MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium botulinum Ba4 str. 657 plasmid pCLJ

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012654	AACCAT	2	12	6454	6465	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	229587275
2	NC_012654	AAATAC	2	12	7057	7068	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	229587276
3	NC_012654	TAAATT	2	12	7356	7367	50 %	50 %	0 %	0 %	229587276
4	NC_012654	TAAATT	2	12	12292	12303	50 %	50 %	0 %	0 %	229587278
5	NC_012654	GAATTT	2	12	12333	12344	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	229587278
6	NC_012654	AAATAT	2	12	12862	12873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012654	TGAAGG	2	12	14458	14469	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	229587280
8	NC_012654	TAAAAA	2	12	15138	15149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	229587280
9	NC_012654	ACTGAT	2	12	15197	15208	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587280
10	NC_012654	ATTAAA	2	12	16642	16653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	229587281
11	NC_012654	TAAAAA	2	12	16890	16901	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	229587281
12	NC_012654	AATTTA	2	12	17131	17142	50 %	50 %	0 %	0 %	229587281
13	NC_012654	AAATGG	2	12	17161	17172	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	229587281
14	NC_012654	TTAAAA	2	12	17464	17475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	229587281
15	NC_012654	TTCATA	2	12	20645	20656	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587284
16	NC_012654	ATCTAT	2	12	22047	22058	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587287
17	NC_012654	AAATCT	2	12	22295	22306	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	229587288
18	NC_012654	GGTCTA	2	12	29358	29369	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	229587294
19	NC_012654	GTACAT	2	12	32549	32560	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587297
20	NC_012654	ATATCT	2	12	34655	34666	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587299
21	NC_012654	TGCCAT	2	12	35798	35809	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	229587301
22	NC_012654	TTCTAT	2	12	36675	36686	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587302
23	NC_012654	CATTTC	2	12	36725	36736	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	229587302
24	NC_012654	TATATC	2	12	38752	38763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587304
25	NC_012654	TCTTTT	2	12	38880	38891	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012654	ATCTAT	2	12	42262	42273	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587308
27	NC_012654	CAAAAT	2	12	43087	43098	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	229587309
28	NC_012654	TAAAAA	2	12	44092	44103	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	229587310
29	NC_012654	TAAAGT	2	12	47540	47551	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	229587311
30	NC_012654	TGTATT	2	12	49586	49597	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012654	TTTTAA	2	12	50183	50194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012654	TATCTT	2	12	51932	51943	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587312
33	NC_012654	ATTTAT	2	12	52149	52160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587312
34	NC_012654	CATTAG	2	12	53072	53083	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587312
35	NC_012654	TATGTT	2	12	53384	53395	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587312
36	NC_012654	TTACAG	2	12	53912	53923	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587312
37	NC_012654	TCTTTA	2	12	57693	57704	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587316
38	NC_012654	TTTATA	2	12	58273	58284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012654	TCATGT	2	12	59302	59313	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587319
40	NC_012654	GATAAA	2	12	59935	59946	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	229587320
41	NC_012654	TTTATA	2	12	61100	61111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012654	ATAAAT	2	12	62150	62161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	229587323
43	NC_012654	TAGATT	2	12	63432	63443	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	229587323
44	NC_012654	AAAGAA	2	12	64487	64498	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	229587323
45	NC_012654	ATTTTG	2	12	64707	64718	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012654	AAAATA	2	12	65242	65253	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	229587324
47	NC_012654	TTAATT	2	12	70099	70110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587335
48	NC_012654	ATATGC	2	12	76646	76657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587341
49	NC_012654	GAGTTT	2	12	77533	77544	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	229587343
50	NC_012654	TTTAGC	2	12	77562	77573	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587343
51	NC_012654	ATTATC	2	12	79845	79856	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587346
52	NC_012654	GAAAAT	2	12	80822	80833	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012654	TCTGCT	2	12	81335	81346	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	229587347
54	NC_012654	TTGCCT	2	12	81363	81374	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	229587347
55	NC_012654	CAATTC	2	12	82181	82192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012654	TAAATA	2	12	89453	89464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012654	ATGGAA	2	12	90250	90261	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	229587357
58	NC_012654	TTTCCA	2	12	90598	90609	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	229587358
59	NC_012654	ATCATT	2	12	93957	93968	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587362
60	NC_012654	CTTTGA	2	12	94329	94340	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587363
61	NC_012654	AAAAGA	2	12	95115	95126	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	229587365
62	NC_012654	ATTAGT	2	12	96056	96067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	229587366
63	NC_012654	AATTTG	2	12	97374	97385	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	229587367
64	NC_012654	CTATAT	2	12	98139	98150	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587369
65	NC_012654	ATATAA	2	12	99009	99020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	229587370
66	NC_012654	TTTAAA	2	12	99587	99598	50 %	50 %	0 %	0 %	229587371
67	NC_012654	TTATTT	2	12	103920	103931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587381
68	NC_012654	CTGTAT	2	12	104349	104360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587382
69	NC_012654	TCATTT	2	12	104375	104386	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587382
70	NC_012654	TTTCTT	2	12	104736	104747	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	229587382
71	NC_012654	ATTAAA	2	12	105130	105141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012654	TTCATT	2	12	105399	105410	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587383
73	NC_012654	TAAAAG	2	12	105767	105778	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	229587383
74	NC_012654	ATCAGG	2	12	106713	106724	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	229587383
