MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB2p

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015724	GGAGCC	2	12	2635	2646	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015724	TGCGAC	2	12	4093	4104	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015724	GTCCCG	2	12	6176	6187	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323778
4	NC_015724	GGCACA	2	12	6456	6467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323778
5	NC_015724	CGCGGG	2	12	9157	9168	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015724	GCGCAA	2	12	12236	12247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323782
7	NC_015724	GCCGAC	2	12	16978	16989	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323785
8	NC_015724	GCGCCT	2	12	19668	19679	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323787
9	NC_015724	GCTACA	2	12	24633	24644	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323793
10	NC_015724	TCCCAG	2	12	25294	25305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323794
11	NC_015724	GGCATG	2	12	26998	27009	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323795
12	NC_015724	GCCGGC	2	12	27759	27770	0 %	0 %	50 %	50 %	339323796
13	NC_015724	GGCGTG	2	12	28902	28913	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323797
14	NC_015724	GGCGCG	2	12	32229	32240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015724	TTCACG	2	12	32720	32731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339323800
16	NC_015724	AGGTCG	2	12	35645	35656	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323804
17	NC_015724	GCGATG	2	12	36960	36971	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323805
18	NC_015724	AACAGC	2	12	37980	37991	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339323805
19	NC_015724	GCTGGC	2	12	41908	41919	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323809
20	NC_015724	GCAGGA	2	12	47471	47482	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323812
21	NC_015724	ACCCGG	2	12	52829	52840	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323818
22	NC_015724	GCCGCG	2	12	55306	55317	0 %	0 %	50 %	50 %	339323821
23	NC_015724	CATGCG	2	12	57813	57824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323823
24	NC_015724	ACCTGG	2	12	57974	57985	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323823
25	NC_015724	TCGGCA	2	12	58883	58894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323824
26	NC_015724	AGGCCG	2	12	59615	59626	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323824
27	NC_015724	CGGCAG	2	12	61078	61089	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323826
28	NC_015724	GCCCTG	2	12	62599	62610	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015724	CCTGCA	2	12	65044	65055	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323831
30	NC_015724	AGAAAG	2	12	67012	67023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015724	TTGCTG	2	12	67505	67516	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339323835
32	NC_015724	GCGCTG	2	12	75860	75871	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323844
33	NC_015724	TGACAT	2	12	75885	75896	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339323844
34	NC_015724	CTCGAC	2	12	77766	77777	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323846
35	NC_015724	GCGCAA	2	12	80144	80155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323847
36	NC_015724	TCATGC	2	12	80480	80491	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015724	GAGCTC	2	12	82060	82071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323850
38	NC_015724	CTCGGC	2	12	82560	82571	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323851
39	NC_015724	GAAGCG	2	12	82938	82949	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323851
40	NC_015724	CTGGAG	2	12	88025	88036	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323857
41	NC_015724	GCCTGC	2	12	90295	90306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323859
42	NC_015724	TGCCGG	2	12	94612	94623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323864
43	NC_015724	CAACGA	2	12	95886	95897	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339323865
44	NC_015724	TGCCTT	2	12	95991	96002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339323865
45	NC_015724	ATTGGC	2	12	96937	96948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339323865
46	NC_015724	GGCTCG	2	12	99784	99795	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323868
47	NC_015724	CCAACA	2	12	102157	102168	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015724	GCGCTC	2	12	107939	107950	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015724	GCGGTC	2	12	111305	111316	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323877
50	NC_015724	GGGGCA	2	12	113572	113583	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339323879
51	NC_015724	GAAGTC	2	12	118149	118160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339323884
52	NC_015724	CGCCGG	2	12	118499	118510	0 %	0 %	50 %	50 %	339323884
53	NC_015724	AGGTGC	2	12	125596	125607	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323894
54	NC_015724	ATGCTG	2	12	126743	126754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339323895
55	NC_015724	CTCGAG	2	12	126944	126955	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323895
56	NC_015724	CGGTCA	2	12	132791	132802	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323901
57	NC_015724	GGTGAT	2	12	133953	133964	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339323904
58	NC_015724	GCGGTG	2	12	133986	133997	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323904
59	NC_015724	CGACAC	2	12	134911	134922	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015724	CCACCG	2	12	136408	136419	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339323908
61	NC_015724	GGTTGC	2	12	139668	139679	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339323911
62	NC_015724	GCCGCT	2	12	139782	139793	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323911
63	NC_015724	TCATCG	2	12	149067	149078	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339323920
64	NC_015724	CGGCGC	2	12	152173	152184	0 %	0 %	50 %	50 %	339323924
65	NC_015724	GGCATC	2	12	152603	152614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323924
66	NC_015724	GAACTC	2	12	154553	154564	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323924
67	NC_015724	GCAGCC	2	12	160221	160232	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323928
68	NC_015724	CTGTCG	2	12	162315	162326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323930
69	NC_015724	CTGTCG	2	12	167151	167162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323933
70	NC_015724	GCCGAA	2	12	169220	169231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323934
71	NC_015724	TGGCGG	7	42	169294	169335	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323934
72	NC_015724	CGGCAG	2	12	179150	179161	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015724	GTCGCT	2	12	182652	182663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323947
74	NC_015724	CGAGTC	4	24	184009	184032	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323948
75	NC_015724	TCGGCG	2	12	185608	185619	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323950
76	NC_015724	GCGTGC	2	12	195736	195747	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323958
77	NC_015724	TGCGGC	2	12	195818	195829	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323958
78	NC_015724	GGCGTA	2	12	196064	196075	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323958
