MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 63641

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_014652	CAGA	2	8	176321	176328	50 %	0 %	25 %	25 %	312126393
4002	NC_014652	GAATAA	2	12	176330	176341	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126393
4003	NC_014652	GGA	2	6	176359	176364	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126393
4004	NC_014652	GTT	2	6	176365	176370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126393
4005	NC_014652	TGA	2	6	176396	176401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126393
4006	NC_014652	ATGTG	2	10	176405	176414	20 %	40 %	40 %	0 %	312126393
4007	NC_014652	TAT	2	6	176434	176439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126393
4008	NC_014652	GAAAA	2	10	176456	176465	80 %	0 %	20 %	0 %	312126393
4009	NC_014652	TGA	2	6	176496	176501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126393
4010	NC_014652	AGG	2	6	176518	176523	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126393
4011	NC_014652	TA	3	6	176527	176532	50 %	50 %	0 %	0 %	312126393
4012	NC_014652	AG	3	6	176548	176553	50 %	0 %	50 %	0 %	312126393
4013	NC_014652	AGC	3	9	176559	176567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126393
4014	NC_014652	TGT	2	6	176607	176612	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126393
4015	NC_014652	CTGAGC	2	12	176648	176659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312126393
4016	NC_014652	ATG	2	6	176668	176673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126393
4017	NC_014652	TGA	2	6	176750	176755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126393
4018	NC_014652	TGC	2	6	176766	176771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126393
4019	NC_014652	CAG	2	6	176828	176833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126393
4020	NC_014652	ATT	2	6	176834	176839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126393
4021	NC_014652	ACAAT	2	10	176858	176867	60 %	20 %	0 %	20 %	312126393
4022	NC_014652	AGTAC	2	10	176888	176897	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4023	NC_014652	A	6	6	176954	176959	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4024	NC_014652	TAA	2	6	177010	177015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4025	NC_014652	AGG	2	6	177037	177042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4026	NC_014652	A	8	8	177065	177072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4027	NC_014652	AGG	2	6	177075	177080	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4028	NC_014652	T	6	6	177124	177129	0 %	100 %	0 %	0 %	312126394
4029	NC_014652	GTAT	2	8	177148	177155	25 %	50 %	25 %	0 %	312126394
4030	NC_014652	CCA	2	6	177209	177214	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126394
4031	NC_014652	A	7	7	177216	177222	100 %	0 %	0 %	0 %	312126394
4032	NC_014652	TGC	2	6	177354	177359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4033	NC_014652	CTG	2	6	177362	177367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4034	NC_014652	ATA	2	6	177415	177420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126394
4035	NC_014652	GATGG	2	10	177428	177437	20 %	20 %	60 %	0 %	312126394
4036	NC_014652	CAT	2	6	177462	177467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126394
4037	NC_014652	CTT	2	6	177529	177534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126394
4038	NC_014652	TCAAA	2	10	177546	177555	60 %	20 %	0 %	20 %	312126394
4039	NC_014652	TGC	2	6	177783	177788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4040	NC_014652	CTT	2	6	177852	177857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126394
4041	NC_014652	TGG	2	6	177931	177936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126394
4042	NC_014652	TTGA	2	8	177946	177953	25 %	50 %	25 %	0 %	312126394
4043	NC_014652	CAA	2	6	177976	177981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126394
4044	NC_014652	AGC	2	6	178059	178064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4045	NC_014652	AAAG	2	8	178065	178072	75 %	0 %	25 %	0 %	312126394
4046	NC_014652	A	6	6	178114	178119	100 %	0 %	0 %	0 %	312126394
4047	NC_014652	AGC	3	9	178167	178175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4048	NC_014652	GCA	2	6	178204	178209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126394
4049	NC_014652	CAA	2	6	178438	178443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126394
4050	NC_014652	AAG	2	6	178445	178450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126394
4051	NC_014652	AGA	2	6	178518	178523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126394
4052	NC_014652	TTA	2	6	178563	178568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126394
4053	NC_014652	TGA	2	6	178569	178574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126394
4054	NC_014652	GAT	2	6	178587	178592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126394
4055	NC_014652	TAA	2	6	178605	178610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126394
4056	NC_014652	ATG	2	6	178613	178618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126394
4057	NC_014652	AGA	2	6	178650	178655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126394
4058	NC_014652	AT	3	6	178689	178694	50 %	50 %	0 %	0 %	312126394
