MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2/25667R complete genome

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020930	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478446833
2	NC_020930	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478446837
3	NC_020930	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020930	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478446843
5	NC_020930	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478446843
6	NC_020930	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478446844
7	NC_020930	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478446847
8	NC_020930	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478446850
9	NC_020930	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478446852
10	NC_020930	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478446853
11	NC_020930	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446865
12	NC_020930	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478446866
13	NC_020930	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478446866
14	NC_020930	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478446872
15	NC_020930	TGAACG	2	12	52918	52929	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478446879
16	NC_020930	GTGATT	2	12	52937	52948	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446879
17	NC_020930	GGTTCA	2	12	55707	55718	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478446881
18	NC_020930	GAAAAG	2	12	56963	56974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478446882
19	NC_020930	AGTTGT	2	12	58159	58170	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446883
20	NC_020930	AGTTGT	2	12	58303	58314	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446883
21	NC_020930	CTTGTT	2	12	59216	59227	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478446883
22	NC_020930	TCCTAA	2	12	60027	60038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478446884
23	NC_020930	AAAAAT	2	12	61522	61533	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020930	GTTCTT	2	12	63941	63952	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478446886
25	NC_020930	CTATTT	2	12	72251	72262	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478446893
26	NC_020930	ACTCTT	2	12	73380	73391	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478446894
27	NC_020930	TTTCTG	2	12	73930	73941	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478446895
28	NC_020930	GATCAT	2	12	74060	74071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478446895
29	NC_020930	TAGTAC	2	12	77054	77065	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478446896
30	NC_020930	ATCTAG	2	12	77233	77244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020930	GGTTTA	2	12	80707	80718	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446899
32	NC_020930	GTCTGT	2	12	83751	83762	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478446902
33	NC_020930	TTCTGA	2	12	89365	89376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478446906
34	NC_020930	AAAAGA	2	12	94429	94440	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478446911
35	NC_020930	AGCTGT	2	12	96522	96533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478446912
36	NC_020930	TCTTTT	2	12	97187	97198	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478446914
37	NC_020930	GGGGCT	2	12	98135	98146	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478446914
38	NC_020930	TTTGAG	2	12	100334	100345	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446916
39	NC_020930	TCAGAA	2	12	106975	106986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478446921
40	NC_020930	CATAAC	2	12	110019	110030	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478446924
41	NC_020930	TGTTCT	2	12	112786	112797	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478446926
42	NC_020930	ACTTCG	2	12	116079	116090	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478446928
43	NC_020930	TTTTAG	2	12	116514	116525	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020930	TTGCCA	2	12	119620	119631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478446933
45	NC_020930	TAAAAA	2	12	121186	121197	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020930	TTGGTA	2	12	121234	121245	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446935
47	NC_020930	AGGATC	2	12	121613	121624	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478446935
48	NC_020930	AAGGGT	2	12	123420	123431	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478446936
49	NC_020930	GGGTTT	2	12	124383	124394	0 %	50 %	50 %	0 %	478446937
50	NC_020930	TTGCAT	2	12	124665	124676	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478446937
51	NC_020930	AAGAGA	2	12	125034	125045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478446937
52	NC_020930	TTAAAA	2	12	133969	133980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478446944
53	NC_020930	AGGTTG	2	12	135211	135222	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478446945
54	NC_020930	GAGTTA	2	12	140260	140271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478446954
55	NC_020930	TGGAAA	2	12	142813	142824	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478446957
56	NC_020930	TGGAAT	2	12	143688	143699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478446958
57	NC_020930	ATGGTT	2	12	143932	143943	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478446958
58	NC_020930	TGCTCT	2	12	146124	146135	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478446961
59	NC_020930	GAAAGG	2	12	149862	149873	50 %	0 %	50 %	0 %	478446963
60	NC_020930	GCTTTG	2	12	150105	150116	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478446963
61	NC_020930	TGTGCG	2	12	154228	154239	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478446967
