MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis E/150 chromosome

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017439	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017439	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244972
3	NC_017439	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017439	TAGCAA	2	12	10828	10839	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244978
5	NC_017439	AAAGCT	2	12	10959	10970	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244978
6	NC_017439	TAGTGA	2	12	12095	12106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244979
7	NC_017439	GTTCCT	2	12	19380	19391	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385244985
8	NC_017439	CTTTTT	2	12	21533	21544	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385244988
9	NC_017439	GTGAGG	2	12	25463	25474	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	385244989
10	NC_017439	GGATTT	2	12	35940	35951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245001
11	NC_017439	AATTAG	2	12	37361	37372	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385245002
12	NC_017439	TTCCTG	2	12	37660	37671	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245002
13	NC_017439	TTTTGA	2	12	44967	44978	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245010
14	NC_017439	TGAACG	2	12	52424	52435	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245017
15	NC_017439	GTGATT	2	12	52443	52454	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245017
16	NC_017439	AAAATT	2	12	54175	54186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017439	GATCTG	2	12	55082	55093	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245019
18	NC_017439	GGTTCA	2	12	55219	55230	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245019
19	NC_017439	AGTTGT	2	12	57760	57771	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017439	TTGTTC	2	12	58680	58691	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017439	TCCTAA	2	12	59490	59501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245022
22	NC_017439	AAAAAT	2	12	60985	60996	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017439	GTTCTT	2	12	63404	63415	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245025
24	NC_017439	CTATTT	2	12	71726	71737	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385245032
25	NC_017439	ACTCTT	2	12	72855	72866	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245034
26	NC_017439	TTTCTG	2	12	73405	73416	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245035
27	NC_017439	GATCAT	2	12	73535	73546	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245035
28	NC_017439	TAGTAC	2	12	76529	76540	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245036
29	NC_017439	ATCTAG	2	12	76708	76719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017439	GGTTTA	2	12	80180	80191	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245040
31	NC_017439	GTCTGT	2	12	83224	83235	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385245043
32	NC_017439	TTCTGA	2	12	88838	88849	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245047
33	NC_017439	AAAAGA	2	12	93901	93912	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385245053
34	NC_017439	AGCTGT	2	12	95995	96006	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245054
35	NC_017439	TCTTTT	2	12	96654	96665	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245056
36	NC_017439	GGGGCT	2	12	97602	97613	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	385245056
37	NC_017439	TTTGAG	2	12	99806	99817	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245058
38	NC_017439	TCAGAA	2	12	106447	106458	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245063
39	NC_017439	CATAAC	2	12	109491	109502	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245066
40	NC_017439	TGTTCT	2	12	112255	112266	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245068
41	NC_017439	ACTTCG	2	12	115539	115550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245070
42	NC_017439	TTTTAG	2	12	115974	115985	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017439	TTGCCA	2	12	119078	119089	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245074
44	NC_017439	TAAAAA	2	12	120570	120581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017439	TTGGTA	2	12	120618	120629	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245076
46	NC_017439	AGGATC	2	12	120997	121008	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245076
47	NC_017439	AAGGGT	2	12	122804	122815	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385245077
48	NC_017439	GGGTTT	2	12	123767	123778	0 %	50 %	50 %	0 %	385245078
49	NC_017439	TTGCAT	2	12	124049	124060	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245078
50	NC_017439	AAGAGA	2	12	124418	124429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385245078
51	NC_017439	TTAAAA	2	12	133355	133366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385245085
52	NC_017439	AGGTTG	2	12	134597	134608	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385245086
53	NC_017439	GAGTTA	2	12	139648	139659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245095
54	NC_017439	TGGAAT	2	12	143076	143087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245100
55	NC_017439	ATGGTT	2	12	143320	143331	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245100
56	NC_017439	TGCTCT	2	12	145511	145522	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245103
57	NC_017439	GAAAGG	2	12	149249	149260	50 %	0 %	50 %	0 %	385245105
58	NC_017439	GCTTTG	2	12	149492	149503	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385245105
59	NC_017439	TGTGCG	2	12	153614	153625	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	385245109
60	NC_017439	CCTCAT	2	12	154912	154923	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385245110
61	NC_017439	TGGAGA	2	12	156370	156381	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	385245112
62	NC_017439	CTCCAT	2	12	157739	157750	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385245113
63	NC_017439	TCCTTG	2	12	158335	158346	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245114
64	NC_017439	AACAGC	2	12	160971	160982	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385245117
65	NC_017439	AAAAAG	2	12	173561	173572	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	385245124
