MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 1251

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_017176	CATC	2	8	20055	20062	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
502	NC_017176	TTG	2	6	20192	20197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
503	NC_017176	ATT	2	6	20216	20221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_017176	TTC	2	6	20222	20227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
505	NC_017176	ATA	2	6	20314	20319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
506	NC_017176	A	7	7	20323	20329	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_017176	ATC	2	6	20332	20337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
508	NC_017176	CTTT	2	8	20343	20350	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
509	NC_017176	TAA	2	6	20367	20372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
510	NC_017176	TAAA	3	12	20412	20423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
511	NC_017176	TAT	2	6	20439	20444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
512	NC_017176	TTTA	2	8	20457	20464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
513	NC_017176	AATAAA	2	12	20474	20485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_017176	T	6	6	20489	20494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
515	NC_017176	T	7	7	20549	20555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_017176	TAAA	2	8	20581	20588	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
517	NC_017176	A	7	7	20586	20592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
518	NC_017176	CTA	2	6	20595	20600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_017176	TAT	2	6	20601	20606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_017176	CAT	2	6	20625	20630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359001
521	NC_017176	AATT	2	8	20657	20664	50 %	50 %	0 %	0 %	384359001
522	NC_017176	GAAA	2	8	20706	20713	75 %	0 %	25 %	0 %	384359001
523	NC_017176	A	7	7	20785	20791	100 %	0 %	0 %	0 %	384359001
524	NC_017176	AT	3	6	20824	20829	50 %	50 %	0 %	0 %	384359001
525	NC_017176	ATAAA	2	10	20867	20876	80 %	20 %	0 %	0 %	384359001
526	NC_017176	ATT	2	6	20891	20896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359001
527	NC_017176	GAA	2	6	20953	20958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384359001
528	NC_017176	AAT	2	6	21012	21017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359002
529	NC_017176	TTA	2	6	21066	21071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
530	NC_017176	TAT	2	6	21088	21093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
531	NC_017176	AT	3	6	21142	21147	50 %	50 %	0 %	0 %	384359002
532	NC_017176	CTAT	2	8	21162	21169	25 %	50 %	0 %	25 %	384359002
533	NC_017176	ATC	2	6	21179	21184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359002
534	NC_017176	TAT	2	6	21217	21222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
535	NC_017176	ATC	3	9	21248	21256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359002
536	NC_017176	CTAT	2	8	21273	21280	25 %	50 %	0 %	25 %	384359002
537	NC_017176	TCA	2	6	21291	21296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359002
538	NC_017176	TAT	2	6	21304	21309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
539	NC_017176	TTA	2	6	21348	21353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
540	NC_017176	T	6	6	21401	21406	0 %	100 %	0 %	0 %	384359002
541	NC_017176	TAT	2	6	21430	21435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359002
542	NC_017176	CAA	2	6	21445	21450	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384359002
543	NC_017176	T	7	7	21462	21468	0 %	100 %	0 %	0 %	384359002
544	NC_017176	CCT	2	6	21497	21502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
545	NC_017176	A	6	6	21504	21509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_017176	AT	3	6	21528	21533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
547	NC_017176	TAT	2	6	21542	21547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_017176	T	6	6	21568	21573	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
549	NC_017176	TCA	2	6	21577	21582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359003
550	NC_017176	T	7	7	21583	21589	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
551	NC_017176	TTTGCA	2	12	21597	21608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384359003
552	NC_017176	TAT	2	6	21638	21643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359003
553	NC_017176	ACA	2	6	21702	21707	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384359003
554	NC_017176	TAATT	2	10	21726	21735	40 %	60 %	0 %	0 %	384359003
555	NC_017176	TA	3	6	21745	21750	50 %	50 %	0 %	0 %	384359003
556	NC_017176	AAT	2	6	21759	21764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359003
557	NC_017176	T	6	6	21844	21849	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
558	NC_017176	T	7	7	21899	21905	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
559	NC_017176	CAT	2	6	21910	21915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359003
560	NC_017176	AT	4	8	21914	21921	50 %	50 %	0 %	0 %	384359003
561	NC_017176	TGT	2	6	21986	21991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384359003
562	NC_017176	CCA	2	6	21996	22001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384359003
563	NC_017176	ACA	2	6	22014	22019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384359003
564	NC_017176	ATA	2	6	22055	22060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359003
565	NC_017176	TAG	2	6	22120	22125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359003
566	NC_017176	TCAA	2	8	22176	22183	50 %	25 %	0 %	25 %	384359003
567	NC_017176	TCC	2	6	22196	22201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384359003
