MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	AT	3	6	312	317	50 %	50 %	0 %	0 %	384358974
2	NC_017176	TA	3	6	546	551	50 %	50 %	0 %	0 %	384358975
3	NC_017176	TA	4	8	1473	1480	50 %	50 %	0 %	0 %	384358977
4	NC_017176	AG	3	6	1489	1494	50 %	0 %	50 %	0 %	384358977
5	NC_017176	GA	3	6	2359	2364	50 %	0 %	50 %	0 %	384358978
6	NC_017176	AT	3	6	2390	2395	50 %	50 %	0 %	0 %	384358978
7	NC_017176	TA	3	6	2637	2642	50 %	50 %	0 %	0 %	384358979
8	NC_017176	AT	3	6	2967	2972	50 %	50 %	0 %	0 %	384358980
9	NC_017176	AT	4	8	3249	3256	50 %	50 %	0 %	0 %	384358980
10	NC_017176	GA	3	6	3290	3295	50 %	0 %	50 %	0 %	384358980
11	NC_017176	TA	3	6	4284	4289	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
12	NC_017176	GA	3	6	4469	4474	50 %	0 %	50 %	0 %	384358983
13	NC_017176	AT	3	6	4810	4815	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
14	NC_017176	TA	3	6	4887	4892	50 %	50 %	0 %	0 %	384358983
15	NC_017176	GA	3	6	6280	6285	50 %	0 %	50 %	0 %	384358986
16	NC_017176	GA	3	6	9450	9455	50 %	0 %	50 %	0 %	384358986
17	NC_017176	TA	3	6	9650	9655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017176	AT	4	8	10469	10476	50 %	50 %	0 %	0 %	384358988
19	NC_017176	AT	4	8	10902	10909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017176	AT	3	6	13150	13155	50 %	50 %	0 %	0 %	384358991
21	NC_017176	TA	3	6	13237	13242	50 %	50 %	0 %	0 %	384358991
22	NC_017176	AT	4	8	13266	13273	50 %	50 %	0 %	0 %	384358991
23	NC_017176	TA	4	8	13497	13504	50 %	50 %	0 %	0 %	384358992
24	NC_017176	TA	3	6	13514	13519	50 %	50 %	0 %	0 %	384358992
25	NC_017176	AG	3	6	13524	13529	50 %	0 %	50 %	0 %	384358992
26	NC_017176	TA	3	6	13587	13592	50 %	50 %	0 %	0 %	384358992
27	NC_017176	AG	3	6	14258	14263	50 %	0 %	50 %	0 %	384358992
28	NC_017176	TA	3	6	14270	14275	50 %	50 %	0 %	0 %	384358992
29	NC_017176	TA	3	6	14924	14929	50 %	50 %	0 %	0 %	384358993
30	NC_017176	AT	3	6	15161	15166	50 %	50 %	0 %	0 %	384358994
31	NC_017176	AC	3	6	16581	16586	50 %	0 %	0 %	50 %	384358995
32	NC_017176	AT	3	6	16688	16693	50 %	50 %	0 %	0 %	384358995
33	NC_017176	AC	3	6	16790	16795	50 %	0 %	0 %	50 %	384358995
34	NC_017176	AT	3	6	17362	17367	50 %	50 %	0 %	0 %	384358996
35	NC_017176	CA	3	6	17423	17428	50 %	0 %	0 %	50 %	384358996
36	NC_017176	AG	3	6	17669	17674	50 %	0 %	50 %	0 %	384358997
37	NC_017176	TA	3	6	17766	17771	50 %	50 %	0 %	0 %	384358997
38	NC_017176	TA	3	6	17857	17862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017176	AT	3	6	18231	18236	50 %	50 %	0 %	0 %	384358999
40	NC_017176	AT	3	6	18746	18751	50 %	50 %	0 %	0 %	384359000
41	NC_017176	TA	3	6	19046	19051	50 %	50 %	0 %	0 %	384359000
42	NC_017176	AT	3	6	19963	19968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017176	AT	3	6	20824	20829	50 %	50 %	0 %	0 %	384359001
44	NC_017176	AT	3	6	21142	21147	50 %	50 %	0 %	0 %	384359002
45	NC_017176	AT	3	6	21528	21533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017176	TA	3	6	21745	21750	50 %	50 %	0 %	0 %	384359003
47	NC_017176	AT	4	8	21914	21921	50 %	50 %	0 %	0 %	384359003
48	NC_017176	AT	3	6	22749	22754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017176	TA	3	6	22841	22846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017176	AC	3	6	22854	22859	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017176	AT	3	6	22894	22899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017176	AC	4	8	22986	22993	50 %	0 %	0 %	50 %	384359005
53	NC_017176	AT	3	6	23014	23019	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
54	NC_017176	TA	3	6	23117	23122	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
55	NC_017176	TA	3	6	23643	23648	50 %	50 %	0 %	0 %	384359006
56	NC_017176	TA	3	6	23656	23661	50 %	50 %	0 %	0 %	384359006
57	NC_017176	AT	3	6	23919	23924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017176	TA	3	6	23954	23959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017176	AT	3	6	25096	25101	50 %	50 %	0 %	0 %	384359008
60	NC_017176	TA	3	6	25161	25166	50 %	50 %	0 %	0 %	384359009
61	NC_017176	TA	3	6	25476	25481	50 %	50 %	0 %	0 %	384359009
