MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	GAAA	2	8	50	57	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017293	TGCT	2	8	353	360	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017293	GTCG	2	8	482	489	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017293	AGGG	2	8	775	782	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017293	GGTG	2	8	1592	1599	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017293	TAGT	2	8	1918	1925	25 %	50 %	25 %	0 %	409191059
7	NC_017293	CAAG	2	8	2210	2217	50 %	0 %	25 %	25 %	409191059
8	NC_017293	GTCT	2	8	2300	2307	0 %	50 %	25 %	25 %	409191059
9	NC_017293	GCCT	2	8	2964	2971	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017293	AACT	2	8	2995	3002	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017293	CCTT	2	8	3017	3024	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017293	GCGG	2	8	3159	3166	0 %	0 %	75 %	25 %	409191060
13	NC_017293	TTGC	2	8	3224	3231	0 %	50 %	25 %	25 %	409191060
14	NC_017293	GCTG	2	8	3682	3689	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017293	GCTG	2	8	3729	3736	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017293	CTGG	2	8	3866	3873	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017293	GCTG	2	8	4107	4114	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017293	TCTT	2	8	4444	4451	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017293	GCAG	2	8	4629	4636	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017293	GCGA	2	8	4861	4868	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017293	AGGC	2	8	4913	4920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017293	ATGC	2	8	4981	4988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017293	GGAT	2	8	5532	5539	25 %	25 %	50 %	0 %	409191061
24	NC_017293	TCTG	2	8	6102	6109	0 %	50 %	25 %	25 %	409191063
25	NC_017293	CTCG	2	8	6673	6680	0 %	25 %	25 %	50 %	409191064
26	NC_017293	CCTG	2	8	6772	6779	0 %	25 %	25 %	50 %	409191064
27	NC_017293	CTAC	2	8	7493	7500	25 %	25 %	0 %	50 %	409191064
28	NC_017293	AGGG	2	8	7710	7717	25 %	0 %	75 %	0 %	409191064
29	NC_017293	GCAC	2	8	8120	8127	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017293	TTCG	2	8	8274	8281	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017293	GTGC	2	8	9137	9144	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017293	CTGC	2	8	9634	9641	0 %	25 %	25 %	50 %	409191065
33	NC_017293	GCTG	2	8	9972	9979	0 %	25 %	50 %	25 %	409191065
34	NC_017293	ATGC	2	8	10086	10093	25 %	25 %	25 %	25 %	409191065
35	NC_017293	CCAT	2	8	10224	10231	25 %	25 %	0 %	50 %	409191065
36	NC_017293	AGAT	2	8	10807	10814	50 %	25 %	25 %	0 %	409191066
37	NC_017293	CCAG	2	8	11088	11095	25 %	0 %	25 %	50 %	409191066
38	NC_017293	GCTG	2	8	11783	11790	0 %	25 %	50 %	25 %	409191066
39	NC_017293	CTAC	2	8	11839	11846	25 %	25 %	0 %	50 %	409191066
40	NC_017293	TTGC	2	8	11883	11890	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017293	GCTG	2	8	11919	11926	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017293	GGCA	2	8	12512	12519	25 %	0 %	50 %	25 %	409191067
43	NC_017293	TAAC	2	8	12833	12840	50 %	25 %	0 %	25 %	409191067
44	NC_017293	AGGC	2	8	13562	13569	25 %	0 %	50 %	25 %	409191068
45	NC_017293	CGCA	2	8	13769	13776	25 %	0 %	25 %	50 %	409191068
46	NC_017293	CATC	2	8	13965	13972	25 %	25 %	0 %	50 %	409191069
47	NC_017293	GAAC	2	8	15114	15121	50 %	0 %	25 %	25 %	409191071