62	NC_020930	CCTCAT	2	12	155526	155537	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478446968
63	NC_020930	TGGAGA	2	12	156984	156995	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478446970
64	NC_020930	CTCCAT	2	12	158353	158364	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478446971
65	NC_020930	TCCTTG	2	12	158949	158960	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478446972
66	NC_020930	AACAGC	2	12	161586	161597	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478446975
67	NC_020930	TAAAAA	2	12	174015	174026	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478446981
68	NC_020930	AAAAAG	2	12	174182	174193	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478446982
69	NC_020930	AGAAAA	2	12	183393	183404	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020930	ATTTGC	2	12	189305	189316	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478446995
71	NC_020930	AAACAT	2	12	190398	190409	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478446998
72	NC_020930	AGCAAC	2	12	190733	190744	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478446998
73	NC_020930	TATGAA	3	18	192327	192344	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020930	TCTGGA	2	12	196005	196016	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447004
75	NC_020930	CTGGAT	2	12	211596	211607	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447017
76	NC_020930	GAAATA	2	12	211919	211930	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478447017
77	NC_020930	TTTTAC	2	12	217649	217660	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020930	GATGCA	2	12	218812	218823	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447024
79	NC_020930	ACTCCA	2	12	219702	219713	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478447025
80	NC_020930	CTGCTT	2	12	219934	219945	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447025
81	NC_020930	ATTGCT	2	12	223243	223254	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447028
82	NC_020930	TCCTAG	2	12	223533	223544	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447028
83	NC_020930	GCAACG	2	12	224021	224032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447029
84	NC_020930	CTTAGC	2	12	226653	226664	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447031
85	NC_020930	TTCCTT	2	12	233485	233496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447036
86	NC_020930	TCTCCT	2	12	236366	236377	0 %	50 %	0 %	50 %	478447037
87	NC_020930	TTTTTA	2	12	252181	252192	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020930	CCTGCA	2	12	252341	252352	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447056
89	NC_020930	ACCTTT	2	12	257536	257547	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478447061
90	NC_020930	TCATAA	2	12	265382	265393	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447068
91	NC_020930	AAGTGT	2	12	266108	266119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447068
92	NC_020930	AGGAGA	2	12	267281	267292	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020930	ATCTAA	2	12	269384	269395	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447071
94	NC_020930	TGGAAT	2	12	271582	271593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447073
95	NC_020930	GGAACA	2	12	275469	275480	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478447075
96	NC_020930	ATATTA	2	12	276177	276188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020930	CACGCG	2	12	277842	277853	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478447077
98	NC_020930	TTTCTT	2	12	278021	278032	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447077
99	NC_020930	CTCCTA	2	12	282183	282194	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447080
100	NC_020930	GCAATG	2	12	288302	288313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447086
101	NC_020930	CGACAT	2	12	288975	288986	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478447087
102	NC_020930	CCCTTA	2	12	290429	290440	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447089
103	NC_020930	AAAATA	2	12	292527	292538	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478447091
104	NC_020930	ACCACT	2	12	294882	294893	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478447093
105	NC_020930	CATTGC	2	12	298128	298139	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447096
106	NC_020930	CCAAAA	2	12	299307	299318	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447097
107	NC_020930	TCTTTT	2	12	301192	301203	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447099
108	NC_020930	CAAGAC	2	12	302283	302294	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478447100
109	NC_020930	AGCTTA	2	12	303563	303574	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447102
110	NC_020930	CAAAGA	2	12	308948	308959	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478447107
111	NC_020930	ATGGCT	2	12	309564	309575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447108
112	NC_020930	TACAAA	2	12	313754	313765	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478447111
113	NC_020930	TTAATT	2	12	315433	315444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447113
114	NC_020930	AAAACA	2	12	318919	318930	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478447115
115	NC_020930	AAAAAG	2	12	320348	320359	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020930	ATTCAA	2	12	345872	345883	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447139
117	NC_020930	AGACCG	2	12	345946	345957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447139
118	NC_020930	AGAATA	2	12	357829	357840	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020930	TTCTTA	2	12	357849	357860	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478447147
