MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis IU824 complete genome

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020511	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	471328179
2	NC_020511	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	471328180
3	NC_020511	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	471328180
4	NC_020511	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	471328180
5	NC_020511	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	471328180
6	NC_020511	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	471328181
7	NC_020511	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020511	TGGTA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	471328183
9	NC_020511	CGAAA	2	10	9698	9707	60 %	0 %	20 %	20 %	471328184
10	NC_020511	GGCTG	2	10	10334	10343	0 %	20 %	60 %	20 %	471328185
11	NC_020511	CCTCT	2	10	11126	11135	0 %	40 %	0 %	60 %	471328186
12	NC_020511	AAAGG	2	10	11285	11294	60 %	0 %	40 %	0 %	471328186
13	NC_020511	AAGAA	2	10	12405	12414	80 %	0 %	20 %	0 %	471328187
14	NC_020511	AAAGA	2	10	13803	13812	80 %	0 %	20 %	0 %	471328188
15	NC_020511	GGTGT	2	10	13907	13916	0 %	40 %	60 %	0 %	471328188
16	NC_020511	GATTT	2	10	15650	15659	20 %	60 %	20 %	0 %	471328190
17	NC_020511	CGTTC	2	10	16761	16770	0 %	40 %	20 %	40 %	471328191
18	NC_020511	GCTTC	2	10	17134	17143	0 %	40 %	20 %	40 %	471328191
19	NC_020511	GAAGG	2	10	17505	17514	40 %	0 %	60 %	0 %	471328191
20	NC_020511	GTTGT	2	10	20931	20940	0 %	60 %	40 %	0 %	471328194
21	NC_020511	AAGAT	2	10	22043	22052	60 %	20 %	20 %	0 %	471328195
22	NC_020511	TTTGC	2	10	22654	22663	0 %	60 %	20 %	20 %	471328195
23	NC_020511	GGAAA	2	10	24408	24417	60 %	0 %	40 %	0 %	471328195
24	NC_020511	AGAGG	2	10	26133	26142	40 %	0 %	60 %	0 %	471328196
25	NC_020511	GGAGA	2	10	27912	27921	40 %	0 %	60 %	0 %	471328197
26	NC_020511	ATCCG	2	10	28663	28672	20 %	20 %	20 %	40 %	471328199
27	NC_020511	AGGGT	2	10	29181	29190	20 %	20 %	60 %	0 %	471328199
28	NC_020511	CCTAT	2	10	30221	30230	20 %	40 %	0 %	40 %	471328200
29	NC_020511	AAGGA	2	10	31021	31030	60 %	0 %	40 %	0 %	471328201
30	NC_020511	GAGCT	2	10	32060	32069	20 %	20 %	40 %	20 %	471328202
31	NC_020511	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020511	TCAGT	2	10	36300	36309	20 %	40 %	20 %	20 %	471328208
33	NC_020511	CTATT	2	10	36734	36743	20 %	60 %	0 %	20 %	471328208
34	NC_020511	TCCTA	2	10	36781	36790	20 %	40 %	0 %	40 %	471328208
35	NC_020511	ACGAT	2	10	38697	38706	40 %	20 %	20 %	20 %	471328209
36	NC_020511	TTTGA	2	10	39062	39071	20 %	60 %	20 %	0 %	471328209
37	NC_020511	AGCAA	2	10	42713	42722	60 %	0 %	20 %	20 %	471328212
38	NC_020511	CGATG	2	10	42770	42779	20 %	20 %	40 %	20 %	471328212
39	NC_020511	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020511	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020511	TTTAT	2	10	44843	44852	20 %	80 %	0 %	0 %	471328216
42	NC_020511	CTTTC	2	10	46940	46949	0 %	60 %	0 %	40 %	471328218
43	NC_020511	AGTTT	2	10	47479	47488	20 %	60 %	20 %	0 %	471328218
44	NC_020511	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020511	CTATT	2	10	50197	50206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020511	CTTTT	2	10	50648	50657	0 %	80 %	0 %	20 %	471328221
47	NC_020511	CCGTA	2	10	54530	54539	20 %	20 %	20 %	40 %	471328224
48	NC_020511	AATTT	2	10	54770	54779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020511	TTATC	2	10	55933	55942	20 %	60 %	0 %	20 %	471328225
50	NC_020511	GTTGT	2	10	57001	57010	0 %	60 %	40 %	0 %	471328226
51	NC_020511	GAGCA	2	10	60446	60455	40 %	0 %	40 %	20 %	471328228
52	NC_020511	TGTGA	2	10	62895	62904	20 %	40 %	40 %	0 %	471328230
53	NC_020511	AGTGA	2	10	64416	64425	40 %	20 %	40 %	0 %	471328231
54	NC_020511	CCTTC	2	10	64690	64699	0 %	40 %	0 %	60 %	471328231
55	NC_020511	AGGAG	2	10	66918	66927	40 %	0 %	60 %	0 %	471328233
56	NC_020511	GTTAA	2	10	67048	67057	40 %	40 %	20 %	0 %	471328233
