50 %	0 %	50 %	0 %	478467331
239	NC_020933	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467335
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.