62	NC_017176	AT	3	6	25793	25798	50 %	50 %	0 %	0 %	384359009
63	NC_017176	AT	4	8	25864	25871	50 %	50 %	0 %	0 %	384359009
64	NC_017176	AT	3	6	25916	25921	50 %	50 %	0 %	0 %	384359009
65	NC_017176	TA	3	6	26342	26347	50 %	50 %	0 %	0 %	384359010
66	NC_017176	TA	3	6	26387	26392	50 %	50 %	0 %	0 %	384359010
67	NC_017176	AT	3	6	26404	26409	50 %	50 %	0 %	0 %	384359010
68	NC_017176	TA	3	6	27642	27647	50 %	50 %	0 %	0 %	384359011
69	NC_017176	AT	3	6	28363	28368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017176	CT	3	6	28398	28403	0 %	50 %	0 %	50 %	384359012
71	NC_017176	TA	3	6	29049	29054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017176	TA	3	6	29459	29464	50 %	50 %	0 %	0 %	384359013
73	NC_017176	AT	3	6	29496	29501	50 %	50 %	0 %	0 %	384359013
74	NC_017176	TA	3	6	29873	29878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017176	CT	3	6	30585	30590	0 %	50 %	0 %	50 %	384359014
76	NC_017176	AG	3	6	30772	30777	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017176	AG	3	6	30876	30881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017176	TA	3	6	31325	31330	50 %	50 %	0 %	0 %	384359016
79	NC_017176	AT	3	6	31508	31513	50 %	50 %	0 %	0 %	384359016
80	NC_017176	TA	3	6	31649	31654	50 %	50 %	0 %	0 %	384359016
81	NC_017176	TA	3	6	33402	33407	50 %	50 %	0 %	0 %	384359021
82	NC_017176	GA	3	6	34068	34073	50 %	0 %	50 %	0 %	384359021
83	NC_017176	TA	3	6	34631	34636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017176	AC	3	6	34657	34662	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017176	TA	3	6	34716	34721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017176	TA	3	6	35416	35421	50 %	50 %	0 %	0 %	384359023
87	NC_017176	AT	3	6	36254	36259	50 %	50 %	0 %	0 %	384359025
88	NC_017176	GA	3	6	36460	36465	50 %	0 %	50 %	0 %	384359025
89	NC_017176	AT	3	6	36729	36734	50 %	50 %	0 %	0 %	384359026
90	NC_017176	TA	3	6	36740	36745	50 %	50 %	0 %	0 %	384359026
91	NC_017176	TA	3	6	36802	36807	50 %	50 %	0 %	0 %	384359026
92	NC_017176	AT	3	6	37090	37095	50 %	50 %	0 %	0 %	384359026
93	NC_017176	AT	3	6	37227	37232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017176	TA	3	6	38315	38320	50 %	50 %	0 %	0 %	384359029
95	NC_017176	TA	3	6	38450	38455	50 %	50 %	0 %	0 %	384359029
96	NC_017176	TA	3	6	38653	38658	50 %	50 %	0 %	0 %	384359030
97	NC_017176	AT	3	6	39175	39180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017176	AG	3	6	39230	39235	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017176	GA	3	6	39322	39327	50 %	0 %	50 %	0 %	384359031
100	NC_017176	AT	3	6	39882	39887	50 %	50 %	0 %	0 %	384359032
101	NC_017176	AC	3	6	40184	40189	50 %	0 %	0 %	50 %	384359032
102	NC_017176	TA	3	6	40304	40309	50 %	50 %	0 %	0 %	384359032
103	NC_017176	AT	4	8	40511	40518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017176	TA	3	6	40934	40939	50 %	50 %	0 %	0 %	384359033
105	NC_017176	AT	3	6	41123	41128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017176	TA	5	10	41129	41138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017176	AT	3	6	41159	41164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017176	AT	3	6	41392	41397	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017176	AG	3	6	42306	42311	50 %	0 %	50 %	0 %	384359034
110	NC_017176	AT	3	6	42953	42958	50 %	50 %	0 %	0 %	384359034
111	NC_017176	TA	3	6	43008	43013	50 %	50 %	0 %	0 %	384359034
112	NC_017176	CT	3	6	43241	43246	0 %	50 %	0 %	50 %	384359034
113	NC_017176	AT	3	6	43264	43269	50 %	50 %	0 %	0 %	384359034
114	NC_017176	AT	3	6	43599	43604	50 %	50 %	0 %	0 %	384359036
115	NC_017176	AG	3	6	44007	44012	50 %	0 %	50 %	0 %	384359036
116	NC_017176	AT	5	10	44063	44072	50 %	50 %	0 %	0 %	384359036
117	NC_017176	AT	3	6	44119	44124	50 %	50 %	0 %	0 %	384359036
118	NC_017176	AT	3	6	44686	44691	50 %	50 %	0 %	0 %	384359036
119	NC_017176	GA	3	6	44809	44814	50 %	0 %	50 %	0 %	384359036
120	NC_017176	AT	4	8	44858	44865	50 %	50 %	0 %	0 %	384359037
121	NC_017176	AC	3	6	44956	44961	50 %	0 %	0 %	50 %	384359037

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.