MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 22965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
6001	NC_020512	GCA	2	6	274885	274890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428376
6002	NC_020512	GAAA	2	8	274902	274909	75 %	0 %	25 %	0 %	478428376
6003	NC_020512	TG	3	6	274946	274951	0 %	50 %	50 %	0 %	478428376
6004	NC_020512	TGG	2	6	274983	274988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428376
6005	NC_020512	GCA	2	6	275011	275016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428376
6006	NC_020512	TCT	2	6	275041	275046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428376
6007	NC_020512	TCCCT	2	10	275125	275134	0 %	40 %	0 %	60 %	478428376
6008	NC_020512	ATT	2	6	275143	275148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428376
6009	NC_020512	ATGG	2	8	275156	275163	25 %	25 %	50 %	0 %	478428376
6010	NC_020512	TCTT	2	8	275235	275242	0 %	75 %	0 %	25 %	478428376
6011	NC_020512	ATTT	2	8	275264	275271	25 %	75 %	0 %	0 %	478428376
6012	NC_020512	CAC	2	6	275302	275307	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428376
6013	NC_020512	CAA	2	6	275311	275316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428376
6014	NC_020512	TAT	2	6	275328	275333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428376
6015	NC_020512	TCT	2	6	275415	275420	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428376
6016	NC_020512	ATCCT	2	10	275429	275438	20 %	40 %	0 %	40 %	478428376
6017	NC_020512	GAT	2	6	275482	275487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428376
6018	NC_020512	AGA	2	6	275577	275582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428376
6019	NC_020512	TGA	2	6	275641	275646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428377
6020	NC_020512	AGGAG	2	10	275680	275689	40 %	0 %	60 %	0 %	478428377
6021	NC_020512	GCT	2	6	275780	275785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6022	NC_020512	TGGAAT	2	12	275791	275802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428377
6023	NC_020512	AGC	2	6	275806	275811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6024	NC_020512	ATT	2	6	275831	275836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428377
6025	NC_020512	TC	3	6	275856	275861	0 %	50 %	0 %	50 %	478428377
6026	NC_020512	TGC	2	6	275866	275871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6027	NC_020512	GCA	2	6	275891	275896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6028	NC_020512	TAT	2	6	275903	275908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428377
6029	NC_020512	GCT	2	6	275960	275965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6030	NC_020512	CTT	2	6	276068	276073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428377
6031	NC_020512	AAC	2	6	276092	276097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428377
6032	NC_020512	AGA	2	6	276154	276159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428377
6033	NC_020512	AAG	2	6	276195	276200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428377
6034	NC_020512	GCT	2	6	276254	276259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6035	NC_020512	AAC	2	6	276270	276275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428377
6036	NC_020512	CT	3	6	276284	276289	0 %	50 %	0 %	50 %	478428377
6037	NC_020512	ACGA	2	8	276307	276314	50 %	0 %	25 %	25 %	478428377
6038	NC_020512	CTC	2	6	276338	276343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428377
6039	NC_020512	A	7	7	276353	276359	100 %	0 %	0 %	0 %	478428377
6040	NC_020512	TTGTC	2	10	276367	276376	0 %	60 %	20 %	20 %	478428377
6041	NC_020512	GAA	2	6	276380	276385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428377
6042	NC_020512	ATT	2	6	276390	276395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428377
6043	NC_020512	ACG	2	6	276422	276427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428377
6044	NC_020512	ATC	2	6	276456	276461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428377
6045	NC_020512	CTC	2	6	276462	276467	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428377
6046	NC_020512	ATA	2	6	276501	276506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428377
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6048	NC_020512	A	6	6	276651	276656	100 %	0 %	0 %	0 %	478428378
6049	NC_020512	TGGT	2	8	276740	276747	0 %	50 %	50 %	0 %	478428378
6050	NC_020512	AAG	2	6	276766	276771	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428378
6051	NC_020512	GAA	2	6	276858	276863	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428378
6052	NC_020512	TGT	2	6	276866	276871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428378
6053	NC_020512	ATG	2	6	276951	276956	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428378
6054	NC_020512	TCCG	2	8	276961	276968	0 %	25 %	25 %	50 %	478428378
6055	NC_020512	ACC	2	6	276971	276976	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428378
6056	NC_020512	CTC	2	6	276985	276990	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428378
6057	NC_020512	A	7	7	277037	277043	100 %	0 %	0 %	0 %	478428378
6058	NC_020512	CT	3	6	277068	277073	0 %	50 %	0 %	50 %	478428378
