MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 4478

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	TTAAA	2	10	2322	2331	60 %	40 %	0 %	0 %	260681771
2	NC_013315	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	260681772
3	NC_013315	TTGTT	2	10	4891	4900	0 %	80 %	20 %	0 %	260681774
4	NC_013315	AAGAA	2	10	5992	6001	80 %	0 %	20 %	0 %	260681774
5	NC_013315	ATATT	2	10	6204	6213	40 %	60 %	0 %	0 %	260681775
6	NC_013315	AGTGT	2	10	6667	6676	20 %	40 %	40 %	0 %	260681775
7	NC_013315	AAAGA	2	10	6903	6912	80 %	0 %	20 %	0 %	260681775
8	NC_013315	AGATA	2	10	7370	7379	60 %	20 %	20 %	0 %	260681775
9	NC_013315	TAAAT	2	10	7757	7766	60 %	40 %	0 %	0 %	260681775
10	NC_013315	AAGAA	2	10	8665	8674	80 %	0 %	20 %	0 %	260681776
11	NC_013315	GCTCT	2	10	8900	8909	0 %	40 %	20 %	40 %	260681777
12	NC_013315	ATTTA	2	10	9910	9919	40 %	60 %	0 %	0 %	260681780
13	NC_013315	CTAGA	2	10	10572	10581	40 %	20 %	20 %	20 %	260681780
14	NC_013315	GGTAA	2	10	11052	11061	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013315	AGGAG	2	10	11432	11441	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013315	TCGTG	2	10	11843	11852	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013315	CTTGC	2	10	12396	12405	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_013315	GGGAG	2	10	13219	13228	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013315	TAAGT	2	10	13744	13753	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013315	TAAGC	2	10	14165	14174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013315	AAGAT	2	10	15473	15482	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013315	TTAAA	2	10	17727	17736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013315	AGATA	2	10	18050	18059	60 %	20 %	20 %	0 %	260681783
24	NC_013315	AAAAT	2	10	19331	19340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013315	GATAA	2	10	19366	19375	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013315	TTTGT	2	10	20447	20456	0 %	80 %	20 %	0 %	260681785
27	NC_013315	AATAA	2	10	20520	20529	80 %	20 %	0 %	0 %	260681785
28	NC_013315	TTAAT	2	10	20932	20941	40 %	60 %	0 %	0 %	260681785
29	NC_013315	AAATA	2	10	21928	21937	80 %	20 %	0 %	0 %	260681785
30	NC_013315	AAATT	2	10	23439	23448	60 %	40 %	0 %	0 %	260681788
31	NC_013315	GGTAA	2	10	25372	25381	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013315	AGGAG	2	10	25752	25761	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013315	TCGTG	2	10	26163	26172	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013315	GGGAG	2	10	27441	27450	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013315	TAAGT	2	10	27966	27975	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013315	TAAGC	2	10	28387	28396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013315	AAGAT	2	10	29695	29704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013315	TAATA	2	10	29965	29974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013315	AAAAT	2	10	30705	30714	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013315	ATTAA	2	10	31598	31607	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013315	AAAAT	2	10	32536	32545	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013315	ATTTA	2	10	32818	32827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013315	ATTAA	2	10	33523	33532	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013315	GAAAT	2	10	34044	34053	60 %	20 %	20 %	0 %	260681789
45	NC_013315	ATATT	2	10	35345	35354	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
46	NC_013315	GTTCA	2	10	35447	35456	20 %	40 %	20 %	20 %	260681790
47	NC_013315	AGTTA	2	10	35538	35547	40 %	40 %	20 %	0 %	260681790
