MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 758

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	GCGTA	2	10	1070	1079	20 %	20 %	40 %	20 %	339625374
2	NC_015744	TATGG	2	10	1435	1444	20 %	40 %	40 %	0 %	339625374
3	NC_015744	TTTCG	2	10	1719	1728	0 %	60 %	20 %	20 %	339625374
4	NC_015744	GAGAA	2	10	3214	3223	60 %	0 %	40 %	0 %	339625376
5	NC_015744	TGCTT	2	10	3395	3404	0 %	60 %	20 %	20 %	339625376
6	NC_015744	ACTGT	2	10	5097	5106	20 %	40 %	20 %	20 %	339625376
7	NC_015744	ATTCT	2	10	5381	5390	20 %	60 %	0 %	20 %	339625377
8	NC_015744	TTGAA	2	10	6263	6272	40 %	40 %	20 %	0 %	339625377
9	NC_015744	ATGGA	2	10	9091	9100	40 %	20 %	40 %	0 %	339625379
10	NC_015744	TAAGA	2	10	10092	10101	60 %	20 %	20 %	0 %	339625379
11	NC_015744	TTCAT	2	10	10275	10284	20 %	60 %	0 %	20 %	339625379
12	NC_015744	CTTCT	2	10	14933	14942	0 %	60 %	0 %	40 %	339625381
13	NC_015744	CTGAA	2	10	15307	15316	40 %	20 %	20 %	20 %	339625381
14	NC_015744	GAAGA	2	10	16686	16695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015744	GAAGG	2	10	17242	17251	40 %	0 %	60 %	0 %	339625384
16	NC_015744	CGGAA	2	10	20262	20271	40 %	0 %	40 %	20 %	339625385
17	NC_015744	GATAC	2	10	20843	20852	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015744	TTTCT	2	10	26199	26208	0 %	80 %	0 %	20 %	339625392
19	NC_015744	TTTTG	2	10	26710	26719	0 %	80 %	20 %	0 %	339625394
20	NC_015744	TGCTC	2	10	28647	28656	0 %	40 %	20 %	40 %	339625395
21	NC_015744	ATGTC	2	10	29549	29558	20 %	40 %	20 %	20 %	339625395
22	NC_015744	AATAA	2	10	31088	31097	80 %	20 %	0 %	0 %	339625398
23	NC_015744	GTTTT	2	10	34289	34298	0 %	80 %	20 %	0 %	339625402
24	NC_015744	TTTCT	2	10	34962	34971	0 %	80 %	0 %	20 %	339625404
25	NC_015744	GAATC	2	10	35471	35480	40 %	20 %	20 %	20 %	339625404
26	NC_015744	TTTGG	2	10	37136	37145	0 %	60 %	40 %	0 %	339625405
27	NC_015744	AGAAT	2	10	39497	39506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	AGGGG	2	10	39728	39737	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	AGAGA	2	10	42125	42134	60 %	0 %	40 %	0 %	339625409
30	NC_015744	GCTCT	2	10	42192	42201	0 %	40 %	20 %	40 %	339625409
31	NC_015744	GGATC	2	10	45995	46004	20 %	20 %	40 %	20 %	339625414
32	NC_015744	TAAAT	2	10	46036	46045	60 %	40 %	0 %	0 %	339625414
33	NC_015744	CAGAG	2	10	46199	46208	40 %	0 %	40 %	20 %	339625415
34	NC_015744	GCGAT	2	10	46351	46360	20 %	20 %	40 %	20 %	339625415
35	NC_015744	AGATG	2	10	46586	46595	40 %	20 %	40 %	0 %	339625415
36	NC_015744	TTTTC	2	10	47604	47613	0 %	80 %	0 %	20 %	339625417
37	NC_015744	GAGCA	2	10	49295	49304	40 %	0 %	40 %	20 %	339625418
38	NC_015744	CAATT	2	10	51686	51695	40 %	40 %	0 %	20 %	339625419
39	NC_015744	GGCGT	2	10	54322	54331	0 %	20 %	60 %	20 %	339625420
40	NC_015744	GGATA	2	10	54615	54624	40 %	20 %	40 %	0 %	339625421
41	NC_015744	CCATT	2	10	56282	56291	20 %	40 %	0 %	40 %	339625423
42	NC_015744	CAATT	2	10	57887	57896	40 %	40 %	0 %	20 %	339625425
43	NC_015744	AAAAG	2	10	60303	60312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015744	GAAAA	2	10	60429	60438	80 %	0 %	20 %	0 %	339625427
45	NC_015744	GAGGT	2	10	61397	61406	20 %	20 %	60 %	0 %	339625427
46	NC_015744	ATTTT	2	10	61739	61748	20 %	80 %	0 %	0 %	339625427
