MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium lentocellum DSM 5427 chromosome

Total Repeats: 1993

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015275	CAAATA	2	12	4270	4281	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	326789144
2	NC_015275	TAAAGC	2	12	6933	6944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789145
3	NC_015275	ATAGAG	2	12	9127	9138	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789146
4	NC_015275	CAATTA	2	12	9716	9727	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789146
5	NC_015275	AAATAG	2	12	9730	9741	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789146
6	NC_015275	GAAAAA	2	12	18162	18173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326789149
7	NC_015275	TATTGT	2	12	19113	19124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	326789150
8	NC_015275	AATATA	2	12	19781	19792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015275	AGAATA	2	12	24568	24579	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015275	ATAAGT	2	12	24594	24605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015275	AATATA	2	12	24606	24617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015275	TTCATC	2	12	28167	28178	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	326789160
13	NC_015275	CCAAAA	2	12	33220	33231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	326789165
14	NC_015275	AGTAGC	2	12	34226	34237	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789166
15	NC_015275	GGTATT	2	12	34380	34391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	326789166
16	NC_015275	AGTAGA	2	12	36036	36047	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789167
17	NC_015275	ATTTCA	2	12	36328	36339	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789167
18	NC_015275	ACTTAT	2	12	37275	37286	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789168
19	NC_015275	TGAATT	2	12	37838	37849	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789169
20	NC_015275	TGCAGG	2	12	39676	39687	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	326789170
21	NC_015275	TGAAGT	2	12	43967	43978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789175
22	NC_015275	AGTATA	2	12	45692	45703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789176
23	NC_015275	AGCATA	2	12	48489	48500	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789177
24	NC_015275	TACATT	2	12	52817	52828	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789180
25	NC_015275	GACTAT	2	12	54252	54263	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789181
26	NC_015275	AAAGTA	2	12	57065	57076	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789182
27	NC_015275	TAAATT	2	12	60639	60650	50 %	50 %	0 %	0 %	326789185
28	NC_015275	TATTTT	2	12	64390	64401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	326789189
29	NC_015275	TACATT	2	12	73590	73601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789193
30	NC_015275	GCAGAA	2	12	74466	74477	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789193
31	NC_015275	GGATTA	2	12	75180	75191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789193
32	NC_015275	AAAATG	2	12	75724	75735	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789193
33	NC_015275	AGTATG	2	12	76217	76228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015275	TTTATA	2	12	76244	76255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015275	TTTAAA	2	12	90070	90081	50 %	50 %	0 %	0 %	326789195
36	NC_015275	TAATAT	2	12	91384	91395	50 %	50 %	0 %	0 %	326789196
37	NC_015275	ATTAAA	2	12	93916	93927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	326789197
38	NC_015275	AAGTAA	2	12	96930	96941	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015275	ATATAC	2	12	105370	105381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789205
40	NC_015275	TAAAAC	2	12	106832	106843	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	326789206
41	NC_015275	TAAAAG	2	12	119149	119160	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015275	AGGCTT	2	12	129838	129849	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	326789226
43	NC_015275	AAATAG	2	12	136094	136105	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015275	AGGGAA	2	12	138459	138470	50 %	0 %	50 %	0 %	326789234
45	NC_015275	TTCTAT	2	12	138979	138990	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015275	AGGAGA	2	12	149867	149878	50 %	0 %	50 %	0 %	326789240
47	NC_015275	GATAAG	2	12	157027	157038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015275	GAAATT	2	12	158842	158853	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789242
49	NC_015275	TGTAGG	2	12	159322	159333	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	326789242
50	NC_015275	TAAATA	2	12	165211	165222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015275	CATTTT	2	12	167750	167761	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789247
52	NC_015275	TCTTAT	2	12	168660	168671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789249
53	NC_015275	AAAATG	2	12	175093	175104	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789251
54	NC_015275	GGAACA	2	12	176363	176374	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789252
55	NC_015275	GTAGAA	2	12	176598	176609	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789252
56	NC_015275	AGAGTA	2	12	177776	177787	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789253
57	NC_015275	CAGAAG	2	12	181832	181843	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789257
58	NC_015275	TACGAT	2	12	182814	182825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789258
59	NC_015275	TAGTAA	2	12	184208	184219	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789259
60	NC_015275	AATAAA	2	12	185393	185404	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	326789260
61	NC_015275	AGGTAC	2	12	187181	187192	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789262
62	NC_015275	TGCCAG	2	12	187969	187980	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	326789262
63	NC_015275	TACATA	2	12	188930	188941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015275	TAGAGT	2	12	189617	189628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789264
65	NC_015275	GTATTA	2	12	199262	199273	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789275
66	NC_015275	GGAATA	2	12	201045	201056	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789277
67	NC_015275	TTCAAG	2	12	202639	202650	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789279
68	NC_015275	TATGAT	2	12	204372	204383	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789280
69	NC_015275	TTTTAG	2	12	211545	211556	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	326789285
70	NC_015275	TTTAAG	2	12	211648	211659	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789285
71	NC_015275	AGTTAA	2	12	212309	212320	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789286
72	NC_015275	TTAGCA	2	12	212341	212352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789286
73	NC_015275	GCTAGA	2	12	212973	212984	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789286
74	NC_015275	ATAAAA	2	12	216525	216536	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	326789290