48	NC_013315	ATATT	2	10	36816	36825	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
49	NC_013315	AGGTA	2	10	37806	37815	40 %	20 %	40 %	0 %	260681790
50	NC_013315	AATGG	2	10	37885	37894	40 %	20 %	40 %	0 %	260681790
51	NC_013315	TAATT	2	10	38179	38188	40 %	60 %	0 %	0 %	260681790
52	NC_013315	TACAT	2	10	39577	39586	40 %	40 %	0 %	20 %	260681791
53	NC_013315	AAAAT	2	10	39657	39666	80 %	20 %	0 %	0 %	260681791
54	NC_013315	TTGAA	2	10	39690	39699	40 %	40 %	20 %	0 %	260681791
55	NC_013315	TGGAA	2	10	40159	40168	40 %	20 %	40 %	0 %	260681791
56	NC_013315	AAGGT	2	10	41209	41218	40 %	20 %	40 %	0 %	260681792
57	NC_013315	AGATG	2	10	43645	43654	40 %	20 %	40 %	0 %	260681795
58	NC_013315	TATAG	2	10	45388	45397	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013315	AATAT	2	10	47905	47914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013315	TTTTG	2	10	48558	48567	0 %	80 %	20 %	0 %	260681798
61	NC_013315	TAGAT	2	10	49889	49898	40 %	40 %	20 %	0 %	260681799
62	NC_013315	TTATT	2	10	52547	52556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013315	ATAAG	2	10	52582	52591	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013315	GAGTG	2	10	54137	54146	20 %	20 %	60 %	0 %	260681802
65	NC_013315	ATGTT	2	10	56502	56511	20 %	60 %	20 %	0 %	260681803
66	NC_013315	CAAAT	2	10	57816	57825	60 %	20 %	0 %	20 %	260681804
67	NC_013315	AAATA	2	10	60341	60350	80 %	20 %	0 %	0 %	260681807
68	NC_013315	TAAAA	2	10	61253	61262	80 %	20 %	0 %	0 %	260681807
69	NC_013315	ATTAT	2	10	61419	61428	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013315	ATTCA	2	10	62466	62475	40 %	40 %	0 %	20 %	260681808
71	NC_013315	GAAGA	2	10	63782	63791	60 %	0 %	40 %	0 %	260681809
72	NC_013315	AGAAA	2	10	64953	64962	80 %	0 %	20 %	0 %	260681809
73	NC_013315	ATATA	2	10	65391	65400	60 %	40 %	0 %	0 %	260681809
74	NC_013315	AAAAG	2	10	65847	65856	80 %	0 %	20 %	0 %	260681809
75	NC_013315	CAAAT	2	10	66179	66188	60 %	20 %	0 %	20 %	260681809
76	NC_013315	ACTCT	2	10	66535	66544	20 %	40 %	0 %	40 %	260681809
77	NC_013315	AATTT	2	10	66647	66656	40 %	60 %	0 %	0 %	260681810
78	NC_013315	TAAAA	2	10	67179	67188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013315	GAATA	2	10	68880	68889	60 %	20 %	20 %	0 %	260681812
80	NC_013315	TTGAA	2	10	69444	69453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013315	AAGAA	2	10	69622	69631	80 %	0 %	20 %	0 %	260681814
82	NC_013315	ATAAA	2	10	70402	70411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013315	TAAAA	2	10	71573	71582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013315	AAAAT	2	10	71612	71621	80 %	20 %	0 %	0 %	260681816
85	NC_013315	ACAGA	2	10	73489	73498	60 %	0 %	20 %	20 %	260681818
86	NC_013315	GTTAG	2	10	74898	74907	20 %	40 %	40 %	0 %	260681818
87	NC_013315	TACAT	2	10	75534	75543	40 %	40 %	0 %	20 %	260681819
88	NC_013315	CCATA	2	10	75808	75817	40 %	20 %	0 %	40 %	260681819
89	NC_013315	TGTGG	2	10	76325	76334	0 %	40 %	60 %	0 %	260681819
90	NC_013315	ATAAG	2	10	76576	76585	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013315	AGAAA	2	10	77680	77689	80 %	0 %	20 %	0 %	260681820
92	NC_013315	AAATT	2	10	77888	77897	60 %	40 %	0 %	0 %	260681820
93	NC_013315	AATAG	2	10	78365	78374	60 %	20 %	20 %	0 %	260681820
94	NC_013315	AGCAA	2	10	78510	78519	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013315	TATAA	2	10	78862	78871	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013315	AGCTA	2	10	80879	80888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013315	AAATG	2	10	81670	81679	60 %	20 %	20 %	0 %	260681823
98	NC_013315	AATTT	2	10	82578	82587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013315	TAAAC	2	10	82851	82860	60 %	20 %	0 %	20 %	260681825
