MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-QVLC chromosome

Total Repeats: 276

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018618	TAAAGG	2	12	2850	2861	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453021
2	NC_018618	CTGTTG	4	24	3743	3766	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_018618	AGATAA	2	12	4393	4404	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453022
4	NC_018618	CCTATA	2	12	4514	4525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407453022
5	NC_018618	TGCATT	2	12	4793	4804	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453022
6	NC_018618	ATTAAA	2	12	5495	5506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453022
7	NC_018618	TTCCTG	2	12	6023	6034	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	407453023
8	NC_018618	TAAAAA	2	12	6795	6806	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453023
9	NC_018618	TAAATA	2	12	7367	7378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453024
10	NC_018618	AAAATA	2	12	7492	7503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453024
11	NC_018618	AGATAA	2	12	7943	7954	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453024
12	NC_018618	CATAAA	2	12	8393	8404	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453024
13	NC_018618	AAATTA	2	12	9052	9063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453024
14	NC_018618	AACATA	2	12	9235	9246	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453025
15	NC_018618	ACCTAT	2	12	13100	13111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	407453029
16	NC_018618	CGATTA	2	12	13200	13211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453029
17	NC_018618	TTTATT	2	12	19528	19539	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453036
18	NC_018618	TGTAGT	2	12	20420	20431	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018618	ACATGA	2	12	21708	21719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_018618	AATTAT	2	12	24262	24273	50 %	50 %	0 %	0 %	407453037
21	NC_018618	CAGATG	2	12	24276	24287	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453037
22	NC_018618	AGGAAC	3	18	25421	25438	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018618	AGGAAT	2	12	25439	25450	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018618	TGTAAG	2	12	25543	25554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018618	ATTTAC	2	12	26890	26901	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	407453038
26	NC_018618	TGCTCT	4	24	28721	28744	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018618	TGTTAT	2	12	28745	28756	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018618	TAAAAT	2	12	30706	30717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018618	ATAAAA	2	12	31278	31289	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453040
30	NC_018618	AACTTT	2	12	33567	33578	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_018618	AGGCAT	2	12	34677	34688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453043
32	NC_018618	AAATTT	2	12	36880	36891	50 %	50 %	0 %	0 %	407453044
33	NC_018618	AATAAA	2	12	37451	37462	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453044
34	NC_018618	ATTTTG	2	12	37744	37755	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018618	TACAAC	2	12	37815	37826	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018618	TAACAT	2	12	38612	38623	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018618	AAAACA	2	12	40590	40601	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	407453045
38	NC_018618	CTTTAT	2	12	41419	41430	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	407453046
39	NC_018618	TTTTAT	2	12	41564	41575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	407453046
40	NC_018618	ACGTTA	3	18	41909	41926	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_018618	AAATAT	2	12	42863	42874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453049
42	NC_018618	TCCATC	2	12	46279	46290	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	407453052
43	NC_018618	TAAAGT	2	12	48245	48256	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453054
44	NC_018618	AAAAAG	2	12	49133	49144	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018618	ACAGCA	2	12	53391	53402	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	407453058
46	NC_018618	AGTAAA	2	12	53533	53544	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453059
47	NC_018618	TTATAG	2	12	54239	54250	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	407453060
48	NC_018618	GTAAAA	2	12	55019	55030	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453061
49	NC_018618	ATTTAT	2	12	56862	56873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453062
50	NC_018618	ATTTTA	2	12	59498	59509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453063
51	NC_018618	CAATAC	2	12	60563	60574	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018618	TTAAGC	2	12	60652	60663	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_018618	AACAAA	3	18	61495	61512	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018618	TAGAAA	2	12	64434	64445	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453065
55	NC_018618	CAAATA	2	12	64833	64844	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453065
56	NC_018618	TCTACA	2	12	66742	66753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018618	AAAGAA	2	12	67060	67071	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018618	TAAACA	2	12	68003	68014	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_018618	ATAAAA	2	12	74780	74791	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453069
60	NC_018618	TTAATA	2	12	76213	76224	50 %	50 %	0 %	0 %	407453070
61	NC_018618	AAAAAT	2	12	78561	78572	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453073
62	NC_018618	AATAGT	2	12	79742	79753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453074
63	NC_018618	TATATT	2	12	80018	80029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453074
64	NC_018618	TTAAAA	2	12	85142	85153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453080
65	NC_018618	AAATAA	2	12	85713	85724	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018618	TAAAAA	2	12	86632	86643	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453082
67	NC_018618	AAAACC	2	12	94118	94129	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407453084
68	NC_018618	TATAAC	2	12	95125	95136	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407453086
69	NC_018618	AAACGG	2	12	95310	95321	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453086
70	NC_018618	CAGTTC	2	12	95442	95453	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407453086
71	NC_018618	ATGCTA	2	12	96054	96065	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	407453086
72	NC_018618	ACAAAC	2	12	103132	103143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	407453099
73	NC_018618	TAAAAT	2	12	104836	104847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453103
