MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 407

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017287	CTGTGG	2	12	4728	4739	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450099
2	NC_017287	GAGAAA	2	12	8500	8511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450102
3	NC_017287	AGGAAG	2	12	11230	11241	50 %	0 %	50 %	0 %	384450103
4	NC_017287	AAGAGT	2	12	12833	12844	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450103
5	NC_017287	ATAGTT	2	12	13055	13066	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450103
6	NC_017287	AAAAGC	2	12	17110	17121	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384450106
7	NC_017287	TAAGTG	2	12	28935	28946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450113
8	NC_017287	ATTTAA	2	12	33506	33517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017287	TGATGT	2	12	34101	34112	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450121
10	NC_017287	TTTTTA	2	12	39305	39316	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017287	CGATTT	2	12	40175	40186	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450126
12	NC_017287	GATAAA	2	12	40326	40337	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450126
13	NC_017287	TTTTAA	2	12	42629	42640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450128
14	NC_017287	TGCTGG	2	12	44548	44559	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450131
15	NC_017287	CTTATC	2	12	54260	54271	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450139
16	NC_017287	AAATTT	2	12	55028	55039	50 %	50 %	0 %	0 %	384450140
17	NC_017287	TTGTTC	2	12	61334	61345	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450145
18	NC_017287	TTATGG	2	12	62156	62167	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450145
19	NC_017287	ATTTGG	2	12	62540	62551	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450145
20	NC_017287	AAGTTG	2	12	65498	65509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450147
21	NC_017287	TAGGGC	2	12	72833	72844	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450155
22	NC_017287	CCTGAT	2	12	72858	72869	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450155
23	NC_017287	TGTTTC	2	12	74914	74925	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450158
24	NC_017287	ATTATA	2	12	77669	77680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017287	CACCTC	2	12	78238	78249	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384450160
26	NC_017287	GCTGAT	2	12	80065	80076	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450161
27	NC_017287	TCAAAA	2	12	85798	85809	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384450168
28	NC_017287	GATATC	3	18	90620	90637	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450171
29	NC_017287	CATTTC	2	12	90851	90862	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450171
30	NC_017287	TTGGGG	2	12	91203	91214	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384450171
31	NC_017287	CTTTTG	2	12	91900	91911	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450171
32	NC_017287	ACCACA	2	12	98091	98102	50 %	0 %	0 %	50 %	384450177
33	NC_017287	TGAATA	2	12	102187	102198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450184
34	NC_017287	CTCTTC	2	12	103700	103711	0 %	50 %	0 %	50 %	384450185
35	NC_017287	AAATTA	2	12	106959	106970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384450189
36	NC_017287	TAAAGG	2	12	108745	108756	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450191
37	NC_017287	GTAAAG	2	12	112541	112552	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450198
38	NC_017287	ATTCCT	2	12	115276	115287	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450205
39	NC_017287	TTTCTT	2	12	122947	122958	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450216
40	NC_017287	TGCATT	2	12	124488	124499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450218
41	NC_017287	TATACT	2	12	124695	124706	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384450219
42	NC_017287	ATATGA	2	12	127884	127895	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450222
43	NC_017287	AGCAAC	2	12	129655	129666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450223
44	NC_017287	TTTCTT	2	12	131806	131817	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450225
45	NC_017287	TGATTC	2	12	134252	134263	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450226
46	NC_017287	TGTTTT	2	12	145439	145450	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450238
47	NC_017287	ATAGGC	2	12	146841	146852	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017287	AAGTAA	2	12	147723	147734	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450243
49	NC_017287	TTCCGT	2	12	147936	147947	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017287	CTCTAT	2	12	152209	152220	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450245
51	NC_017287	TGGATT	2	12	160728	160739	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450253
52	NC_017287	AGAAAA	2	12	162971	162982	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017287	AAGAGA	2	12	166547	166558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450258
54	NC_017287	TAAAGA	2	12	173052	173063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450265
55	NC_017287	GTTTTT	2	12	173390	173401	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450266
56	NC_017287	TGCTGG	2	12	174085	174096	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384450267
57	NC_017287	GATAGA	2	12	174373	174384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450267
58	NC_017287	ACCAAC	2	12	182777	182788	50 %	0 %	0 %	50 %	384450274
59	NC_017287	TCCCTG	2	12	183771	183782	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384450275
60	NC_017287	AAGGAG	2	12	188761	188772	50 %	0 %	50 %	0 %	384450280
61	NC_017287	GCCTTG	2	12	190180	190191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384450280
62	NC_017287	ACAATC	2	12	194490	194501	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384450282
63	NC_017287	CAAAGG	2	12	194621	194632	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384450282
64	NC_017287	TGCAGA	2	12	202171	202182	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384450288
65	NC_017287	AAAGAC	2	12	205301	205312	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384450293
