MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia psittaci 84/55 chromosome

Total Repeats: 410

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018619	CTGTGG	2	12	4819	4830	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453481
2	NC_018619	GAGAAA	2	12	8591	8602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453485
3	NC_018619	AGGAAG	2	12	11321	11332	50 %	0 %	50 %	0 %	407453486
4	NC_018619	AAGAGT	2	12	12924	12935	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453486
5	NC_018619	ATAGTT	2	12	13146	13157	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453486
6	NC_018619	AAAAGC	2	12	17201	17212	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407453489
7	NC_018619	TAAGTG	2	12	29025	29036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453499
8	NC_018619	ATTTAA	2	12	33596	33607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018619	TGATGT	2	12	34191	34202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453507
10	NC_018619	TTTTTA	2	12	39394	39405	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453511
11	NC_018619	CGATTT	2	12	40264	40275	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453513
12	NC_018619	GATAAA	2	12	40415	40426	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453513
13	NC_018619	TTTTAA	2	12	42718	42729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018619	TGCTGG	2	12	44637	44648	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453518
15	NC_018619	CTTATC	2	12	54348	54359	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453527
16	NC_018619	AAATTT	2	12	55116	55127	50 %	50 %	0 %	0 %	407453528
17	NC_018619	TTGTTC	2	12	61421	61432	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453534
18	NC_018619	TTATGG	2	12	62243	62254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453534
19	NC_018619	ATTTGG	2	12	62627	62638	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453534
20	NC_018619	AAGTTG	2	12	65585	65596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453536
21	NC_018619	TAGGGC	2	12	72920	72931	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453544
22	NC_018619	CCTGAT	2	12	72945	72956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407453544
23	NC_018619	TGTTTC	2	12	75001	75012	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453547
24	NC_018619	ATTATA	2	12	77756	77767	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018619	CACCTC	2	12	78325	78336	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	407453549
26	NC_018619	GCTGAT	2	12	80152	80163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453550
27	NC_018619	TCAAAA	2	12	85885	85896	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453557
28	NC_018619	GATATC	3	18	90705	90722	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453560
29	NC_018619	CATTTC	2	12	90936	90947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453560
30	NC_018619	TTGGGG	2	12	91288	91299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407453560
31	NC_018619	CTTTTG	2	12	91985	91996	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453560
32	NC_018619	ACCACA	2	12	98177	98188	50 %	0 %	0 %	50 %	407453566
33	NC_018619	TGAATA	2	12	102272	102283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453572
34	NC_018619	CTCTTC	2	12	103784	103795	0 %	50 %	0 %	50 %	407453573
35	NC_018619	AAATTA	2	12	107043	107054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453577
36	NC_018619	TAAAGG	2	12	108828	108839	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453580
37	NC_018619	GTAAAG	2	12	112624	112635	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453587
38	NC_018619	ATTCCT	2	12	115359	115370	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453594
39	NC_018619	TTTCTT	2	12	123027	123038	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018619	TGCATT	2	12	124568	124579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453606
41	NC_018619	TATACT	2	12	124775	124786	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407453607
42	NC_018619	ATATGA	2	12	127964	127975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453610
43	NC_018619	AGCAAC	2	12	129735	129746	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453611
44	NC_018619	TTTCTT	2	12	131886	131897	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407453613
45	NC_018619	TGATTC	2	12	134332	134343	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453614
46	NC_018619	TGTTTT	2	12	145518	145529	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453626
47	NC_018619	ATAGGC	2	12	146920	146931	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453629
48	NC_018619	AAGTAA	2	12	147802	147813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453632
49	NC_018619	TTCCGT	2	12	148015	148026	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018619	CTCTAT	2	12	152287	152298	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	407453634
51	NC_018619	TGGATT	2	12	160805	160816	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453642
52	NC_018619	AGAAAA	2	12	163046	163057	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018619	AAGAGA	2	12	166622	166633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453648
54	NC_018619	TAAAGA	2	12	173126	173137	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453654
55	NC_018619	GTTTTT	2	12	173464	173475	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453655
56	NC_018619	TGCTGG	2	12	174160	174171	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	407453657
57	NC_018619	GATAGA	2	12	174448	174459	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453657
58	NC_018619	ACCAAC	2	12	182850	182861	50 %	0 %	0 %	50 %	407453664