48	NC_017293	GTAG	2	8	15513	15520	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017293	GCCT	2	8	15580	15587	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017293	GCAT	2	8	15612	15619	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017293	GCAG	2	8	15700	15707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017293	AAGT	2	8	15993	16000	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017293	GATG	2	8	16301	16308	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017293	AACT	2	8	16727	16734	50 %	25 %	0 %	25 %	409191072
55	NC_017293	CCTG	2	8	17458	17465	0 %	25 %	25 %	50 %	409191072
56	NC_017293	CCAT	2	8	18036	18043	25 %	25 %	0 %	50 %	409191072
57	NC_017293	GGAG	2	8	19994	20001	25 %	0 %	75 %	0 %	409191074
58	NC_017293	ACGC	2	8	20512	20519	25 %	0 %	25 %	50 %	409191074
59	NC_017293	CTGC	2	8	21225	21232	0 %	25 %	25 %	50 %	409191074
60	NC_017293	TATC	2	8	21731	21738	25 %	50 %	0 %	25 %	409191074
61	NC_017293	TGCA	2	8	21788	21795	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017293	CTAT	2	8	21979	21986	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017293	TAAC	2	8	22540	22547	50 %	25 %	0 %	25 %	409191075
64	NC_017293	CTGC	2	8	22792	22799	0 %	25 %	25 %	50 %	409191075
65	NC_017293	CGAG	2	8	23816	23823	25 %	0 %	50 %	25 %	409191076
66	NC_017293	TCGT	2	8	24339	24346	0 %	50 %	25 %	25 %	409191076
67	NC_017293	ATGC	2	8	24473	24480	25 %	25 %	25 %	25 %	409191076
68	NC_017293	GGCT	2	8	25415	25422	0 %	25 %	50 %	25 %	409191077
69	NC_017293	TGCA	2	8	25634	25641	25 %	25 %	25 %	25 %	409191077
70	NC_017293	GCAT	2	8	25794	25801	25 %	25 %	25 %	25 %	409191077
71	NC_017293	GGCT	2	8	25856	25863	0 %	25 %	50 %	25 %	409191077
72	NC_017293	AGCA	2	8	26103	26110	50 %	0 %	25 %	25 %	409191078
73	NC_017293	CAGA	2	8	26736	26743	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017293	TACC	2	8	27731	27738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017293	TGGG	2	8	27959	27966	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017293	GCGA	2	8	28599	28606	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017293	ACCG	2	8	28794	28801	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017293	GAGG	2	8	28971	28978	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017293	AAAG	2	8	29441	29448	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017293	CACT	2	8	30509	30516	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017293	CGTC	2	8	31544	31551	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017293	GAGT	2	8	32991	32998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017293	TATG	2	8	33711	33718	25 %	50 %	25 %	0 %	409191080
84	NC_017293	ACTT	2	8	33881	33888	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017293	CATC	2	8	33940	33947	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017293	TGAG	2	8	33991	33998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017293	ATCT	2	8	34662	34669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017293	CTGC	2	8	34705	34712	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017293	TGCA	2	8	35222	35229	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017293	TGCT	2	8	35888	35895	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017293	CCAG	2	8	35924	35931	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017293	TCGT	2	8	36097	36104	0 %	50 %	25 %	25 %	409191081
93	NC_017293	TAGC	2	8	36560	36567	25 %	25 %	25 %	25 %	409191081
94	NC_017293	GCGA	2	8	36972	36979	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017293	GGCT	2	8	38074	38081	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017293	GCTG	2	8	38719	38726	0 %	25 %	50 %	25 %	409191082
97	NC_017293	AGAT	2	8	38804	38811	50 %	25 %	25 %	0 %	409191082
98	NC_017293	CCCT	2	8	39259	39266	0 %	25 %	0 %	75 %	409191083
99	NC_017293	TCGT	2	8	39423	39430	0 %	50 %	25 %	25 %	409191083
