MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 1937

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	ACA	2	6	68	73	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795548
2	NC_012960	GCG	2	6	182	187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795548
3	NC_012960	TGA	2	6	203	208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795548
4	NC_012960	GCG	2	6	236	241	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795548
5	NC_012960	GCT	2	6	249	254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
6	NC_012960	GGC	2	6	259	264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795548
7	NC_012960	TAG	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795548
8	NC_012960	GTG	2	6	466	471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795548
9	NC_012960	GCG	3	9	491	499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795548
10	NC_012960	GCT	2	6	528	533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
11	NC_012960	CGT	2	6	635	640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
12	NC_012960	TGC	2	6	656	661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
13	NC_012960	TGG	2	6	746	751	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795548
14	NC_012960	TGC	2	6	872	877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
15	NC_012960	GTC	2	6	1004	1009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795548
16	NC_012960	GGT	2	6	1023	1028	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795548
17	NC_012960	TTG	2	6	1157	1162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795548
18	NC_012960	GCA	2	6	1420	1425	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795548
19	NC_012960	GCG	2	6	1503	1508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795549
20	NC_012960	GTG	2	6	1512	1517	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795549
21	NC_012960	GCT	2	6	1630	1635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795549
22	NC_012960	ATG	2	6	1639	1644	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795549
23	NC_012960	TGG	2	6	1651	1656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795549
24	NC_012960	GGC	2	6	1664	1669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795549
25	NC_012960	GCT	2	6	1724	1729	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795549
26	NC_012960	CAG	2	6	1842	1847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795549
27	NC_012960	CTG	2	6	1875	1880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795549
28	NC_012960	TGC	2	6	2008	2013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
29	NC_012960	TAG	2	6	2134	2139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795550
30	NC_012960	ATG	2	6	2177	2182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795550
31	NC_012960	CGC	2	6	2218	2223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795550
32	NC_012960	AGC	2	6	2245	2250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
33	NC_012960	GGT	2	6	2262	2267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795550
34	NC_012960	CGT	2	6	2333	2338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
35	NC_012960	GCG	2	6	2621	2626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795550
36	NC_012960	GTA	2	6	2628	2633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795550
37	NC_012960	CGG	2	6	2693	2698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795550
38	NC_012960	GCT	2	6	2740	2745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
39	NC_012960	TGC	2	6	2746	2751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
40	NC_012960	TGT	2	6	2801	2806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795550
41	NC_012960	ACG	2	6	2884	2889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
42	NC_012960	TCA	2	6	2998	3003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795550
43	NC_012960	GCG	2	6	3004	3009	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795550
44	NC_012960	TAA	2	6	3037	3042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253795550
45	NC_012960	TGC	2	6	3264	3269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
46	NC_012960	GCT	2	6	3379	3384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
47	NC_012960	AAG	2	6	3539	3544	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795550
48	NC_012960	GGC	2	6	3629	3634	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795550
49	NC_012960	TGA	2	6	3661	3666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795550
50	NC_012960	GCT	2	6	3719	3724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
51	NC_012960	GAC	3	9	3954	3962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
52	NC_012960	GAC	2	6	4146	4151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
53	NC_012960	TGC	2	6	4228	4233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
54	NC_012960	TGC	2	6	4333	4338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
55	NC_012960	TTG	2	6	4394	4399	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795550
56	NC_012960	GCT	2	6	4433	4438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
57	NC_012960	GGC	3	9	4522	4530	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795550
58	NC_012960	TGC	2	6	4573	4578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
59	NC_012960	ACG	2	6	4600	4605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
60	NC_012960	CGA	2	6	4616	4621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
61	NC_012960	CTA	2	6	4622	4627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795550
62	NC_012960	CGC	2	6	4649	4654	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795550
63	NC_012960	CAG	2	6	4763	4768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795550
64	NC_012960	TGA	2	6	4774	4779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795550
65	NC_012960	GCT	2	6	4991	4996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795550
66	NC_012960	GTG	2	6	5090	5095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795551
67	NC_012960	TGC	2	6	5184	5189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795551
68	NC_012960	GCG	2	6	5240	5245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795551
69	NC_012960	GCT	2	6	5285	5290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795551
70	NC_012960	TGG	2	6	5337	5342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795551
71	NC_012960	GCT	2	6	5392	5397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795551
72	NC_012960	GTT	2	6	5423	5428	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795551
73	NC_012960	CAC	2	6	5486	5491	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795551
74	NC_012960	CGG	2	6	5567	5572	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795552
75	NC_012960	CGG	2	6	5574	5579	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795552
