MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020929	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478451326
2	NC_020929	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451330
3	NC_020929	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020929	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451336
5	NC_020929	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451336
6	NC_020929	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451337
7	NC_020929	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451340
8	NC_020929	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451343
9	NC_020929	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451345
10	NC_020929	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478451346
11	NC_020929	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451358
12	NC_020929	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478451359
13	NC_020929	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451359
14	NC_020929	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478451365
15	NC_020929	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451372
16	NC_020929	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451372
17	NC_020929	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451374
18	NC_020929	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451375
19	NC_020929	AGTTGT	2	12	58170	58181	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451376
20	NC_020929	AGTTGT	2	12	58314	58325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451376
21	NC_020929	TCTTGT	2	12	59223	59234	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451376
22	NC_020929	TCCTAA	2	12	60036	60047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451377
23	NC_020929	AAAAAT	2	12	61531	61542	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020929	GTTCTT	2	12	63950	63961	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451379
25	NC_020929	CTATTT	2	12	72260	72271	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478451386
26	NC_020929	ACTCTT	2	12	73389	73400	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451387
27	NC_020929	TTTCTG	2	12	73939	73950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451388
28	NC_020929	GATCAT	2	12	74069	74080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451388
29	NC_020929	TAGTAC	2	12	77063	77074	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451389
30	NC_020929	ATCTAG	2	12	77242	77253	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020929	GGTTTA	2	12	80716	80727	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451392
32	NC_020929	GTCTGT	2	12	83760	83771	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478451395
33	NC_020929	TTCTGA	2	12	89374	89385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451399
34	NC_020929	AAAAGA	2	12	94438	94449	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478451404
35	NC_020929	AGCTGT	2	12	96531	96542	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451405
36	NC_020929	TCTTTT	2	12	97196	97207	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451407
37	NC_020929	GGGGCT	2	12	98144	98155	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478451407
38	NC_020929	TTTGAG	2	12	100343	100354	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451409
39	NC_020929	TCAGAA	2	12	106984	106995	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451414
40	NC_020929	CATAAC	2	12	110028	110039	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451417
41	NC_020929	TGTTCT	2	12	112795	112806	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451419
42	NC_020929	ACTTCG	2	12	116088	116099	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451421
43	NC_020929	TTTTAG	2	12	116523	116534	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020929	TTGCCA	2	12	119629	119640	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451426
45	NC_020929	TAAAAA	2	12	121195	121206	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020929	TTGGTA	2	12	121243	121254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451428
47	NC_020929	AGGATC	2	12	121622	121633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451428
48	NC_020929	AAGGGT	2	12	123429	123440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478451429
49	NC_020929	GGGTTT	2	12	124392	124403	0 %	50 %	50 %	0 %	478451430
50	NC_020929	TTGCAT	2	12	124674	124685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451430
51	NC_020929	AAGAGA	2	12	125043	125054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451430
52	NC_020929	TTAAAA	2	12	133978	133989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451437
53	NC_020929	AGGTTG	2	12	135220	135231	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478451438
54	NC_020929	GAGTTA	2	12	140268	140279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451447
55	NC_020929	TGGAAA	2	12	142821	142832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478451450
56	NC_020929	TGGAAT	2	12	143696	143707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451451
57	NC_020929	ATGGTT	2	12	143940	143951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451451
58	NC_020929	TGCTCT	2	12	146132	146143	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451454
59	NC_020929	GAAAGG	2	12	149870	149881	50 %	0 %	50 %	0 %	478451456
60	NC_020929	GCTTTG	2	12	150113	150124	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478451456
61	NC_020929	TGTGCG	2	12	154236	154247	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478451460
62	NC_020929	CCTCAT	2	12	155534	155545	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451461
63	NC_020929	TGGAGA	2	12	156992	157003	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478451463
64	NC_020929	CTCCAT	2	12	158361	158372	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451464
65	NC_020929	TCCTTG	2	12	158957	158968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451465
66	NC_020929	AACAGC	2	12	161594	161605	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451468
67	NC_020929	TAAAAA	2	12	174023	174034	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478451474
68	NC_020929	AAAAAG	2	12	174190	174201	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478451475