100	NC_017293	TAAC	2	8	39544	39551	50 %	25 %	0 %	25 %	409191083
101	NC_017293	GCAG	2	8	39688	39695	25 %	0 %	50 %	25 %	409191083
102	NC_017293	ACGC	2	8	40364	40371	25 %	0 %	25 %	50 %	409191084
103	NC_017293	TGCA	2	8	40443	40450	25 %	25 %	25 %	25 %	409191084
104	NC_017293	TGCG	2	8	40811	40818	0 %	25 %	50 %	25 %	409191084
105	NC_017293	TGCG	2	8	41050	41057	0 %	25 %	50 %	25 %	409191084
106	NC_017293	CAGG	2	8	41100	41107	25 %	0 %	50 %	25 %	409191084
107	NC_017293	GAAG	2	8	41311	41318	50 %	0 %	50 %	0 %	409191084
108	NC_017293	TGCA	2	8	41413	41420	25 %	25 %	25 %	25 %	409191084
109	NC_017293	TGTA	2	8	41856	41863	25 %	50 %	25 %	0 %	409191085
110	NC_017293	AGGC	2	8	42266	42273	25 %	0 %	50 %	25 %	409191085
111	NC_017293	GATG	2	8	43675	43682	25 %	25 %	50 %	0 %	409191088
112	NC_017293	CGCA	2	8	44451	44458	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017293	AGTA	2	8	44611	44618	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017293	CTAT	2	8	44814	44821	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017293	CAGC	2	8	45279	45286	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017293	GCGA	2	8	45954	45961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017293	GGAG	2	8	46145	46152	25 %	0 %	75 %	0 %	409191089
118	NC_017293	AGCG	2	8	46592	46599	25 %	0 %	50 %	25 %	409191089
119	NC_017293	AGTG	2	8	46797	46804	25 %	25 %	50 %	0 %	409191089
120	NC_017293	CTGT	2	8	47522	47529	0 %	50 %	25 %	25 %	409191089
121	NC_017293	CCTG	3	12	47616	47627	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017293	TAAG	2	8	48159	48166	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017293	AAGC	2	8	48457	48464	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017293	CATC	2	8	50142	50149	25 %	25 %	0 %	50 %	409191092
125	NC_017293	TGGC	2	8	50535	50542	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017293	GGCA	2	8	50615	50622	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017293	CTGG	2	8	50662	50669	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017293	TGCC	2	8	50866	50873	0 %	25 %	25 %	50 %	409191093
129	NC_017293	GCCC	2	8	50898	50905	0 %	0 %	25 %	75 %	409191093
130	NC_017293	GCAG	2	8	52188	52195	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017293	GGGT	2	8	52635	52642	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017293	TAGC	2	8	53046	53053	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017293	TGGT	2	8	53126	53133	0 %	50 %	50 %	0 %	409191094
134	NC_017293	GCTA	2	8	53168	53175	25 %	25 %	25 %	25 %	409191094
135	NC_017293	AGTT	2	8	53398	53405	25 %	50 %	25 %	0 %	409191094
136	NC_017293	TGCA	2	8	53737	53744	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017293	GCAC	2	8	53789	53796	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017293	AGGC	2	8	54031	54038	25 %	0 %	50 %	25 %	409191095
139	NC_017293	GGTG	2	8	54066	54073	0 %	25 %	75 %	0 %	409191095
140	NC_017293	TCAT	2	8	54278	54285	25 %	50 %	0 %	25 %	409191095
141	NC_017293	AGGG	2	8	54551	54558	25 %	0 %	75 %	0 %	409191095
142	NC_017293	GCAG	2	8	55141	55148	25 %	0 %	50 %	25 %	409191096
143	NC_017293	AGCC	2	8	57453	57460	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017293	AACA	2	8	57614	57621	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017293	CATC	2	8	57966	57973	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017293	GTGC	2	8	58691	58698	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017293	ATGC	2	8	59658	59665	25 %	25 %	25 %	25 %	409191097
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331	NC_017293	GGCA	2	8	136038	136045	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.