MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 22965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_020512	TGC	2	6	183367	183372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4002	NC_020512	CCAG	2	8	183387	183394	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4003	NC_020512	TTG	2	6	183396	183401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4004	NC_020512	GAC	2	6	183405	183410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4005	NC_020512	GAT	2	6	183435	183440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4006	NC_020512	GA	3	6	183461	183466	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4007	NC_020512	GCG	2	6	183469	183474	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4008	NC_020512	ACT	2	6	183517	183522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4009	NC_020512	TAG	2	6	183551	183556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4010	NC_020512	GCA	2	6	183606	183611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4011	NC_020512	TCGC	2	8	183649	183656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4012	NC_020512	AGA	2	6	183660	183665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4013	NC_020512	GCA	2	6	183669	183674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4014	NC_020512	GAA	2	6	183697	183702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4015	NC_020512	AGA	2	6	183736	183741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4016	NC_020512	GA	3	6	183775	183780	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4017	NC_020512	GTT	2	6	183792	183797	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4018	NC_020512	GTT	2	6	183827	183832	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4019	NC_020512	CTT	2	6	183835	183840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4020	NC_020512	GA	3	6	183878	183883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4021	NC_020512	GTT	2	6	183889	183894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4022	NC_020512	GAG	2	6	183910	183915	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4023	NC_020512	GAA	2	6	183930	183935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4024	NC_020512	TTG	2	6	183941	183946	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4025	NC_020512	AGG	2	6	183980	183985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4026	NC_020512	AGA	2	6	184076	184081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4027	NC_020512	TGA	2	6	184098	184103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4028	NC_020512	CAG	3	9	184171	184179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4029	NC_020512	GTA	2	6	184214	184219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4030	NC_020512	GTTG	2	8	184254	184261	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4031	NC_020512	GGA	3	9	184269	184277	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4032	NC_020512	TC	3	6	184285	184290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4033	NC_020512	ATT	2	6	184304	184309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4034	NC_020512	A	7	7	184334	184340	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4035	NC_020512	T	8	8	184346	184353	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4036	NC_020512	ATA	2	6	184396	184401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4037	NC_020512	A	6	6	184401	184406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4038	NC_020512	TAT	2	6	184477	184482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4039	NC_020512	GA	3	6	184517	184522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4040	NC_020512	AGA	2	6	184559	184564	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428291
4041	NC_020512	TGT	2	6	184618	184623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428291
4042	NC_020512	TCT	3	9	184687	184695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428291
4043	NC_020512	TTTC	2	8	184760	184767	0 %	75 %	0 %	25 %	478428291
4044	NC_020512	CTG	2	6	184808	184813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428291
4045	NC_020512	GGA	2	6	184835	184840	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428291
4046	NC_020512	TAG	2	6	184860	184865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428291
4047	NC_020512	AGT	2	6	184990	184995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428291
4048	NC_020512	ATCG	2	8	185017	185024	25 %	25 %	25 %	25 %	478428291
4049	NC_020512	TCA	2	6	185100	185105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428292
4050	NC_020512	GGA	2	6	185115	185120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428292
4051	NC_020512	AGAGA	2	10	185208	185217	60 %	0 %	40 %	0 %	478428292
4052	NC_020512	GCA	2	6	185304	185309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428292
4053	NC_020512	TTA	2	6	185601	185606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428292
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4055	NC_020512	ATA	2	6	185730	185735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428292
4056	NC_020512	TCTA	2	8	185771	185778	25 %	50 %	0 %	25 %	478428292
4057	NC_020512	GTT	2	6	185839	185844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4058	NC_020512	TGC	2	6	185972	185977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428293
4059	NC_020512	CA	3	6	185993	185998	50 %	0 %	0 %	50 %	478428293
4060	NC_020512	AGA	2	6	186108	186113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428293
4061	NC_020512	GTT	4	12	186237	186248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4062	NC_020512	T	6	6	186254	186259	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4063	NC_020512	T	7	7	186262	186268	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4064	NC_020512	T	6	6	186274	186279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4065	NC_020512	T	7	7	186324	186330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_020512	A	7	7	186346	186352	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4067	NC_020512	T	6	6	186369	186374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4068	NC_020512	T	7	7	186464	186470	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
4069	NC_020512	TCT	2	6	186488	186493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4070	NC_020512	TG	3	6	186498	186503	0 %	50 %	50 %	0 %	478428294
4071	NC_020512	GTC	2	6	186589	186594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428294
4072	NC_020512	ATT	2	6	186659	186664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428294
4073	NC_020512	TCT	2	6	186678	186683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4074	NC_020512	CTT	2	6	186694	186699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4075	NC_020512	AAGC	2	8	186732	186739	50 %	0 %	25 %	25 %	478428294
4076	NC_020512	GAA	2	6	186762	186767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
4077	NC_020512	AAC	2	6	186839	186844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428294
4078	NC_020512	TA	3	6	186916	186921	50 %	50 %	0 %	0 %	478428294
4079	NC_020512	CTT	2	6	186937	186942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4080	NC_020512	TAG	2	6	186943	186948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
4081	NC_020512	CAT	2	6	186987	186992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428294
4082	NC_020512	T	6	6	186994	186999	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
4083	NC_020512	GCTT	2	8	187013	187020	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
4084	NC_020512	CAC	2	6	187045	187050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428294
4085	NC_020512	GAA	2	6	187080	187085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
4086	NC_020512	AAG	2	6	187186	187191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
4087	NC_020512	TGT	2	6	187208	187213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428294
