MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 416

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	TGGC	2	8	439	446	0 %	25 %	50 %	25 %	253795548
2	NC_012960	GCTG	2	8	1122	1129	0 %	25 %	50 %	25 %	253795548
3	NC_012960	TGCG	2	8	1272	1279	0 %	25 %	50 %	25 %	253795548
4	NC_012960	CTGT	2	8	1827	1834	0 %	50 %	25 %	25 %	253795549
5	NC_012960	GCTG	2	8	2162	2169	0 %	25 %	50 %	25 %	253795550
6	NC_012960	GCTA	2	8	2432	2439	25 %	25 %	25 %	25 %	253795550
7	NC_012960	AGCC	2	8	2463	2470	25 %	0 %	25 %	50 %	253795550
8	NC_012960	GCTA	2	8	2921	2928	25 %	25 %	25 %	25 %	253795550
9	NC_012960	CAAC	2	8	3192	3199	50 %	0 %	0 %	50 %	253795550
10	NC_012960	GCTT	2	8	3304	3311	0 %	50 %	25 %	25 %	253795550
11	NC_012960	TGAT	2	8	3643	3650	25 %	50 %	25 %	0 %	253795550
12	NC_012960	AGCA	2	8	3743	3750	50 %	0 %	25 %	25 %	253795550
13	NC_012960	GCTG	2	8	3835	3842	0 %	25 %	50 %	25 %	253795550
14	NC_012960	GGCG	2	8	3923	3930	0 %	0 %	75 %	25 %	253795550
15	NC_012960	TGGC	2	8	4788	4795	0 %	25 %	50 %	25 %	253795550
16	NC_012960	GTTT	2	8	5590	5597	0 %	75 %	25 %	0 %	253795552
17	NC_012960	GGCG	2	8	5848	5855	0 %	0 %	75 %	25 %	253795552
18	NC_012960	GCTG	2	8	6037	6044	0 %	25 %	50 %	25 %	253795552
19	NC_012960	AGCT	2	8	6211	6218	25 %	25 %	25 %	25 %	253795552
20	NC_012960	AGCG	2	8	6355	6362	25 %	0 %	50 %	25 %	253795553
21	NC_012960	CAGC	2	8	6642	6649	25 %	0 %	25 %	50 %	253795553
22	NC_012960	GCTT	2	8	7396	7403	0 %	50 %	25 %	25 %	253795554
23	NC_012960	CTAG	2	8	8894	8901	25 %	25 %	25 %	25 %	253795556
24	NC_012960	GCTG	2	8	9100	9107	0 %	25 %	50 %	25 %	253795556
25	NC_012960	GCTA	2	8	9987	9994	25 %	25 %	25 %	25 %	253795557
26	NC_012960	GCTG	2	8	10215	10222	0 %	25 %	50 %	25 %	253795557
27	NC_012960	TTGC	3	12	10752	10763	0 %	50 %	25 %	25 %	253795558
28	NC_012960	CCTT	2	8	10823	10830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_012960	CTTC	3	12	10945	10956	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_012960	ATCT	2	8	11027	11034	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012960	GCTT	2	8	11933	11940	0 %	50 %	25 %	25 %	253795559
32	NC_012960	TGGT	2	8	12272	12279	0 %	50 %	50 %	0 %	253795559
33	NC_012960	GCGT	2	8	12372	12379	0 %	25 %	50 %	25 %	253795560
34	NC_012960	TCAA	2	8	12462	12469	50 %	25 %	0 %	25 %	253795560
35	NC_012960	TGGC	2	8	12642	12649	0 %	25 %	50 %	25 %	253795560
36	NC_012960	GCTG	2	8	12677	12684	0 %	25 %	50 %	25 %	253795560
37	NC_012960	TGCT	2	8	12954	12961	0 %	50 %	25 %	25 %	253795560
38	NC_012960	AGCT	2	8	12987	12994	25 %	25 %	25 %	25 %	253795560
39	NC_012960	GCTG	2	8	13147	13154	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_012960	GCTT	2	8	13314	13321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012960	AACA	2	8	13405	13412	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012960	TGAT	2	8	13629	13636	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012960	GTTT	2	8	13667	13674	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012960	TTGT	2	8	13906	13913	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012960	GGCT	2	8	14157	14164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012960	GCTA	2	8	14262	14269	25 %	25 %	25 %	25 %	253795561
47	NC_012960	TGGC	2	8	14302	14309	0 %	25 %	50 %	25 %	253795561
48	NC_012960	GCGT	2	8	14503	14510	0 %	25 %	50 %	25 %	253795561