76	NC_012960	TGG	2	6	5601	5606	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795552
77	NC_012960	GCT	2	6	5650	5655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795552
78	NC_012960	TGC	2	6	5727	5732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795552
79	NC_012960	CTT	2	6	5779	5784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253795552
80	NC_012960	GGC	2	6	5788	5793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795552
81	NC_012960	TAG	2	6	5808	5813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795552
82	NC_012960	GCC	2	6	5890	5895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795552
83	NC_012960	TGG	2	6	5913	5918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795552
84	NC_012960	GTG	2	6	6001	6006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795552
85	NC_012960	CGT	2	6	6079	6084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795552
86	NC_012960	CTG	3	9	6092	6100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795552
87	NC_012960	TGG	2	6	6150	6155	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795552
88	NC_012960	GGT	2	6	6200	6205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795552
89	NC_012960	GCT	2	6	6262	6267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795552
90	NC_012960	AGC	2	6	6268	6273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795552
91	NC_012960	GCT	2	6	6450	6455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
92	NC_012960	GTG	2	6	6532	6537	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795553
93	NC_012960	GCT	3	9	6624	6632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
94	NC_012960	GTG	2	6	6652	6657	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795553
95	NC_012960	TGC	2	6	6686	6691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
96	NC_012960	CGT	2	6	6732	6737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
97	NC_012960	TGT	2	6	6813	6818	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795553
98	NC_012960	GCT	2	6	6868	6873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
99	NC_012960	CGT	2	6	6874	6879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795553
100	NC_012960	AAG	2	6	6896	6901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012960	GCT	2	6	6922	6927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012960	GCA	2	6	6951	6956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_012960	GCC	2	6	6980	6985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795554
104	NC_012960	GCC	2	6	7070	7075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795554
105	NC_012960	GCT	2	6	7162	7167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795554
106	NC_012960	CGT	2	6	7190	7195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795554
107	NC_012960	GCT	2	6	7425	7430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795554
108	NC_012960	TGG	2	6	7453	7458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795554
109	NC_012960	TGC	2	6	7547	7552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795554
110	NC_012960	CAG	2	6	7846	7851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795554
111	NC_012960	TGC	2	6	7887	7892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795554
112	NC_012960	GCT	2	6	7925	7930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795555
113	NC_012960	AGC	2	6	7962	7967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795555
114	NC_012960	CGC	2	6	8088	8093	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795555
115	NC_012960	CTA	2	6	8097	8102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795555
116	NC_012960	CTG	2	6	8130	8135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795555
117	NC_012960	TGC	2	6	8217	8222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795555
118	NC_012960	GCG	2	6	8306	8311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795555
119	NC_012960	CTG	2	6	8350	8355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795555
120	NC_012960	GAC	2	6	8407	8412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795555
121	NC_012960	GGC	2	6	8664	8669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795556
122	NC_012960	GCT	2	6	9046	9051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795556
123	NC_012960	GTC	2	6	9151	9156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795556
124	NC_012960	GCA	2	6	9203	9208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795556
125	NC_012960	GCT	2	6	9209	9214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795556
126	NC_012960	CGC	2	6	9226	9231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795556
127	NC_012960	CGT	2	6	9255	9260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795556
128	NC_012960	GCC	2	6	9279	9284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795556
129	NC_012960	GTT	3	9	9290	9298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795556
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162	NC_012960	CCT	2	6	11102	11107	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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255	NC_012960	TGC	3	9	19317	19325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
256	NC_012960	TGC	2	6	19339	19344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
257	NC_012960	TGT	2	6	19363	19368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
258	NC_012960	GCT	2	6	19391	19396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
259	NC_012960	GCC	4	12	19397	19408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795566
260	NC_012960	GCT	2	6	19482	19487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
261	NC_012960	TTG	2	6	19508	19513	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
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263	NC_012960	CCA	2	6	19593	19598	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795566
264	NC_012960	TGT	2	6	19681	19686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
265	NC_012960	GCC	2	6	19859	19864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795566
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267	NC_012960	CGC	2	6	19996	20001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795567
268	NC_012960	GCT	2	6	20023	20028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795567
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275	NC_012960	GCT	2	6	20552	20557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795568
276	NC_012960	CCG	2	6	20560	20565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795568
277	NC_012960	GAA	2	6	20585	20590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795568
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279	NC_012960	GCT	2	6	20854	20859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795569
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281	NC_012960	GCG	2	6	21098	21103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795570