100	NC_013315	TTACT	2	10	83501	83510	20 %	60 %	0 %	20 %	260681825
101	NC_013315	AAAAC	2	10	83763	83772	80 %	0 %	0 %	20 %	260681825
102	NC_013315	AGAAT	2	10	84358	84367	60 %	20 %	20 %	0 %	260681826
103	NC_013315	ATATT	2	10	88955	88964	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013315	GTTTA	2	10	89233	89242	20 %	60 %	20 %	0 %	260681832
105	NC_013315	GAAAA	2	10	89599	89608	80 %	0 %	20 %	0 %	260681833
106	NC_013315	AAAAT	2	10	90498	90507	80 %	20 %	0 %	0 %	260681835
107	NC_013315	TAAAA	2	10	92446	92455	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013315	TTCTA	2	10	93427	93436	20 %	60 %	0 %	20 %	260681838
109	NC_013315	AATTA	2	10	93535	93544	60 %	40 %	0 %	0 %	260681838
110	NC_013315	AGTAG	2	10	95885	95894	40 %	20 %	40 %	0 %	260681839
111	NC_013315	GGTAA	2	10	96575	96584	40 %	20 %	40 %	0 %	260681839
112	NC_013315	TAATA	2	10	97588	97597	60 %	40 %	0 %	0 %	260681839
113	NC_013315	GGTAT	2	10	99304	99313	20 %	40 %	40 %	0 %	260681840
114	NC_013315	ACTAA	2	10	105960	105969	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_013315	AAAAT	2	10	106109	106118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013315	TGAGA	2	10	108867	108876	40 %	20 %	40 %	0 %	260681849
117	NC_013315	AATTA	2	10	109476	109485	60 %	40 %	0 %	0 %	260681850
118	NC_013315	AAAGA	2	10	109998	110007	80 %	0 %	20 %	0 %	260681852
119	NC_013315	TAATG	2	10	112247	112256	40 %	40 %	20 %	0 %	260681857
120	NC_013315	AGAAA	2	10	113517	113526	80 %	0 %	20 %	0 %	260681860
121	NC_013315	CCAAA	2	10	113970	113979	60 %	0 %	0 %	40 %	260681861
122	NC_013315	TAAGA	2	10	114032	114041	60 %	20 %	20 %	0 %	260681861
123	NC_013315	TAAAA	2	10	117049	117058	80 %	20 %	0 %	0 %	260681866
124	NC_013315	TTATG	2	10	122019	122028	20 %	60 %	20 %	0 %	260681876
125	NC_013315	TAGTA	2	10	122159	122168	40 %	40 %	20 %	0 %	260681876
126	NC_013315	ATATC	2	10	125180	125189	40 %	40 %	0 %	20 %	260681880
127	NC_013315	GTTAA	2	10	126580	126589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013315	AATAA	2	10	126602	126611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013315	ATTTT	2	10	126701	126710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013315	TATAA	2	10	126801	126810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013315	AGAAA	2	10	127359	127368	80 %	0 %	20 %	0 %	260681883
132	NC_013315	TAAAA	2	10	127813	127822	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013315	GGTAA	2	10	128239	128248	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013315	AGGAG	2	10	128619	128628	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013315	TCGTG	2	10	129031	129040	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013315	GGGAG	2	10	130311	130320	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013315	TAAGT	2	10	130836	130845	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013315	TAAGC	2	10	131256	131265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013315	AAGAT	2	10	132564	132573	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013315	AAGTT	2	10	132866	132875	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013315	GGTAA	2	10	134967	134976	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013315	AGGAG	2	10	135347	135356	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013315	TCGTG	2	10	135758	135767	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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152	NC_013315	TCGTG	2	10	146166	146175	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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157	NC_013315	AAGAT	2	10	149920	149929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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