MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci WS/RT/E30 plasmid pcpWSRTE30

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018640	TCT	2	6	22	27	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018640	CAG	2	6	116	121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018640	GAA	2	6	175	180	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018640	GGT	2	6	192	197	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018640	GGT	2	6	214	219	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018640	GGT	2	6	236	241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598937
7	NC_018640	GGT	2	6	258	263	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598937
8	NC_018640	CAC	3	9	345	353	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598937
9	NC_018640	ATT	2	6	362	367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
10	NC_018640	AGC	2	6	383	388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598937
11	NC_018640	TAG	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598937
12	NC_018640	TGT	2	6	504	509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598937
13	NC_018640	AGC	2	6	596	601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598937
14	NC_018640	TTA	2	6	649	654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
15	NC_018640	GTT	2	6	746	751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598937
16	NC_018640	ACA	2	6	1013	1018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598937
17	NC_018640	TAT	3	9	1038	1046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598937
18	NC_018640	TCT	2	6	1176	1181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598937
19	NC_018640	GAT	2	6	1278	1283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018640	ATT	2	6	1315	1320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018640	TAG	2	6	1375	1380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598938
22	NC_018640	TAA	2	6	1657	1662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598938
23	NC_018640	TTG	2	6	1663	1668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
24	NC_018640	TGT	2	6	1736	1741	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
25	NC_018640	GAA	2	6	1777	1782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598938
26	NC_018640	ATA	2	6	1837	1842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598938
27	NC_018640	TGA	2	6	1914	1919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598938
28	NC_018640	ATT	2	6	1938	1943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598938
29	NC_018640	TGC	2	6	1988	1993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598938
30	NC_018640	TGT	2	6	2065	2070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
31	NC_018640	AGA	2	6	2177	2182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598938
32	NC_018640	GTT	2	6	2276	2281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598938
33	NC_018640	AAT	2	6	2389	2394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018640	GAA	3	9	2463	2471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
35	NC_018640	ATT	2	6	2518	2523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598939
36	NC_018640	TGT	3	9	2537	2545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
37	NC_018640	CAC	2	6	2562	2567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598939
38	NC_018640	AGA	2	6	2667	2672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
39	NC_018640	ATC	2	6	2746	2751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598939
40	NC_018640	TTC	2	6	3062	3067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598939
41	NC_018640	TGT	2	6	3107	3112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
42	NC_018640	TGC	2	6	3116	3121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598939
43	NC_018640	CTT	2	6	3265	3270	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598939
44	NC_018640	AGA	2	6	3590	3595	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
45	NC_018640	TGT	2	6	3616	3621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598939
46	NC_018640	TAT	2	6	3690	3695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598939
47	NC_018640	TAG	2	6	3730	3735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598939
48	NC_018640	CAA	2	6	3763	3768	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598939
49	NC_018640	AAG	2	6	3811	3816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598939
50	NC_018640	AGA	2	6	3898	3903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
51	NC_018640	AGC	2	6	3991	3996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598940
52	NC_018640	CAA	2	6	4017	4022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
53	NC_018640	AAG	2	6	4185	4190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
54	NC_018640	GAA	2	6	4274	4279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
55	NC_018640	GAA	2	6	4370	4375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598940
56	NC_018640	TCA	2	6	4413	4418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598940
57	NC_018640	TAG	2	6	4437	4442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598940
58	NC_018640	CAA	2	6	4821	4826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
59	NC_018640	CAA	2	6	4845	4850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598940
60	NC_018640	TTG	2	6	4862	4867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018640	CAA	2	6	5010	5015	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
62	NC_018640	CAG	2	6	5044	5049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598941
63	NC_018640	CCA	2	6	5110	5115	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598941
64	NC_018640	AAG	2	6	5221	5226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598941
65	NC_018640	AAT	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598941
66	NC_018640	CTG	2	6	5413	5418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598941
67	NC_018640	CAT	2	6	5420	5425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598941
68	NC_018640	TCA	2	6	5508	5513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598941
69	NC_018640	ACA	2	6	5551	5556	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
70	NC_018640	TGG	2	6	5591	5596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598941
71	NC_018640	GTG	2	6	5605	5610	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598941
72	NC_018640	ACA	2	6	5693	5698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598941
73	NC_018640	TAA	2	6	5709	5714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598941
74	NC_018640	ATA	2	6	6038	6043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598942
75	NC_018640	GGT	2	6	6175	6180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598943
76	NC_018640	AAC	2	6	6189	6194	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
77	NC_018640	GTA	2	6	6212	6217	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
78	NC_018640	GAT	2	6	6307	6312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
79	NC_018640	AGA	2	6	6352	6357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
80	NC_018640	AGA	2	6	6414	6419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
81	NC_018640	ATG	2	6	6497	6502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
82	NC_018640	CCT	2	6	6520	6525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598943
83	NC_018640	AAG	2	6	6545	6550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598943
84	NC_018640	CAA	2	6	6638	6643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
85	NC_018640	CAA	2	6	6701	6706	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598943
86	NC_018640	CAG	2	6	6786	6791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598943
87	NC_018640	TTA	2	6	6796	6801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598943
88	NC_018640	ATC	2	6	6807	6812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598943
89	NC_018640	TAA	2	6	6815	6820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598943
90	NC_018640	AGC	2	6	6840	6845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598943
91	NC_018640	TGA	2	6	6894	6899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598943
92	NC_018640	AAG	2	6	6937	6942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018640	TAG	2	6	7063	7068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018640	GAA	2	6	7092	7097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018640	ACA	2	6	7157	7162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_018640	ACA	2	6	7230	7235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_018640	CCT	2	6	7479	7484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_018640	TCT	2	6	7491	7496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.