MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Liberibacter solanacearum CLso-ZC1 chromosome

Total Repeats: 491

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014774	CAAATG	2	12	2353	2364	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	315121753
2	NC_014774	AAGCAA	2	12	2848	2859	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	315121754
3	NC_014774	CTATCA	2	12	5413	5424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_014774	GAATCT	2	12	6966	6977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315121757
5	NC_014774	AGGATA	2	12	7135	7146	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	315121757
6	NC_014774	CCTTCT	2	12	16024	16035	0 %	50 %	0 %	50 %	315121767
7	NC_014774	TTACTA	2	12	25753	25764	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014774	CAAAAA	2	12	26817	26828	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	315121780
9	NC_014774	GATATG	2	12	31432	31443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	315121785
10	NC_014774	AGAAAA	2	12	31455	31466	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	315121785
11	NC_014774	ACCACT	2	12	33341	33352	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	315121790
12	NC_014774	ATCAAT	2	12	38534	38545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315121796
13	NC_014774	GGAATA	2	12	38892	38903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	315121796
14	NC_014774	CCAGAA	2	12	39438	39449	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	315121796
15	NC_014774	AAGAGT	2	12	42228	42239	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	315121798
16	NC_014774	TGCAAG	2	12	47078	47089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	315121801
17	NC_014774	GCGCCA	2	12	48995	49006	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	315121803
18	NC_014774	TGAAAT	2	12	56309	56320	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	315121807
19	NC_014774	CAGAAG	2	12	61020	61031	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	315121811
20	NC_014774	TCTAAA	2	12	65620	65631	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014774	ATTCGA	2	12	66007	66018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315121815
22	NC_014774	AGCAGG	2	12	66106	66117	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	315121815
23	NC_014774	TTTTGA	2	12	72418	72429	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	315121820
24	NC_014774	CCTCTG	2	12	72989	73000	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	315121820
25	NC_014774	AGTATC	2	12	85882	85893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315121832
26	NC_014774	GGAACA	2	12	87134	87145	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	315121833
27	NC_014774	ATGCCA	2	12	88006	88017	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	315121834
28	NC_014774	GTAGAT	2	12	88937	88948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	315121835
29	NC_014774	TCCCAT	2	12	95195	95206	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	315121841
30	NC_014774	TAGAAT	2	12	96476	96487	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	315121843
31	NC_014774	CTTTTT	2	12	101766	101777	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	315121851
32	NC_014774	CATTAT	2	12	102716	102727	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	315121852
33	NC_014774	TGTAAT	2	12	110519	110530	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	315121860
34	NC_014774	ATTTCA	2	12	111018	111029	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	315121860
35	NC_014774	AAAATT	2	12	119641	119652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014774	ATCAAG	2	12	124578	124589	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	315121871
37	NC_014774	TAGGAA	2	12	125022	125033	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	315121872
38	NC_014774	AGCAAC	2	12	130565	130576	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	315121876
39	NC_014774	GTATAG	2	12	133747	133758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014774	TTCAAA	2	12	137477	137488	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315121884
41	NC_014774	CAAGAG	2	12	141702	141713	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	315121888
42	NC_014774	TTCCTC	2	12	145803	145814	0 %	50 %	0 %	50 %	315121892
43	NC_014774	ATTCAC	2	12	147442	147453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_014774	AAATAA	2	12	148210	148221	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014774	ATAAGA	2	12	151365	151376	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	315121902
46	NC_014774	ACAAAA	2	12	152940	152951	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	315121904
47	NC_014774	ATTTTA	2	12	159377	159388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	315121910
48	NC_014774	CAAAAT	2	12	167573	167584	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	315121915
49	NC_014774	GCAGGA	2	12	169757	169768	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	315121916
50	NC_014774	GATTCC	2	12	175438	175449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014774	GTTTCT	2	12	184994	185005	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	315121932
52	NC_014774	GCTACC	2	12	186683	186694	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	315121932
53	NC_014774	TACTGT	2	12	187538	187549	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	315121933
54	NC_014774	TATCAA	2	12	191330	191341	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315121938
55	NC_014774	TCCCTC	2	12	192858	192869	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	315121939