74	NC_018618	AATAGT	2	12	104954	104965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453103
75	NC_018618	ATTGGT	2	12	105357	105368	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018618	AGGTAA	2	12	106738	106749	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453106
77	NC_018618	CAGGAA	2	12	107294	107305	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453107
78	NC_018618	ATAGAT	2	12	107488	107499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	407453107
79	NC_018618	TAAAAA	2	12	107568	107579	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453107
80	NC_018618	TTGCTA	2	12	110315	110326	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	407453112
81	NC_018618	ACTAAT	2	12	112501	112512	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_018618	AAATTA	2	12	113712	113723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453115
83	NC_018618	CGTAAA	2	12	113976	113987	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	407453116
84	NC_018618	ACAGGA	2	12	116229	116240	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	407453119
85	NC_018618	ATTAAA	2	12	116778	116789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453119
86	NC_018618	ATAGTA	2	12	118551	118562	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018618	TAGTGG	3	18	118564	118581	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018618	AAACAG	2	12	119006	119017	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	407453120
89	NC_018618	ATTTTG	2	12	122371	122382	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	407453123
90	NC_018618	TGTTAA	2	12	123464	123475	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018618	GTTAAT	2	12	123778	123789	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018618	ATAAAA	2	12	124408	124419	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018618	CTAAAA	2	12	124420	124431	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_018618	CTAATA	2	12	124432	124443	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_018618	TAAAAT	2	12	125299	125310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453126
96	NC_018618	AAAAGT	2	12	125349	125360	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453126
97	NC_018618	CTGACA	2	12	126216	126227	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018618	TGAAAT	2	12	129143	129154	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018618	TAATTT	2	12	129312	129323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018618	ATGTAT	2	12	130625	130636	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018618	AAAAAC	2	12	133643	133654	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_018618	AAAAGA	2	12	134510	134521	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	407453127
103	NC_018618	AAATGA	2	12	135394	135405	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	407453127
104	NC_018618	AAGGTC	2	12	137623	137634	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	407453128
105	NC_018618	ATAAAA	2	12	139782	139793	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453130
106	NC_018618	AAGGAA	2	12	142160	142171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	407453131
107	NC_018618	GTTGGG	5	30	142203	142232	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	407453131
108	NC_018618	GTTTGG	2	12	142233	142244	0 %	50 %	50 %	0 %	407453131
109	NC_018618	AATTTA	2	12	142934	142945	50 %	50 %	0 %	0 %	407453132
110	NC_018618	TTAAAT	2	12	144292	144303	50 %	50 %	0 %	0 %	407453135
111	NC_018618	GAAGAT	2	12	149169	149180	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	407453138
112	NC_018618	TTTTAA	2	12	150410	150421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453140
113	NC_018618	ATTTTA	2	12	151189	151200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	407453140
114	NC_018618	GTGCAG	2	12	151340	151351	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	407453140
115	NC_018618	TATAAA	2	12	153009	153020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453142
116	NC_018618	ATTAAA	2	12	153667	153678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453143
117	NC_018618	TAGGAG	2	12	153983	153994	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018618	TTTTTG	2	12	154130	154141	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018618	AACCAC	3	18	154257	154274	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_018618	AACCAA	2	12	154275	154286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_018618	AAACCC	2	12	154323	154334	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_018618	ATTACT	2	12	154992	155003	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_018618	GTTGTG	4	24	158530	158553	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018618	TTAAAG	2	12	163588	163599	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018618	TACTGT	2	12	163992	164003	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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245	NC_018618	TAAAAT	2	12	316674	316685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	407453238
246	NC_018618	ATTTAA	2	12	321674	321685	50 %	50 %	0 %	0 %	407453242
247	NC_018618	AAATAA	2	12	322358	322369	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	407453243
248	NC_018618	TTTGGG	2	12	323481	323492	0 %	50 %	50 %	0 %	407453245
249	NC_018618	TATCAA	2	12	323619	323630	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	407453245
250	NC_018618	CAATAA	2	12	324150	324161	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	407453245
251	NC_018618	GTTGAG	4	24	325848	325871	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
252	NC_018618	GTTTAG	3	18	325872	325889	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
253	NC_018618	ACAGAA	2	12	326273	326284	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
254	NC_018618	GTAAAC	2	12	326297	326308	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
255	NC_018618	GATATG	2	12	327750	327761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	407453246
256	NC_018618	TCCCCT	3	18	329403	329420	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
257	NC_018618	ATAACA	2	12	330550	330561	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_018618	TACAAA	2	12	330656	330667	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_018618	TTTTAA	2	12	331453	331464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_018618	TACTTT	2	12	331763	331774	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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268	NC_018618	TCTTGT	2	12	344166	344177	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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273	NC_018618	CATGCT	2	12	347358	347369	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	407453258
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275	NC_018618	TAGCAG	2	12	356847	356858	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
276	NC_018618	TAGGAG	3	18	356859	356876	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.