MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW4

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017951	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	389857698
2	NC_017951	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857702
3	NC_017951	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017951	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857708
5	NC_017951	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857708
6	NC_017951	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857709
7	NC_017951	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857715
8	NC_017951	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857717
9	NC_017951	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	389857718
10	NC_017951	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857730
11	NC_017951	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389857731
12	NC_017951	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857731
13	NC_017951	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	389857738
14	NC_017951	TGAACG	2	12	52931	52942	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857745
15	NC_017951	GTGATT	2	12	52950	52961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857745
16	NC_017951	AAAATT	2	12	54682	54693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017951	GATCTG	2	12	55589	55600	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857747
18	NC_017951	GGTTCA	2	12	55726	55737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857747
19	NC_017951	AGTTGT	2	12	58267	58278	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857749
20	NC_017951	TTGTTC	2	12	59187	59198	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857749
21	NC_017951	TCCTAA	2	12	59997	60008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389857750
22	NC_017951	AAAAAT	2	12	61492	61503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017951	GTTCTT	2	12	63911	63922	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857752
24	NC_017951	CTATTT	2	12	72233	72244	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389857759
25	NC_017951	ACTCTT	2	12	73362	73373	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857760
26	NC_017951	TTTCTG	2	12	73912	73923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857761
27	NC_017951	GATCAT	2	12	74042	74053	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857761
28	NC_017951	TAGTAC	2	12	77036	77047	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857762
29	NC_017951	ATCTAG	2	12	77215	77226	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017951	GTCTGT	2	12	83731	83742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389857768
31	NC_017951	TTCTGA	2	12	89345	89356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857772
32	NC_017951	AAAAGA	2	12	94408	94419	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389857778
33	NC_017951	AGCTGT	2	12	96502	96513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857779
34	NC_017951	TCTTTT	2	12	97167	97178	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857781
35	NC_017951	GGGGCT	2	12	98115	98126	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	389857781
36	NC_017951	TTTGAG	2	12	100319	100330	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857783
37	NC_017951	TCAGAA	2	12	106960	106971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389857788
38	NC_017951	CATAAC	2	12	110004	110015	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389857791
39	NC_017951	TGTTCT	2	12	112768	112779	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	389857793
40	NC_017951	ACTTCG	2	12	116052	116063	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857795
41	NC_017951	TTTTAG	2	12	116487	116498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017951	TTGCCA	2	12	119591	119602	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857799
43	NC_017951	TAAAAA	2	12	121083	121094	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017951	TTGGTA	2	12	121131	121142	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857801
45	NC_017951	AGGATC	2	12	121510	121521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857801
46	NC_017951	AAGGGT	2	12	123317	123328	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389857802
47	NC_017951	GGGTTT	2	12	124280	124291	0 %	50 %	50 %	0 %	389857803
48	NC_017951	TTGCAT	2	12	124562	124573	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857803
49	NC_017951	AAGAGA	2	12	124931	124942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	389857803
50	NC_017951	TTAAAA	2	12	133867	133878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	389857809
51	NC_017951	AGGTTG	2	12	135109	135120	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	389857810
52	NC_017951	GAGTTA	2	12	140160	140171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857819
53	NC_017951	TGGAAT	2	12	143588	143599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857823
54	NC_017951	ATGGTT	2	12	143832	143843	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389857823
55	NC_017951	TGCTCT	2	12	146023	146034	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857826
56	NC_017951	GAAAGG	2	12	149761	149772	50 %	0 %	50 %	0 %	389857828
57	NC_017951	GCTTTG	2	12	150004	150015	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	389857828
58	NC_017951	TGTGCG	2	12	154127	154138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	389857831
59	NC_017951	CCTCAT	2	12	155425	155436	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857832
60	NC_017951	TGGAGA	2	12	156883	156894	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	389857834
61	NC_017951	CTCCAT	2	12	158252	158263	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857835
62	NC_017951	TCCTTG	2	12	158848	158859	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857836
63	NC_017951	AACAGC	2	12	161484	161495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857839
64	NC_017951	AAAAAG	2	12	174074	174085	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	389857846
65	NC_017951	AGAAAA	2	12	182701	182712	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017951	ACTTCT	2	12	189761	189772	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857857
67	NC_017951	ATTTGC	2	12	192454	192465	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857858
68	NC_017951	AAACAT	2	12	193544	193555	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389857860
69	NC_017951	AGCAAC	2	12	193879	193890	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857860
70	NC_017951	TATGAA	2	12	195473	195484	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017951	TTGCCT	2	12	196591	196602	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017951	TCTGGA	2	12	199841	199852	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857866
73	NC_017951	CTGGAT	2	12	215432	215443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857879
74	NC_017951	GAAATA	2	12	215755	215766	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	389857879
75	NC_017951	TTTTAC	2	12	221448	221459	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017951	ACTCCA	2	12	223501	223512	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389857887
77	NC_017951	CTGCTT	2	12	223733	223744	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389857887
78	NC_017951	ATTGCT	2	12	227042	227053	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389857890
79	NC_017951	TCCTAG	2	12	227332	227343	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857890
80	NC_017951	GCAACG	2	12	227820	227831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	389857891
81	NC_017951	CTTAGC	2	12	230449	230460	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857893
82	NC_017951	TTCCTT	2	12	237281	237292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	389857898
83	NC_017951	TCTCCT	2	12	240162	240173	0 %	50 %	0 %	50 %	389857899
84	NC_017951	AAACCA	2	12	240737	240748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389857900
