MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Carsonella ruddii HC isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018416	ATTTAA	2	12	471	482	50 %	50 %	0 %	0 %	400404264
2	NC_018416	ATTTTA	2	12	1999	2010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404265
3	NC_018416	ATATAA	2	12	3107	3118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404266
4	NC_018416	TAAAAA	2	12	3176	3187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404266
5	NC_018416	ATTTAT	2	12	4206	4217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404269
6	NC_018416	TAAAAA	2	12	4612	4623	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404270
7	NC_018416	AATATT	2	12	5670	5681	50 %	50 %	0 %	0 %	400404270
8	NC_018416	TTAATA	2	12	5802	5813	50 %	50 %	0 %	0 %	400404271
9	NC_018416	AATTAA	2	12	6366	6377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404271
10	NC_018416	TAAAAA	2	12	8777	8788	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404274
11	NC_018416	ATAATT	2	12	9291	9302	50 %	50 %	0 %	0 %	400404275
12	NC_018416	ACCAAT	4	24	11021	11044	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	400404276
13	NC_018416	TAAAAA	2	12	12202	12213	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404277
14	NC_018416	TATAAC	2	12	13086	13097	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	400404278
15	NC_018416	ATAATT	2	12	13112	13123	50 %	50 %	0 %	0 %	400404278
16	NC_018416	TAAAAA	2	12	13220	13231	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404278
17	NC_018416	ATAATT	2	12	13445	13456	50 %	50 %	0 %	0 %	400404278
18	NC_018416	ATTTAT	2	12	13806	13817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404279
19	NC_018416	TAAAAA	2	12	13840	13851	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404279
20	NC_018416	TTAAAT	2	12	14120	14131	50 %	50 %	0 %	0 %	400404280
21	NC_018416	AATTTA	2	12	14647	14658	50 %	50 %	0 %	0 %	400404280
22	NC_018416	ATTTAA	2	12	14727	14738	50 %	50 %	0 %	0 %	400404280
23	NC_018416	AAATTA	2	12	14825	14836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404280
24	NC_018416	ATTTTT	2	12	15302	15313	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404281
25	NC_018416	ATTTAT	2	12	15840	15851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404282
26	NC_018416	TAAAAA	2	12	16218	16229	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404282
27	NC_018416	ATTAGA	2	12	16602	16613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404283
28	NC_018416	TAAAAA	2	12	17075	17086	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404284
29	NC_018416	ATTATA	2	12	17434	17445	50 %	50 %	0 %	0 %	400404284
30	NC_018416	ATTTTT	2	12	18082	18093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404285
31	NC_018416	TAATTT	2	12	18292	18303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404285
32	NC_018416	TAGATT	2	12	18657	18668	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404285
33	NC_018416	ATTATA	2	12	19419	19430	50 %	50 %	0 %	0 %	400404285
34	NC_018416	TAAAAT	2	12	19614	19625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404285
35	NC_018416	TTAGAT	2	12	19802	19813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404285
36	NC_018416	TATTAA	2	12	20145	20156	50 %	50 %	0 %	0 %	400404285
37	NC_018416	AATAGA	2	12	20506	20517	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404285
38	NC_018416	ATAAAA	2	12	20718	20729	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404285
39	NC_018416	AATTTT	2	12	21880	21891	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404287
40	NC_018416	TTTAAA	2	12	21966	21977	50 %	50 %	0 %	0 %	400404287
41	NC_018416	TAAATT	2	12	23165	23176	50 %	50 %	0 %	0 %	400404287
42	NC_018416	ATTTTT	2	12	23538	23549	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404288
43	NC_018416	TAATAT	2	12	24330	24341	50 %	50 %	0 %	0 %	400404291
44	NC_018416	TATTTA	2	12	24714	24725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404291
45	NC_018416	ATTAAA	2	12	25988	25999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404292
46	NC_018416	ATTTTT	2	12	27260	27271	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404293
47	NC_018416	TAATTT	2	12	28097	28108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404294
48	NC_018416	TTTAAA	2	12	28184	28195	50 %	50 %	0 %	0 %	400404294
49	NC_018416	ACAATA	2	12	28679	28690	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	400404295
50	NC_018416	AAGGTA	2	12	29120	29131	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	400404296
51	NC_018416	AAATAA	2	12	29324	29335	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404296
52	NC_018416	ATTTTT	2	12	29557	29568	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404296
53	NC_018416	ATTTTT	2	12	29589	29600	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404296
54	NC_018416	ATTAAG	2	12	29934	29945	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404296
55	NC_018416	ATTAGT	2	12	31179	31190	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	400404297
56	NC_018416	ATTTTT	2	12	32062	32073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404298
57	NC_018416	TTAAAA	2	12	32798	32809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404299
58	NC_018416	TTTAAA	2	12	33371	33382	50 %	50 %	0 %	0 %	400404300
59	NC_018416	TATAAA	2	12	33680	33691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404300
60	NC_018416	ATAATT	2	12	34405	34416	50 %	50 %	0 %	0 %	400404301
61	NC_018416	TAAATT	2	12	34497	34508	50 %	50 %	0 %	0 %	400404301
62	NC_018416	AAATTA	2	12	35014	35025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404301
63	NC_018416	ATTTTT	2	12	35593	35604	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404303
64	NC_018416	TAAATT	2	12	35951	35962	50 %	50 %	0 %	0 %	400404304
65	NC_018416	TATTTA	2	12	36334	36345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404304