69	NC_020929	AGAAAA	2	12	183347	183358	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020929	ATTTGC	2	12	189259	189270	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451488
71	NC_020929	AAACAT	2	12	190353	190364	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478451490
72	NC_020929	AGCAAC	2	12	190688	190699	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451490
73	NC_020929	TATGAA	3	18	192282	192299	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020929	TCTGGA	2	12	195958	195969	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451496
75	NC_020929	CTGGAT	2	12	211549	211560	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451509
76	NC_020929	GAAATA	2	12	211872	211883	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478451509
77	NC_020929	TTTTAC	2	12	217602	217613	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020929	GATGCA	2	12	218765	218776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451516
79	NC_020929	ACTCCA	2	12	219655	219666	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451517
80	NC_020929	CTGCTT	2	12	219887	219898	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451517
81	NC_020929	ATTGCT	2	12	223196	223207	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451520
82	NC_020929	TCCTAG	2	12	223486	223497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451520
83	NC_020929	GCAACG	2	12	223974	223985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451521
84	NC_020929	CTTAGC	2	12	226606	226617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451523
85	NC_020929	TTCCTT	2	12	233438	233449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451528
86	NC_020929	TCTCCT	2	12	236319	236330	0 %	50 %	0 %	50 %	478451529
87	NC_020929	TTTTTA	2	12	252135	252146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020929	CCTGCA	2	12	252295	252306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451549
89	NC_020929	ACCTTT	2	12	257490	257501	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451554
90	NC_020929	TCATAA	2	12	265336	265347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451561
91	NC_020929	AAGTGT	2	12	266062	266073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451561
92	NC_020929	AGGAGA	2	12	267235	267246	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020929	ATCTAA	2	12	269338	269349	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451564
94	NC_020929	TGGAAT	2	12	271536	271547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451566
95	NC_020929	GGAACA	2	12	275423	275434	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478451568
96	NC_020929	ATATTA	2	12	276131	276142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020929	CACGCG	2	12	277796	277807	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478451570
98	NC_020929	TTTCTT	2	12	277975	277986	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451570
99	NC_020929	CTCCTA	2	12	282137	282148	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451573
100	NC_020929	GCAATG	2	12	288256	288267	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451579
101	NC_020929	CGACAT	2	12	288929	288940	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478451580
102	NC_020929	CCCTTA	2	12	290383	290394	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451582
103	NC_020929	AAAATA	2	12	292481	292492	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478451584
104	NC_020929	ACCACT	2	12	294836	294847	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451586
105	NC_020929	CATTGC	2	12	298082	298093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451589
106	NC_020929	CCAAAA	2	12	299261	299272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451590
107	NC_020929	TCTTTT	2	12	301146	301157	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451592
108	NC_020929	CAAGAC	2	12	302237	302248	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451593
109	NC_020929	AGCTTA	2	12	303517	303528	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451595
110	NC_020929	CAAAGA	2	12	308902	308913	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478451600
111	NC_020929	ATGGCT	2	12	309518	309529	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451601
112	NC_020929	TACAAA	2	12	313708	313719	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478451604
113	NC_020929	TTAATT	2	12	315387	315398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451606
114	NC_020929	AAAACA	2	12	318873	318884	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478451608
115	NC_020929	AAAAAG	2	12	320302	320313	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020929	ATTCAA	2	12	345826	345837	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451632
117	NC_020929	AGACCG	2	12	345900	345911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451632
118	NC_020929	AGAATA	2	12	357783	357794	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020929	TTCTTA	2	12	357803	357814	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478451640
120	NC_020929	CAGCCT	2	12	369884	369895	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451653
121	NC_020929	ATGCTA	2	12	373801	373812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451655
122	NC_020929	CAATAG	2	12	380407	380418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451658
123	NC_020929	ACTGAA	2	12	380548	380559	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451658
124	NC_020929	CTGCAC	2	12	380741	380752	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451658
125	NC_020929	TCCATA	2	12	391100	391111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451667
126	NC_020929	TTAGGT	2	12	392451	392462	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451669
127	NC_020929	AGGGAA	2	12	393777	393788	50 %	0 %	50 %	0 %	478451670
128	NC_020929	CTGAAG	2	12	394612	394623	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451671
129	NC_020929	TAATCT	2	12	400032	400043	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478451674
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131	NC_020929	CTAAAG	2	12	400917	400928	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451676
132	NC_020929	CCTTTC	2	12	402081	402092	0 %	50 %	0 %	50 %	478451677