47	NC_015744	AGGTA	2	10	63702	63711	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015744	TTTGG	2	10	63918	63927	0 %	60 %	40 %	0 %	339625428
49	NC_015744	GTTAT	2	10	64392	64401	20 %	60 %	20 %	0 %	339625428
50	NC_015744	TCCTT	2	10	64885	64894	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015744	CTCCA	2	10	65039	65048	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_015744	CGTTT	2	10	65248	65257	0 %	60 %	20 %	20 %	339625430
53	NC_015744	TTCTA	2	10	66072	66081	20 %	60 %	0 %	20 %	339625430
54	NC_015744	TTAGT	2	10	66421	66430	20 %	60 %	20 %	0 %	339625430
55	NC_015744	TAGGT	2	10	67162	67171	20 %	40 %	40 %	0 %	339625431
56	NC_015744	AGGGA	2	10	67792	67801	40 %	0 %	60 %	0 %	339625432
57	NC_015744	CTTAA	2	10	70664	70673	40 %	40 %	0 %	20 %	339625434
58	NC_015744	ACAAA	2	10	71763	71772	80 %	0 %	0 %	20 %	339625436
59	NC_015744	TCCGG	2	10	81551	81560	0 %	20 %	40 %	40 %	339625444
60	NC_015744	TGGCT	2	10	83901	83910	0 %	40 %	40 %	20 %	339625446
61	NC_015744	TTTCT	2	10	84310	84319	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015744	AAGAA	2	10	85072	85081	80 %	0 %	20 %	0 %	339625447
63	NC_015744	AGATG	2	10	87928	87937	40 %	20 %	40 %	0 %	339625448
64	NC_015744	ATAGG	2	10	90207	90216	40 %	20 %	40 %	0 %	339625450
65	NC_015744	AAAGC	2	10	90365	90374	60 %	0 %	20 %	20 %	339625450
66	NC_015744	AGAAA	2	10	92842	92851	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015744	ACACA	2	10	94203	94212	60 %	0 %	0 %	40 %	339625453
68	NC_015744	TGTTT	2	10	95145	95154	0 %	80 %	20 %	0 %	339625455
69	NC_015744	CTTTG	2	10	95564	95573	0 %	60 %	20 %	20 %	339625455
70	NC_015744	GCATC	2	10	96213	96222	20 %	20 %	20 %	40 %	339625455
71	NC_015744	AAAGT	2	10	101708	101717	60 %	20 %	20 %	0 %	339625458
72	NC_015744	CGATG	2	10	101784	101793	20 %	20 %	40 %	20 %	339625458
73	NC_015744	CGAAG	2	10	102624	102633	40 %	0 %	40 %	20 %	339625458
74	NC_015744	GGAAG	2	10	104405	104414	40 %	0 %	60 %	0 %	339625459
75	NC_015744	ACTCC	2	10	104941	104950	20 %	20 %	0 %	60 %	339625460
76	NC_015744	TGTCT	2	10	109977	109986	0 %	60 %	20 %	20 %	339625465
77	NC_015744	GGAAA	2	10	112729	112738	60 %	0 %	40 %	0 %	339625469
78	NC_015744	TGGCA	2	10	114601	114610	20 %	20 %	40 %	20 %	339625471
79	NC_015744	TTAGA	2	10	115327	115336	40 %	40 %	20 %	0 %	339625471
80	NC_015744	CGTGG	2	10	118307	118316	0 %	20 %	60 %	20 %	339625475
81	NC_015744	AACGT	2	10	118434	118443	40 %	20 %	20 %	20 %	339625475
82	NC_015744	AAGAG	2	10	120087	120096	60 %	0 %	40 %	0 %	339625476
83	NC_015744	ATGGC	2	10	124158	124167	20 %	20 %	40 %	20 %	339625479
84	NC_015744	ATGCA	2	10	125864	125873	40 %	20 %	20 %	20 %	339625481
85	NC_015744	GCTGA	2	10	127265	127274	20 %	20 %	40 %	20 %	339625482
86	NC_015744	CTCAC	2	10	128842	128851	20 %	20 %	0 %	60 %	339625484
87	NC_015744	AGAAA	2	10	129971	129980	80 %	0 %	20 %	0 %	339625486
88	NC_015744	GATAA	2	10	132599	132608	60 %	20 %	20 %	0 %	339625487
89	NC_015744	AGAAA	2	10	132900	132909	80 %	0 %	20 %	0 %	339625487
90	NC_015744	CTTTT	2	10	138933	138942	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015744	GGTCG	2	10	139913	139922	0 %	20 %	60 %	20 %	339625489
92	NC_015744	TGGGA	2	10	142323	142332	20 %	20 %	60 %	0 %	339625491
93	NC_015744	GCTTT	2	10	142825	142834	0 %	60 %	20 %	20 %	339625492
