MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium sp. BNL1100 chromosome

Total Repeats: 1799

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016791	ATACAA	2	12	3286	3297	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	376259384
2	NC_016791	ATTGAA	2	12	3495	3506	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259384
3	NC_016791	AAATAA	2	12	3529	3540	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	376259384
4	NC_016791	TAAAAA	2	12	9828	9839	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	376259390
5	NC_016791	TATTAA	2	12	11447	11458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016791	AGGTTT	2	12	12482	12493	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376259393
7	NC_016791	GAAGCA	2	12	16850	16861	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259396
8	NC_016791	GATACG	2	12	18766	18777	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376259398
9	NC_016791	GGTATC	2	12	20794	20805	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376259399
10	NC_016791	AACAAG	2	12	21772	21783	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	376259399
11	NC_016791	CTTGAA	2	12	25937	25948	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259404
12	NC_016791	GGTAAG	2	12	31413	31424	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	376259409
13	NC_016791	AGGAGA	2	12	31898	31909	50 %	0 %	50 %	0 %	376259409
14	NC_016791	TTATAA	2	12	32988	32999	50 %	50 %	0 %	0 %	376259410
15	NC_016791	TGAAAT	2	12	34247	34258	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259411
16	NC_016791	GAGACA	2	12	37325	37336	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259413
17	NC_016791	ACAGGA	2	12	38047	38058	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259414
18	NC_016791	ATTTAT	2	12	42844	42855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	376259419
19	NC_016791	TACATT	2	12	44757	44768	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	376259423
20	NC_016791	AAAGGC	2	12	49291	49302	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016791	TTTTAT	2	12	49327	49338	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016791	AAATAG	2	12	50838	50849	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259427
23	NC_016791	ATGAAA	2	12	62200	62211	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259436
24	NC_016791	AAAGAA	2	12	64124	64135	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	376259437
25	NC_016791	CACTTG	2	12	65754	65765	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376259437
26	NC_016791	TAGCCA	2	12	70610	70621	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376259441
27	NC_016791	TTTTCT	2	12	70807	70818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	376259442
28	NC_016791	ATGATA	2	12	71040	71051	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016791	GAAAGA	2	12	71399	71410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	376259443
30	NC_016791	GGATGA	2	12	71966	71977	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	376259444
31	NC_016791	ATGAGA	2	12	72153	72164	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376259445
32	NC_016791	AGTTTA	2	12	73251	73262	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016791	TGAGTT	2	12	75867	75878	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376259449
34	NC_016791	CGAAAA	2	12	76113	76124	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	376259449
35	NC_016791	AAATGC	2	12	78417	78428	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259452
36	NC_016791	TGAAGT	2	12	79950	79961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376259453
37	NC_016791	CATCTG	2	12	83903	83914	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376259457
38	NC_016791	AGGCGG	2	12	84066	84077	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	376259457
39	NC_016791	TGCAAT	2	12	84951	84962	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259457
40	NC_016791	AAATGA	2	12	85248	85259	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259457
41	NC_016791	ATGGTA	2	12	86420	86431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376259460
42	NC_016791	ATGCCT	2	12	86708	86719	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376259460
43	NC_016791	ATTTTT	2	12	87465	87476	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016791	AGGATG	2	12	90144	90155	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	376259462
45	NC_016791	TATGAA	2	12	94093	94104	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259467
46	NC_016791	AATATA	2	12	97086	97097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	376259469
47	NC_016791	TGAAAT	2	12	98212	98223	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259471
48	NC_016791	GTGACA	2	12	103135	103146	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376259476
49	NC_016791	TGGCAA	2	12	104385	104396	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376259477
50	NC_016791	TTTTTG	2	12	113242	113253	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	376259485
51	NC_016791	GAAAAA	2	12	114181	114192	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	376259486
52	NC_016791	AAAAAC	2	12	115267	115278	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	376259487
53	NC_016791	TATTGT	2	12	118342	118353	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016791	AGAGAA	2	12	119878	119889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	376259496
55	NC_016791	ACGGGA	2	12	121492	121503	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	376259497
56	NC_016791	AATGAC	2	12	123767	123778	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259499
57	NC_016791	ATATGA	2	12	143215	143226	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259515
58	NC_016791	CCCAAA	2	12	146190	146201	50 %	0 %	0 %	50 %	376259517
59	NC_016791	CATTTC	2	12	147863	147874	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376259518
60	NC_016791	AAGTAC	2	12	148537	148548	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259518
61	NC_016791	AGTAAT	2	12	148824	148835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259518
62	NC_016791	TGAAAT	2	12	154306	154317	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259522
63	NC_016791	GCAATA	2	12	156497	156508	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259524
64	NC_016791	TGAATA	2	12	161164	161175	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259528
65	NC_016791	CTGGAA	2	12	163317	163328	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	376259529
66	NC_016791	TATAAA	2	12	163697	163708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	376259529
67	NC_016791	AAAGCA	2	12	167609	167620	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	376259532
68	NC_016791	GAAGGA	2	12	169431	169442	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016791	GACTAT	2	12	176231	176242	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016791	GATTCC	2	12	176609	176620	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	376259539
71	NC_016791	TCACAT	2	12	176880	176891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376259539
72	NC_016791	GATGCT	2	12	177414	177425	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376259540
73	NC_016791	GGAATA	2	12	178560	178571	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376259541
74	NC_016791	TGCGGC	2	12	179795	179806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	376259543