75	NC_012654	TTTAAT	2	12	108579	108590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012654	TTTATT	2	12	109685	109696	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012654	CATCTT	2	12	114250	114261	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	229587393
78	NC_012654	TCTACC	2	12	115071	115082	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	229587396
79	NC_012654	ATACTT	2	12	115502	115513	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587396
80	NC_012654	TTTTAT	2	12	116620	116631	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587397
81	NC_012654	TAAATA	2	12	118502	118513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012654	TAAACT	2	12	119734	119745	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_012654	TGCTTG	2	12	121474	121485	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	229587402
84	NC_012654	TTTATT	2	12	121630	121641	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587402
85	NC_012654	ATTTAT	2	12	122673	122684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587402
86	NC_012654	TCATTT	2	12	123149	123160	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587402
87	NC_012654	GATAAA	2	12	123777	123788	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	229587403
88	NC_012654	AATTTA	2	12	126268	126279	50 %	50 %	0 %	0 %	229587403
89	NC_012654	ATTGAT	2	12	126293	126304	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	229587403
90	NC_012654	ATTGAA	2	12	133373	133384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	229587409
91	NC_012654	TAAATA	2	12	133753	133764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	229587409
92	NC_012654	TTTTAT	2	12	134632	134643	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012654	TTAATT	2	12	135601	135612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587410
94	NC_012654	CTTCAT	2	12	138918	138929	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	229587416
95	NC_012654	ATAGAT	2	12	139684	139695	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	229587417
96	NC_012654	TATTTG	2	12	140695	140706	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587418
97	NC_012654	TTTTTC	2	12	141950	141961	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	229587419
98	NC_012654	TTAATT	2	12	143851	143862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587422
99	NC_012654	TTACCC	2	12	145770	145781	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	229587425
100	NC_012654	ATTGGC	2	12	145920	145931	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	229587425
101	NC_012654	AATTCC	2	12	147782	147793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	229587429
102	NC_012654	AAATCA	2	12	148535	148546	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	229587432
103	NC_012654	CACATT	2	12	149488	149499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	229587436
104	NC_012654	CTGCAT	2	12	152316	152327	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	229587440
105	NC_012654	TACCCA	2	12	157761	157772	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	229587450
106	NC_012654	TTCCTT	2	12	161763	161774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	229587454
107	NC_012654	TTATCA	2	12	162795	162806	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587455
108	NC_012654	AGTTTT	2	12	165199	165210	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012654	TTATTT	2	12	165371	165382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587459
110	NC_012654	TATTTT	2	12	165699	165710	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587459
111	NC_012654	TATTTT	2	12	166487	166498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012654	TTTATA	2	12	168536	168547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587462
113	NC_012654	AATATT	2	12	169117	169128	50 %	50 %	0 %	0 %	229587463
114	NC_012654	CATTTC	2	12	169790	169801	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	229587464
115	NC_012654	TTTATC	2	12	171399	171410	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587468
116	NC_012654	AATATT	2	12	171961	171972	50 %	50 %	0 %	0 %	229587468
117	NC_012654	AATTTA	2	12	172424	172435	50 %	50 %	0 %	0 %	229587469
118	NC_012654	AATTCA	2	12	173212	173223	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	229587470
119	NC_012654	TTTATA	2	12	177335	177346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	229587472
120	NC_012654	TGTATT	2	12	178312	178323	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587472
121	NC_012654	TATTTT	2	12	180822	180833	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587473
122	NC_012654	TAATGC	2	12	180862	180873	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587473
123	NC_012654	TTTTCA	2	12	182289	182300	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587474
124	NC_012654	TTTTTC	2	12	182370	182381	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	229587475
125	NC_012654	TTTATC	2	12	182628	182639	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587475
126	NC_012654	ATTTTT	2	12	182691	182702	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587475
127	NC_012654	CTCTTT	2	12	185648	185659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	229587479
128	NC_012654	TATTGT	2	12	186861	186872	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587480
129	NC_012654	TACCAG	2	12	189018	189029	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	229587482
130	NC_012654	TGCACC	2	12	193125	193136	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	229587486
131	NC_012654	TTTTTA	2	12	196835	196846	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	229587490
132	NC_012654	AAATTT	2	12	198097	198108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012654	CATAAT	2	12	199782	199793	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	229587498
134	NC_012654	TGGTAG	2	12	201470	201481	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	229587500
135	NC_012654	TTCAAT	2	12	201650	201661	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587500
136	NC_012654	AGATGC	2	12	201758	201769	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	229587500
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138	NC_012654	ATTTGT	2	12	202725	202736	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587501
139	NC_012654	TAATGC	2	12	204151	204162	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	229587502
140	NC_012654	AAATAA	2	12	205248	205259	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012654	AGCTTT	2	12	205979	205990	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587504
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155	NC_012654	TAAAAT	2	12	226448	226459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012654	ATTCAT	2	12	227940	227951	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	229587525
157	NC_012654	ATTTTC	2	12	228990	229001	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	229587526
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159	NC_012654	TTGATT	2	12	232508	232519	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	229587535
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161	NC_012654	TTTTTC	2	12	234612	234623	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	229587538
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183	NC_012654	TTAGCT	2	12	268272	268283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	229587577
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.