MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 802

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	ACTAA	2	10	1727	1736	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015408	ATTTT	2	10	4844	4853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015408	CAAAG	2	10	7323	7332	60 %	0 %	20 %	20 %	330443763
4	NC_015408	TTTTC	2	10	8195	8204	0 %	80 %	0 %	20 %	330443763
5	NC_015408	CCTCT	2	10	9870	9879	0 %	40 %	0 %	60 %	330443764
6	NC_015408	AATTA	2	10	13602	13611	60 %	40 %	0 %	0 %	330443767
7	NC_015408	TCATT	2	10	18399	18408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015408	GAAAA	2	10	18432	18441	80 %	0 %	20 %	0 %	330443771
9	NC_015408	CTCTT	2	10	18569	18578	0 %	60 %	0 %	40 %	330443771
10	NC_015408	GCGTT	2	10	20385	20394	0 %	40 %	40 %	20 %	330443772
11	NC_015408	AACTT	2	10	20851	20860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015408	GTTTA	2	10	22058	22067	20 %	60 %	20 %	0 %	330443774
13	NC_015408	TAAAA	2	10	24607	24616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015408	TAAAT	2	10	25423	25432	60 %	40 %	0 %	0 %	330443779
15	NC_015408	TCTTA	2	10	26811	26820	20 %	60 %	0 %	20 %	330443782
16	NC_015408	AATTG	2	10	27365	27374	40 %	40 %	20 %	0 %	330443784
17	NC_015408	TAAAA	2	10	27689	27698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015408	TAAGA	2	10	27757	27766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015408	TTTTA	2	10	27855	27864	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015408	TAAAA	2	10	30287	30296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015408	TCTCT	2	10	30550	30559	0 %	60 %	0 %	40 %	330443787
22	NC_015408	CATAC	2	10	30744	30753	40 %	20 %	0 %	40 %	330443787
23	NC_015408	AGAGG	2	10	33566	33575	40 %	0 %	60 %	0 %	330443788
24	NC_015408	ATATT	2	10	35005	35014	40 %	60 %	0 %	0 %	330443789
25	NC_015408	GCAAA	2	10	35661	35670	60 %	0 %	20 %	20 %	330443790
26	NC_015408	ACATC	2	10	37873	37882	40 %	20 %	0 %	40 %	330443791
27	NC_015408	TTTGC	2	10	37982	37991	0 %	60 %	20 %	20 %	330443791
28	NC_015408	ATTTT	2	10	38602	38611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	AAGAA	2	10	38720	38729	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015408	ATTAA	2	10	39899	39908	60 %	40 %	0 %	0 %	330443793
31	NC_015408	CACAA	2	10	40528	40537	60 %	0 %	0 %	40 %	330443795
32	NC_015408	ACGCC	2	10	41016	41025	20 %	0 %	20 %	60 %	330443795
33	NC_015408	TCTAA	2	10	41101	41110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015408	AAAAG	2	10	41152	41161	80 %	0 %	20 %	0 %	330443796
35	NC_015408	TAAAG	2	10	42501	42510	60 %	20 %	20 %	0 %	330443799
36	NC_015408	CAATC	2	10	43987	43996	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015408	ATTTT	2	10	44711	44720	20 %	80 %	0 %	0 %	330443801
38	NC_015408	GATAA	2	10	45824	45833	60 %	20 %	20 %	0 %	330443802
39	NC_015408	TATCT	2	10	49995	50004	20 %	60 %	0 %	20 %	330443804
40	NC_015408	AGGAA	2	10	50664	50673	60 %	0 %	40 %	0 %	330443804
41	NC_015408	ATAGC	2	10	51830	51839	40 %	20 %	20 %	20 %	330443805
42	NC_015408	ATTGC	2	10	55793	55802	20 %	40 %	20 %	20 %	330443807
43	NC_015408	TTTCT	2	10	57722	57731	0 %	80 %	0 %	20 %	330443808
44	NC_015408	TTGCT	2	10	58342	58351	0 %	60 %	20 %	20 %	330443809
45	NC_015408	CTCCA	2	10	58574	58583	20 %	20 %	0 %	60 %	330443809
46	NC_015408	TTAGT	2	10	58854	58863	20 %	60 %	20 %	0 %	330443809
47	NC_015408	ATTAC	2	10	60072	60081	40 %	40 %	0 %	20 %	330443812
48	NC_015408	TAGTT	2	10	66678	66687	20 %	60 %	20 %	0 %	330443816
49	NC_015408	AAAAG	2	10	67430	67439	80 %	0 %	20 %	0 %	330443817
50	NC_015408	ACAGA	2	10	68436	68445	60 %	0 %	20 %	20 %	330443817