57	NC_020511	AAAAG	2	10	69674	69683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020511	GGAGC	2	10	70296	70305	20 %	0 %	60 %	20 %	471328236
59	NC_020511	GCGAT	2	10	70486	70495	20 %	20 %	40 %	20 %	471328236
60	NC_020511	CTCTT	2	10	70840	70849	0 %	60 %	0 %	40 %	471328236
61	NC_020511	AGGGG	2	10	71486	71495	20 %	0 %	80 %	0 %	471328236
62	NC_020511	AAGAA	2	10	71528	71537	80 %	0 %	20 %	0 %	471328236
63	NC_020511	CTTGC	2	10	72617	72626	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020511	ATTGG	2	10	72818	72827	20 %	40 %	40 %	0 %	471328238
65	NC_020511	GAAAA	2	10	73890	73899	80 %	0 %	20 %	0 %	471328238
66	NC_020511	TGGGA	2	10	74307	74316	20 %	20 %	60 %	0 %	471328239
67	NC_020511	TATTT	2	10	76834	76843	20 %	80 %	0 %	0 %	471328240
68	NC_020511	AAAAG	2	10	77367	77376	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020511	ATCAA	2	10	79065	79074	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020511	TGTCT	2	10	80627	80636	0 %	60 %	20 %	20 %	471328243
71	NC_020511	TTACT	2	10	81134	81143	20 %	60 %	0 %	20 %	471328243
72	NC_020511	AGAAA	2	10	82524	82533	80 %	0 %	20 %	0 %	471328245
73	NC_020511	GGAAG	2	10	83037	83046	40 %	0 %	60 %	0 %	471328245
74	NC_020511	AGCGA	2	10	85503	85512	40 %	0 %	40 %	20 %	471328247
75	NC_020511	TTTGT	2	10	85802	85811	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020511	GATCC	2	10	86588	86597	20 %	20 %	20 %	40 %	471328248
77	NC_020511	AGAGC	2	10	87923	87932	40 %	0 %	40 %	20 %	471328249
78	NC_020511	AATAA	2	10	88801	88810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020511	TTTTC	2	10	91655	91664	0 %	80 %	0 %	20 %	471328252
80	NC_020511	GGATG	2	10	91915	91924	20 %	20 %	60 %	0 %	471328253
81	NC_020511	CAACA	2	10	93454	93463	60 %	0 %	0 %	40 %	471328254
82	NC_020511	TTTAA	2	10	94337	94346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020511	ACAGC	2	10	94498	94507	40 %	0 %	20 %	40 %	471328256
84	NC_020511	CTTTT	2	10	94872	94881	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020511	GGAAC	2	10	95211	95220	40 %	0 %	40 %	20 %	471328257
86	NC_020511	GGATT	2	10	96111	96120	20 %	40 %	40 %	0 %	471328257
87	NC_020511	CAATC	2	10	97207	97216	40 %	20 %	0 %	40 %	471328259
88	NC_020511	TTTGC	2	10	97341	97350	0 %	60 %	20 %	20 %	471328259
89	NC_020511	ATTCA	2	10	97605	97614	40 %	40 %	0 %	20 %	471328259
90	NC_020511	GATCC	2	10	97864	97873	20 %	20 %	20 %	40 %	471328259
91	NC_020511	GTTTT	2	10	98285	98294	0 %	80 %	20 %	0 %	471328259
92	NC_020511	ACAAA	2	10	98412	98421	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020511	AAGCT	2	10	99488	99497	40 %	20 %	20 %	20 %	471328260
94	NC_020511	AGGGG	2	10	99847	99856	20 %	0 %	80 %	0 %	471328260
95	NC_020511	ATAGC	2	10	100546	100555	40 %	20 %	20 %	20 %	471328261
96	NC_020511	TTCCC	2	10	101150	101159	0 %	40 %	0 %	60 %	471328262
97	NC_020511	AGCGA	2	10	103474	103483	40 %	0 %	40 %	20 %	471328264
98	NC_020511	TTTCT	2	10	103832	103841	0 %	80 %	0 %	20 %	471328264
99	NC_020511	CTTCT	2	10	103886	103895	0 %	60 %	0 %	40 %	471328264
100	NC_020511	ATCAT	2	10	105038	105047	40 %	40 %	0 %	20 %	471328265
101	NC_020511	GGCAT	2	10	105746	105755	20 %	20 %	40 %	20 %	471328265
102	NC_020511	AAAGC	2	10	109472	109481	60 %	0 %	20 %	20 %	471328268
103	NC_020511	GCATT	2	10	110632	110641	20 %	40 %	20 %	20 %	471328270
104	NC_020511	GCTCT	2	10	114697	114706	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020511	TGTTT	2	10	115321	115330	0 %	80 %	20 %	0 %	471328273
106	NC_020511	CATGT	2	10	115699	115708	20 %	40 %	20 %	20 %	471328273
107	NC_020511	TATCG	2	10	116403	116412	20 %	40 %	20 %	20 %	471328273
108	NC_020511	TTTCT	2	10	116919	116928	0 %	80 %	0 %	20 %	471328274
109	NC_020511	GGAGA	2	10	117115	117124	40 %	0 %	60 %	0 %	471328274
110	NC_020511	AAAGA	2	10	119165	119174	80 %	0 %	20 %	0 %	471328277
111	NC_020511	TAGGA	2	10	122831	122840	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020511	GCTTC	2	10	123160	123169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_020511	TACAA	2	10	126949	126958	60 %	20 %	0 %	20 %	471328283
