MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 3587

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_012960	CAG	2	6	140227	140232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795711
3502	NC_012960	ACT	2	6	140237	140242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795711
3503	NC_012960	GC	3	6	140245	140250	0 %	0 %	50 %	50 %	253795711
3504	NC_012960	GCA	2	6	140253	140258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795711
3505	NC_012960	CAG	2	6	140278	140283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795711
3506	NC_012960	CTCG	2	8	140322	140329	0 %	25 %	25 %	50 %	253795711
3507	NC_012960	TGA	2	6	140402	140407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795711
3508	NC_012960	CTAG	2	8	140444	140451	25 %	25 %	25 %	25 %	253795711
3509	NC_012960	GC	3	6	140478	140483	0 %	0 %	50 %	50 %	253795711
3510	NC_012960	GCTA	2	8	140488	140495	25 %	25 %	25 %	25 %	253795711
3511	NC_012960	GCG	2	6	140532	140537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795711
3512	NC_012960	CGC	2	6	140550	140555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795711
3513	NC_012960	GC	3	6	140576	140581	0 %	0 %	50 %	50 %	253795711
3514	NC_012960	GCA	2	6	140594	140599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795711
3515	NC_012960	GC	3	6	140733	140738	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3516	NC_012960	CTC	2	6	140754	140759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253795712
3517	NC_012960	GCC	2	6	140770	140775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795712
3518	NC_012960	AC	3	6	140776	140781	50 %	0 %	0 %	50 %	253795712
3519	NC_012960	GCC	4	12	140785	140796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795712
3520	NC_012960	GCTT	2	8	140803	140810	0 %	50 %	25 %	25 %	253795712
3521	NC_012960	TGCG	2	8	140817	140824	0 %	25 %	50 %	25 %	253795712
3522	NC_012960	CGC	2	6	140895	140900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795712
3523	NC_012960	TCA	2	6	141071	141076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795712
3524	NC_012960	AC	3	6	141144	141149	50 %	0 %	0 %	50 %	253795712
3525	NC_012960	TGC	2	6	141203	141208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795712
3526	NC_012960	CTA	2	6	141215	141220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795712
3527	NC_012960	AGA	2	6	141242	141247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795712
3528	NC_012960	CCA	3	9	141338	141346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795712
3529	NC_012960	GTT	2	6	141376	141381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795712
3530	NC_012960	GC	3	6	141395	141400	0 %	0 %	50 %	50 %	253795712
3531	NC_012960	CG	3	6	141439	141444	0 %	0 %	50 %	50 %	253795712
3532	NC_012960	CCT	2	6	141550	141555	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253795712
3533	NC_012960	AG	3	6	141587	141592	50 %	0 %	50 %	0 %	253795712
3534	NC_012960	CG	4	8	141593	141600	0 %	0 %	50 %	50 %	253795712
3535	NC_012960	GCT	2	6	141610	141615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795712
3536	NC_012960	CAA	2	6	141641	141646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795712
3537	NC_012960	CGT	2	6	141671	141676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3538	NC_012960	CTT	2	6	141737	141742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253795713
3539	NC_012960	TCG	3	9	141804	141812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3540	NC_012960	CTA	2	6	141814	141819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795713
3541	NC_012960	CAG	2	6	141830	141835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3542	NC_012960	CG	3	6	141845	141850	0 %	0 %	50 %	50 %	253795713
3543	NC_012960	AAC	2	6	141857	141862	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795713
3544	NC_012960	GC	3	6	141896	141901	0 %	0 %	50 %	50 %	253795713
3545	NC_012960	CG	4	8	141914	141921	0 %	0 %	50 %	50 %	253795713
3546	NC_012960	GCT	2	6	142023	142028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3547	NC_012960	CTT	2	6	142052	142057	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253795713
3548	NC_012960	TTCAG	2	10	142069	142078	20 %	40 %	20 %	20 %	253795713
3549	NC_012960	CGT	2	6	142115	142120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3550	NC_012960	AGC	2	6	142121	142126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795713
3551	NC_012960	GCT	2	6	142226	142231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795714
3552	NC_012960	GC	4	8	142236	142243	0 %	0 %	50 %	50 %	253795714
3553	NC_012960	CAGC	2	8	142259	142266	25 %	0 %	25 %	50 %	253795714
3554	NC_012960	GC	3	6	142280	142285	0 %	0 %	50 %	50 %	253795714
3555	NC_012960	GC	3	6	142313	142318	0 %	0 %	50 %	50 %	253795714
3556	NC_012960	GCTGC	2	10	142356	142365	0 %	20 %	40 %	40 %	253795714
3557	NC_012960	GTG	2	6	142377	142382	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795714
3558	NC_012960	CGC	2	6	142454	142459	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795714
3559	NC_012960	GCTG	2	8	142550	142557	0 %	25 %	50 %	25 %	253795714
3560	NC_012960	CGG	2	6	142593	142598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795714
3561	NC_012960	GC	4	8	142631	142638	0 %	0 %	50 %	50 %	253795714
3562	NC_012960	GCTC	2	8	142674	142681	0 %	25 %	25 %	50 %	253795715
3563	NC_012960	TGG	2	6	142713	142718	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795715
3564	NC_012960	AGGCGC	2	12	142721	142732	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	253795715
3565	NC_012960	GC	4	8	142935	142942	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3566	NC_012960	GCC	2	6	142974	142979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3567	NC_012960	GC	3	6	142987	142992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3568	NC_012960	TGGCT	2	10	143035	143044	0 %	40 %	40 %	20 %	253795716
3569	NC_012960	TGC	2	6	143177	143182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795716
3570	NC_012960	AGC	2	6	143183	143188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795716
3571	NC_012960	GC	4	8	143204	143211	0 %	0 %	50 %	50 %	253795716
3572	NC_012960	CA	4	8	143302	143309	50 %	0 %	0 %	50 %	253795716
3573	NC_012960	CAGCTT	2	12	143320	143331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	253795716
3574	NC_012960	T	6	6	143406	143411	0 %	100 %	0 %	0 %	253795716
3575	NC_012960	GC	3	6	143415	143420	0 %	0 %	50 %	50 %	253795716
3576	NC_012960	CGT	2	6	143424	143429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795716
3577	NC_012960	TTC	2	6	143432	143437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253795716
3578	NC_012960	AGA	2	6	143442	143447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795716
3579	NC_012960	CG	3	6	143462	143467	0 %	0 %	50 %	50 %	253795716
3580	NC_012960	GCCT	2	8	143500	143507	0 %	25 %	25 %	50 %	253795716
3581	NC_012960	CGC	2	6	143557	143562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795716
3582	NC_012960	GTC	2	6	143563	143568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795716
3583	NC_012960	TAT	2	6	143578	143583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253795716
3584	NC_012960	GC	3	6	143632	143637	0 %	0 %	50 %	50 %	253795716
3585	NC_012960	TGC	2	6	143647	143652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795716
3586	NC_012960	GCA	2	6	143733	143738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3587	NC_012960	A	7	7	143749	143755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.