75	NC_016791	CCTTTG	2	12	182508	182519	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	376259547
76	NC_016791	GGACAG	2	12	184067	184078	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	376259549
77	NC_016791	TATTTC	2	12	184866	184877	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	376259550
78	NC_016791	ATAATT	2	12	189364	189375	50 %	50 %	0 %	0 %	376259553
79	NC_016791	GAAAAG	2	12	189551	189562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	376259554
80	NC_016791	CATACC	2	12	191301	191312	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	376259556
81	NC_016791	TATGGG	2	12	195519	195530	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	376259559
82	NC_016791	TAAAGG	2	12	196298	196309	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	376259559
83	NC_016791	AGCTTT	2	12	197686	197697	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016791	AATTTT	2	12	198534	198545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	376259563
85	NC_016791	CAGACG	2	12	201205	201216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	376259565
86	NC_016791	CTTTGA	2	12	202909	202920	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376259567
87	NC_016791	ACTTTT	2	12	205864	205875	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016791	GACTTT	2	12	207632	207643	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376259573
89	NC_016791	TGCTTA	2	12	210205	210216	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376259575
90	NC_016791	TAATAC	3	18	215022	215039	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	376259578
91	NC_016791	AAAATC	2	12	218340	218351	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	376259581
92	NC_016791	AATGAA	2	12	224669	224680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259585
93	NC_016791	AGCTGC	2	12	232203	232214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	376259590
94	NC_016791	ATTTAA	2	12	237393	237404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016791	GTTTTT	2	12	239629	239640	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	376259596
96	NC_016791	CATGAC	2	12	242857	242868	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376259600
97	NC_016791	TATATG	2	12	248272	248283	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	376259604
98	NC_016791	AGTTTA	2	12	250602	250613	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016791	GCTTTG	2	12	255548	255559	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	376259611
100	NC_016791	TGTATG	2	12	259494	259505	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376259617
101	NC_016791	TTGCAG	2	12	260989	261000	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376259618
102	NC_016791	TCTACA	2	12	265257	265268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376259623
103	NC_016791	TATGAG	2	12	265325	265336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376259623
104	NC_016791	TATTGG	2	12	266545	266556	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	376259624
105	NC_016791	TTTTAT	2	12	271965	271976	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016791	ATAGCA	2	12	272747	272758	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259629
107	NC_016791	AGTTAT	2	12	276237	276248	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016791	TAAAAA	2	12	276280	276291	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016791	TGTTTC	2	12	276429	276440	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	376259633
110	NC_016791	AAAATC	2	12	283985	283996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	376259639
111	NC_016791	AATCAG	2	12	290911	290922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259645
112	NC_016791	GTCGGC	2	12	291312	291323	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	376259645
113	NC_016791	AGGCGG	2	12	291723	291734	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	376259645
114	NC_016791	GATATG	2	12	295412	295423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	376259648
115	NC_016791	CTTACT	2	12	297517	297528	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	376259650
116	NC_016791	TGACAA	2	12	299249	299260	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259652
117	NC_016791	TTATAG	2	12	299512	299523	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016791	ATGCTT	2	12	304441	304452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	376259657
119	NC_016791	CAGTTG	2	12	305687	305698	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	376259659
120	NC_016791	AGCTAT	2	12	308565	308576	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259664
121	NC_016791	AAATAG	2	12	310519	310530	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259665
122	NC_016791	GAAGCA	2	12	313317	313328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259668
123	NC_016791	GTAACA	2	12	313356	313367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
124	NC_016791	GTAACA	2	12	313830	313841	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
125	NC_016791	GAAGCA	2	12	313884	313895	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259668
126	NC_016791	GTAACA	2	12	313923	313934	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
127	NC_016791	TGTAAC	2	12	314111	314122	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259668
128	NC_016791	GTAACA	2	12	314397	314408	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
129	NC_016791	GAAGCA	2	12	314451	314462	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259668
130	NC_016791	GTAACA	2	12	314490	314501	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
131	NC_016791	TGTAAC	2	12	314678	314689	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259668
132	NC_016791	GTAACA	2	12	314964	314975	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
133	NC_016791	GTAACA	2	12	315057	315068	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	376259668
134	NC_016791	TGTAAC	2	12	315245	315256	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259668
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136	NC_016791	GAAGCA	2	12	315585	315596	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	376259668
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138	NC_016791	ACATTA	2	12	316226	316237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_016791	TAATGA	2	12	317492	317503	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	376259669
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142	NC_016791	TTATAC	2	12	325050	325061	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	376259673
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144	NC_016791	CTATAC	2	12	327342	327353	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	376259673
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150	NC_016791	GTAAAA	2	12	337675	337686	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	376259679
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226	NC_016791	AAAAAG	2	12	589452	589463	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	376259886
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234	NC_016791	TGATAC	2	12	608887	608898	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	376259911
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346	NC_016791	ATGACC	2	12	939074	939085	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	376260187
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