51	NC_015408	TTTAA	2	10	68633	68642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015408	TAATT	2	10	70244	70253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015408	GTTAT	2	10	70655	70664	20 %	60 %	20 %	0 %	330443819
54	NC_015408	GTAAT	2	10	72494	72503	40 %	40 %	20 %	0 %	330443820
55	NC_015408	TTGCT	2	10	74787	74796	0 %	60 %	20 %	20 %	330443820
56	NC_015408	TACTA	2	10	75740	75749	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015408	TATTT	2	10	75942	75951	20 %	80 %	0 %	0 %	330443821
58	NC_015408	GCGAT	2	10	76122	76131	20 %	20 %	40 %	20 %	330443821
59	NC_015408	TACCT	2	10	76914	76923	20 %	40 %	0 %	40 %	330443822
60	NC_015408	CTTCT	2	10	77268	77277	0 %	60 %	0 %	40 %	330443822
61	NC_015408	GTTAG	2	10	77414	77423	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015408	CCTCC	2	10	79756	79765	0 %	20 %	0 %	80 %	330443824
63	NC_015408	CTTCA	2	10	80580	80589	20 %	40 %	0 %	40 %	330443825
64	NC_015408	CCTTT	2	10	82011	82020	0 %	60 %	0 %	40 %	330443825
65	NC_015408	TAATA	2	10	83570	83579	60 %	40 %	0 %	0 %	330443826
66	NC_015408	AGAAC	2	10	83648	83657	60 %	0 %	20 %	20 %	330443826
67	NC_015408	ATACA	2	10	85149	85158	60 %	20 %	0 %	20 %	330443829
68	NC_015408	AGTAG	2	10	86857	86866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015408	AAGTT	2	10	95109	95118	40 %	40 %	20 %	0 %	330443840
70	NC_015408	TTCTT	2	10	97642	97651	0 %	80 %	0 %	20 %	330443841
71	NC_015408	ATCGC	2	10	99799	99808	20 %	20 %	20 %	40 %	330443842
72	NC_015408	ATCTT	2	10	100069	100078	20 %	60 %	0 %	20 %	330443842
73	NC_015408	ATGAA	2	10	100198	100207	60 %	20 %	20 %	0 %	330443842
74	NC_015408	ACAAA	2	10	100410	100419	80 %	0 %	0 %	20 %	330443842
75	NC_015408	ACCTT	2	10	102294	102303	20 %	40 %	0 %	40 %	330443844
76	NC_015408	TACCA	2	10	111023	111032	40 %	20 %	0 %	40 %	330443852
77	NC_015408	CCCAC	2	10	111151	111160	20 %	0 %	0 %	80 %	330443852
78	NC_015408	TGCAG	2	10	112056	112065	20 %	20 %	40 %	20 %	330443853
79	NC_015408	GGTTT	2	10	114244	114253	0 %	60 %	40 %	0 %	330443854
80	NC_015408	TCTCC	2	10	120549	120558	0 %	40 %	0 %	60 %	330443862
81	NC_015408	CCTTG	2	10	122719	122728	0 %	40 %	20 %	40 %	330443864
82	NC_015408	GAAAA	2	10	122786	122795	80 %	0 %	20 %	0 %	330443864
83	NC_015408	CATTA	2	10	123720	123729	40 %	40 %	0 %	20 %	330443865
84	NC_015408	AATTT	2	10	126518	126527	40 %	60 %	0 %	0 %	330443870
85	NC_015408	GATTG	2	10	127161	127170	20 %	40 %	40 %	0 %	330443871
86	NC_015408	TCCCC	2	10	132868	132877	0 %	20 %	0 %	80 %	330443875
87	NC_015408	GGCCA	2	10	133961	133970	20 %	0 %	40 %	40 %	330443876
88	NC_015408	GAAAA	2	10	135189	135198	80 %	0 %	20 %	0 %	330443877
89	NC_015408	TTTTG	2	10	140425	140434	0 %	80 %	20 %	0 %	330443882
90	NC_015408	TGTTT	2	10	141752	141761	0 %	80 %	20 %	0 %	330443883
91	NC_015408	GCTGG	2	10	143480	143489	0 %	20 %	60 %	20 %	330443884
92	NC_015408	TTAAA	2	10	143967	143976	60 %	40 %	0 %	0 %	330443884
93	NC_015408	AGGAG	2	10	144889	144898	40 %	0 %	60 %	0 %	330443884
94	NC_015408	TGGCA	2	10	147951	147960	20 %	20 %	40 %	20 %	330443885
95	NC_015408	CTTCT	2	10	148250	148259	0 %	60 %	0 %	40 %	330443885
96	NC_015408	TGCAG	2	10	149230	149239	20 %	20 %	40 %	20 %	330443886
97	NC_015408	AGAGA	2	10	149865	149874	60 %	0 %	40 %	0 %	330443887
98	NC_015408	ATCTA	2	10	150268	150277	40 %	40 %	0 %	20 %	330443887
99	NC_015408	GTATG	2	10	151915	151924	20 %	40 %	40 %	0 %	330443888
100	NC_015408	ATCCC	2	10	153454	153463	20 %	20 %	0 %	60 %	330443889
101	NC_015408	TCTAC	2	10	154693	154702	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015408	CTACA	2	10	154835	154844	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015408	ACAAA	2	10	156601	156610	80 %	0 %	0 %	20 %	330443892
104	NC_015408	TTACA	2	10	156883	156892	40 %	40 %	0 %	20 %	330443893