66	NC_018416	TAATTA	2	12	36979	36990	50 %	50 %	0 %	0 %	400404304
67	NC_018416	ATTTTA	2	12	37000	37011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404304
68	NC_018416	TAAAAA	2	12	37333	37344	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404305
69	NC_018416	ATTTAA	2	12	37758	37769	50 %	50 %	0 %	0 %	400404305
70	NC_018416	TGGTGT	2	12	38266	38277	0 %	50 %	50 %	0 %	400404305
71	NC_018416	TGGACC	2	12	38487	38498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	400404306
72	NC_018416	TAAAAA	2	12	38801	38812	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404306
73	NC_018416	AAATAA	2	12	38889	38900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018416	AAATTT	2	12	39531	39542	50 %	50 %	0 %	0 %	400404307
75	NC_018416	AATTAA	2	12	39624	39635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404308
76	NC_018416	TTAAAT	2	12	40987	40998	50 %	50 %	0 %	0 %	400404309
77	NC_018416	ATAATT	2	12	41414	41425	50 %	50 %	0 %	0 %	400404310
78	NC_018416	TAAATT	2	12	42669	42680	50 %	50 %	0 %	0 %	400404311
79	NC_018416	TATTTT	2	12	42842	42853	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404311
80	NC_018416	TAAATA	2	12	44022	44033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404313
81	NC_018416	ATTTTT	2	12	45516	45527	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404315
82	NC_018416	AAATGG	2	12	45786	45797	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	400404316
83	NC_018416	ATAAAA	2	12	46441	46452	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404317
84	NC_018416	ATAATT	2	12	46673	46684	50 %	50 %	0 %	0 %	400404317
85	NC_018416	TAATTC	2	12	47218	47229	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	400404318
86	NC_018416	TAAAAA	2	12	48141	48152	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404319
87	NC_018416	TTTTAA	2	12	48224	48235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404319
88	NC_018416	ATTTTA	2	12	48236	48247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404319
89	NC_018416	AAATTA	2	12	48358	48369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404319
90	NC_018416	TTTAAT	2	12	49285	49296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404320
91	NC_018416	ATTTCT	2	12	50303	50314	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404321
92	NC_018416	ATTTTT	2	12	50528	50539	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404321
93	NC_018416	TTCCTT	2	12	50922	50933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	400404321
94	NC_018416	ATTTAT	2	12	51533	51544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404322
95	NC_018416	TTTATT	2	12	52170	52181	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404323
96	NC_018416	TTCTAT	2	12	52299	52310	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	400404323
97	NC_018416	TAAATG	2	12	52574	52585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404323
98	NC_018416	TAAAAA	2	12	52831	52842	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404324
99	NC_018416	TTATAA	2	12	53108	53119	50 %	50 %	0 %	0 %	400404325
100	NC_018416	TTTAAT	2	12	53604	53615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404325
101	NC_018416	ATTATA	2	12	53872	53883	50 %	50 %	0 %	0 %	400404325
102	NC_018416	AATATA	2	12	54653	54664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404326
103	NC_018416	ATTTAT	2	12	55020	55031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404328
104	NC_018416	TAAAAA	2	12	55122	55133	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404328
105	NC_018416	GAAAAA	2	12	56395	56406	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	400404329
106	NC_018416	TAAAAA	2	12	56779	56790	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404330
107	NC_018416	TTTAAT	2	12	58410	58421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404332
108	NC_018416	TGAAAT	2	12	59127	59138	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404333
109	NC_018416	ATTTTT	2	12	59586	59597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404333
110	NC_018416	TTTTAA	2	12	60117	60128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404334
111	NC_018416	AGAAAT	2	12	61157	61168	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404336
112	NC_018416	ATAAAA	2	12	62430	62441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404337
113	NC_018416	TAGAAA	2	12	62970	62981	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404337
114	NC_018416	TTTTTG	2	12	63301	63312	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	400404338
115	NC_018416	TTTTAT	2	12	63502	63513	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404338
116	NC_018416	TATAAA	2	12	63659	63670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404338
117	NC_018416	GAATTA	2	12	65587	65598	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400404341
118	NC_018416	TAAATT	2	12	66192	66203	50 %	50 %	0 %	0 %	400404341
119	NC_018416	ATTTTT	2	12	67439	67450	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	400404341
120	NC_018416	GAAAAT	2	12	68417	68428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400404342
121	NC_018416	ATAAAA	3	18	68505	68522	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404342
122	NC_018416	TATTAA	2	12	69445	69456	50 %	50 %	0 %	0 %	400404342
123	NC_018416	TAAATA	2	12	70031	70042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	400404344
124	NC_018416	TTTAAT	2	12	70474	70485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404344
125	NC_018416	AAAAAT	2	12	71314	71325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	400404345
126	NC_018416	ATTTAA	3	18	71523	71540	50 %	50 %	0 %	0 %	400404345
127	NC_018416	ATTTTA	2	12	74177	74188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	400404348
128	NC_018416	ATTTAA	2	12	74336	74347	50 %	50 %	0 %	0 %	400404348
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.