59	NC_018619	TCCCTG	2	12	183844	183855	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	407453665
60	NC_018619	AAGGAG	2	12	188833	188844	50 %	0 %	50 %	0 %	407453672
61	NC_018619	GCCTTG	2	12	190252	190263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	407453672
62	NC_018619	ACAATC	2	12	194562	194573	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407453674
63	NC_018619	CAAAGG	2	12	194693	194704	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453674
64	NC_018619	TGCAGA	2	12	202242	202253	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453681
65	NC_018619	AAAGAC	2	12	205373	205384	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407453687
66	NC_018619	TATTAC	2	12	206375	206386	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407453689
67	NC_018619	AGGAAA	2	12	207761	207772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453689
68	NC_018619	CAGGAA	2	12	209284	209295	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453691
69	NC_018619	TTTTTA	2	12	210466	210477	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018619	AATGGT	2	12	221527	221538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453701
71	NC_018619	AGTAGA	2	12	222256	222267	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453701
72	NC_018619	CAGGAG	2	12	222537	222548	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	407453701
73	NC_018619	GCCAAC	2	12	226292	226303	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	407453703
74	NC_018619	TAAAGA	2	12	226819	226830	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018619	AAGACC	2	12	227285	227296	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453705
76	NC_018619	ATATTT	2	12	228624	228635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453706
77	NC_018619	AATTGA	2	12	230811	230822	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453710
78	NC_018619	ATTTTG	2	12	232854	232865	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407453712
79	NC_018619	TGCGAA	2	12	235244	235255	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453714
80	NC_018619	TAGGAA	2	12	235771	235782	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453714
81	NC_018619	ATTATA	2	12	239689	239700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018619	TTGAAT	2	12	244002	244013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018619	TTTCCT	2	12	244815	244826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407453724
84	NC_018619	TTTAGG	2	12	245423	245434	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407453725
85	NC_018619	TAAAAG	2	12	245515	245526	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453725
86	NC_018619	GTTAAT	2	12	257044	257055	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453738
87	NC_018619	TTTCAT	2	12	257559	257570	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407453738
88	NC_018619	GACTTT	2	12	258021	258032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453739
89	NC_018619	AATTTA	2	12	258642	258653	50 %	50 %	0 %	0 %	407453740
90	NC_018619	GTGTAA	2	12	261411	261422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453741
91	NC_018619	ATATAA	2	12	261751	261762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018619	GGGAAA	2	12	267716	267727	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018619	TATTTC	2	12	271248	271259	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018619	TGAAAA	2	12	272421	272432	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453753
95	NC_018619	TCTAGA	2	12	273341	273352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453754
96	NC_018619	CTGTTT	2	12	275536	275547	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453756
97	NC_018619	TTTTAT	2	12	276236	276247	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453756
98	NC_018619	TAAGAA	2	12	277633	277644	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018619	CTAAGT	2	12	279079	279090	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453759
100	NC_018619	AGCACG	2	12	284102	284113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	407453763
101	NC_018619	GGATTA	2	12	290130	290141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453767
102	NC_018619	ATAGAA	2	12	290670	290681	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453767
103	NC_018619	TAAAAT	2	12	291636	291647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018619	GATTTA	2	12	294208	294219	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453769
105	NC_018619	TCTTTT	2	12	294423	294434	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	407453769
106	NC_018619	GTTTTT	2	12	297311	297322	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453771
107	NC_018619	TTTTTG	2	12	297908	297919	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453771
108	NC_018619	ATTTGT	2	12	300886	300897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407453775
109	NC_018619	TAGGCG	2	12	302534	302545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453777
110	NC_018619	GGTTAC	2	12	304011	304022	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453777
111	NC_018619	TATATT	2	12	304474	304485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453778
112	NC_018619	GCAATC	2	12	312544	312555	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407453782
113	NC_018619	GTCTTT	2	12	319920	319931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453787
114	NC_018619	GTCTTT	2	12	325275	325286	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453791
115	NC_018619	AGAACC	2	12	326027	326038	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453792
