MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 3587

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_012960	GCTG	2	8	18463	18470	0 %	25 %	50 %	25 %	253795565
502	NC_012960	CGCGC	2	10	18492	18501	0 %	0 %	40 %	60 %	253795565
503	NC_012960	CCG	2	6	18678	18683	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795565
504	NC_012960	GCT	2	6	18684	18689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795565
505	NC_012960	GCT	2	6	18696	18701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795565
506	NC_012960	GCT	2	6	18797	18802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
507	NC_012960	CGC	2	6	18820	18825	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795566
508	NC_012960	CG	3	6	18859	18864	0 %	0 %	50 %	50 %	253795566
509	NC_012960	ACG	2	6	19010	19015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795566
510	NC_012960	GGC	2	6	19046	19051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795566
511	NC_012960	CAC	3	9	19066	19074	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795566
512	NC_012960	TCGAC	2	10	19091	19100	20 %	20 %	20 %	40 %	253795566
513	NC_012960	CGT	2	6	19131	19136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
514	NC_012960	ACG	2	6	19196	19201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795566
515	NC_012960	CGT	2	6	19242	19247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
516	NC_012960	CGA	2	6	19267	19272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795566
517	NC_012960	CACG	2	8	19297	19304	25 %	0 %	25 %	50 %	253795566
518	NC_012960	TGC	3	9	19317	19325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
519	NC_012960	GC	3	6	19324	19329	0 %	0 %	50 %	50 %	253795566
520	NC_012960	TGC	2	6	19339	19344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
521	NC_012960	GC	4	8	19343	19350	0 %	0 %	50 %	50 %	253795566
522	NC_012960	TGT	2	6	19363	19368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
523	NC_012960	GC	3	6	19384	19389	0 %	0 %	50 %	50 %	253795566
524	NC_012960	GCT	2	6	19391	19396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
525	NC_012960	GCC	4	12	19397	19408	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795566
526	NC_012960	GCT	2	6	19482	19487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795566
527	NC_012960	TTG	2	6	19508	19513	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
528	NC_012960	T	7	7	19552	19558	0 %	100 %	0 %	0 %	253795566
529	NC_012960	AGC	2	6	19571	19576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795566
530	NC_012960	CCA	2	6	19593	19598	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795566
531	NC_012960	GCTG	2	8	19658	19665	0 %	25 %	50 %	25 %	253795566
532	NC_012960	TGT	2	6	19681	19686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795566
533	NC_012960	GCTT	2	8	19755	19762	0 %	50 %	25 %	25 %	253795566
534	NC_012960	GCC	2	6	19859	19864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795566
535	NC_012960	CTGC	2	8	19952	19959	0 %	25 %	25 %	50 %	253795567
536	NC_012960	T	6	6	19962	19967	0 %	100 %	0 %	0 %	253795567
537	NC_012960	GGCT	2	8	19969	19976	0 %	25 %	50 %	25 %	253795567
538	NC_012960	TGG	3	9	19983	19991	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795567
539	NC_012960	CGC	2	6	19996	20001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795567
540	NC_012960	GCT	2	6	20023	20028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795567
541	NC_012960	TGG	2	6	20042	20047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795567
542	NC_012960	GCT	2	6	20103	20108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795567
543	NC_012960	TG	3	6	20144	20149	0 %	50 %	50 %	0 %	253795567
544	NC_012960	CG	3	6	20152	20157	0 %	0 %	50 %	50 %	253795567
545	NC_012960	GC	3	6	20165	20170	0 %	0 %	50 %	50 %	253795567
546	NC_012960	ACC	2	6	20193	20198	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795567
547	NC_012960	G	6	6	20243	20248	0 %	0 %	100 %	0 %	253795568
548	NC_012960	GC	3	6	20264	20269	0 %	0 %	50 %	50 %	253795568
549	NC_012960	CG	3	6	20298	20303	0 %	0 %	50 %	50 %	253795568
550	NC_012960	TAA	3	9	20326	20334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253795568
551	NC_012960	GCT	2	6	20487	20492	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795568
552	NC_012960	GTGC	2	8	20501	20508	0 %	25 %	50 %	25 %	253795568
553	NC_012960	GCG	2	6	20528	20533	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795568
554	NC_012960	GCT	2	6	20552	20557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795568
555	NC_012960	CCG	2	6	20560	20565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795568
556	NC_012960	GAA	2	6	20585	20590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795568
557	NC_012960	GCTA	2	8	20597	20604	25 %	25 %	25 %	25 %	253795568
558	NC_012960	T	6	6	20650	20655	0 %	100 %	0 %	0 %	253795569
559	NC_012960	GC	3	6	20714	20719	0 %	0 %	50 %	50 %	253795569
560	NC_012960	GGC	2	6	20757	20762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795569
561	NC_012960	AGCT	2	8	20819	20826	25 %	25 %	25 %	25 %	253795569
562	NC_012960	GCT	2	6	20854	20859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795569
563	NC_012960	CG	3	6	20883	20888	0 %	0 %	50 %	50 %	253795570
564	NC_012960	GCCA	2	8	20984	20991	25 %	0 %	25 %	50 %	253795570
565	NC_012960	TGAC	2	8	21037	21044	25 %	25 %	25 %	25 %	253795570
566	NC_012960	TGGT	2	8	21072	21079	0 %	50 %	50 %	0 %	253795570