4088	NC_020512	ACGAT	2	10	187280	187289	40 %	20 %	20 %	20 %	478428294
4089	NC_020512	TTTA	2	8	187298	187305	25 %	75 %	0 %	0 %	478428294
4090	NC_020512	AAG	2	6	187309	187314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
4091	NC_020512	AGA	2	6	187394	187399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428294
4092	NC_020512	CTT	2	6	187431	187436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4093	NC_020512	A	6	6	187449	187454	100 %	0 %	0 %	0 %	478428294
4094	NC_020512	AGG	2	6	187477	187482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428294
4095	NC_020512	GCTT	2	8	187505	187512	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
4096	NC_020512	T	7	7	187511	187517	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
4097	NC_020512	A	6	6	187552	187557	100 %	0 %	0 %	0 %	478428294
4098	NC_020512	GCT	2	6	187641	187646	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428294
4099	NC_020512	TTC	2	6	187820	187825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428294
4100	NC_020512	GCTT	2	8	187946	187953	0 %	50 %	25 %	25 %	478428294
4101	NC_020512	TAG	2	6	187984	187989	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
4102	NC_020512	GAT	2	6	188022	188027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428294
4103	NC_020512	T	7	7	188027	188033	0 %	100 %	0 %	0 %	478428294
4104	NC_020512	TTA	2	6	188057	188062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428294
4105	NC_020512	ATC	2	6	188064	188069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4106	NC_020512	CGATA	2	10	188092	188101	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4107	NC_020512	T	6	6	188105	188110	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4108	NC_020512	TCC	2	6	188125	188130	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428295
4109	NC_020512	ACA	3	9	188131	188139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428295
4110	NC_020512	AGT	2	6	188149	188154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
4111	NC_020512	AAAC	2	8	188174	188181	75 %	0 %	0 %	25 %	478428295
4112	NC_020512	TGC	2	6	188240	188245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428295
4113	NC_020512	AGT	2	6	188308	188313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
4114	NC_020512	AGT	2	6	188331	188336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428295
4115	NC_020512	TTG	2	6	188339	188344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428295
4116	NC_020512	TAT	2	6	188419	188424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4117	NC_020512	T	6	6	188438	188443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4118	NC_020512	GCA	2	6	188491	188496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4119	NC_020512	CTT	2	6	188506	188511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4120	NC_020512	GGAC	2	8	188533	188540	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4121	NC_020512	AAG	2	6	188643	188648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4122	NC_020512	TTG	2	6	188665	188670	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_020512	CAT	2	6	188675	188680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4124	NC_020512	T	7	7	188714	188720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_020512	TAA	2	6	188793	188798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4126	NC_020512	TTG	2	6	188821	188826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4127	NC_020512	CTC	2	6	188896	188901	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
4128	NC_020512	CAC	2	6	188942	188947	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428296
4129	NC_020512	TAC	2	6	189023	189028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428296
4130	NC_020512	CAT	2	6	189039	189044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428296
4131	NC_020512	GGT	2	6	189086	189091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428296
4132	NC_020512	CCT	2	6	189147	189152	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
4133	NC_020512	CCT	2	6	189162	189167	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
4134	NC_020512	CTC	2	6	189255	189260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428296
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4136	NC_020512	CGTA	2	8	189302	189309	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4137	NC_020512	G	10	10	189321	189330	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4138	NC_020512	TCC	2	6	189356	189361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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4140	NC_020512	A	6	6	189383	189388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4141	NC_020512	AGA	2	6	189398	189403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4142	NC_020512	GAA	2	6	189404	189409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4143	NC_020512	GGA	2	6	189410	189415	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4144	NC_020512	CTT	2	6	189418	189423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4145	NC_020512	AGA	2	6	189479	189484	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4146	NC_020512	TAAA	2	8	189532	189539	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4147	NC_020512	CAA	2	6	189612	189617	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428297
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4152	NC_020512	ATC	2	6	189792	189797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428297
4153	NC_020512	ACTTCT	2	12	189880	189891	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478428297
4154	NC_020512	GCA	2	6	189912	189917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428297
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4158	NC_020512	TGA	2	6	190133	190138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428297
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4161	NC_020512	AGAA	2	8	190264	190271	75 %	0 %	25 %	0 %	478428297
4162	NC_020512	GAG	2	6	190287	190292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428297
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4167	NC_020512	CAGAT	2	10	190486	190495	40 %	20 %	20 %	20 %	478428297
4168	NC_020512	GTAT	2	8	190498	190505	25 %	50 %	25 %	0 %	478428297
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4204	NC_020512	GAG	2	6	192715	192720	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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4223	NC_020512	AAG	2	6	193537	193542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4227	NC_020512	AAACAT	2	12	193663	193674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478428300
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4241	NC_020512	GGA	2	6	194419	194424	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428300
4242	NC_020512	TTC	2	6	194433	194438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428300
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4245	NC_020512	ACTC	2	8	194536	194543	25 %	25 %	0 %	50 %	478428300
4246	NC_020512	GATTA	2	10	194555	194564	40 %	40 %	20 %	0 %	478428300
4247	NC_020512	T	6	6	194652	194657	0 %	100 %	0 %	0 %	478428300
4248	NC_020512	ATT	2	6	194680	194685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428300
4249	NC_020512	ATC	2	6	194803	194808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428300
4250	NC_020512	AAAC	2	8	194852	194859	75 %	0 %	0 %	25 %	478428301
4251	NC_020512	GGC	2	6	194917	194922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478428301
4252	NC_020512	AGG	2	6	194938	194943	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428301
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4254	NC_020512	TA	3	6	195108	195113	50 %	50 %	0 %	0 %	478428301
4255	NC_020512	CTA	2	6	195115	195120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428301
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