MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_3

Total Repeats: 406

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017021	ATC	2	6	129	134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327285
2	NC_017021	CAA	3	9	154	162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
3	NC_017021	GAA	2	6	165	170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327285
4	NC_017021	AGC	2	6	223	228	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327285
5	NC_017021	AAC	2	6	245	250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
6	NC_017021	CAA	2	6	314	319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327285
7	NC_017021	TGG	2	6	336	341	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383327285
8	NC_017021	GGA	2	6	414	419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327286
9	NC_017021	AGA	2	6	429	434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
10	NC_017021	TCA	2	6	461	466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327286
11	NC_017021	AGT	2	6	481	486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
12	NC_017021	ACA	2	6	556	561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327286
13	NC_017021	GAA	2	6	664	669	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
14	NC_017021	AGA	2	6	702	707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
15	NC_017021	TAG	2	6	717	722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
16	NC_017021	CAA	2	6	777	782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327286
17	NC_017021	GCA	3	9	791	799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
18	NC_017021	AGA	2	6	810	815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
19	NC_017021	AGC	2	6	889	894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
20	NC_017021	GCC	2	6	939	944	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383327286
21	NC_017021	AGC	2	6	984	989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327286
22	NC_017021	ACT	2	6	1054	1059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327286
23	NC_017021	TGA	2	6	1083	1088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327286
24	NC_017021	AGA	2	6	1101	1106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327286
25	NC_017021	CCA	2	6	1148	1153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327286
26	NC_017021	GAG	2	6	1160	1165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327286
27	NC_017021	TTG	2	6	1225	1230	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017021	GAT	2	6	1236	1241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017021	AAG	2	6	1294	1299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017021	AGA	3	9	1343	1351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017021	AAG	2	6	1416	1421	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017021	GCT	2	6	1484	1489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327287
33	NC_017021	CTG	2	6	1533	1538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327287
34	NC_017021	TGA	2	6	1552	1557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
35	NC_017021	AGT	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
36	NC_017021	AGT	2	6	1619	1624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
37	NC_017021	CAA	2	6	1625	1630	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327287
38	NC_017021	TAG	2	6	1657	1662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
39	NC_017021	AGT	2	6	1745	1750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327287
40	NC_017021	CAG	2	6	1890	1895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327287
41	NC_017021	AAG	2	6	2013	2018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327287
42	NC_017021	AAT	2	6	2197	2202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327287
43	NC_017021	GCA	2	6	2247	2252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327287
44	NC_017021	ATA	2	6	2716	2721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327288
45	NC_017021	TCT	2	6	2775	2780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327288
46	NC_017021	CAG	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327288
47	NC_017021	TGA	2	6	2861	2866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327288
48	NC_017021	ATG	2	6	2883	2888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327288
49	NC_017021	TAA	2	6	3071	3076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017021	CCA	2	6	3190	3195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327289
51	NC_017021	TGC	2	6	3222	3227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327289
52	NC_017021	ATA	2	6	3241	3246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327289
53	NC_017021	CAG	2	6	3406	3411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327290
54	NC_017021	ATG	2	6	3431	3436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327290
55	NC_017021	AAC	2	6	3443	3448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327290
56	NC_017021	ATG	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327290
57	NC_017021	TGC	2	6	3631	3636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327291
58	NC_017021	AAG	2	6	3705	3710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327291
59	NC_017021	ATA	2	6	3787	3792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017021	ATC	2	6	3795	3800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017021	TAA	2	6	3855	3860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017021	ATA	2	6	3912	3917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017021	TAT	2	6	3993	3998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327292
64	NC_017021	AGG	2	6	4015	4020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383327292
65	NC_017021	AGA	2	6	4173	4178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017021	ATT	2	6	4286	4291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
67	NC_017021	TTG	2	6	4349	4354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327293
68	NC_017021	CTT	3	9	4360	4368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327293
69	NC_017021	GAA	2	6	4598	4603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327293
70	NC_017021	TCA	2	6	4641	4646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
71	NC_017021	TGA	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327293
72	NC_017021	ATC	2	6	4919	4924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
73	NC_017021	CAA	2	6	4978	4983	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327293
74	NC_017021	CAT	2	6	5104	5109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327293
75	NC_017021	ATT	2	6	5132	5137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
76	NC_017021	TGT	2	6	5157	5162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327293
77	NC_017021	ATT	2	6	5165	5170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327293
78	NC_017021	TTC	2	6	5174	5179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327293