4059	NC_014652	TTACT	2	10	178719	178728	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4060	NC_014652	ACA	2	6	178729	178734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4061	NC_014652	A	6	6	178902	178907	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4062	NC_014652	ACT	2	6	178909	178914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4063	NC_014652	TTA	2	6	178916	178921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4064	NC_014652	AAG	2	6	178940	178945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4065	NC_014652	GTAAA	2	10	178965	178974	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_014652	AT	3	6	178987	178992	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4067	NC_014652	TTA	2	6	179002	179007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4068	NC_014652	AAAAC	2	10	179032	179041	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4069	NC_014652	GGT	2	6	179065	179070	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4070	NC_014652	AAAAG	2	10	179121	179130	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4071	NC_014652	CAA	2	6	179159	179164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4072	NC_014652	AAT	2	6	179166	179171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4073	NC_014652	CAA	2	6	179175	179180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4074	NC_014652	AAC	2	6	179197	179202	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4075	NC_014652	A	6	6	179206	179211	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4076	NC_014652	AAT	2	6	179215	179220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4077	NC_014652	CTT	2	6	179230	179235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4078	NC_014652	AAAAC	2	10	179262	179271	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4079	NC_014652	T	6	6	179278	179283	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4080	NC_014652	A	6	6	179299	179304	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4081	NC_014652	TAG	2	6	179305	179310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4082	NC_014652	T	6	6	179325	179330	0 %	100 %	0 %	0 %	312126395
4083	NC_014652	T	6	6	179343	179348	0 %	100 %	0 %	0 %	312126395
4084	NC_014652	GGT	2	6	179492	179497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126395
4085	NC_014652	T	6	6	179523	179528	0 %	100 %	0 %	0 %	312126395
4086	NC_014652	A	6	6	179538	179543	100 %	0 %	0 %	0 %	312126395
4087	NC_014652	GTAT	2	8	179592	179599	25 %	50 %	25 %	0 %	312126395
4088	NC_014652	GTA	2	6	179623	179628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126395
4089	NC_014652	TTG	2	6	179746	179751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126395
4090	NC_014652	GTA	2	6	179812	179817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126395
4091	NC_014652	T	6	6	179872	179877	0 %	100 %	0 %	0 %	312126395
4092	NC_014652	TGT	2	6	179891	179896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126395
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4094	NC_014652	CTAAAG	2	12	180050	180061	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126395
4095	NC_014652	CAG	2	6	180103	180108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126395
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4097	NC_014652	GA	3	6	180180	180185	50 %	0 %	50 %	0 %	312126395
4098	NC_014652	CAG	2	6	180234	180239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126395
4099	NC_014652	ATGA	2	8	180243	180250	50 %	25 %	25 %	0 %	312126395
4100	NC_014652	TGT	2	6	180288	180293	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126395
4101	NC_014652	AAGATT	2	12	180298	180309	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126395
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4103	NC_014652	TTG	2	6	180327	180332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126395
4104	NC_014652	GA	4	8	180410	180417	50 %	0 %	50 %	0 %	312126395
4105	NC_014652	TGAGT	2	10	180471	180480	20 %	40 %	40 %	0 %	312126395
4106	NC_014652	CAA	2	6	180538	180543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126395
4107	NC_014652	GTA	2	6	180588	180593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126395
4108	NC_014652	AGAA	2	8	180602	180609	75 %	0 %	25 %	0 %	312126395
4109	NC_014652	TA	3	6	180615	180620	50 %	50 %	0 %	0 %	312126395
4110	NC_014652	AG	3	6	180674	180679	50 %	0 %	50 %	0 %	312126395
4111	NC_014652	GAAA	2	8	180711	180718	75 %	0 %	25 %	0 %	312126395
4112	NC_014652	GTT	2	6	180719	180724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126395
4113	NC_014652	CTC	2	6	180753	180758	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4114	NC_014652	TAG	2	6	180760	180765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4115	NC_014652	TA	3	6	180777	180782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4116	NC_014652	TAC	2	6	180792	180797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4117	NC_014652	GAG	2	6	180804	180809	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4118	NC_014652	T	6	6	180821	180826	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4119	NC_014652	AAAAC	2	10	180882	180891	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4120	NC_014652	GGAG	2	8	180899	180906	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4121	NC_014652	CTT	2	6	180943	180948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126396
4122	NC_014652	TAG	2	6	180953	180958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126396
4123	NC_014652	CTT	2	6	180975	180980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126396
4124	NC_014652	TCAA	2	8	180988	180995	50 %	25 %	0 %	25 %	312126396
4125	NC_014652	GCA	2	6	181015	181020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126396
4126	NC_014652	TGG	2	6	181048	181053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126396
4127	NC_014652	GGC	2	6	181054	181059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312126396
4128	NC_014652	GCA	2	6	181084	181089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126396
4129	NC_014652	GAA	2	6	181104	181109	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126396
4130	NC_014652	TGG	2	6	181140	181145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126396