75	NC_015275	TAAAAG	2	12	216874	216885	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789291
76	NC_015275	GGATTT	2	12	220521	220532	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	326789294
77	NC_015275	TTTTTA	2	12	220924	220935	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	326789295
78	NC_015275	CATTAA	2	12	223073	223084	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789297
79	NC_015275	AAAACA	2	12	223941	223952	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015275	ATTTAT	2	12	224854	224865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789299
81	NC_015275	CAGGAG	2	12	229741	229752	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	326789305
82	NC_015275	CAAGAG	2	12	229795	229806	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789305
83	NC_015275	AGCAAG	2	12	230144	230155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789305
84	NC_015275	TTTACT	2	12	237495	237506	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789312
85	NC_015275	AAGATT	2	12	241238	241249	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789313
86	NC_015275	AGGGTA	2	12	254575	254586	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	326789325
87	NC_015275	GAAATA	2	12	255376	255387	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789325
88	NC_015275	CCAGAA	2	12	256760	256771	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	326789326
89	NC_015275	ATGTAG	2	12	257616	257627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789327
90	NC_015275	CTAGCC	2	12	263657	263668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	326789330
91	NC_015275	AGAAGG	2	12	263934	263945	50 %	0 %	50 %	0 %	326789330
92	NC_015275	CATATA	2	12	264725	264736	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015275	ATTTAT	2	12	267699	267710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789332
94	NC_015275	AATAGG	2	12	273009	273020	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789337
95	NC_015275	AGGAGA	2	12	277295	277306	50 %	0 %	50 %	0 %	326789339
96	NC_015275	TTGGGC	2	12	277331	277342	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	326789339
97	NC_015275	TTGTAA	2	12	281824	281835	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789343
98	NC_015275	CTTATA	2	12	282858	282869	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789344
99	NC_015275	AGAAAC	2	12	283198	283209	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	326789345
100	NC_015275	ATGCTA	2	12	290937	290948	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789352
101	NC_015275	GAATAT	2	12	293373	293384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015275	AATATT	2	12	293521	293532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015275	GATGGC	2	12	298343	298354	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	326789356
104	NC_015275	AGGTAA	2	12	300188	300199	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789356
105	NC_015275	ATTGGA	2	12	301075	301086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789357
106	NC_015275	TATAAA	2	12	303377	303388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	326789358
107	NC_015275	ATAGAT	2	12	309517	309528	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789364
108	NC_015275	AAATGC	2	12	312328	312339	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789365
109	NC_015275	TAGAAA	2	12	323058	323069	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789374
110	NC_015275	AGCAGA	2	12	325357	325368	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789375
111	NC_015275	GATTAT	2	12	326427	326438	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789376
112	NC_015275	TTTATA	2	12	326980	326991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789377
113	NC_015275	AAAGAT	2	12	330359	330370	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015275	TAATGC	2	12	330372	330383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015275	AAGAAA	2	12	333692	333703	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015275	AGGAGA	2	12	340612	340623	50 %	0 %	50 %	0 %	326789387
117	NC_015275	GTAACT	2	12	343770	343781	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789389
118	NC_015275	AGCTTA	2	12	345302	345313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789390
119	NC_015275	TTAGAA	2	12	348223	348234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789392
120	NC_015275	GAAAAA	2	12	349447	349458	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326789392
121	NC_015275	ATTAGA	2	12	353075	353086	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789395
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356	NC_015275	TGGAAC	2	12	933790	933801	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789854
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442	NC_015275	GGCATA	2	12	1157826	1157837	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326790118
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453	NC_015275	TATAAA	2	12	1182029	1182040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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459	NC_015275	TTTTTA	2	12	1197749	1197760	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_015275	GCTAAT	2	12	1200428	1200439	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326790154
461	NC_015275	CATCTA	2	12	1201070	1201081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	326790155
462	NC_015275	TTTCTT	2	12	1209668	1209679	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	326790161
463	NC_015275	TTAGAT	2	12	1211394	1211405	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326790164
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467	NC_015275	TTAAAT	2	12	1216268	1216279	50 %	50 %	0 %	0 %	326790167
468	NC_015275	AAGGTA	2	12	1216414	1216425	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326790167
469	NC_015275	TCATAT	2	12	1219080	1219091	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
470	NC_015275	ATTGGT	2	12	1219886	1219897	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	326790169
471	NC_015275	TATTGA	2	12	1220320	1220331	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326790169
472	NC_015275	ATGCAT	2	12	1221682	1221693	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326790170
473	NC_015275	GATATG	2	12	1223223	1223234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326790172
474	NC_015275	AAATTT	2	12	1224766	1224777	50 %	50 %	0 %	0 %	326790173
475	NC_015275	AAAAAG	2	12	1226183	1226194	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326790174
476	NC_015275	ATTTGA	2	12	1226635	1226646	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326790174
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478	NC_015275	ATAAAT	2	12	1227574	1227585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	326790175
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493	NC_015275	ATTTTA	2	12	1279823	1279834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_015275	GCCAAA	2	12	1292615	1292626	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	326790231
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