66	NC_017287	TATTAC	2	12	206303	206314	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384450295
67	NC_017287	AGGAAA	2	12	207689	207700	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384450295
68	NC_017287	CAGGAA	2	12	209212	209223	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384450297
69	NC_017287	TTTTTA	2	12	210394	210405	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017287	AATGGT	2	12	221455	221466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450309
71	NC_017287	AGTAGA	2	12	222184	222195	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450309
72	NC_017287	CAGGAG	2	12	222465	222476	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384450309
73	NC_017287	GCCAAC	2	12	226220	226231	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	384450311
74	NC_017287	TAAAGA	2	12	226749	226760	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017287	AAGACC	2	12	227215	227226	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450313
76	NC_017287	ATATTT	2	12	228554	228565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450314
77	NC_017287	AATTGA	2	12	230741	230752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384450318
78	NC_017287	ATTTTG	2	12	232784	232795	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384450320
79	NC_017287	TGCGAA	2	12	235174	235185	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384450322
80	NC_017287	TAGGAA	2	12	235701	235712	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450322
81	NC_017287	ATTATA	2	12	239618	239629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017287	TTGAAT	2	12	243931	243942	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017287	TTTCCT	2	12	244744	244755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450332
84	NC_017287	TTTAGG	2	12	245352	245363	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384450333
85	NC_017287	TAAAAG	2	12	245444	245455	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450333
86	NC_017287	GTTAAT	2	12	256975	256986	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450347
87	NC_017287	TTTCAT	2	12	257490	257501	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450347
88	NC_017287	GACTTT	2	12	257953	257964	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450348
89	NC_017287	AATTTA	2	12	258574	258585	50 %	50 %	0 %	0 %	384450349
90	NC_017287	GTGTAA	2	12	261343	261354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450350
91	NC_017287	ATATAA	2	12	261683	261694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017287	GGGAAA	2	12	267650	267661	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017287	TATTTC	2	12	271182	271193	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450358
94	NC_017287	TGAAAA	2	12	272356	272367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450360
95	NC_017287	TCTAGA	2	12	273277	273288	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450361
96	NC_017287	CTGTTT	2	12	275472	275483	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450363
97	NC_017287	TTTTAT	2	12	276172	276183	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384450363
98	NC_017287	TAAGAA	2	12	277569	277580	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017287	CTAAGT	2	12	279015	279026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450366
100	NC_017287	AGCACG	2	12	284220	284231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384450370
101	NC_017287	GGATTA	2	12	290251	290262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450374
102	NC_017287	ATAGAA	2	12	290791	290802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450374
103	NC_017287	TAAAAT	2	12	291757	291768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017287	GATTTA	2	12	294329	294340	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384450376
105	NC_017287	TCTTTT	2	12	294544	294555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384450376
106	NC_017287	TTTTTG	2	12	298030	298041	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450377
107	NC_017287	ATTTGT	2	12	301008	301019	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384450378
108	NC_017287	TAGGCG	2	12	302657	302668	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450379
109	NC_017287	GGTTAC	2	12	304134	304145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450379
110	NC_017287	TATATT	2	12	304597	304608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384450381
111	NC_017287	GCAATC	2	12	312666	312677	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017287	GTCTTT	2	12	320044	320055	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450386
113	NC_017287	GTCTTT	2	12	325399	325410	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450388
114	NC_017287	AGAACC	2	12	326146	326157	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384450388
115	NC_017287	GTCTTT	2	12	328073	328084	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017287	ACCAAT	2	12	331846	331857	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384450389
117	NC_017287	TGAAAA	2	12	337130	337141	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017287	TGTTGC	2	12	337388	337399	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384450390
119	NC_017287	AGCAAT	2	12	342069	342080	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450394
120	NC_017287	TTGACT	2	12	348060	348071	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450400
121	NC_017287	ATGTTC	2	12	350397	350408	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450401
122	NC_017287	TATTAA	2	12	352615	352626	50 %	50 %	0 %	0 %	384450404
123	NC_017287	ATGATC	2	12	354243	354254	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450404
124	NC_017287	GCTAAA	2	12	354941	354952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450405
125	NC_017287	CCTTTT	2	12	358059	358070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384450407
126	NC_017287	CTAAAG	2	12	358531	358542	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450407
127	NC_017287	GCTGAT	2	12	364290	364301	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450414
128	NC_017287	ATCGGG	2	12	366473	366484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384450415
129	NC_017287	CTAAAT	2	12	368060	368071	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384450417
130	NC_017287	AATTCC	2	12	369048	369059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384450417