133	NC_020929	TTTTAA	2	12	405945	405956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451679
134	NC_020929	ACATGC	2	12	411622	411633	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478451687
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138	NC_020929	TTCCTC	2	12	419350	419361	0 %	50 %	0 %	50 %	478451694
139	NC_020929	CTCTAC	2	12	422604	422615	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451696
140	NC_020929	ACATCA	2	12	423249	423260	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020929	CGGAAT	2	12	423511	423522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451698
142	NC_020929	TGATAA	2	12	425416	425427	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478451699
143	NC_020929	AGCTAA	2	12	427789	427800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451702
144	NC_020929	TTCTCC	2	12	439825	439836	0 %	50 %	0 %	50 %	478451713
145	NC_020929	ATGAAG	2	12	448876	448887	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478451721
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147	NC_020929	ATCCGC	2	12	450318	450329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451721
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149	NC_020929	CCAATA	2	12	457721	457732	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451726
150	NC_020929	ATCGGC	2	12	463568	463579	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478451734
151	NC_020929	TATTGG	2	12	464161	464172	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451734
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153	NC_020929	TCTTCA	2	12	476933	476944	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451739
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157	NC_020929	CTGAAG	2	12	492059	492070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451752
158	NC_020929	TGAGTA	2	12	492513	492524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451752
159	NC_020929	AAACTG	2	12	495960	495971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451756
160	NC_020929	TAACTA	2	12	499483	499494	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
161	NC_020929	AAGAAA	2	12	499496	499507	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020929	GGTAAT	2	12	504298	504309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451764
163	NC_020929	AGTTTT	2	12	505306	505317	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478451766
164	NC_020929	AGAATA	2	12	505471	505482	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020929	GGTTGT	2	12	507434	507445	0 %	50 %	50 %	0 %	478451768
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168	NC_020929	CTCTAT	2	12	513286	513297	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451774
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180	NC_020929	CTTCCT	2	12	539083	539094	0 %	50 %	0 %	50 %	478451795
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184	NC_020929	ATTACA	2	12	547690	547701	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451803
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191	NC_020929	AAAAAT	2	12	563480	563491	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_020929	TTTTGC	2	12	570348	570359	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451825
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199	NC_020929	CTGCTC	2	12	597769	597780	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478451863
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201	NC_020929	TAGGGG	2	12	602647	602658	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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205	NC_020929	TCTTTT	2	12	614641	614652	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
206	NC_020929	ACTGTA	2	12	616333	616344	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451879
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216	NC_020929	TTAAAT	2	12	642809	642820	50 %	50 %	0 %	0 %	478451904
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222	NC_020929	AGCTGG	3	18	684323	684340	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478451940
223	NC_020929	GCATCA	2	12	686165	686176	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478451941
224	NC_020929	ATCAAT	2	12	690490	690501	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451945
225	NC_020929	CCGCAA	2	12	695370	695381	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478451950
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227	NC_020929	AAATGC	2	12	701327	701338	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451952
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229	NC_020929	TCTTGA	2	12	708555	708566	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451956
230	NC_020929	TATCCA	2	12	718738	718749	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451966
231	NC_020929	TATTGA	2	12	734632	734643	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478451975
232	NC_020929	TCTGCA	2	12	742289	742300	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
233	NC_020929	TGTGAT	2	12	742931	742942	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451982
234	NC_020929	CAGGAA	2	12	746157	746168	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478451984
235	NC_020929	TATTTT	2	12	751766	751777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_020929	GGGAAG	2	12	755888	755899	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478451995
237	NC_020929	GGAAGA	2	12	759553	759564	50 %	0 %	50 %	0 %	478451997
238	NC_020929	ATGCAA	2	12	761865	761876	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452001
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259	NC_020929	ATCACA	2	12	835093	835104	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452060
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265	NC_020929	GAGAAA	2	12	850583	850594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452073
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269	NC_020929	CCTCTA	2	12	867019	867030	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
270	NC_020929	CCGGAG	2	12	875918	875929	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_020929	GAAGAG	2	12	883909	883920	50 %	0 %	50 %	0 %	478452089
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.