79	NC_017021	TAT	2	6	5319	5324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017021	TCA	2	6	5390	5395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017021	GCT	2	6	5403	5408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017021	TGA	2	6	5423	5428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017021	AGA	2	6	5486	5491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017021	TAC	2	6	5546	5551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017021	ATA	2	6	5616	5621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017021	TAT	2	6	5625	5630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017021	TGC	2	6	5737	5742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017021	TGA	2	6	5767	5772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017021	TCT	2	6	5807	5812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017021	TGC	2	6	5868	5873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017021	CTA	2	6	5875	5880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017021	ACC	2	6	5886	5891	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_017021	TTG	2	6	5936	5941	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017021	TGT	2	6	5969	5974	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017021	TAG	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017021	CTG	2	6	6206	6211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017021	TTC	2	6	6232	6237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017021	ATG	2	6	6336	6341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017021	AAT	2	6	6470	6475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017021	CAG	2	6	6586	6591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327294
101	NC_017021	TGC	3	9	6592	6600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327294
102	NC_017021	TAT	2	6	6723	6728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327295
103	NC_017021	CTC	2	6	6745	6750	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327295
104	NC_017021	CCT	2	6	6880	6885	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327295
105	NC_017021	GCT	2	6	6907	6912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327295
106	NC_017021	AGC	2	6	7028	7033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327296
107	NC_017021	GTA	2	6	7114	7119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327296
108	NC_017021	CAA	2	6	7162	7167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327296
109	NC_017021	TAA	2	6	7213	7218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327296
110	NC_017021	TCA	2	6	7242	7247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327296
111	NC_017021	ATT	2	6	7260	7265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327296
112	NC_017021	CAG	2	6	7303	7308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017021	GCC	2	6	7316	7321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_017021	TGC	2	6	7361	7366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
115	NC_017021	CTG	2	6	7369	7374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
116	NC_017021	CTA	2	6	7387	7392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327297
117	NC_017021	TGC	3	9	7405	7413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327297
118	NC_017021	CTT	2	6	7529	7534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017021	TCT	2	6	7539	7544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017021	TTG	2	6	7545	7550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017021	TAC	2	6	7559	7564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017021	GTA	2	6	7595	7600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327298
123	NC_017021	TAT	2	6	7617	7622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327298
124	NC_017021	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327298
125	NC_017021	TTA	2	6	7742	7747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327298
126	NC_017021	ACT	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327298
127	NC_017021	CTA	2	6	7892	7897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327298
128	NC_017021	AAT	2	6	8011	8016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017021	GTT	2	6	8058	8063	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017021	TTA	2	6	8075	8080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017021	TGA	2	6	8215	8220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017021	TGA	2	6	8287	8292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327299
133	NC_017021	AAG	3	9	8319	8327	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327299
134	NC_017021	ATT	2	6	8357	8362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327299
135	NC_017021	TGC	2	6	8371	8376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327299
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140	NC_017021	CTG	2	6	8818	8823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017021	TTA	2	6	8869	8874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017021	AAC	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017021	AGC	2	6	8923	8928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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159	NC_017021	ACT	2	6	9886	9891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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243	NC_017021	ATA	2	6	13988	13993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_017021	TAC	2	6	14012	14017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
245	NC_017021	TTC	2	6	14087	14092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327307
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248	NC_017021	TCT	2	6	14192	14197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_017021	TAA	2	6	14296	14301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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251	NC_017021	ATT	2	6	14323	14328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_017021	TCA	3	9	14342	14350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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261	NC_017021	ATC	2	6	15456	15461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327312
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263	NC_017021	TAT	2	6	15564	15569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327312
264	NC_017021	TCT	2	6	15572	15577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327312
265	NC_017021	ACG	2	6	15591	15596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327312
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269	NC_017021	TTA	2	6	15815	15820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017021	TTA	2	6	15890	15895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017021	TCA	2	6	16026	16031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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273	NC_017021	TAC	2	6	16198	16203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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285	NC_017021	AAT	2	6	16759	16764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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391	NC_017021	ACC	2	6	22128	22133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327319
392	NC_017021	CTA	2	6	22139	22144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327319
393	NC_017021	TCT	2	6	22171	22176	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327319
394	NC_017021	TTC	2	6	22194	22199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327319
395	NC_017021	TAC	2	6	22259	22264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327319
396	NC_017021	AGC	2	6	22317	22322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327319
397	NC_017021	TAA	2	6	22376	22381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327319
398	NC_017021	TAT	2	6	22398	22403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
399	NC_017021	ATA	2	6	22444	22449	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_017021	ACC	2	6	22451	22456	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
401	NC_017021	ATT	3	9	22555	22563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_017021	ATT	2	6	22601	22606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
403	NC_017021	AAC	2	6	22670	22675	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
404	NC_017021	ACT	2	6	22788	22793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
405	NC_017021	AGC	2	6	22802	22807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
406	NC_017021	CTA	2	6	22819	22824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.