131	NC_017287	ATTTTT	2	12	371518	371529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017287	GAATGT	2	12	372668	372679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450421
133	NC_017287	TCTATG	2	12	379844	379855	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384450426
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136	NC_017287	CTTAGG	2	12	384979	384990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450430
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140	NC_017287	AAAATC	2	12	396526	396537	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017287	CGGTAT	2	12	399011	399022	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384450445
142	NC_017287	ATTTAA	2	12	399848	399859	50 %	50 %	0 %	0 %	384450446
143	NC_017287	AGATGA	2	12	403012	403023	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384450448
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149	NC_017287	CAGTGA	2	12	414499	414510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384450457
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152	NC_017287	GACTGT	2	12	424936	424947	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_017287	GTTGGA	2	12	425727	425738	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384450469
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172	NC_017287	AAAAAT	2	12	470505	470516	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017287	ATCAAA	2	12	474335	474346	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384450516
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180	NC_017287	TAGCAC	2	12	492373	492384	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384450533
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184	NC_017287	AGCAGA	2	12	508772	508783	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384450550
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219	NC_017287	CGCTAA	2	12	608809	608820	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384450636
220	NC_017287	TTGTTT	2	12	610684	610695	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	384450637
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222	NC_017287	ATAAAG	2	12	619608	619619	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450644
223	NC_017287	AATGAC	2	12	622208	622219	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450646
224	NC_017287	TTCTCC	2	12	624506	624517	0 %	50 %	0 %	50 %	384450649
225	NC_017287	AGATAA	2	12	625537	625548	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450650
226	NC_017287	CTTGTT	2	12	635206	635217	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384450658
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229	NC_017287	ATGGAT	2	12	639276	639287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384450658
230	NC_017287	GCCATA	2	12	645507	645518	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384450659
231	NC_017287	CATGAA	2	12	652603	652614	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384450664
232	NC_017287	CTTTTG	2	12	655690	655701	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
233	NC_017287	AAATAC	2	12	661248	661259	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_017287	CAATCT	2	12	661834	661845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_017287	TTAGGG	2	12	662196	662207	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384450675
236	NC_017287	TCATTC	2	12	664083	664094	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450678
237	NC_017287	TCCCAG	2	12	666648	666659	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384450680
238	NC_017287	AGAATA	2	12	666730	666741	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450680
239	NC_017287	CCTAAC	2	12	677161	677172	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384450690
240	NC_017287	TCCATT	2	12	679888	679899	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384450693
241	NC_017287	ACGGCT	2	12	685337	685348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384450697
242	NC_017287	TTCATT	2	12	689973	689984	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384450700
243	NC_017287	ACGTTC	2	12	690630	690641	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450700
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247	NC_017287	AAGGGA	2	12	702934	702945	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
248	NC_017287	TGCTAC	2	12	704224	704235	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450708
249	NC_017287	ATTAAT	2	12	705624	705635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_017287	TTAGTG	2	12	707781	707792	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
251	NC_017287	AAAGAC	2	12	711919	711930	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384450711
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264	NC_017287	TATTTT	2	12	745622	745633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	384450740
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270	NC_017287	CCTTCC	2	12	757085	757096	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384450748
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291	NC_017287	AAAAAC	2	12	824070	824081	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	384450800
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333	NC_017287	AGCTCT	2	12	945650	945661	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450904
334	NC_017287	ATTTTA	2	12	950688	950699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_017287	TTGCTG	2	12	954177	954188	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384450912
336	NC_017287	CTCTGA	2	12	958326	958337	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384450913
337	NC_017287	CAGTTA	2	12	962603	962614	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384450920
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339	NC_017287	GGCACA	2	12	966166	966177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384450923
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342	NC_017287	CTCTTC	2	12	979344	979355	0 %	50 %	0 %	50 %	384450935
343	NC_017287	ATAAAA	2	12	982428	982439	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_017287	AAGAAT	2	12	985651	985662	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384450943
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.