MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4(HMT) plasmid Csp_135p

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020292	TAACA	2	10	1882	1891	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020292	ATTTT	2	10	2147	2156	20 %	80 %	0 %	0 %	451822618
3	NC_020292	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	451822618
4	NC_020292	AATTT	2	10	4574	4583	40 %	60 %	0 %	0 %	451822619
5	NC_020292	TTTTA	2	10	5975	5984	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020292	TAAAT	2	10	7052	7061	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020292	ATTAT	2	10	10360	10369	40 %	60 %	0 %	0 %	451822622
8	NC_020292	GAAGA	2	10	10836	10845	60 %	0 %	40 %	0 %	451822622
9	NC_020292	TAAAA	2	10	11652	11661	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020292	ATAAG	2	10	11678	11687	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020292	TAAAC	2	10	12717	12726	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020292	TTCTT	2	10	12898	12907	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020292	TCTAA	2	10	14165	14174	40 %	40 %	0 %	20 %	451822626
14	NC_020292	TCTTA	2	10	15312	15321	20 %	60 %	0 %	20 %	451822627
15	NC_020292	AATTA	2	10	15546	15555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020292	TAAAG	2	10	15985	15994	60 %	20 %	20 %	0 %	451822629
17	NC_020292	AAAAT	2	10	16497	16506	80 %	20 %	0 %	0 %	451822630
18	NC_020292	TTACA	2	10	18613	18622	40 %	40 %	0 %	20 %	451822630
19	NC_020292	ATTAA	2	10	18629	18638	60 %	40 %	0 %	0 %	451822630
20	NC_020292	CATTT	2	10	20162	20171	20 %	60 %	0 %	20 %	451822631
21	NC_020292	AATAC	2	10	22316	22325	60 %	20 %	0 %	20 %	451822631
22	NC_020292	ATTAT	2	10	24211	24220	40 %	60 %	0 %	0 %	451822631
23	NC_020292	GACTG	2	10	24814	24823	20 %	20 %	40 %	20 %	451822632
24	NC_020292	GAATA	2	10	25509	25518	60 %	20 %	20 %	0 %	451822633
25	NC_020292	TAATG	2	10	25854	25863	40 %	40 %	20 %	0 %	451822633
26	NC_020292	TTAAA	2	10	26087	26096	60 %	40 %	0 %	0 %	451822633
27	NC_020292	TGTAT	2	10	26686	26695	20 %	60 %	20 %	0 %	451822634
28	NC_020292	ATTTT	2	10	28389	28398	20 %	80 %	0 %	0 %	451822635
29	NC_020292	AAGTT	2	10	29433	29442	40 %	40 %	20 %	0 %	451822635
30	NC_020292	TAAAT	2	10	30247	30256	60 %	40 %	0 %	0 %	451822635
31	NC_020292	ATTTA	2	10	30792	30801	40 %	60 %	0 %	0 %	451822636
32	NC_020292	AGATT	2	10	34833	34842	40 %	40 %	20 %	0 %	451822638
33	NC_020292	TAAAT	2	10	36735	36744	60 %	40 %	0 %	0 %	451822640
34	NC_020292	AGATT	2	10	37943	37952	40 %	40 %	20 %	0 %	451822641
35	NC_020292	TACAA	2	10	38032	38041	60 %	20 %	0 %	20 %	451822641
36	NC_020292	GCCTT	2	10	38426	38435	0 %	40 %	20 %	40 %	451822642
37	NC_020292	ATGCA	2	10	39749	39758	40 %	20 %	20 %	20 %	451822643
38	NC_020292	TAATG	2	10	39788	39797	40 %	40 %	20 %	0 %	451822643
39	NC_020292	AGTCA	2	10	40705	40714	40 %	20 %	20 %	20 %	451822645
40	NC_020292	AAAAT	2	10	40787	40796	80 %	20 %	0 %	0 %	451822645
41	NC_020292	TCAAA	2	10	40822	40831	60 %	20 %	0 %	20 %	451822645
42	NC_020292	AAAAT	2	10	40976	40985	80 %	20 %	0 %	0 %	451822645
43	NC_020292	AATAA	2	10	41499	41508	80 %	20 %	0 %	0 %	451822646
44	NC_020292	ATTTA	2	10	42485	42494	40 %	60 %	0 %	0 %	451822646
45	NC_020292	ATATG	2	10	43046	43055	40 %	40 %	20 %	0 %	451822646
46	NC_020292	TAAAA	2	10	43247	43256	80 %	20 %	0 %	0 %	451822646
47	NC_020292	TAAAG	2	10	43439	43448	60 %	20 %	20 %	0 %	451822646
48	NC_020292	ATGAA	2	10	43489	43498	60 %	20 %	20 %	0 %	451822646
49	NC_020292	GTATT	2	10	43948	43957	20 %	60 %	20 %	0 %	451822646
50	NC_020292	ATTGC	2	10	45114	45123	20 %	40 %	20 %	20 %	451822646
