MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 22920

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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5002	NC_015744	GAG	3	9	232264	232272	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5003	NC_015744	GAGG	2	8	232339	232346	25 %	0 %	75 %	0 %	339625567
5004	NC_015744	ACA	2	6	232423	232428	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625567
5005	NC_015744	GAA	2	6	232449	232454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5006	NC_015744	AAT	2	6	232503	232508	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625567
5007	NC_015744	CTTT	2	8	232512	232519	0 %	75 %	0 %	25 %	339625567
5008	NC_015744	TTA	2	6	232543	232548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625567
5009	NC_015744	TCT	2	6	232611	232616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5010	NC_015744	GAA	2	6	232617	232622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5011	NC_015744	AGA	2	6	232632	232637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5012	NC_015744	GGA	2	6	232647	232652	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5013	NC_015744	GGC	2	6	232731	232736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	339625567
5014	NC_015744	TGT	2	6	232820	232825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625567
5015	NC_015744	T	6	6	232825	232830	0 %	100 %	0 %	0 %	339625567
5016	NC_015744	TGA	2	6	232850	232855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625567
5017	NC_015744	AAC	2	6	232938	232943	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625567
5018	NC_015744	GAG	2	6	232957	232962	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5019	NC_015744	GGA	2	6	233007	233012	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5020	NC_015744	TTC	2	6	233033	233038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5021	NC_015744	CTAT	2	8	233062	233069	25 %	50 %	0 %	25 %	339625567
5022	NC_015744	ACG	2	6	233134	233139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625567
5023	NC_015744	AAAG	2	8	233160	233167	75 %	0 %	25 %	0 %	339625567
5024	NC_015744	CTG	2	6	233173	233178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625567
5025	NC_015744	AAAGT	2	10	233245	233254	60 %	20 %	20 %	0 %	339625567
5026	NC_015744	ACA	2	6	233273	233278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625567
5027	NC_015744	GCT	2	6	233358	233363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625567
5028	NC_015744	TCT	2	6	233445	233450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5029	NC_015744	GAA	2	6	233483	233488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5030	NC_015744	ACA	2	6	233496	233501	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625567
5031	NC_015744	CCT	2	6	233542	233547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	339625567
5032	NC_015744	TCT	2	6	233550	233555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5033	NC_015744	AGG	2	6	233563	233568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5034	NC_015744	CTC	2	6	233581	233586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	339625567
5035	NC_015744	GGA	2	6	233601	233606	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5036	NC_015744	AGTT	2	8	233638	233645	25 %	50 %	25 %	0 %	339625567
5037	NC_015744	ACA	2	6	233649	233654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625567
5038	NC_015744	GAA	2	6	233684	233689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5039	NC_015744	TGA	2	6	233729	233734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625567
5040	NC_015744	GAA	2	6	233802	233807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5041	NC_015744	GAA	2	6	233940	233945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625567
5042	NC_015744	TGTCT	2	10	233951	233960	0 %	60 %	20 %	20 %	339625567
5043	NC_015744	ATT	2	6	234016	234021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625567
5044	NC_015744	TG	3	6	234029	234034	0 %	50 %	50 %	0 %	339625567
5045	NC_015744	TGG	2	6	234047	234052	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625567
5046	NC_015744	TGG	2	6	234110	234115	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625567
5047	NC_015744	CTG	2	6	234121	234126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625567
5048	NC_015744	GCT	2	6	234174	234179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625567
5049	NC_015744	GTT	2	6	234234	234239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625567
5050	NC_015744	TA	3	6	234247	234252	50 %	50 %	0 %	0 %	339625567
5051	NC_015744	TTC	2	6	234276	234281	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5052	NC_015744	CTT	2	6	234355	234360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625567
5053	NC_015744	GAG	2	6	234370	234375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5054	NC_015744	AGG	2	6	234659	234664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5055	NC_015744	GGGA	2	8	234697	234704	25 %	0 %	75 %	0 %	339625567
5056	NC_015744	ATA	2	6	234751	234756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625567