4131	NC_014652	TCA	2	6	181169	181174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126396
4132	NC_014652	TTG	2	6	181181	181186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126396
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4137	NC_014652	A	6	6	181477	181482	100 %	0 %	0 %	0 %	312126396
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4141	NC_014652	ATG	2	6	181577	181582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126396
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4143	NC_014652	CAA	2	6	181770	181775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126396
4144	NC_014652	CTGTAA	2	12	181838	181849	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126396
4145	NC_014652	AGC	2	6	181899	181904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126396
4146	NC_014652	AG	3	6	181990	181995	50 %	0 %	50 %	0 %	312126396
4147	NC_014652	AAAAG	2	10	182004	182013	80 %	0 %	20 %	0 %	312126396
4148	NC_014652	CAC	2	6	182066	182071	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126396
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4152	NC_014652	A	6	6	182338	182343	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4153	NC_014652	AAAT	2	8	182352	182359	75 %	25 %	0 %	0 %	312126397
4154	NC_014652	GAA	2	6	182374	182379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126397
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4156	NC_014652	ACC	2	6	182495	182500	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126397
4157	NC_014652	TTTA	2	8	182523	182530	25 %	75 %	0 %	0 %	312126397
4158	NC_014652	TAA	2	6	182590	182595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126397
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4162	NC_014652	TGG	2	6	182702	182707	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126397
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4174	NC_014652	A	6	6	183283	183288	100 %	0 %	0 %	0 %	312126398
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4234	NC_014652	AT	3	6	186138	186143	50 %	50 %	0 %	0 %	312126400
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4237	NC_014652	AGA	2	6	186533	186538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126400
4238	NC_014652	AGGC	2	8	186545	186552	25 %	0 %	50 %	25 %	312126400
4239	NC_014652	GTT	2	6	186672	186677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126400
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4241	NC_014652	GAAA	2	8	186776	186783	75 %	0 %	25 %	0 %	312126401
4242	NC_014652	A	6	6	186781	186786	100 %	0 %	0 %	0 %	312126401
4243	NC_014652	TAC	2	6	186792	186797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126401
4244	NC_014652	CTG	2	6	186821	186826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126401
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4246	NC_014652	CAGA	2	8	186928	186935	50 %	0 %	25 %	25 %	312126401
4247	NC_014652	TAT	2	6	186975	186980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126401
4248	NC_014652	ATG	2	6	187177	187182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126401
4249	NC_014652	AGC	2	6	187193	187198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126401
4250	NC_014652	GAT	2	6	187209	187214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126401
4251	NC_014652	TGA	2	6	187229	187234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126401
4252	NC_014652	AGAA	2	8	187382	187389	75 %	0 %	25 %	0 %	312126401
4253	NC_014652	GCA	2	6	187442	187447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126401
4254	NC_014652	T	6	6	187462	187467	0 %	100 %	0 %	0 %	312126401
4255	NC_014652	TGA	2	6	187469	187474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126401
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4258	NC_014652	GAT	2	6	187584	187589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126401
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4262	NC_014652	TG	3	6	187841	187846	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4263	NC_014652	CAT	2	6	187864	187869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4265	NC_014652	TA	3	6	187991	187996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4267	NC_014652	CAT	2	6	188117	188122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4270	NC_014652	TAA	2	6	188483	188488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4271	NC_014652	TGC	2	6	188491	188496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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4277	NC_014652	CTT	2	6	188722	188727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4290	NC_014652	CTT	2	6	189226	189231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4354	NC_014652	ACA	2	6	191458	191463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4358	NC_014652	ATT	2	6	191646	191651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4359	NC_014652	CTT	2	6	191800	191805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4360	NC_014652	TA	3	6	191902	191907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4361	NC_014652	ATT	2	6	191909	191914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4362	NC_014652	A	6	6	191950	191955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4363	NC_014652	TCT	2	6	192082	192087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126403
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4367	NC_014652	T	6	6	192303	192308	0 %	100 %	0 %	0 %	312126403
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4373	NC_014652	TCT	2	6	192425	192430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126403
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4377	NC_014652	TCT	2	6	192832	192837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126403
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