114	NC_020511	ATCCA	2	10	129357	129366	40 %	20 %	0 %	40 %	471328286
115	NC_020511	GAAGA	2	10	130907	130916	60 %	0 %	40 %	0 %	471328286
116	NC_020511	AAAAG	2	10	132820	132829	80 %	0 %	20 %	0 %	471328287
117	NC_020511	GATTC	2	10	133151	133160	20 %	40 %	20 %	20 %	471328287
118	NC_020511	ATTGG	2	10	136435	136444	20 %	40 %	40 %	0 %	471328290
119	NC_020511	ATTGT	2	10	136468	136477	20 %	60 %	20 %	0 %	471328290
120	NC_020511	TGTTT	2	10	136894	136903	0 %	80 %	20 %	0 %	471328291
121	NC_020511	TTGCA	2	10	137686	137695	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020511	TCCAG	2	10	140642	140651	20 %	20 %	20 %	40 %	471328297
123	NC_020511	GTACA	2	10	141373	141382	40 %	20 %	20 %	20 %	471328298
124	NC_020511	TAGAT	2	10	141746	141755	40 %	40 %	20 %	0 %	471328298
125	NC_020511	AAAAG	2	10	142158	142167	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020511	AAAAC	2	10	142638	142647	80 %	0 %	0 %	20 %	471328299
127	NC_020511	TGCTA	2	10	143724	143733	20 %	40 %	20 %	20 %	471328301
128	NC_020511	GGAGC	2	10	143771	143780	20 %	0 %	60 %	20 %	471328301
129	NC_020511	CTGGG	2	10	145186	145195	0 %	20 %	60 %	20 %	471328303
130	NC_020511	GTTTT	2	10	145933	145942	0 %	80 %	20 %	0 %	471328304
131	NC_020511	GAACC	2	10	149667	149676	40 %	0 %	20 %	40 %	471328305
132	NC_020511	ATTCT	2	10	153163	153172	20 %	60 %	0 %	20 %	471328309
133	NC_020511	CTGTG	2	10	153367	153376	0 %	40 %	40 %	20 %	471328309
134	NC_020511	TTCTT	2	10	155840	155849	0 %	80 %	0 %	20 %	471328312
135	NC_020511	TTCTA	2	10	157945	157954	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020511	AGGAA	2	10	160400	160409	60 %	0 %	40 %	0 %	471328316
137	NC_020511	CAAAA	2	10	162403	162412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020511	AGAGA	2	10	163631	163640	60 %	0 %	40 %	0 %	471328319
139	NC_020511	AGCAA	2	10	164066	164075	60 %	0 %	20 %	20 %	471328319
140	NC_020511	CAAAA	2	10	167569	167578	80 %	0 %	0 %	20 %	471328321
141	NC_020511	AAGAG	2	10	168402	168411	60 %	0 %	40 %	0 %	471328321
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153	NC_020511	TTGAG	2	10	183140	183149	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020511	GAATG	2	10	183165	183174	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020511	AGAGA	2	10	185208	185217	60 %	0 %	40 %	0 %	471328332
156	NC_020511	ACGAT	2	10	187280	187289	40 %	20 %	20 %	20 %	471328334
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160	NC_020511	ACGAT	2	10	191405	191414	40 %	20 %	20 %	20 %	471328337
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179	NC_020511	TTTCT	2	10	216384	216393	0 %	80 %	0 %	20 %	471328359
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184	NC_020511	TATCT	2	10	225361	225370	20 %	60 %	0 %	20 %	471328368
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197	NC_020511	TCCCC	2	10	247348	247357	0 %	20 %	0 %	80 %	471328386
198	NC_020511	TACAA	2	10	248855	248864	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_020511	GTATT	2	10	249847	249856	20 %	60 %	20 %	0 %	471328389
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231	NC_020511	AGAGA	2	10	302285	302294	60 %	0 %	40 %	0 %	471328439
232	NC_020511	TGTTT	2	10	302671	302680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_020511	CAAAA	2	10	333014	333023	80 %	0 %	0 %	20 %	471328468
254	NC_020511	GCAAC	2	10	334715	334724	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
255	NC_020511	CTTGT	2	10	334775	334784	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
256	NC_020511	CCTTT	2	10	335233	335242	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
257	NC_020511	CTAAA	2	10	338328	338337	60 %	20 %	0 %	20 %	471328472
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259	NC_020511	TCCAT	2	10	339046	339055	20 %	40 %	0 %	40 %	471328472
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268	NC_020511	CCTTC	2	10	354373	354382	0 %	40 %	0 %	60 %	471328484
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