66	NC_017439	AGAAAA	2	12	182187	182198	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017439	ACTTCT	2	12	189249	189260	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245136
68	NC_017439	ATTTGC	2	12	191942	191953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245137
69	NC_017439	AAACAT	2	12	193032	193043	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385245141
70	NC_017439	AGCAAC	2	12	193367	193378	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385245141
71	NC_017439	TATGAA	2	12	194961	194972	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017439	TCTGGA	2	12	199637	199648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245147
73	NC_017439	CTGGAT	2	12	215230	215241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245160
74	NC_017439	GAAATA	2	12	215553	215564	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385245160
75	NC_017439	TTTTAC	2	12	221246	221257	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017439	ACTCCA	2	12	223299	223310	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385245168
77	NC_017439	CTGCTT	2	12	223531	223542	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245168
78	NC_017439	ATTGCT	2	12	226840	226851	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245171
79	NC_017439	TCCTAG	2	12	227130	227141	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245171
80	NC_017439	GCAACG	2	12	227618	227629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385245172
81	NC_017439	CTTAGC	2	12	230247	230258	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245174
82	NC_017439	TTCCTT	2	12	237079	237090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385245179
83	NC_017439	TCTCCT	2	12	239960	239971	0 %	50 %	0 %	50 %	385245180
84	NC_017439	AAACCA	2	12	240535	240546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385245181
85	NC_017439	AACCCT	2	12	254959	254970	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017439	ATTTTT	2	12	255763	255774	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017439	CCTGCA	2	12	255924	255935	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385245200
88	NC_017439	ACCTTT	2	12	261119	261130	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245205
89	NC_017439	TCATAA	2	12	268963	268974	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385245213
90	NC_017439	AAGTGT	2	12	269689	269700	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245213
91	NC_017439	AGGAGA	2	12	270862	270873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017439	ATCTAA	2	12	272967	272978	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385245216
93	NC_017439	TGGAAT	2	12	275165	275176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245218
94	NC_017439	GGAACA	2	12	279052	279063	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385245220
95	NC_017439	ATATTA	2	12	279760	279771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017439	CACGCG	2	12	281425	281436	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385245222
97	NC_017439	TTTCTT	2	12	281604	281615	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245222
98	NC_017439	CTCCTA	2	12	285766	285777	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385245225
99	NC_017439	GCAATG	2	12	291885	291896	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245231
100	NC_017439	CGACAT	2	12	292559	292570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385245233
101	NC_017439	CCCTTA	2	12	294013	294024	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385245235
102	NC_017439	AAAATA	2	12	296111	296122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385245237
103	NC_017439	ACCACT	2	12	298466	298477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385245239
104	NC_017439	CATTGC	2	12	301712	301723	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385245242
105	NC_017439	CCAAAA	2	12	302891	302902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385245243
106	NC_017439	TCTTTT	2	12	304776	304787	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245245
107	NC_017439	CAAGAC	2	12	305867	305878	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385245246
108	NC_017439	AGCTTA	2	12	307148	307159	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245248
109	NC_017439	CAAAGA	2	12	312533	312544	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385245253
110	NC_017439	ATGGCT	2	12	313149	313160	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245254
111	NC_017439	TACAAA	2	12	317339	317350	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385245257
112	NC_017439	TTAATT	2	12	319018	319029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385245259
113	NC_017439	AAAAAT	2	12	322111	322122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385245261
114	NC_017439	AAAACA	2	12	322503	322514	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385245262
115	NC_017439	AAAAAG	2	12	323929	323940	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017439	CAGAAC	2	12	344488	344499	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385245280
117	NC_017439	ATTCAA	2	12	349466	349477	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385245285
118	NC_017439	AGAATA	2	12	361423	361434	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017439	TTCTTA	2	12	361443	361454	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385245293
120	NC_017439	CAGCCT	2	12	373505	373516	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385245307
121	NC_017439	AGCTGA	2	12	373555	373566	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245307
122	NC_017439	ATGCTA	2	12	377422	377433	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245309
123	NC_017439	CAATAG	2	12	384028	384039	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245312
124	NC_017439	ACTGAA	2	12	384169	384180	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245312
125	NC_017439	CTGCAC	2	12	384362	384373	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385245312
126	NC_017439	TCCATA	2	12	394721	394732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245321
127	NC_017439	TTAGGT	2	12	396079	396090	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245323
128	NC_017439	AGGGAA	2	12	397405	397416	50 %	0 %	50 %	0 %	385245324
129	NC_017439	CTGAAG	2	12	398240	398251	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245325