282	NC_012960	TCA	2	6	21328	21333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795570
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287	NC_012960	GGC	2	6	21592	21597	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795571
288	NC_012960	GTA	2	6	21757	21762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795571
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292	NC_012960	CGC	2	6	22148	22153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795572
293	NC_012960	TGC	2	6	22183	22188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795572
294	NC_012960	TGG	2	6	22293	22298	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795572
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311	NC_012960	GCG	2	6	23443	23448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795573
312	NC_012960	GTA	2	6	23535	23540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795573
313	NC_012960	CGA	2	6	23570	23575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795573
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315	NC_012960	GCC	2	6	23640	23645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795574
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323	NC_012960	GCT	2	6	24114	24119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
324	NC_012960	TTG	2	6	24209	24214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795574
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326	NC_012960	GCC	2	6	24235	24240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795574
327	NC_012960	ACG	2	6	24242	24247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795574
328	NC_012960	TGC	2	6	24248	24253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
329	NC_012960	GCT	2	6	24267	24272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
330	NC_012960	GGC	2	6	24336	24341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795574
331	NC_012960	AGC	2	6	24347	24352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795574
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335	NC_012960	TGC	2	6	24669	24674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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340	NC_012960	TGC	2	6	24902	24907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
341	NC_012960	GCT	2	6	24954	24959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
342	NC_012960	TGA	2	6	25204	25209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795576
343	NC_012960	CGT	2	6	25247	25252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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345	NC_012960	TTG	2	6	25292	25297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795576
346	NC_012960	GCT	2	6	25382	25387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
347	NC_012960	ACA	3	9	25573	25581	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795577
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352	NC_012960	TGC	2	6	25878	25883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795578
353	NC_012960	CAA	2	6	25902	25907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795578
354	NC_012960	CGC	2	6	26179	26184	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795579
355	NC_012960	CGG	2	6	26213	26218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795580
356	NC_012960	GCT	2	6	26241	26246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795580
357	NC_012960	TGC	2	6	26393	26398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
358	NC_012960	TGC	2	6	26408	26413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
359	NC_012960	GCC	2	6	26437	26442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
360	NC_012960	AAG	2	6	26567	26572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795581
361	NC_012960	CAC	2	6	26587	26592	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795581
362	NC_012960	TGG	2	6	26743	26748	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795581
363	NC_012960	TCT	2	6	26779	26784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253795581
364	NC_012960	GCA	2	6	26842	26847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795581
365	NC_012960	GTC	2	6	26856	26861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795581
366	NC_012960	TCA	2	6	26976	26981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795581
367	NC_012960	GCT	2	6	27010	27015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795581
368	NC_012960	TTG	2	6	27030	27035	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795581
369	NC_012960	CGT	2	6	27094	27099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795581
370	NC_012960	CCT	2	6	27132	27137	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253795581
371	NC_012960	GCC	2	6	27200	27205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795582
372	NC_012960	TAC	2	6	27254	27259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795582
373	NC_012960	GCG	2	6	27291	27296	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795582
374	NC_012960	GCC	2	6	27322	27327	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795582
375	NC_012960	GCT	2	6	27332	27337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795582
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377	NC_012960	TTG	2	6	27678	27683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795582
378	NC_012960	CGC	2	6	27757	27762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795582
379	NC_012960	GGT	2	6	27772	27777	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795582
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381	NC_012960	GGT	2	6	28069	28074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795582
382	NC_012960	CGT	3	9	28095	28103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795582
383	NC_012960	TTG	2	6	28332	28337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795582
384	NC_012960	ACG	2	6	28353	28358	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795582
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395	NC_012960	TGA	2	6	29140	29145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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490	NC_012960	ACG	2	6	36780	36785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795591
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497	NC_012960	ACC	2	6	37091	37096	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795591
498	NC_012960	CGA	2	6	37123	37128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795591
499	NC_012960	CTC	2	6	37146	37151	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253795591
500	NC_012960	AAC	2	6	37172	37177	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795591

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