6059	NC_020512	GGA	2	6	277095	277100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428378
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6061	NC_020512	CTC	2	6	277129	277134	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428378
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6063	NC_020512	GAA	2	6	277197	277202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428378
6064	NC_020512	GCT	2	6	277245	277250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428378
6065	NC_020512	C	6	6	277297	277302	0 %	0 %	0 %	100 %	478428378
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6068	NC_020512	ATTGT	2	10	277357	277366	20 %	60 %	20 %	0 %	478428378
6069	NC_020512	AATT	2	8	277403	277410	50 %	50 %	0 %	0 %	478428378
6070	NC_020512	ATT	2	6	277437	277442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428378
6071	NC_020512	A	6	6	277523	277528	100 %	0 %	0 %	0 %	478428378
6072	NC_020512	CAG	2	6	277578	277583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428378
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6074	NC_020512	AGG	2	6	277607	277612	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428378
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6076	NC_020512	TCC	2	6	277673	277678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428378
6077	NC_020512	GCT	2	6	277683	277688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428378
6078	NC_020512	AAC	2	6	277714	277719	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428378
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6083	NC_020512	CTT	2	6	277888	277893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6084	NC_020512	TCT	2	6	277894	277899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428379
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6087	NC_020512	CTT	2	6	277997	278002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428379
6088	NC_020512	TA	3	6	278054	278059	50 %	50 %	0 %	0 %	478428379
6089	NC_020512	TCT	2	6	278139	278144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428379
6090	NC_020512	GA	3	6	278146	278151	50 %	0 %	50 %	0 %	478428379
6091	NC_020512	TTG	2	6	278188	278193	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428379
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6098	NC_020512	CATAG	2	10	278552	278561	40 %	20 %	20 %	20 %	478428379
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6101	NC_020512	GCT	2	6	278754	278759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428379
6102	NC_020512	AACTT	2	10	278893	278902	40 %	40 %	0 %	20 %	478428379
6103	NC_020512	CCAA	2	8	278917	278924	50 %	0 %	0 %	50 %	478428379
6104	NC_020512	CAA	2	6	278977	278982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428379
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6106	NC_020512	CTTC	2	8	279090	279097	0 %	50 %	0 %	50 %	478428379
6107	NC_020512	ATA	2	6	279102	279107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428379
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6109	NC_020512	GAA	2	6	279205	279210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428379
6110	NC_020512	AAAT	2	8	279218	279225	75 %	25 %	0 %	0 %	478428379
6111	NC_020512	TC	3	6	279236	279241	0 %	50 %	0 %	50 %	478428379
6112	NC_020512	GAA	2	6	279253	279258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428379
6113	NC_020512	TAA	2	6	279335	279340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428379
6114	NC_020512	CAT	2	6	279344	279349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428379
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6117	NC_020512	GGAACA	2	12	279678	279689	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478428379
6118	NC_020512	ATGCT	2	10	279756	279765	20 %	40 %	20 %	20 %	478428379
6119	NC_020512	TCT	2	6	279877	279882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428379
6120	NC_020512	CAT	2	6	280000	280005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428379
6121	NC_020512	CTT	2	6	280054	280059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428379
6122	NC_020512	AGA	2	6	280071	280076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428379
6123	NC_020512	GTA	2	6	280133	280138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428379
6124	NC_020512	ATA	2	6	280160	280165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428379
6125	NC_020512	ACC	2	6	280183	280188	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428379
6126	NC_020512	CCAT	2	8	280195	280202	25 %	25 %	0 %	50 %	478428379
6127	NC_020512	GAG	2	6	280255	280260	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428379
6128	NC_020512	GCTT	2	8	280296	280303	0 %	50 %	25 %	25 %	478428379
6129	NC_020512	GTTT	2	8	280363	280370	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6130	NC_020512	ATATTA	2	12	280386	280397	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6131	NC_020512	AAAG	2	8	280398	280405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6132	NC_020512	A	6	6	280453	280458	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6133	NC_020512	T	6	6	280477	280482	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6134	NC_020512	AGG	2	6	280488	280493	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6135	NC_020512	GCA	2	6	280572	280577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428380
