MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 plasmid pcpNJ1

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018637	TCT	2	6	96	101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018637	GAT	2	6	198	203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018637	ATT	2	6	235	240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018637	TAG	2	6	295	300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598911
5	NC_018637	TAA	2	6	577	582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598911
6	NC_018637	TTG	2	6	583	588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
7	NC_018637	TGT	2	6	656	661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
8	NC_018637	GAA	2	6	697	702	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598911
9	NC_018637	ATA	2	6	757	762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598911
10	NC_018637	TGA	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598911
11	NC_018637	ATT	2	6	858	863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598911
12	NC_018637	TGC	2	6	908	913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598911
13	NC_018637	TGT	2	6	985	990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
14	NC_018637	AGA	2	6	1097	1102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598911
15	NC_018637	GTT	2	6	1196	1201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598911
16	NC_018637	ATT	2	6	1301	1306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018637	AGA	3	9	1382	1390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
18	NC_018637	ATT	2	6	1438	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598912
19	NC_018637	TGT	3	9	1457	1465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
20	NC_018637	CAC	2	6	1482	1487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598912
21	NC_018637	AGA	2	6	1587	1592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
22	NC_018637	ATC	2	6	1666	1671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598912
23	NC_018637	TTC	2	6	1982	1987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598912
24	NC_018637	CAT	2	6	2003	2008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598912
25	NC_018637	TGT	2	6	2027	2032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
26	NC_018637	TGC	2	6	2036	2041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598912
27	NC_018637	CTT	2	6	2185	2190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598912
28	NC_018637	GAG	2	6	2518	2523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598912
29	NC_018637	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598912
30	NC_018637	TAT	2	6	2610	2615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598912
31	NC_018637	TAG	2	6	2650	2655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598912
32	NC_018637	CAA	2	6	2683	2688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598912
33	NC_018637	AAG	2	6	2731	2736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598912
34	NC_018637	GGA	2	6	2799	2804	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598913
35	NC_018637	AGA	2	6	2818	2823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
36	NC_018637	AGC	2	6	2911	2916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598913
37	NC_018637	CAA	2	6	2937	2942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
38	NC_018637	AAG	2	6	3105	3110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
39	NC_018637	GAA	2	6	3194	3199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
40	NC_018637	GAA	2	6	3290	3295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598913
41	NC_018637	TCA	2	6	3333	3338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598913
42	NC_018637	TAG	2	6	3357	3362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598913
43	NC_018637	CAA	2	6	3741	3746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
44	NC_018637	ACA	2	6	3764	3769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598913
45	NC_018637	TTG	2	6	3782	3787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018637	CAA	2	6	3930	3935	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
47	NC_018637	ACA	2	6	3948	3953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
48	NC_018637	CAG	2	6	3964	3969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598914
49	NC_018637	CCA	2	6	4030	4035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598914
50	NC_018637	ATT	2	6	4146	4151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598914
51	NC_018637	AAT	2	6	4157	4162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598914
52	NC_018637	CTG	2	6	4333	4338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598914
53	NC_018637	CAT	2	6	4340	4345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598914
54	NC_018637	TTC	2	6	4397	4402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598914
55	NC_018637	TCA	2	6	4428	4433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598914
56	NC_018637	ACA	2	6	4471	4476	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
57	NC_018637	TGG	2	6	4511	4516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598914
58	NC_018637	GTG	2	6	4525	4530	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598914
59	NC_018637	ACA	2	6	4613	4618	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598914
60	NC_018637	TAA	2	6	4629	4634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598914
61	NC_018637	ATA	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598915
62	NC_018637	GGT	2	6	5094	5099	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598916
63	NC_018637	AAC	2	6	5108	5113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
64	NC_018637	GTA	2	6	5131	5136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
65	NC_018637	AAG	2	6	5224	5229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598916
66	NC_018637	ATG	2	6	5416	5421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
67	NC_018637	CCT	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598916
68	NC_018637	AAG	2	6	5464	5469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598916
69	NC_018637	CAA	2	6	5557	5562	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
70	NC_018637	CAA	2	6	5620	5625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598916
71	NC_018637	CAG	2	6	5705	5710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598916
72	NC_018637	TTA	2	6	5715	5720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598916
73	NC_018637	ATC	2	6	5726	5731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598916
74	NC_018637	TAA	2	6	5734	5739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598916
75	NC_018637	AGC	2	6	5759	5764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598916
76	NC_018637	TGA	2	6	5813	5818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598916
77	NC_018637	AAG	2	6	5856	5861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598917
78	NC_018637	TAG	2	6	5982	5987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598917
79	NC_018637	GAA	2	6	6011	6016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598917
80	NC_018637	TCT	2	6	6032	6037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917
81	NC_018637	ACA	2	6	6076	6081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598917
82	NC_018637	ACA	2	6	6149	6154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598917
83	NC_018637	CCT	2	6	6398	6403	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598917
84	NC_018637	TCT	2	6	6410	6415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917
85	NC_018637	TTC	2	6	6493	6498	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598917
86	NC_018637	CAG	2	6	6588	6593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018637	GAA	2	6	6647	6652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018637	GGT	2	6	6664	6669	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018637	GGT	2	6	6686	6691	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018637	GGT	2	6	6708	6713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018637	GGT	2	6	6730	6735	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018637	CAC	3	9	6817	6825	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_018637	ATT	2	6	6834	6839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018637	AGC	2	6	6855	6860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_018637	TAG	2	6	6926	6931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018637	TGT	2	6	6976	6981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018637	AGC	2	6	7068	7073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018637	TTA	2	6	7121	7126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018637	GTT	2	6	7218	7223	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018637	ACA	2	6	7485	7490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_018637	TAT	3	9	7510	7518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.