116	NC_018619	GTCTTT	2	12	327954	327965	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407453793
117	NC_018619	ACCAAT	2	12	331727	331738	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	407453795
118	NC_018619	TGAAAA	2	12	337011	337022	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018619	TGTTGC	2	12	337269	337280	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407453798
120	NC_018619	AGCAAT	2	12	341949	341960	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453803
121	NC_018619	TTGACT	2	12	347940	347951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453809
122	NC_018619	ATGTTC	2	12	350277	350288	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453810
123	NC_018619	TATTAA	2	12	352494	352505	50 %	50 %	0 %	0 %	407453813
124	NC_018619	ATGATC	2	12	354122	354133	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453813
125	NC_018619	GCTAAA	2	12	354820	354831	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453814
126	NC_018619	CCTTTT	2	12	357938	357949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	407453816
127	NC_018619	CTAAAG	2	12	358410	358421	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453816
128	NC_018619	GCTGAT	2	12	364168	364179	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453826
129	NC_018619	ATCGGG	2	12	366351	366362	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453827
130	NC_018619	CTAAAT	2	12	367938	367949	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407453829
131	NC_018619	AATTCC	2	12	368926	368937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407453829
132	NC_018619	GAATGT	2	12	372543	372554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453835
133	NC_018619	TCTATG	2	12	379716	379727	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453843
134	NC_018619	GTTTTT	2	12	380791	380802	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407453844
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137	NC_018619	TAGGTG	2	12	388450	388461	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407453850
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140	NC_018619	AAAATC	2	12	396396	396407	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_018619	CGGTAT	2	12	398881	398892	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	407453862
142	NC_018619	ATTTAA	2	12	399718	399729	50 %	50 %	0 %	0 %	407453863
143	NC_018619	AGATGA	2	12	402881	402892	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453865
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180	NC_018619	TAGCAC	2	12	492212	492223	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407453968
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183	NC_018619	TTAATT	2	12	507529	507540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_018619	AGCAGA	2	12	508608	508619	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453984
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221	NC_018619	TTGTTT	2	12	610504	610515	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	407454083
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223	NC_018619	ATAAAG	2	12	619429	619440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407454091
224	NC_018619	AATGAC	2	12	622028	622039	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407454093
225	NC_018619	TTCTCC	2	12	624326	624337	0 %	50 %	0 %	50 %	407454096
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227	NC_018619	CTTGTT	2	12	635010	635021	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	407454105
228	NC_018619	TCTTCG	2	12	637212	637223	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407454108
229	NC_018619	TTTCTA	2	12	639742	639753	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407454108
230	NC_018619	ATGGAT	2	12	639816	639827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407454108
231	NC_018619	GCCATA	2	12	646044	646055	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	407454111
232	NC_018619	CATGAA	2	12	653139	653150	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407454116
233	NC_018619	CTTTTG	2	12	656226	656237	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_018619	AAATAC	2	12	661782	661793	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
235	NC_018619	CAATCT	2	12	662368	662379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
236	NC_018619	TTAGGG	2	12	662730	662741	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	407454131
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242	NC_018619	ACGGCT	2	12	685864	685875	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	407454155
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249	NC_018619	TGCTAC	2	12	704753	704764	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407454169
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251	NC_018619	TTAGTG	2	12	708310	708321	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	407454173
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338	NC_018619	TTGCTG	2	12	954684	954695	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	407454393
339	NC_018619	CTCTGA	2	12	958833	958844	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407454394
340	NC_018619	CAGTTA	2	12	963107	963118	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407454400
341	NC_018619	ATCTAT	2	12	966483	966494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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346	NC_018619	ATAAAA	2	12	982930	982941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
347	NC_018619	AAGAAT	2	12	986154	986165	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407454424
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.