94	NC_015744	AGAAA	2	10	143284	143293	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015744	TCCCA	2	10	146531	146540	20 %	20 %	0 %	60 %	339625494
96	NC_015744	AAAAC	2	10	146973	146982	80 %	0 %	0 %	20 %	339625494
97	NC_015744	CAGCC	2	10	150861	150870	20 %	0 %	20 %	60 %	339625497
98	NC_015744	AGACA	2	10	152921	152930	60 %	0 %	20 %	20 %	339625498
99	NC_015744	GAAAT	2	10	152964	152973	60 %	20 %	20 %	0 %	339625498
100	NC_015744	GTATC	2	10	153987	153996	20 %	40 %	20 %	20 %	339625498
101	NC_015744	GAAGA	2	10	155458	155467	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015744	CTTTT	2	10	160976	160985	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015744	CGATT	2	10	162525	162534	20 %	40 %	20 %	20 %	339625500
104	NC_015744	CTTTT	2	10	164985	164994	0 %	80 %	0 %	20 %	339625504
105	NC_015744	GAAGA	2	10	165472	165481	60 %	0 %	40 %	0 %	339625505
106	NC_015744	TAGAA	2	10	169445	169454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015744	CTATT	2	10	169833	169842	20 %	60 %	0 %	20 %	339625508
108	NC_015744	TGGAT	2	10	170116	170125	20 %	40 %	40 %	0 %	339625508
109	NC_015744	ATCCT	2	10	171081	171090	20 %	40 %	0 %	40 %	339625509
110	NC_015744	CAAGC	2	10	171166	171175	40 %	0 %	20 %	40 %	339625509
111	NC_015744	ATTGT	2	10	171736	171745	20 %	60 %	20 %	0 %	339625509
112	NC_015744	CATTG	2	10	172466	172475	20 %	40 %	20 %	20 %	339625510
113	NC_015744	GTCGT	2	10	176899	176908	0 %	40 %	40 %	20 %	339625513
114	NC_015744	ATGGA	2	10	178704	178713	40 %	20 %	40 %	0 %	339625516
115	NC_015744	TGCAG	2	10	179357	179366	20 %	20 %	40 %	20 %	339625517
116	NC_015744	AAGGG	2	10	181565	181574	40 %	0 %	60 %	0 %	339625519
117	NC_015744	AAGAA	2	10	182027	182036	80 %	0 %	20 %	0 %	339625519
118	NC_015744	AGCAG	2	10	182423	182432	40 %	0 %	40 %	20 %	339625519
119	NC_015744	AATCA	2	10	182598	182607	60 %	20 %	0 %	20 %	339625519
120	NC_015744	GTTTT	2	10	184400	184409	0 %	80 %	20 %	0 %	339625521
121	NC_015744	CTTTT	2	10	185479	185488	0 %	80 %	0 %	20 %	339625523
122	NC_015744	TTTTA	2	10	186224	186233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015744	AGAGC	2	10	188512	188521	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015744	TCTGT	2	10	191580	191589	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015744	AAAGA	2	10	194688	194697	80 %	0 %	20 %	0 %	339625530
126	NC_015744	CCCTA	2	10	195625	195634	20 %	20 %	0 %	60 %	339625531
127	NC_015744	TCTTT	2	10	196375	196384	0 %	80 %	0 %	20 %	339625532
128	NC_015744	ATCCA	2	10	200293	200302	40 %	20 %	0 %	40 %	339625535
129	NC_015744	TGTAT	2	10	203360	203369	20 %	60 %	20 %	0 %	339625543
130	NC_015744	GTTTT	2	10	203731	203740	0 %	80 %	20 %	0 %	339625544
131	NC_015744	TTAAA	2	10	204256	204265	60 %	40 %	0 %	0 %	339625544
132	NC_015744	TTTCA	2	10	204875	204884	20 %	60 %	0 %	20 %	339625544
133	NC_015744	CTGTC	2	10	206913	206922	0 %	40 %	20 %	40 %	339625545
134	NC_015744	AAGAG	2	10	208182	208191	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015744	GCTAG	2	10	208208	208217	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015744	CGATA	2	10	208656	208665	40 %	20 %	20 %	20 %	339625546
137	NC_015744	AGAGG	2	10	209278	209287	40 %	0 %	60 %	0 %	339625546
138	NC_015744	CTTTC	2	10	209293	209302	0 %	60 %	0 %	40 %	339625546
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