120	NC_020930	CAGCCT	2	12	369927	369938	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447161
121	NC_020930	ATGCTA	2	12	373844	373855	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447163
122	NC_020930	CAATAG	2	12	380450	380461	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447166
123	NC_020930	ACTGAA	2	12	380591	380602	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447166
124	NC_020930	CTGCAC	2	12	380784	380795	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447166
125	NC_020930	TCCATA	2	12	391143	391154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447175
126	NC_020930	TTAGGT	2	12	392494	392505	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447177
127	NC_020930	AGGGAA	2	12	393820	393831	50 %	0 %	50 %	0 %	478447178
128	NC_020930	CTGAAG	2	12	394655	394666	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447179
129	NC_020930	TAATCT	2	12	400075	400086	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478447182
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131	NC_020930	CTAAAG	2	12	400960	400971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447184
132	NC_020930	CCTTTC	2	12	402124	402135	0 %	50 %	0 %	50 %	478447185
133	NC_020930	TTTTAA	2	12	405988	405999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447187
134	NC_020930	ACATGC	2	12	411665	411676	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478447195
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138	NC_020930	TTCCTC	2	12	419393	419404	0 %	50 %	0 %	50 %	478447202
139	NC_020930	CTCTAC	2	12	422647	422658	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447204
140	NC_020930	ACATCA	2	12	423292	423303	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020930	CGGAAT	2	12	423554	423565	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447206
142	NC_020930	TGATAA	2	12	425459	425470	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478447207
143	NC_020930	AGCTAA	2	12	427832	427843	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447210
144	NC_020930	TTCTCC	2	12	439868	439879	0 %	50 %	0 %	50 %	478447221
145	NC_020930	ATGAAG	2	12	448919	448930	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478447229
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147	NC_020930	ATCCGC	2	12	450361	450372	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447229
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149	NC_020930	CCAATA	2	12	457764	457775	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478447234
150	NC_020930	ATCGGC	2	12	463611	463622	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478447242
151	NC_020930	TATTGG	2	12	464204	464215	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447242
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155	NC_020930	CCAATC	2	12	485219	485230	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478447251
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157	NC_020930	CTGAAG	2	12	492100	492111	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447260
158	NC_020930	TGAGTA	2	12	492554	492565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447260
159	NC_020930	AAACTG	2	12	496001	496012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447265
160	NC_020930	TAACTA	2	12	499524	499535	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_020930	AAGAAA	2	12	499537	499548	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020930	GGTAAT	2	12	504339	504350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447273
163	NC_020930	AGTTTT	2	12	505347	505358	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478447275
164	NC_020930	AGAATA	2	12	505512	505523	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020930	GGTTGT	2	12	507475	507486	0 %	50 %	50 %	0 %	478447277
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168	NC_020930	CTCTAT	2	12	513326	513337	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478447283
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184	NC_020930	ATTACA	2	12	547448	547459	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447312
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191	NC_020930	AAAAAT	2	12	563238	563249	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_020930	TTTTGC	2	12	570106	570117	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478447334
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199	NC_020930	CTGCTC	2	12	597527	597538	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478447372
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206	NC_020930	ACTGTA	2	12	616090	616101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447388
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222	NC_020930	AGCTGG	3	18	684080	684097	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478447449
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224	NC_020930	ATCAAT	2	12	690247	690258	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447454
225	NC_020930	CCGCAA	2	12	695128	695139	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478447459
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229	NC_020930	TCTTGA	2	12	708313	708324	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447465
230	NC_020930	TATCCA	2	12	718497	718508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447475
231	NC_020930	TATTGA	2	12	734391	734402	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478447484
232	NC_020930	TCTGCA	2	12	742048	742059	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
233	NC_020930	TGTGAT	2	12	742690	742701	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447491
234	NC_020930	TATTTT	2	12	751525	751536	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NC_020930	GGGAAG	2	12	755647	755658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447504
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.