130	NC_017439	TAATCT	2	12	403657	403668	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385245328
131	NC_017439	GAACAA	2	12	404159	404170	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385245329
132	NC_017439	CTAAAG	2	12	404542	404553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245330
133	NC_017439	CCTTTC	2	12	405706	405717	0 %	50 %	0 %	50 %	385245331
134	NC_017439	TTTTAA	2	12	409570	409581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017439	ACATGC	2	12	415247	415258	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385245342
136	NC_017439	GGCTCT	2	12	415982	415993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385245343
137	NC_017439	ATCTTG	2	12	417576	417587	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245344
138	NC_017439	CCCCCA	2	12	418911	418922	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	385245345
139	NC_017439	TTCCTC	2	12	422976	422987	0 %	50 %	0 %	50 %	385245349
140	NC_017439	CTCTAC	2	12	426224	426235	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	385245351
141	NC_017439	ACATCA	2	12	426869	426880	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245352
142	NC_017439	CGGAAT	2	12	427131	427142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245353
143	NC_017439	AGCTAA	2	12	431410	431421	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245356
144	NC_017439	TTCTCC	2	12	443455	443466	0 %	50 %	0 %	50 %	385245366
145	NC_017439	ATGAAG	2	12	452502	452513	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385245374
146	NC_017439	TAACTC	2	12	453019	453030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245374
147	NC_017439	ATCCGC	2	12	453944	453955	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385245374
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149	NC_017439	CTAAAG	2	12	456362	456373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245375
150	NC_017439	CCAATA	2	12	461347	461358	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245379
151	NC_017439	ATCGGC	2	12	467194	467205	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385245387
152	NC_017439	TATTGG	2	12	467787	467798	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385245387
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154	NC_017439	TCTTCA	2	12	480570	480581	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245392
155	NC_017439	CTACAA	2	12	484375	484386	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385245392
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157	NC_017439	TTCTTT	2	12	492664	492675	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385245403
158	NC_017439	CTGAAG	2	12	495723	495734	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	385245405
159	NC_017439	TGAGTA	2	12	496177	496188	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245405
160	NC_017439	AAACTG	2	12	499624	499635	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245409
161	NC_017439	TAACTA	2	12	503147	503158	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_017439	AAGAAA	2	12	503160	503171	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017439	GGTAAT	2	12	507965	507976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385245418
164	NC_017439	AGTTTT	2	12	508973	508984	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	385245420
165	NC_017439	AGAATA	2	12	509138	509149	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017439	GGTTGT	2	12	511101	511112	0 %	50 %	50 %	0 %	385245422
167	NC_017439	AACTAA	2	12	514874	514885	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_017439	TCTCTA	2	12	516960	516971	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385245428
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185	NC_017439	ATTACA	2	12	550944	550955	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385245460
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193	NC_017439	TTTTGC	2	12	573604	573615	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385245482
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202	NC_017439	CTGCTC	2	12	601009	601020	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	385245522
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209	NC_017439	TCTTTT	2	12	617874	617885	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
210	NC_017439	ACTGTA	2	12	619566	619577	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385245538
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219	NC_017439	TTAAAT	2	12	646047	646058	50 %	50 %	0 %	0 %	385245564
220	NC_017439	TTATTT	2	12	649086	649097	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
221	NC_017439	GCTTCT	2	12	650439	650450	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385245568
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223	NC_017439	CCAAGC	2	12	652286	652297	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385245569
224	NC_017439	CACAGG	2	12	653399	653410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385245570
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226	NC_017439	AGCTGG	2	12	687592	687603	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385245599
227	NC_017439	GCATCA	2	12	689434	689445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385245600
228	NC_017439	ATCAAT	2	12	693759	693770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385245604
229	NC_017439	CCGCAA	2	12	698639	698650	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385245609
230	NC_017439	TGCTTG	2	12	700913	700924	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385245610
231	NC_017439	AAATGC	2	12	704596	704607	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385245611
232	NC_017439	GAAAGA	2	12	706714	706725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385245612
233	NC_017439	TCTTGA	2	12	711825	711836	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385245617
234	NC_017439	TATCCA	2	12	722005	722016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385245629
235	NC_017439	GAGAGG	2	12	730632	730643	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385245634
236	NC_017439	GCGATT	2	12	733575	733586	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385245635
237	NC_017439	TATTGA	2	12	737901	737912	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	385245638
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.