568	NC_017176	TCA	2	6	22242	22247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359003
569	NC_017176	AAG	2	6	22284	22289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384359003
570	NC_017176	TTTC	2	8	22291	22298	0 %	75 %	0 %	25 %	384359003
571	NC_017176	TATT	2	8	22312	22319	25 %	75 %	0 %	0 %	384359003
572	NC_017176	ATA	2	6	22340	22345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359003
573	NC_017176	TTA	2	6	22350	22355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359003
574	NC_017176	ATCTGA	2	12	22370	22381	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384359003
575	NC_017176	T	6	6	22389	22394	0 %	100 %	0 %	0 %	384359003
576	NC_017176	ACTTT	2	10	22404	22413	20 %	60 %	0 %	20 %	384359003
577	NC_017176	ATC	2	6	22421	22426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359003
578	NC_017176	CAAAAT	2	12	22510	22521	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384359004
579	NC_017176	TCT	2	6	22533	22538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384359004
580	NC_017176	T	6	6	22544	22549	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
581	NC_017176	T	7	7	22572	22578	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
582	NC_017176	CATT	2	8	22579	22586	25 %	50 %	0 %	25 %	384359004
583	NC_017176	T	6	6	22585	22590	0 %	100 %	0 %	0 %	384359004
584	NC_017176	T	6	6	22712	22717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
585	NC_017176	TTA	2	6	22735	22740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
586	NC_017176	AT	3	6	22749	22754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
587	NC_017176	T	6	6	22797	22802	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_017176	ATA	2	6	22803	22808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
589	NC_017176	T	6	6	22817	22822	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
590	NC_017176	TA	3	6	22841	22846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
591	NC_017176	AC	3	6	22854	22859	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
592	NC_017176	A	8	8	22877	22884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_017176	AT	3	6	22894	22899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
594	NC_017176	AAG	2	6	22943	22948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384359005
595	NC_017176	AAT	2	6	22966	22971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359005
596	NC_017176	ATA	2	6	22972	22977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359005
597	NC_017176	CCT	2	6	22978	22983	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384359005
598	NC_017176	AC	4	8	22986	22993	50 %	0 %	0 %	50 %	384359005
599	NC_017176	AT	3	6	23014	23019	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
600	NC_017176	T	6	6	23026	23031	0 %	100 %	0 %	0 %	384359005
601	NC_017176	TAC	2	6	23046	23051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359005
602	NC_017176	TAG	2	6	23060	23065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359005
603	NC_017176	GAT	2	6	23095	23100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384359005
604	NC_017176	TA	3	6	23117	23122	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
605	NC_017176	ATTT	2	8	23124	23131	25 %	75 %	0 %	0 %	384359005
606	NC_017176	ACC	2	6	23217	23222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384359005
607	NC_017176	AATT	2	8	23271	23278	50 %	50 %	0 %	0 %	384359005
608	NC_017176	TAA	2	6	23364	23369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359005
609	NC_017176	T	7	7	23378	23384	0 %	100 %	0 %	0 %	384359005
610	NC_017176	T	7	7	23402	23408	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_017176	ATT	2	6	23411	23416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
612	NC_017176	CTTT	2	8	23432	23439	0 %	75 %	0 %	25 %	384359006
613	NC_017176	TAA	2	6	23448	23453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384359006
614	NC_017176	CAG	2	6	23472	23477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384359006
615	NC_017176	TCA	2	6	23531	23536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384359006
616	NC_017176	ATT	2	6	23566	23571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384359006
617	NC_017176	TA	3	6	23643	23648	50 %	50 %	0 %	0 %	384359006
618	NC_017176	TA	3	6	23656	23661	50 %	50 %	0 %	0 %	384359006
619	NC_017176	T	6	6	23663	23668	0 %	100 %	0 %	0 %	384359006
620	NC_017176	A	6	6	23686	23691	100 %	0 %	0 %	0 %	384359006
621	NC_017176	TGTA	2	8	23704	23711	25 %	50 %	25 %	0 %	384359006
622	NC_017176	ATA	2	6	23761	23766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
623	NC_017176	CTT	3	9	23771	23779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
624	NC_017176	T	7	7	23815	23821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
625	NC_017176	AAT	2	6	23838	23843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
626	NC_017176	T	6	6	23855	23860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
627	NC_017176	CTATT	2	10	23861	23870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
628	NC_017176	ATAGA	2	10	23879	23888	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
629	NC_017176	A	7	7	23888	23894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
630	NC_017176	AT	3	6	23919	23924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
631	NC_017176	TA	3	6	23954	23959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_017176	ATT	2	6	23962	23967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
633	NC_017176	TAA	3	9	23999	24007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
634	NC_017176	ATA	2	6	24048	24053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
635	NC_017176	AAG	2	6	24059	24064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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