56	NC_014774	TTTTAA	2	12	196099	196110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014774	AACCAA	2	12	197589	197600	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	315121943
58	NC_014774	ATTTGA	2	12	198632	198643	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	315121946
59	NC_014774	AGATAA	2	12	198668	198679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	315121946
60	NC_014774	ATTTTT	2	12	199731	199742	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	315121948
61	NC_014774	AACATA	2	12	209458	209469	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	315121965
62	NC_014774	ATTTGA	2	12	209475	209486	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	315121965
63	NC_014774	ATTAAA	2	12	210268	210279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	315121966
64	NC_014774	ATAGAA	2	12	213129	213140	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	315121968
65	NC_014774	CCGTCG	2	12	213447	213458	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	315121969
66	NC_014774	ACGAAC	2	12	221154	221165	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	315121978
67	NC_014774	GCAAGC	2	12	222222	222233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	315121980
68	NC_014774	AAAGAT	2	12	225787	225798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	315121983
69	NC_014774	TATTCC	2	12	230638	230649	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	315121989
70	NC_014774	ATATCC	2	12	230947	230958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	315121989
71	NC_014774	TATCAT	2	12	234752	234763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	315121991
72	NC_014774	ACGTCC	2	12	243989	244000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	315122005
73	NC_014774	TTTTTC	2	12	244949	244960	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014774	TCAACT	2	12	247122	247133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	315122006
75	NC_014774	TTAATT	2	12	247653	247664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014774	ATCCTC	2	12	248188	248199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_014774	CATTAA	2	12	248647	248658	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122009
78	NC_014774	GATCAC	2	12	252519	252530	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	315122010
79	NC_014774	AAGAAA	2	12	255967	255978	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	315122013
80	NC_014774	TTTTAT	2	12	257457	257468	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014774	TCCTAT	2	12	269340	269351	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	315122024
82	NC_014774	AAATTT	2	12	270808	270819	50 %	50 %	0 %	0 %	315122025
83	NC_014774	AATGTA	2	12	270860	270871	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	315122025
84	NC_014774	ATATTG	2	12	271098	271109	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	315122025
85	NC_014774	TCCTTA	2	12	273090	273101	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014774	TAAAAA	3	18	274473	274490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014774	TGGAAG	2	12	274985	274996	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	315122031
88	NC_014774	ATCAAA	2	12	275886	275897	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	315122031
89	NC_014774	CAATAA	2	12	276428	276439	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	315122031
90	NC_014774	AATAAA	2	12	276835	276846	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	315122032
91	NC_014774	CTAAAT	2	12	277017	277028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122032
92	NC_014774	ATTTTT	2	12	280759	280770	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	315122035
93	NC_014774	ACACCA	2	12	284094	284105	50 %	0 %	0 %	50 %	315122037
94	NC_014774	ATTCAA	2	12	285467	285478	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014774	GTAAAA	2	12	289713	289724	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	315122044
96	NC_014774	GAAACT	2	12	290578	290589	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	315122046
97	NC_014774	CTTGCG	2	12	291978	291989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	315122046
98	NC_014774	GCTATG	2	12	295820	295831	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	315122047
99	NC_014774	ACGCAT	2	12	295981	295992	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	315122047
100	NC_014774	AATGCA	2	12	297093	297104	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	315122048
101	NC_014774	TAAAAA	2	12	300057	300068	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014774	ATTAAT	2	12	301184	301195	50 %	50 %	0 %	0 %	315122050
103	NC_014774	CGGGAG	2	12	304901	304912	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	315122053
104	NC_014774	TATCTT	2	12	312371	312382	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	315122054
105	NC_014774	ATTACA	2	12	315202	315213	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122057
106	NC_014774	ATTGTT	2	12	320945	320956	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	315122062
107	NC_014774	ATTTAT	2	12	325575	325586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014774	CATTTT	2	12	326997	327008	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_014774	TTTATT	2	12	327155	327166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014774	GGGAGG	2	12	328097	328108	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	315122070
111	NC_014774	TGTTAC	2	12	328393	328404	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	315122071
112	NC_014774	TCAGAT	9	54	331843	331896	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315122074
113	NC_014774	TAGAAT	2	12	332956	332967	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014774	CTGATG	2	12	333476	333487	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	315122076