49	NC_012960	TTGA	2	8	14617	14624	25 %	50 %	25 %	0 %	253795561
50	NC_012960	GGCT	2	8	14791	14798	0 %	25 %	50 %	25 %	253795561
51	NC_012960	CAGC	2	8	15582	15589	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012960	GCCA	2	8	16927	16934	25 %	0 %	25 %	50 %	253795564
53	NC_012960	CAGC	2	8	17288	17295	25 %	0 %	25 %	50 %	253795565
54	NC_012960	AGCC	2	8	17344	17351	25 %	0 %	25 %	50 %	253795565
55	NC_012960	GCTA	2	8	17438	17445	25 %	25 %	25 %	25 %	253795565
56	NC_012960	AGCT	2	8	17675	17682	25 %	25 %	25 %	25 %	253795565
57	NC_012960	GCTA	2	8	17930	17937	25 %	25 %	25 %	25 %	253795565
58	NC_012960	GCTG	2	8	18463	18470	0 %	25 %	50 %	25 %	253795565
59	NC_012960	CACG	2	8	19297	19304	25 %	0 %	25 %	50 %	253795566
60	NC_012960	GCTG	2	8	19658	19665	0 %	25 %	50 %	25 %	253795566
61	NC_012960	GCTT	2	8	19755	19762	0 %	50 %	25 %	25 %	253795566
62	NC_012960	CTGC	2	8	19952	19959	0 %	25 %	25 %	50 %	253795567
63	NC_012960	GGCT	2	8	19969	19976	0 %	25 %	50 %	25 %	253795567
64	NC_012960	GTGC	2	8	20501	20508	0 %	25 %	50 %	25 %	253795568
65	NC_012960	GCTA	2	8	20597	20604	25 %	25 %	25 %	25 %	253795568
66	NC_012960	AGCT	2	8	20819	20826	25 %	25 %	25 %	25 %	253795569
67	NC_012960	GCCA	2	8	20984	20991	25 %	0 %	25 %	50 %	253795570
68	NC_012960	TGAC	2	8	21037	21044	25 %	25 %	25 %	25 %	253795570
69	NC_012960	TGGT	2	8	21072	21079	0 %	50 %	50 %	0 %	253795570
70	NC_012960	GGGC	2	8	21187	21194	0 %	0 %	75 %	25 %	253795570
71	NC_012960	TGGC	2	8	21476	21483	0 %	25 %	50 %	25 %	253795571
72	NC_012960	GCTG	2	8	22406	22413	0 %	25 %	50 %	25 %	253795572
73	NC_012960	GCTG	2	8	22701	22708	0 %	25 %	50 %	25 %	253795572
74	NC_012960	ACTG	2	8	23021	23028	25 %	25 %	25 %	25 %	253795573
75	NC_012960	TCGA	2	8	23175	23182	25 %	25 %	25 %	25 %	253795573
76	NC_012960	AGCG	2	8	23578	23585	25 %	0 %	50 %	25 %	253795573
77	NC_012960	TGCT	2	8	23816	23823	0 %	50 %	25 %	25 %	253795574
78	NC_012960	GCTG	2	8	23877	23884	0 %	25 %	50 %	25 %	253795574
79	NC_012960	TTTG	2	8	24824	24831	0 %	75 %	25 %	0 %	253795576
80	NC_012960	CGCT	2	8	24837	24844	0 %	25 %	25 %	50 %	253795576
81	NC_012960	GCTA	2	8	24987	24994	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
82	NC_012960	GCTT	2	8	25029	25036	0 %	50 %	25 %	25 %	253795576
83	NC_012960	GCTA	2	8	25046	25053	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
84	NC_012960	GCTG	2	8	25119	25126	0 %	25 %	50 %	25 %	253795576
85	NC_012960	AGCT	2	8	25129	25136	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
86	NC_012960	AGCG	2	8	25451	25458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_012960	AAAG	2	8	25584	25591	75 %	0 %	25 %	0 %	253795577
88	NC_012960	CGCT	2	8	25784	25791	0 %	25 %	25 %	50 %	253795578
89	NC_012960	GAGC	2	8	25851	25858	25 %	0 %	50 %	25 %	253795578
90	NC_012960	GCCC	2	8	25913	25920	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_012960	CTCG	2	8	25995	26002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012960	GCTA	2	8	26463	26470	25 %	25 %	25 %	25 %	253795581
93	NC_012960	TTTC	2	8	27983	27990	0 %	75 %	0 %	25 %	253795582
94	NC_012960	GCTG	2	8	28557	28564	0 %	25 %	50 %	25 %	253795583
95	NC_012960	GCTT	2	8	29116	29123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_012960	GTTT	2	8	29237	29244	0 %	75 %	25 %	0 %	253795584
97	NC_012960	GGTT	2	8	29549	29556	0 %	50 %	50 %	0 %	253795584