567	NC_012960	GTT	2	6	21082	21087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795570
568	NC_012960	GCG	2	6	21098	21103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795570
569	NC_012960	GC	3	6	21158	21163	0 %	0 %	50 %	50 %	253795570
570	NC_012960	TG	3	6	21175	21180	0 %	50 %	50 %	0 %	253795570
571	NC_012960	GGGC	2	8	21187	21194	0 %	0 %	75 %	25 %	253795570
572	NC_012960	TCA	2	6	21328	21333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795570
573	NC_012960	CTA	2	6	21405	21410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795570
574	NC_012960	CGC	2	6	21417	21422	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795570
575	NC_012960	TTGTG	2	10	21423	21432	0 %	60 %	40 %	0 %	253795570
576	NC_012960	GTT	2	6	21442	21447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795571
577	NC_012960	TGGC	2	8	21476	21483	0 %	25 %	50 %	25 %	253795571
578	NC_012960	GC	3	6	21482	21487	0 %	0 %	50 %	50 %	253795571
579	NC_012960	GC	4	8	21503	21510	0 %	0 %	50 %	50 %	253795571
580	NC_012960	TGC	2	6	21569	21574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795571
581	NC_012960	GGC	2	6	21592	21597	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795571
582	NC_012960	GT	4	8	21679	21686	0 %	50 %	50 %	0 %	253795571
583	NC_012960	GTA	2	6	21757	21762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795571
584	NC_012960	CG	3	6	21776	21781	0 %	0 %	50 %	50 %	253795571
585	NC_012960	CAC	2	6	21855	21860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795571
586	NC_012960	CGC	2	6	21893	21898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795571
587	NC_012960	CGT	2	6	22142	22147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795572
588	NC_012960	CGC	2	6	22148	22153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795572
589	NC_012960	TGC	2	6	22183	22188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795572
590	NC_012960	TGG	2	6	22293	22298	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795572
591	NC_012960	GTG	2	6	22340	22345	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795572
592	NC_012960	GGT	2	6	22353	22358	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795572
593	NC_012960	TG	3	6	22392	22397	0 %	50 %	50 %	0 %	253795572
594	NC_012960	GCTG	2	8	22406	22413	0 %	25 %	50 %	25 %	253795572
595	NC_012960	CG	4	8	22527	22534	0 %	0 %	50 %	50 %	253795572
596	NC_012960	GCTG	2	8	22701	22708	0 %	25 %	50 %	25 %	253795572
597	NC_012960	ATT	2	6	22809	22814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253795573
598	NC_012960	TGT	2	6	22841	22846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795573
599	NC_012960	GCG	2	6	22918	22923	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795573
600	NC_012960	CGA	2	6	22925	22930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795573
601	NC_012960	CGT	2	6	22954	22959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795573
602	NC_012960	CCA	2	6	22984	22989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253795573
603	NC_012960	ACTG	2	8	23021	23028	25 %	25 %	25 %	25 %	253795573
604	NC_012960	TGG	2	6	23030	23035	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795573
605	NC_012960	TGC	2	6	23068	23073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795573
606	NC_012960	GC	3	6	23072	23077	0 %	0 %	50 %	50 %	253795573
607	NC_012960	GTG	3	9	23166	23174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795573
608	NC_012960	TCGA	2	8	23175	23182	25 %	25 %	25 %	25 %	253795573
609	NC_012960	GT	3	6	23211	23216	0 %	50 %	50 %	0 %	253795573
610	NC_012960	CGG	2	6	23222	23227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795573
611	NC_012960	GCT	2	6	23271	23276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795573
612	NC_012960	GCT	2	6	23348	23353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795573
613	NC_012960	TGG	2	6	23396	23401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795573
614	NC_012960	CGG	2	6	23402	23407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795573
615	NC_012960	GCG	2	6	23443	23448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795573
616	NC_012960	GTA	2	6	23535	23540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253795573
617	NC_012960	CGA	2	6	23570	23575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795573
618	NC_012960	AGCG	2	8	23578	23585	25 %	0 %	50 %	25 %	253795573
619	NC_012960	GCCTGC	2	12	23604	23615	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795574
620	NC_012960	GCT	2	6	23620	23625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
621	NC_012960	GCC	2	6	23640	23645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795574
622	NC_012960	TGC	2	6	23657	23662	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
623	NC_012960	GGC	2	6	23731	23736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795574
624	NC_012960	TAA	2	6	23765	23770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253795574
625	NC_012960	TGCT	2	8	23816	23823	0 %	50 %	25 %	25 %	253795574
626	NC_012960	GCTG	2	8	23877	23884	0 %	25 %	50 %	25 %	253795574
627	NC_012960	TG	3	6	23886	23891	0 %	50 %	50 %	0 %	253795574
628	NC_012960	GAC	2	6	23896	23901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795574
629	NC_012960	GGC	2	6	23919	23924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795574
630	NC_012960	TA	3	6	23931	23936	50 %	50 %	0 %	0 %	253795574
631	NC_012960	TGC	4	12	23942	23953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