105	NC_015408	ATTTT	2	10	156995	157004	20 %	80 %	0 %	0 %	330443893
106	NC_015408	TGGCT	2	10	157328	157337	0 %	40 %	40 %	20 %	330443894
107	NC_015408	GCATC	2	10	158005	158014	20 %	20 %	20 %	40 %	330443894
108	NC_015408	TATGG	2	10	158294	158303	20 %	40 %	40 %	0 %	330443894
109	NC_015408	TAACT	2	10	161412	161421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015408	CCTTT	2	10	161544	161553	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015408	TCAGT	2	10	161857	161866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015408	ACATA	2	10	162151	162160	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015408	CTTTC	2	10	163231	163240	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015408	AGTTG	2	10	165967	165976	20 %	40 %	40 %	0 %	330443896
115	NC_015408	TTCCC	2	10	166361	166370	0 %	40 %	0 %	60 %	330443896
116	NC_015408	CATTT	2	10	167156	167165	20 %	60 %	0 %	20 %	330443897
117	NC_015408	GCTAT	2	10	168864	168873	20 %	40 %	20 %	20 %	330443900
118	NC_015408	AAGAT	2	10	169790	169799	60 %	20 %	20 %	0 %	330443900
119	NC_015408	TATCT	2	10	172052	172061	20 %	60 %	0 %	20 %	330443902
120	NC_015408	TATCC	2	10	174374	174383	20 %	40 %	0 %	40 %	330443905
121	NC_015408	CAAAC	2	10	177094	177103	60 %	0 %	0 %	40 %	330443907
122	NC_015408	GTTCT	2	10	182687	182696	0 %	60 %	20 %	20 %	330443913
123	NC_015408	ACGGC	2	10	183720	183729	20 %	0 %	40 %	40 %	330443915
124	NC_015408	TCTGC	2	10	184144	184153	0 %	40 %	20 %	40 %	330443915
125	NC_015408	CCTTT	2	10	184402	184411	0 %	60 %	0 %	40 %	330443915
126	NC_015408	GGAAG	2	10	187599	187608	40 %	0 %	60 %	0 %	330443919
127	NC_015408	ACCTT	2	10	190246	190255	20 %	40 %	0 %	40 %	330443921
128	NC_015408	TATGC	2	10	191273	191282	20 %	40 %	20 %	20 %	330443922
129	NC_015408	TATTT	2	10	193375	193384	20 %	80 %	0 %	0 %	330443923
130	NC_015408	TCGTC	2	10	193705	193714	0 %	40 %	20 %	40 %	330443924
131	NC_015408	GATGC	2	10	200608	200617	20 %	20 %	40 %	20 %	330443927
132	NC_015408	TTCCA	2	10	202632	202641	20 %	40 %	0 %	40 %	330443928
133	NC_015408	AAAGG	2	10	202651	202660	60 %	0 %	40 %	0 %	330443928
134	NC_015408	GCTTA	2	10	203942	203951	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015408	TGTGA	2	10	204241	204250	20 %	40 %	40 %	0 %	330443929
136	NC_015408	CTCTG	2	10	204718	204727	0 %	40 %	20 %	40 %	330443930
137	NC_015408	ATTGT	2	10	205541	205550	20 %	60 %	20 %	0 %	330443930
138	NC_015408	CAAGC	2	10	212700	212709	40 %	0 %	20 %	40 %	330443935
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151	NC_015408	ATAAA	2	10	230332	230341	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_015408	GGGAT	2	10	316550	316559	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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234	NC_015408	AGACG	2	10	338186	338195	40 %	0 %	40 %	20 %	330444047
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236	NC_015408	AATTC	2	10	344210	344219	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
237	NC_015408	GGAGC	2	10	345466	345475	20 %	0 %	60 %	20 %	330444054
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249	NC_015408	TTTTG	2	10	359476	359485	0 %	80 %	20 %	0 %	330444066
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251	NC_015408	CTTGA	2	10	362469	362478	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
252	NC_015408	CTTTT	2	10	364164	364173	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
253	NC_015408	TGAAG	2	10	372361	372370	40 %	20 %	40 %	0 %	330444075
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282	NC_015408	CTTTT	2	10	410597	410606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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