85	NC_017951	AACCCT	2	12	255161	255172	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017951	ATTTTT	2	12	255965	255976	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017951	CCTGCA	2	12	256126	256137	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389857919
88	NC_017951	ACCTTT	2	12	261321	261332	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389857924
89	NC_017951	TCATAA	2	12	269165	269176	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389857931
90	NC_017951	AAGTGT	2	12	269891	269902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857931
91	NC_017951	AGGAGA	2	12	271064	271075	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017951	ATCTAA	2	12	273169	273180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389857934
93	NC_017951	TGGAAT	2	12	275367	275378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389857936
94	NC_017951	GGAACA	2	12	279254	279265	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	389857938
95	NC_017951	ATATTA	2	12	279962	279973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017951	CACGCG	2	12	281627	281638	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	389857940
97	NC_017951	TTTCTT	2	12	281806	281817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857940
98	NC_017951	CTCCTA	2	12	285968	285979	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857943
99	NC_017951	GCAATG	2	12	292087	292098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389857949
100	NC_017951	CGACAT	2	12	292760	292771	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389857950
101	NC_017951	CCCTTA	2	12	294214	294225	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389857952
102	NC_017951	AAAATA	2	12	296312	296323	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	389857954
103	NC_017951	ACCACT	2	12	298667	298678	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	389857956
104	NC_017951	CATTGC	2	12	301913	301924	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	389857959
105	NC_017951	CCAAAA	2	12	303092	303103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	389857960
106	NC_017951	TCTTTT	2	12	304977	304988	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	389857962
107	NC_017951	CAAGAC	2	12	306068	306079	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857963
108	NC_017951	AGCTTA	2	12	307349	307360	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389857965
109	NC_017951	CAAAGA	2	12	312734	312745	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	389857970
110	NC_017951	ATGGCT	2	12	313350	313361	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	389857971
111	NC_017951	TACAAA	2	12	317540	317551	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	389857974
112	NC_017951	TTAATT	2	12	319219	319230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	389857976
113	NC_017951	AAAAAT	2	12	322312	322323	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017951	AAAACA	2	12	322704	322715	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	389857978
115	NC_017951	AAAAAG	2	12	324130	324141	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017951	CAGAAC	2	12	344700	344711	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	389857997
117	NC_017951	ATTCAA	2	12	349677	349688	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858002
118	NC_017951	AGAATA	2	12	361634	361645	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017951	TTCTTA	2	12	361654	361665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	389858010
120	NC_017951	CAGCCT	2	12	373715	373726	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858022
121	NC_017951	AGCTGA	2	12	373765	373776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858022
122	NC_017951	ATGCTA	2	12	377632	377643	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858024
123	NC_017951	CAATAG	2	12	384238	384249	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858027
124	NC_017951	ACTGAA	2	12	384379	384390	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858027
125	NC_017951	CTGCAC	2	12	384572	384583	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	389858027
126	NC_017951	TCCATA	2	12	394931	394942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858036
127	NC_017951	TTAGGT	2	12	396289	396300	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	389858038
128	NC_017951	AGGGAA	2	12	397615	397626	50 %	0 %	50 %	0 %	389858039
129	NC_017951	CTGAAG	2	12	398450	398461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858040
130	NC_017951	TAATCT	2	12	403867	403878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	389858043
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132	NC_017951	CTAAAG	2	12	404752	404763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858045
133	NC_017951	CCTTTC	2	12	405916	405927	0 %	50 %	0 %	50 %	389858046
134	NC_017951	TTTTAA	2	12	409780	409791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017951	ACATGC	2	12	415457	415468	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	389858055
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138	NC_017951	CCCCCA	2	12	419120	419131	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	389858058
139	NC_017951	TTCCTC	2	12	423185	423196	0 %	50 %	0 %	50 %	389858062
140	NC_017951	CTCTAC	2	12	426434	426445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	389858064
141	NC_017951	ACATCA	2	12	427079	427090	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	389858065
142	NC_017951	CGGAAT	2	12	427341	427352	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	389858066
143	NC_017951	TGATAA	2	12	429246	429257	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	389858067
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145	NC_017951	TTCTCC	2	12	443656	443667	0 %	50 %	0 %	50 %	389858081
146	NC_017951	ATGAAG	2	12	452703	452714	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	389858089
147	NC_017951	TAACTC	2	12	453220	453231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	389858089
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149	NC_017951	CTGTAT	2	12	455495	455506	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	389858090
150	NC_017951	CTAAAG	2	12	456563	456574	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858090
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162	NC_017951	TAACTA	2	12	503348	503359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_017951	AAGAAA	2	12	503361	503372	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017951	GGTAAT	2	12	508163	508174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	389858132
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167	NC_017951	GGTTGT	2	12	511300	511311	0 %	50 %	50 %	0 %	389858136
168	NC_017951	AACTAA	2	12	515073	515084	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_017951	TCTCTA	2	12	517159	517170	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	389858142
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186	NC_017951	ATTACA	2	12	551299	551310	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	389858170
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210	NC_017951	TCTTTT	2	12	618230	618241	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
211	NC_017951	ACTGTA	2	12	619922	619933	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	389858245
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221	NC_017951	TTATTT	2	12	649442	649453	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
222	NC_017951	GCTTCT	2	12	650795	650806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	389858274
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230	NC_017951	CCGCAA	2	12	698995	699006	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	389858312
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232	NC_017951	AAATGC	2	12	704952	704963	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	389858314
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.