79	NC_015724	TCCCAG	2	12	198654	198665	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323960
80	NC_015724	GCCATG	2	12	199467	199478	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323960
81	NC_015724	CGGCAT	2	12	200120	200131	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323961
82	NC_015724	AGGCAG	2	12	200311	200322	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323962
83	NC_015724	GGGCAG	2	12	200582	200593	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339323962
84	NC_015724	ATCGAC	2	12	202966	202977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323963
85	NC_015724	CCGAGG	2	12	212015	212026	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323973
86	NC_015724	CAGCCG	2	12	214472	214483	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323975
87	NC_015724	CCAGCT	2	12	219147	219158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323981
88	NC_015724	ATCGGC	2	12	219916	219927	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323981
89	NC_015724	TTCCCA	2	12	220669	220680	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339323982
90	NC_015724	GCACTG	2	12	224092	224103	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323984
91	NC_015724	GTTCAT	2	12	225081	225092	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339323984
92	NC_015724	CATGGC	2	12	225722	225733	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323985
93	NC_015724	CGGTCA	2	12	226935	226946	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323986
94	NC_015724	GCCAAG	2	12	231591	231602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323988
95	NC_015724	TCGGCT	2	12	233394	233405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015724	GCGCTC	2	12	233524	233535	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015724	TCATGA	2	12	238266	238277	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339323993
98	NC_015724	CACCGG	2	12	243527	243538	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323999
99	NC_015724	CGGCAG	2	12	243593	243604	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324000
100	NC_015724	GACGTT	2	12	243851	243862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324000
101	NC_015724	GCACGC	2	12	243925	243936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324000
102	NC_015724	TGCCGA	2	12	245653	245664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324002
103	NC_015724	GTTCAG	2	12	249319	249330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324005
104	NC_015724	CGGTGC	2	12	253512	253523	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339324008
105	NC_015724	CGCCTA	2	12	254080	254091	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339324008
106	NC_015724	CCGGCC	2	12	256371	256382	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_015724	GGCCAG	2	12	256394	256405	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015724	GCCGGC	2	12	256469	256480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_015724	GCCCTG	2	12	261891	261902	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339324016
110	NC_015724	GCAGGC	2	12	266139	266150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324019
111	NC_015724	ACCTTG	2	12	269413	269424	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339324023
112	NC_015724	TCGATG	2	12	281371	281382	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_015724	GCTTCC	2	12	282175	282186	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015724	AGCCAC	2	12	283553	283564	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_015724	AAGGTC	2	12	284169	284180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324033
116	NC_015724	CGGATG	2	12	284687	284698	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015724	CGCGTT	2	12	286311	286322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339324035
118	NC_015724	CAATCT	2	12	295775	295786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339324041
119	NC_015724	GTCGAA	2	12	300678	300689	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324044
120	NC_015724	GTGAAG	2	12	302732	302743	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339324047
121	NC_015724	GCATAG	2	12	303728	303739	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324048
122	NC_015724	CAGTGC	2	12	304456	304467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324048
123	NC_015724	GAACGC	2	12	307619	307630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339324052
124	NC_015724	CGCCTA	2	12	313142	313153	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_015724	GGTTGG	2	12	315067	315078	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339324058
126	NC_015724	GCGGTT	2	12	315101	315112	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339324058
127	NC_015724	CTGACG	2	12	316138	316149	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324059
128	NC_015724	CGCCAG	2	12	318907	318918	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324061
129	NC_015724	GCGCAC	2	12	322058	322069	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324066
130	NC_015724	CACTAC	2	12	325082	325093	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339324071
131	NC_015724	GAGGCC	2	12	334845	334856	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324082
132	NC_015724	ATGCCG	2	12	338618	338629	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324086
133	NC_015724	AAGGCC	2	12	341236	341247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339324088
134	NC_015724	GCGCAG	2	12	342222	342233	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324089
135	NC_015724	GGCCGA	2	12	342446	342457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324089
136	NC_015724	GAATCC	2	12	344120	344131	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339324091
137	NC_015724	TCGCGG	2	12	363607	363618	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015724	CTGGTA	2	12	368216	368227	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324109
139	NC_015724	ACCCGC	2	12	380917	380928	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_015724	TGCTCA	2	12	381580	381591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_015724	GGGATG	2	12	383395	383406	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015724	GCATCT	2	12	383702	383713	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339324121
143	NC_015724	TGTCGA	2	12	385855	385866	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_015724	TCGCCG	2	12	387028	387039	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339324125
145	NC_015724	CTCCAC	2	12	387849	387860	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339324126
146	NC_015724	GCTACG	2	12	389955	389966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324128
147	NC_015724	GCCGGC	2	12	394262	394273	0 %	0 %	50 %	50 %	339324132
148	NC_015724	CCGGCC	2	12	395201	395212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	339324132
149	NC_015724	CCACGG	2	12	402120	402131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324139
150	NC_015724	GCGCCG	2	12	402532	402543	0 %	0 %	50 %	50 %	339324139
151	NC_015724	TCGCCA	2	12	407338	407349	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339324145
152	NC_015724	GCCTTC	2	12	408065	408076	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339324146
153	NC_015724	TAAGAC	2	12	417627	417638	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339324155
154	NC_015724	CACCTT	2	12	421998	422009	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339324157

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.