115	NC_014774	CAATAT	2	12	337290	337301	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122079
116	NC_014774	CTTTAT	3	18	339195	339212	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	315122080
117	NC_014774	AGCTAT	2	12	342925	342936	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315122084
118	NC_014774	ATAACT	2	12	352117	352128	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122091
119	NC_014774	TGAAGT	2	12	355637	355648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	315122096
120	NC_014774	TTCTTT	2	12	358810	358821	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	315122097
121	NC_014774	TGAAAT	2	12	359493	359504	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	315122098
122	NC_014774	TATAGT	2	12	361687	361698	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014774	TCCTTG	2	12	362178	362189	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	315122100
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125	NC_014774	ATCTTC	2	12	366410	366421	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	315122102
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128	NC_014774	ATTCTT	2	12	372467	372478	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014774	TATATT	2	12	372591	372602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014774	TCTGCT	2	12	375591	375602	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	315122106
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222	NC_014774	TTTATA	2	12	634480	634491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	315122340
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224	NC_014774	TGTTCC	2	12	636822	636833	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	315122342
225	NC_014774	ATTTTA	2	12	639035	639046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
226	NC_014774	TTGGAA	2	12	639363	639374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	315122346
227	NC_014774	CTTATA	2	12	640261	640272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
228	NC_014774	TTTTCT	2	12	641831	641842	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	315122348
229	NC_014774	CTATTC	2	12	642576	642587	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	315122348
230	NC_014774	TCCATC	2	12	642625	642636	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	315122348
231	NC_014774	TCCATC	5	30	642667	642696	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	315122348
232	NC_014774	ATCTCC	2	12	643377	643388	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	315122349
233	NC_014774	GTCTTT	2	12	644332	644343	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	315122350
234	NC_014774	TATAGG	2	12	644850	644861	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	315122351
235	NC_014774	TTTTTC	2	12	651397	651408	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	315122357
236	NC_014774	CTTATA	2	12	652536	652547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
237	NC_014774	TTCTCC	2	12	652915	652926	0 %	50 %	0 %	50 %	315122358
238	NC_014774	TTAGAT	2	12	657716	657727	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	315122360
239	NC_014774	ATTTTT	2	12	662201	662212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
240	NC_014774	CTGGTC	2	12	664688	664699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	315122368
241	NC_014774	ATTATA	2	12	666231	666242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
242	NC_014774	TAAATT	2	12	667712	667723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
243	NC_014774	CAAATC	2	12	669460	669471	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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259	NC_014774	TTTATT	4	24	709589	709612	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_014774	TTATTT	2	12	709613	709624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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344	NC_014774	GTTCTT	2	12	890126	890137	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	315122599
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347	NC_014774	ATCATA	2	12	901790	901801	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
348	NC_014774	CAAAAG	2	12	906076	906087	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	315122612
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350	NC_014774	TGCTAA	2	12	915311	915322	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	315122620
351	NC_014774	CAAATC	2	12	918937	918948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	315122622
352	NC_014774	CGTACC	2	12	919040	919051	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	315122622
353	NC_014774	TCATAA	2	12	923596	923607	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	315122628
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355	NC_014774	GATGTT	2	12	930595	930606	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	315122635
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357	NC_014774	ATCAAA	2	12	933981	933992	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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381	NC_014774	AATAAA	2	12	967330	967341	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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463	NC_014774	TAATTA	2	12	1169882	1169893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_014774	ATATCT	2	12	1171720	1171731	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	315122842
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491	NC_014774	ATGATT	2	12	1258222	1258233	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding