MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA plasmid pPAN

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013962	TCT	2	6	13	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013962	GAA	2	6	22	27	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013962	GAA	3	9	119	127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
4	NC_013962	GAA	3	9	167	175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
5	NC_013962	TGC	2	6	188	193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493921
6	NC_013962	AGG	2	6	473	478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493921
7	NC_013962	TTC	2	6	599	604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
8	NC_013962	GAA	2	6	613	618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493921
9	NC_013962	TCT	2	6	645	650	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493921
10	NC_013962	CAT	2	6	1035	1040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
11	NC_013962	CAA	2	6	1049	1054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292493922
12	NC_013962	GAT	2	6	1083	1088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
13	NC_013962	AGA	3	9	1164	1172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
14	NC_013962	GTT	2	6	1231	1236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
15	NC_013962	GAA	2	6	1255	1260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
16	NC_013962	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
17	NC_013962	ATC	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493922
18	NC_013962	CTT	2	6	1400	1405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
19	NC_013962	TTA	2	6	1438	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292493922
20	NC_013962	AGT	2	6	1485	1490	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493922
21	NC_013962	TCT	2	6	1545	1550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
22	NC_013962	GAA	2	6	1558	1563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
23	NC_013962	GTT	2	6	1603	1608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493922
24	NC_013962	CCT	2	6	1629	1634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493922
25	NC_013962	AGA	2	6	1666	1671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493922
26	NC_013962	TCG	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493922
27	NC_013962	TTC	2	6	1737	1742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493922
28	NC_013962	CTT	2	6	2069	2074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
29	NC_013962	AGG	2	6	2138	2143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493924
30	NC_013962	TGA	2	6	2174	2179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493924
31	NC_013962	TTC	2	6	2196	2201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493924
32	NC_013962	GAA	2	6	2212	2217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
33	NC_013962	GAA	2	6	2220	2225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
34	NC_013962	AAG	2	6	2380	2385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493924
35	NC_013962	GAA	3	9	2442	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013962	CTC	3	9	2486	2494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_013962	ACT	2	6	2546	2551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013962	TGT	2	6	2832	2837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
39	NC_013962	CTT	2	6	2970	2975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
40	NC_013962	TGT	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493925
41	NC_013962	CGA	2	6	3151	3156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493925
42	NC_013962	GAA	2	6	3275	3280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
43	NC_013962	TCT	2	6	3313	3318	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493925
44	NC_013962	CTA	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
45	NC_013962	TCG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493925
46	NC_013962	TCC	2	6	3464	3469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493925
47	NC_013962	AGA	2	6	3478	3483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493925
48	NC_013962	TCA	2	6	3507	3512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493925
49	NC_013962	TGA	2	6	3536	3541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013962	AAG	2	6	3558	3563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
51	NC_013962	GAA	3	9	3620	3628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493926
52	NC_013962	CTC	3	9	3664	3672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493926
53	NC_013962	ACT	2	6	3724	3729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_013962	TGT	2	6	4010	4015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
55	NC_013962	CTT	2	6	4148	4153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
56	NC_013962	TGT	2	6	4205	4210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493927
57	NC_013962	CGA	2	6	4329	4334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292493927
58	NC_013962	GAA	2	6	4453	4458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
59	NC_013962	TCT	2	6	4491	4496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493927
60	NC_013962	CTA	2	6	4577	4582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
61	NC_013962	TCG	2	6	4596	4601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292493927
62	NC_013962	TCC	2	6	4642	4647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493927
63	NC_013962	AGA	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493927
64	NC_013962	TCA	2	6	4685	4690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292493927
65	NC_013962	TGA	2	6	4714	4719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013962	AAG	2	6	4736	4741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
67	NC_013962	GAA	3	9	4798	4806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493928
68	NC_013962	CTC	3	9	4842	4850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292493928
69	NC_013962	ACT	2	6	4902	4907	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013962	GAG	2	6	5203	5208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292493929
71	NC_013962	GAT	2	6	5299	5304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
72	NC_013962	CTT	2	6	5306	5311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
73	NC_013962	AGT	2	6	5583	5588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
74	NC_013962	GTT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493929
75	NC_013962	TTC	2	6	5628	5633	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
76	NC_013962	AGA	2	6	5743	5748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292493929
77	NC_013962	TTG	2	6	5773	5778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493929
78	NC_013962	ATG	2	6	5793	5798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
79	NC_013962	TTC	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292493929
80	NC_013962	GAT	2	6	5893	5898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292493929
81	NC_013962	TAA	2	6	5982	5987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013962	TTG	2	6	6161	6166	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292493930
83	NC_013962	TAA	2	6	6846	6851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292493931
84	NC_013962	ACT	2	6	6931	6936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_013962	ATA	2	6	6961	6966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013962	CAG	2	6	7024	7029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013962	TGT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013962	ATA	2	6	7192	7197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013962	TTA	2	6	7246	7251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013962	TTA	2	6	7279	7284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292493932
91	NC_013962	TCT	2	6	7641	7646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013962	GAA	2	6	7650	7655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.