5057	NC_015744	GGA	2	6	234807	234812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625567
5058	NC_015744	T	8	8	234935	234942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5059	NC_015744	GAG	2	6	234962	234967	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625568
5060	NC_015744	TCTT	2	8	234977	234984	0 %	75 %	0 %	25 %	339625568
5061	NC_015744	T	9	9	234983	234991	0 %	100 %	0 %	0 %	339625568
5062	NC_015744	T	7	7	235033	235039	0 %	100 %	0 %	0 %	339625568
5063	NC_015744	ACT	2	6	235079	235084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625569
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5070	NC_015744	TGC	2	6	235331	235336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625569
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5075	NC_015744	A	7	7	235634	235640	100 %	0 %	0 %	0 %	339625569
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5081	NC_015744	TGA	2	6	235792	235797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625569
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5085	NC_015744	T	7	7	235896	235902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5086	NC_015744	GCCTG	2	10	235910	235919	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5087	NC_015744	TAA	2	6	235923	235928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5088	NC_015744	T	8	8	235939	235946	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5089	NC_015744	CGA	2	6	235961	235966	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625570
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5097	NC_015744	ATTT	2	8	236220	236227	25 %	75 %	0 %	0 %	339625570
5098	NC_015744	T	8	8	236225	236232	0 %	100 %	0 %	0 %	339625570
5099	NC_015744	T	7	7	236280	236286	0 %	100 %	0 %	0 %	339625571
5100	NC_015744	GGC	2	6	236342	236347	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	339625571
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5103	NC_015744	T	6	6	236448	236453	0 %	100 %	0 %	0 %	339625571
5104	NC_015744	CAAT	2	8	236456	236463	50 %	25 %	0 %	25 %	339625571
5105	NC_015744	AGA	2	6	236499	236504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625571
5106	NC_015744	AAAG	2	8	236584	236591	75 %	0 %	25 %	0 %	339625571
5107	NC_015744	A	7	7	236643	236649	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5108	NC_015744	ATT	2	6	236671	236676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5109	NC_015744	CTT	2	6	236683	236688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5110	NC_015744	TTTG	2	8	236717	236724	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5111	NC_015744	AAG	2	6	236777	236782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5112	NC_015744	AGTT	2	8	236841	236848	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5113	NC_015744	TTA	2	6	236995	237000	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625572
5114	NC_015744	GTT	2	6	237028	237033	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625572
5115	NC_015744	CT	3	6	237049	237054	0 %	50 %	0 %	50 %	339625572
5116	NC_015744	AT	3	6	237057	237062	50 %	50 %	0 %	0 %	339625572
5117	NC_015744	TTA	2	6	237149	237154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625572
5118	NC_015744	GGAT	2	8	237240	237247	25 %	25 %	50 %	0 %	339625572
5119	NC_015744	TGA	2	6	237318	237323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625572
5120	NC_015744	AT	3	6	237369	237374	50 %	50 %	0 %	0 %	339625572
5121	NC_015744	GAA	2	6	237481	237486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625572
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5124	NC_015744	TGA	2	6	237752	237757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625572
5125	NC_015744	GCA	2	6	237837	237842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625572
5126	NC_015744	GGA	2	6	237868	237873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625572
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5128	NC_015744	GGGAT	2	10	237917	237926	20 %	20 %	60 %	0 %	339625572
5129	NC_015744	TAT	2	6	237951	237956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625572
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5132	NC_015744	TGT	2	6	238218	238223	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625572
5133	NC_015744	TG	3	6	238269	238274	0 %	50 %	50 %	0 %	339625573
5134	NC_015744	TTGT	2	8	238391	238398	0 %	75 %	25 %	0 %	339625573
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5147	NC_015744	AGA	2	6	238990	238995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625573
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5231	NC_015744	GTT	2	6	243302	243307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625577
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5233	NC_015744	TCG	2	6	243377	243382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625577
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5236	NC_015744	TTG	2	6	243483	243488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625577