51	NC_020292	AAGAA	2	10	45281	45290	80 %	0 %	20 %	0 %	451822646
52	NC_020292	ATACA	2	10	45322	45331	60 %	20 %	0 %	20 %	451822646
53	NC_020292	GCAGA	2	10	46392	46401	40 %	0 %	40 %	20 %	451822646
54	NC_020292	TTAAA	2	10	48590	48599	60 %	40 %	0 %	0 %	451822647
55	NC_020292	ATATA	2	10	49383	49392	60 %	40 %	0 %	0 %	451822647
56	NC_020292	CAGTA	2	10	49782	49791	40 %	20 %	20 %	20 %	451822647
57	NC_020292	AATTT	2	10	50954	50963	40 %	60 %	0 %	0 %	451822647
58	NC_020292	CAAAG	2	10	51311	51320	60 %	0 %	20 %	20 %	451822647
59	NC_020292	TGAAA	2	10	54478	54487	60 %	20 %	20 %	0 %	451822651
60	NC_020292	AATTA	2	10	54651	54660	60 %	40 %	0 %	0 %	451822651
61	NC_020292	TATGA	2	10	55180	55189	40 %	40 %	20 %	0 %	451822652
62	NC_020292	AAAAT	2	10	55328	55337	80 %	20 %	0 %	0 %	451822652
63	NC_020292	TAATT	2	10	55674	55683	40 %	60 %	0 %	0 %	451822652
64	NC_020292	ACAAA	2	10	56166	56175	80 %	0 %	0 %	20 %	451822653
65	NC_020292	ATATT	2	10	56543	56552	40 %	60 %	0 %	0 %	451822653
66	NC_020292	AACTT	2	10	57042	57051	40 %	40 %	0 %	20 %	451822653
67	NC_020292	CTATA	2	10	57668	57677	40 %	40 %	0 %	20 %	451822653
68	NC_020292	TATAT	2	10	59225	59234	40 %	60 %	0 %	0 %	451822653
69	NC_020292	TGGAT	2	10	59855	59864	20 %	40 %	40 %	0 %	451822653
70	NC_020292	TATTT	2	10	60274	60283	20 %	80 %	0 %	0 %	451822654
71	NC_020292	AAATA	2	10	60745	60754	80 %	20 %	0 %	0 %	451822654
72	NC_020292	AAAAG	2	10	64763	64772	80 %	0 %	20 %	0 %	451822655
73	NC_020292	TAACT	2	10	65411	65420	40 %	40 %	0 %	20 %	451822656
74	NC_020292	TACCG	2	10	66244	66253	20 %	20 %	20 %	40 %	451822657
75	NC_020292	ATAAG	2	10	66837	66846	60 %	20 %	20 %	0 %	451822658
76	NC_020292	TAATA	2	10	66856	66865	60 %	40 %	0 %	0 %	451822658
77	NC_020292	TATCA	2	10	67315	67324	40 %	40 %	0 %	20 %	451822658
78	NC_020292	AATAA	2	10	67798	67807	80 %	20 %	0 %	0 %	451822659
79	NC_020292	ATGAT	2	10	68946	68955	40 %	40 %	20 %	0 %	451822660
80	NC_020292	CATTA	2	10	69063	69072	40 %	40 %	0 %	20 %	451822660
81	NC_020292	ATGGA	2	10	70002	70011	40 %	20 %	40 %	0 %	451822661
82	NC_020292	TATAT	2	10	72108	72117	40 %	60 %	0 %	0 %	451822662
83	NC_020292	GATAA	2	10	72689	72698	60 %	20 %	20 %	0 %	451822662
84	NC_020292	TATAT	2	10	73008	73017	40 %	60 %	0 %	0 %	451822662
85	NC_020292	AATAT	2	10	73697	73706	60 %	40 %	0 %	0 %	451822663
86	NC_020292	ATTTA	2	10	75080	75089	40 %	60 %	0 %	0 %	451822666
87	NC_020292	TTATA	2	10	76446	76455	40 %	60 %	0 %	0 %	451822667
88	NC_020292	TAAAT	2	10	76542	76551	60 %	40 %	0 %	0 %	451822667
89	NC_020292	TTTAA	2	10	76945	76954	40 %	60 %	0 %	0 %	451822668
90	NC_020292	TAAAT	2	10	78789	78798	60 %	40 %	0 %	0 %	451822669
91	NC_020292	TAAAA	2	10	78858	78867	80 %	20 %	0 %	0 %	451822669
92	NC_020292	TAAAT	2	10	80389	80398	60 %	40 %	0 %	0 %	451822670
93	NC_020292	TTATC	2	10	80913	80922	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020292	ATAAA	2	10	80975	80984	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020292	AATTT	2	10	83311	83320	40 %	60 %	0 %	0 %	451822672
96	NC_020292	AAATG	2	10	84620	84629	60 %	20 %	20 %	0 %	451822674
97	NC_020292	GAAAT	2	10	85110	85119	60 %	20 %	20 %	0 %	451822674
98	NC_020292	AAAGC	2	10	85573	85582	60 %	0 %	20 %	20 %	451822674
99	NC_020292	GAAAA	2	10	85639	85648	80 %	0 %	20 %	0 %	451822674
100	NC_020292	ATATT	2	10	86497	86506	40 %	60 %	0 %	0 %	451822675
101	NC_020292	TAGAA	2	10	90423	90432	60 %	20 %	20 %	0 %	451822677
102	NC_020292	TACAA	2	10	91097	91106	60 %	20 %	0 %	20 %	451822678
103	NC_020292	GTGGG	2	10	92002	92011	0 %	20 %	80 %	0 %	451822678