98	NC_012960	GCTG	2	8	29717	29724	0 %	25 %	50 %	25 %	253795584
99	NC_012960	TTGA	2	8	30113	30120	25 %	50 %	25 %	0 %	253795585
100	NC_012960	GCCA	2	8	30260	30267	25 %	0 %	25 %	50 %	253795585
101	NC_012960	CTGC	2	8	31090	31097	0 %	25 %	25 %	50 %	253795585
102	NC_012960	ACAG	2	8	31490	31497	50 %	0 %	25 %	25 %	253795586
103	NC_012960	AGCT	2	8	32340	32347	25 %	25 %	25 %	25 %	253795587
104	NC_012960	AGCT	2	8	32391	32398	25 %	25 %	25 %	25 %	253795587
105	NC_012960	GCTG	2	8	32596	32603	0 %	25 %	50 %	25 %	253795587
106	NC_012960	GTGC	2	8	33528	33535	0 %	25 %	50 %	25 %	253795587
107	NC_012960	GCTA	2	8	33818	33825	25 %	25 %	25 %	25 %	253795587
108	NC_012960	GCTG	2	8	33944	33951	0 %	25 %	50 %	25 %	253795588
109	NC_012960	GCTG	2	8	34013	34020	0 %	25 %	50 %	25 %	253795588
110	NC_012960	CGCC	2	8	34126	34133	0 %	0 %	25 %	75 %	253795588
111	NC_012960	AGGA	2	8	34208	34215	50 %	0 %	50 %	0 %	253795588
112	NC_012960	CGGC	2	8	34615	34622	0 %	0 %	50 %	50 %	253795589
113	NC_012960	TGCT	2	8	35027	35034	0 %	50 %	25 %	25 %	253795589
114	NC_012960	GCTG	2	8	35578	35585	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_012960	GCTG	2	8	35741	35748	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_012960	TGAC	2	8	36056	36063	25 %	25 %	25 %	25 %	253795590
117	NC_012960	TGCT	2	8	36208	36215	0 %	50 %	25 %	25 %	253795590
118	NC_012960	AGCT	2	8	36865	36872	25 %	25 %	25 %	25 %	253795591
119	NC_012960	AGCT	2	8	37077	37084	25 %	25 %	25 %	25 %	253795591
120	NC_012960	CTGA	2	8	37373	37380	25 %	25 %	25 %	25 %	253795591
121	NC_012960	CTAA	2	8	38166	38173	50 %	25 %	0 %	25 %	253795592
122	NC_012960	TGCT	2	8	38763	38770	0 %	50 %	25 %	25 %	253795592
123	NC_012960	CGCT	2	8	39216	39223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_012960	TTGT	2	8	40250	40257	0 %	75 %	25 %	0 %	253795595
125	NC_012960	TCTA	2	8	42413	42420	25 %	50 %	0 %	25 %	253795597
126	NC_012960	AGCG	2	8	42867	42874	25 %	0 %	50 %	25 %	253795600
127	NC_012960	GCTC	2	8	42924	42931	0 %	25 %	25 %	50 %	253795600
128	NC_012960	GCTG	2	8	43164	43171	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_012960	GCTG	2	8	43618	43625	0 %	25 %	50 %	25 %	253795602
130	NC_012960	CTGA	2	8	43758	43765	25 %	25 %	25 %	25 %	253795603
131	NC_012960	GCGT	2	8	44403	44410	0 %	25 %	50 %	25 %	253795604
132	NC_012960	GTTT	2	8	44551	44558	0 %	75 %	25 %	0 %	253795604
133	NC_012960	GGCT	2	8	44584	44591	0 %	25 %	50 %	25 %	253795604
134	NC_012960	TCAA	2	8	46929	46936	50 %	25 %	0 %	25 %	253795606
135	NC_012960	GCTG	2	8	47039	47046	0 %	25 %	50 %	25 %	253795607
136	NC_012960	GCTA	2	8	47163	47170	25 %	25 %	25 %	25 %	253795607
137	NC_012960	GTTG	2	8	48002	48009	0 %	50 %	50 %	0 %	253795609
138	NC_012960	CAGC	2	8	49493	49500	25 %	0 %	25 %	50 %	253795609
139	NC_012960	AAGC	2	8	49707	49714	50 %	0 %	25 %	25 %	253795609
140	NC_012960	GCTG	2	8	49721	49728	0 %	25 %	50 %	25 %	253795609
141	NC_012960	TGGT	2	8	49744	49751	0 %	50 %	50 %	0 %	253795609
142	NC_012960	CTTG	2	8	49793	49800	0 %	50 %	25 %	25 %	253795609
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414	NC_012960	GCTG	2	8	142550	142557	0 %	25 %	50 %	25 %	253795714
415	NC_012960	GCTC	2	8	142674	142681	0 %	25 %	25 %	50 %	253795715
416	NC_012960	GCCT	2	8	143500	143507	0 %	25 %	25 %	50 %	253795716

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.