632	NC_012960	GCTTGA	2	12	23966	23977	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795574
633	NC_012960	GGTGA	2	10	24014	24023	20 %	20 %	60 %	0 %	253795574
634	NC_012960	GC	3	6	24062	24067	0 %	0 %	50 %	50 %	253795574
635	NC_012960	AAG	2	6	24084	24089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795574
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637	NC_012960	TTG	2	6	24209	24214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795574
638	NC_012960	TAC	2	6	24229	24234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253795574
639	NC_012960	GCC	2	6	24235	24240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253795574
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642	NC_012960	GCT	2	6	24267	24272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795574
643	NC_012960	GTGCT	2	10	24310	24319	0 %	40 %	40 %	20 %	253795574
644	NC_012960	GGC	2	6	24336	24341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795574
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649	NC_012960	CG	3	6	24473	24478	0 %	0 %	50 %	50 %	253795575
650	NC_012960	GCT	2	6	24574	24579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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652	NC_012960	TGC	2	6	24669	24674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
653	NC_012960	CGG	3	9	24719	24727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	253795576
654	NC_012960	CGT	2	6	24761	24766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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656	NC_012960	CTG	2	6	24801	24806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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658	NC_012960	CGCT	2	8	24837	24844	0 %	25 %	25 %	50 %	253795576
659	NC_012960	TGC	2	6	24902	24907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
660	NC_012960	GCT	2	6	24954	24959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
661	NC_012960	GCTA	2	8	24987	24994	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
662	NC_012960	GCTT	2	8	25029	25036	0 %	50 %	25 %	25 %	253795576
663	NC_012960	GCTA	2	8	25046	25053	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
664	NC_012960	GCTG	2	8	25119	25126	0 %	25 %	50 %	25 %	253795576
665	NC_012960	AGCT	2	8	25129	25136	25 %	25 %	25 %	25 %	253795576
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670	NC_012960	GCT	2	6	25382	25387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795576
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672	NC_012960	TG	3	6	25470	25475	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
673	NC_012960	CTTGCT	2	12	25483	25494	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
674	NC_012960	AGTCT	2	10	25509	25518	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
675	NC_012960	TG	3	6	25551	25556	0 %	50 %	50 %	0 %	253795577
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688	NC_012960	GC	3	6	25882	25887	0 %	0 %	50 %	50 %	253795578
689	NC_012960	CAA	2	6	25902	25907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253795578
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691	NC_012960	CTCG	2	8	25995	26002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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700	NC_012960	GC	3	6	26328	26333	0 %	0 %	50 %	50 %	253795580
701	NC_012960	GC	3	6	26335	26340	0 %	0 %	50 %	50 %	253795580
702	NC_012960	CA	3	6	26354	26359	50 %	0 %	0 %	50 %	253795580
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704	NC_012960	TGC	2	6	26408	26413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
705	NC_012960	GCC	2	6	26437	26442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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707	NC_012960	AAG	2	6	26567	26572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253795581
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746	NC_012960	GC	4	8	28455	28462	0 %	0 %	50 %	50 %	253795583
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751	NC_012960	TTG	2	6	28703	28708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253795583
752	NC_012960	TAAGCT	2	12	28743	28754	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795583
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758	NC_012960	GCTAGC	2	12	29001	29012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795583
759	NC_012960	CTTTT	2	10	29105	29114	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
760	NC_012960	GCTT	2	8	29116	29123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
761	NC_012960	TCA	2	6	29134	29139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
762	NC_012960	TGA	2	6	29140	29145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
763	NC_012960	ACG	3	9	29151	29159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
764	NC_012960	GGC	2	6	29183	29188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
765	NC_012960	CG	3	6	29197	29202	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
766	NC_012960	GCT	2	6	29228	29233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795584
767	NC_012960	GTTT	2	8	29237	29244	0 %	75 %	25 %	0 %	253795584
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786	NC_012960	GC	4	8	30123	30130	0 %	0 %	50 %	50 %	253795585
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789	NC_012960	GCCA	2	8	30260	30267	25 %	0 %	25 %	50 %	253795585
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