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6138	NC_020512	GCA	2	6	280630	280635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428380
6139	NC_020512	TTA	2	6	280745	280750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428380
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6143	NC_020512	AGG	2	6	280871	280876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6144	NC_020512	TGCC	2	8	280886	280893	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6145	NC_020512	TCT	2	6	280906	280911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428381
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6148	NC_020512	ATC	2	6	280989	280994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428381
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6151	NC_020512	GA	3	6	281051	281056	50 %	0 %	50 %	0 %	478428381
6152	NC_020512	AAAG	2	8	281083	281090	75 %	0 %	25 %	0 %	478428381
6153	NC_020512	ATA	2	6	281181	281186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428381
6154	NC_020512	CAT	2	6	281249	281254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428381
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6156	NC_020512	GTT	2	6	281329	281334	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428381
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6159	NC_020512	A	6	6	281437	281442	100 %	0 %	0 %	0 %	478428381
6160	NC_020512	TAAT	2	8	281504	281511	50 %	50 %	0 %	0 %	478428381
6161	NC_020512	TTC	2	6	281514	281519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428381
6162	NC_020512	AGA	2	6	281550	281555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428381
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6164	NC_020512	CTT	2	6	281609	281614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428381
6165	NC_020512	TCC	2	6	281784	281789	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428381
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6171	NC_020512	A	6	6	282316	282321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6172	NC_020512	TAC	2	6	282325	282330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6173	NC_020512	TCT	2	6	282354	282359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428382
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6223	NC_020512	CGTT	2	8	284692	284699	0 %	50 %	25 %	25 %	478428382
6224	NC_020512	ATTC	2	8	284701	284708	25 %	50 %	0 %	25 %	478428382
6225	NC_020512	GGGA	2	8	284734	284741	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
6226	NC_020512	CAAA	2	8	284779	284786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
6227	NC_020512	C	6	6	284941	284946	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
6228	NC_020512	AT	4	8	285000	285007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6229	NC_020512	CAT	2	6	285020	285025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428383
6230	NC_020512	T	9	9	285025	285033	0 %	100 %	0 %	0 %	478428383
6231	NC_020512	TTC	2	6	285109	285114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428383
6232	NC_020512	GT	3	6	285133	285138	0 %	50 %	50 %	0 %	478428383
6233	NC_020512	CTG	2	6	285189	285194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428383
6234	NC_020512	CCA	2	6	285314	285319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428383
6235	NC_020512	A	6	6	285324	285329	100 %	0 %	0 %	0 %	478428383
6236	NC_020512	CAC	2	6	285505	285510	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428383
6237	NC_020512	CCT	2	6	285539	285544	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428383
6238	NC_020512	CTCC	2	8	285587	285594	0 %	25 %	0 %	75 %	478428383
6239	NC_020512	AAGC	2	8	285609	285616	50 %	0 %	25 %	25 %	478428383
6240	NC_020512	ATG	2	6	285626	285631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428383
6241	NC_020512	T	6	6	285682	285687	0 %	100 %	0 %	0 %	478428383
6242	NC_020512	CTC	2	6	285688	285693	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428383
6243	NC_020512	GAT	2	6	285737	285742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428383
6244	NC_020512	A	7	7	285743	285749	100 %	0 %	0 %	0 %	478428383
6245	NC_020512	AG	3	6	285810	285815	50 %	0 %	50 %	0 %	478428383
6246	NC_020512	CT	3	6	285852	285857	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6247	NC_020512	AGA	2	6	285863	285868	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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6495	NC_020512	TACT	2	8	296586	296593	25 %	50 %	0 %	25 %	478428395
6496	NC_020512	CTTT	2	8	296710	296717	0 %	75 %	0 %	25 %	478428395
6497	NC_020512	AAAATA	2	12	296736	296747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478428395
6498	NC_020512	AAAC	2	8	296757	296764	75 %	0 %	0 %	25 %	478428395
6499	NC_020512	ACT	2	6	296799	296804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428395
6500	NC_020512	ACT	2	6	296897	296902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428395

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