MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC plasmid p6BC

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015217	CAA	2	6	60	65	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286951
2	NC_015217	CAA	2	6	123	128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286951
3	NC_015217	CAG	2	6	208	213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286951
4	NC_015217	TTA	2	6	218	223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286951
5	NC_015217	ATC	2	6	229	234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286951
6	NC_015217	TAA	2	6	237	242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286951
7	NC_015217	AGC	2	6	262	267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286951
8	NC_015217	TGA	2	6	316	321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286951
9	NC_015217	AAG	2	6	359	364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286952
10	NC_015217	TAG	2	6	485	490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286952
11	NC_015217	GAA	2	6	514	519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286952
12	NC_015217	ACA	2	6	579	584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286952
13	NC_015217	ACA	2	6	652	657	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286952
14	NC_015217	CCT	2	6	901	906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	332286952
15	NC_015217	TCT	2	6	913	918	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286952
16	NC_015217	TCT	2	6	997	1002	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286952
17	NC_015217	CAG	2	6	1091	1096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015217	GAA	2	6	1150	1155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015217	GGT	2	6	1167	1172	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015217	GGT	2	6	1188	1193	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015217	GGT	2	6	1209	1214	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015217	GGT	2	6	1231	1236	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015217	CAC	3	9	1318	1326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286953
24	NC_015217	ATT	2	6	1335	1340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
25	NC_015217	AGC	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286953
26	NC_015217	TAG	2	6	1427	1432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286953
27	NC_015217	TGT	2	6	1477	1482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286953
28	NC_015217	AGC	2	6	1569	1574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286953
29	NC_015217	TTA	2	6	1622	1627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
30	NC_015217	GTT	2	6	1719	1724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286953
31	NC_015217	ACA	2	6	1986	1991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286953
32	NC_015217	TAT	3	9	2011	2019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286953
33	NC_015217	TCT	2	6	2149	2154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286953
34	NC_015217	GAT	2	6	2251	2256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015217	ATT	2	6	2288	2293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015217	TAG	2	6	2348	2353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286954
37	NC_015217	TAA	2	6	2630	2635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286954
38	NC_015217	TTG	2	6	2636	2641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
39	NC_015217	TGT	2	6	2709	2714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
40	NC_015217	GAA	2	6	2750	2755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286954
41	NC_015217	ATA	2	6	2810	2815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286954
42	NC_015217	TGA	2	6	2887	2892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286954
43	NC_015217	ATT	2	6	2911	2916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286954
44	NC_015217	TGC	2	6	2961	2966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286954
45	NC_015217	TGT	2	6	3038	3043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
46	NC_015217	AGA	2	6	3150	3155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286954
47	NC_015217	GTT	2	6	3249	3254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286954
48	NC_015217	AAT	2	6	3362	3367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015217	GAA	3	9	3436	3444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
50	NC_015217	ATT	2	6	3491	3496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286955
51	NC_015217	TGT	3	9	3510	3518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
52	NC_015217	CAC	2	6	3535	3540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286955
53	NC_015217	AGA	2	6	3640	3645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
54	NC_015217	ATC	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286955
55	NC_015217	TTC	2	6	4035	4040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286955
56	NC_015217	TGT	2	6	4080	4085	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
57	NC_015217	TGC	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286955
58	NC_015217	CTT	2	6	4238	4243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	332286955
59	NC_015217	AGA	2	6	4563	4568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
60	NC_015217	TGT	2	6	4589	4594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286955
61	NC_015217	TAT	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	332286955
62	NC_015217	TAG	2	6	4703	4708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286955
63	NC_015217	CAA	2	6	4736	4741	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286955
64	NC_015217	AAG	2	6	4784	4789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286955
65	NC_015217	AGA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
66	NC_015217	AGC	2	6	4964	4969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286956
67	NC_015217	CAA	2	6	4990	4995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
68	NC_015217	AAG	2	6	5158	5163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
69	NC_015217	GAA	2	6	5247	5252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
70	NC_015217	GAA	2	6	5343	5348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286956
71	NC_015217	TCA	2	6	5386	5391	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286956
72	NC_015217	TAG	2	6	5410	5415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	332286956
73	NC_015217	CAA	2	6	5794	5799	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
74	NC_015217	CAA	2	6	5818	5823	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286956
75	NC_015217	TTG	2	6	5835	5840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	332286956
76	NC_015217	CAA	2	6	5983	5988	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
77	NC_015217	CAG	2	6	6017	6022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	332286957
78	NC_015217	CCA	2	6	6083	6088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	332286957
79	NC_015217	AAG	2	6	6194	6199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	332286957
80	NC_015217	AAT	2	6	6210	6215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286957
81	NC_015217	CTG	2	6	6386	6391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	332286957
82	NC_015217	CAT	2	6	6393	6398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286957
83	NC_015217	TCA	2	6	6481	6486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	332286957
84	NC_015217	ACA	2	6	6524	6529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
85	NC_015217	TGG	2	6	6564	6569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	332286957
86	NC_015217	GTG	2	6	6578	6583	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	332286957
87	NC_015217	ACA	2	6	6666	6671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	332286957
88	NC_015217	TAA	2	6	6682	6687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286957
89	NC_015217	ATA	2	6	7011	7016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	332286958
90	NC_015217	GGT	2	6	7148	7153	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015217	AAC	2	6	7162	7167	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015217	GTA	2	6	7185	7190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015217	GAT	2	6	7280	7285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015217	AGA	2	6	7325	7330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015217	AGA	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015217	ATG	2	6	7470	7475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015217	CCT	2	6	7493	7498	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_015217	AAG	2	6	7518	7523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.