5237	NC_015744	TCGA	2	8	243525	243532	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5238	NC_015744	A	8	8	243549	243556	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5239	NC_015744	T	6	6	243584	243589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5240	NC_015744	GAA	2	6	243596	243601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5241	NC_015744	AG	4	8	243735	243742	50 %	0 %	50 %	0 %	339625578
5242	NC_015744	CCT	2	6	243743	243748	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	339625578
5243	NC_015744	ATCG	2	8	243847	243854	25 %	25 %	25 %	25 %	339625578
5244	NC_015744	TCA	2	6	243855	243860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625578
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5246	NC_015744	AAG	2	6	243925	243930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625578
5247	NC_015744	GT	6	12	243935	243946	0 %	50 %	50 %	0 %	339625578
5248	NC_015744	CTG	2	6	243993	243998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339625578
5249	NC_015744	GCA	3	9	244022	244030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625578
5250	NC_015744	TCC	2	6	244033	244038	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	339625578
5251	NC_015744	CAA	2	6	244079	244084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	339625578
5252	NC_015744	CGGAA	2	10	244104	244113	40 %	0 %	40 %	20 %	339625578
5253	NC_015744	ATA	2	6	244156	244161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625578
5254	NC_015744	GTT	2	6	244184	244189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625578
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5257	NC_015744	TCA	2	6	244313	244318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625578
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5261	NC_015744	AG	3	6	244439	244444	50 %	0 %	50 %	0 %	339625578
5262	NC_015744	GTTT	2	8	244449	244456	0 %	75 %	25 %	0 %	339625578
5263	NC_015744	TTGA	2	8	244487	244494	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5264	NC_015744	AAT	2	6	244504	244509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5265	NC_015744	AGG	2	6	244518	244523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5266	NC_015744	TTAT	2	8	244537	244544	25 %	75 %	0 %	0 %	339625579
5267	NC_015744	C	6	6	244600	244605	0 %	0 %	0 %	100 %	339625579
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5271	NC_015744	GGT	2	6	244719	244724	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339625579
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5273	NC_015744	GCA	2	6	244753	244758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339625579
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5295	NC_015744	ATT	2	6	245726	245731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625580
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5311	NC_015744	T	6	6	246594	246599	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5312	NC_015744	ATC	2	6	246610	246615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5322	NC_015744	AAG	2	6	246883	246888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625581
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5327	NC_015744	T	6	6	247050	247055	0 %	100 %	0 %	0 %	339625581
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5351	NC_015744	T	10	10	248280	248289	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5352	NC_015744	AGAA	2	8	248306	248313	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5353	NC_015744	TG	3	6	248318	248323	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5354	NC_015744	TCTT	2	8	248352	248359	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5355	NC_015744	AAC	2	6	248392	248397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5356	NC_015744	TAT	2	6	248403	248408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5357	NC_015744	AGA	2	6	248409	248414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5358	NC_015744	ATG	2	6	248537	248542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625582
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5360	NC_015744	AGTGG	2	10	248606	248615	20 %	20 %	60 %	0 %	339625582
5361	NC_015744	T	6	6	248674	248679	0 %	100 %	0 %	0 %	339625582
5362	NC_015744	AGA	2	6	248767	248772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625582
5363	NC_015744	GT	3	6	248790	248795	0 %	50 %	50 %	0 %	339625582
5364	NC_015744	GTT	2	6	248818	248823	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625582
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5367	NC_015744	TC	3	6	248881	248886	0 %	50 %	0 %	50 %	339625582
5368	NC_015744	AATGA	2	10	248906	248915	60 %	20 %	20 %	0 %	339625582
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5372	NC_015744	TCT	2	6	249316	249321	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339625582
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5497	NC_015744	CTGAA	2	10	255146	255155	40 %	20 %	20 %	20 %	339625585
5498	NC_015744	ATCT	2	8	255194	255201	25 %	50 %	0 %	25 %	339625585
5499	NC_015744	CAC	2	6	255259	255264	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	339625585
5500	NC_015744	T	6	6	255293	255298	0 %	100 %	0 %	0 %	339625585

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