104	NC_020292	CAGCA	2	10	92559	92568	40 %	0 %	20 %	40 %	451822679
105	NC_020292	CTTAA	2	10	94111	94120	40 %	40 %	0 %	20 %	451822681
106	NC_020292	TATTT	2	10	97242	97251	20 %	80 %	0 %	0 %	451822684
107	NC_020292	GATAG	2	10	97423	97432	40 %	20 %	40 %	0 %	451822684
108	NC_020292	AAAAC	2	10	100349	100358	80 %	0 %	0 %	20 %	451822686
109	NC_020292	TAAAT	2	10	104267	104276	60 %	40 %	0 %	0 %	451822688
110	NC_020292	CTTCA	2	10	105358	105367	20 %	40 %	0 %	40 %	451822690
111	NC_020292	CTGTT	2	10	107252	107261	0 %	60 %	20 %	20 %	451822693
112	NC_020292	ATTTA	2	10	107294	107303	40 %	60 %	0 %	0 %	451822693
113	NC_020292	CCTAA	2	10	108433	108442	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_020292	ACCCC	2	10	108989	108998	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
115	NC_020292	ATATT	2	10	109478	109487	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020292	CTAAT	2	10	110284	110293	40 %	40 %	0 %	20 %	451822696
117	NC_020292	CTTCT	2	10	110470	110479	0 %	60 %	0 %	40 %	451822696
118	NC_020292	AAGTA	2	10	112468	112477	60 %	20 %	20 %	0 %	451822696
119	NC_020292	TAATT	2	10	113421	113430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020292	ATTAA	2	10	113874	113883	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020292	TAAAA	2	10	113961	113970	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020292	ATTTT	2	10	114925	114934	20 %	80 %	0 %	0 %	451822698
123	NC_020292	ATTTT	2	10	115787	115796	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020292	TTCTT	2	10	116109	116118	0 %	80 %	0 %	20 %	451822700
125	NC_020292	TACTG	2	10	116931	116940	20 %	40 %	20 %	20 %	451822700
126	NC_020292	ATTTC	2	10	118675	118684	20 %	60 %	0 %	20 %	451822700
127	NC_020292	ATAAA	2	10	118957	118966	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020292	TAATC	2	10	118988	118997	40 %	40 %	0 %	20 %	451822701
129	NC_020292	TATAA	2	10	124464	124473	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020292	TTTTG	2	10	125240	125249	0 %	80 %	20 %	0 %	451822706
131	NC_020292	TTCAA	2	10	125499	125508	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020292	ACACT	2	10	126344	126353	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_020292	ATTTT	2	10	127850	127859	20 %	80 %	0 %	0 %	451822708
134	NC_020292	CTATT	2	10	129171	129180	20 %	60 %	0 %	20 %	451822709
135	NC_020292	TAAAA	2	10	129504	129513	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020292	TATTT	2	10	130855	130864	20 %	80 %	0 %	0 %	451822712
137	NC_020292	TTCAA	2	10	130880	130889	40 %	40 %	0 %	20 %	451822712
138	NC_020292	ATTGA	2	10	131365	131374	40 %	40 %	20 %	0 %	451822713
139	NC_020292	AACCC	2	10	131606	131615	40 %	0 %	0 %	60 %	451822714
140	NC_020292	AATTT	2	10	132099	132108	40 %	60 %	0 %	0 %	451822715
141	NC_020292	TCTTT	2	10	132174	132183	0 %	80 %	0 %	20 %	451822715
142	NC_020292	AAAAT	2	10	133123	133132	80 %	20 %	0 %	0 %	451822716
143	NC_020292	TTTTG	2	10	134208	134217	0 %	80 %	20 %	0 %	451822717
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145	NC_020292	TAAAA	2	10	134569	134578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020292	CTATA	2	10	134942	134951	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_020292	CTTTC	2	10	135555	135564	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_020292	GATTG	2	10	135651	135660	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020292	TATAA	2	10	135819	135828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020292	TAAAT	2	10	135851	135860	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.