MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742401

Total Repeats: 273

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011738	CACTC	2	10	1315	1324	20 %	20 %	0 %	60 %	218442613
2	NC_011738	TCTCT	2	10	1517	1526	0 %	60 %	0 %	40 %	218442613
3	NC_011738	CATCC	2	10	3507	3516	20 %	20 %	0 %	60 %	218442614
4	NC_011738	CCACT	2	10	4302	4311	20 %	20 %	0 %	60 %	218442614
5	NC_011738	ATCCC	2	10	6247	6256	20 %	20 %	0 %	60 %	218442616
6	NC_011738	CGTCT	2	10	6618	6627	0 %	40 %	20 %	40 %	218442616
7	NC_011738	CGATT	2	10	8750	8759	20 %	40 %	20 %	20 %	218442618
8	NC_011738	GATGA	2	10	9073	9082	40 %	20 %	40 %	0 %	218442618
9	NC_011738	ATTAG	2	10	9714	9723	40 %	40 %	20 %	0 %	218442618
10	NC_011738	GGGTC	2	10	10060	10069	0 %	20 %	60 %	20 %	218442618
11	NC_011738	TTAAT	2	10	12702	12711	40 %	60 %	0 %	0 %	218442620
12	NC_011738	GTTGA	2	10	14428	14437	20 %	40 %	40 %	0 %	218442622
13	NC_011738	TTTTC	2	10	16398	16407	0 %	80 %	0 %	20 %	218442623
14	NC_011738	GGTTT	2	10	16554	16563	0 %	60 %	40 %	0 %	218442623
15	NC_011738	AAAAC	2	10	22756	22765	80 %	0 %	0 %	20 %	218442628
16	NC_011738	ATTTT	2	10	23656	23665	20 %	80 %	0 %	0 %	218442628
17	NC_011738	ACTTG	2	10	24227	24236	20 %	40 %	20 %	20 %	218442628
18	NC_011738	TACTT	2	10	27806	27815	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_011738	TTATT	2	10	28260	28269	20 %	80 %	0 %	0 %	218442632
20	NC_011738	ATTTT	2	10	28350	28359	20 %	80 %	0 %	0 %	218442632
21	NC_011738	GTAAT	2	10	28662	28671	40 %	40 %	20 %	0 %	218442632
22	NC_011738	AACTT	2	10	29433	29442	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011738	TTAGT	2	10	29745	29754	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011738	CGGAT	2	10	31628	31637	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011738	AGTTT	2	10	32384	32393	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011738	GTATG	2	10	32794	32803	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011738	ATCCC	2	10	34057	34066	20 %	20 %	0 %	60 %	218442633
28	NC_011738	CGTCT	2	10	34428	34437	0 %	40 %	20 %	40 %	218442633
29	NC_011738	AATAG	2	10	36214	36223	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011738	CCAAG	2	10	38871	38880	40 %	0 %	20 %	40 %	218442637
31	NC_011738	CTAAC	2	10	39397	39406	40 %	20 %	0 %	40 %	218442637
32	NC_011738	CACAG	2	10	39851	39860	40 %	0 %	20 %	40 %	218442638
33	NC_011738	GAGTA	2	10	41214	41223	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011738	CGAAA	2	10	41250	41259	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011738	CCATC	2	10	44693	44702	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_011738	TGATT	2	10	51890	51899	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011738	TTAAA	2	10	51974	51983	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011738	TTAAA	2	10	53827	53836	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011738	TAATT	2	10	53853	53862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011738	AAAAT	2	10	54546	54555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011738	CGAGA	2	10	56057	56066	40 %	0 %	40 %	20 %	218442652
42	NC_011738	ATCTT	2	10	57044	57053	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_011738	GTAAA	2	10	57142	57151	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011738	TAGTC	2	10	58193	58202	20 %	40 %	20 %	20 %	218442653
45	NC_011738	CATTT	2	10	58900	58909	20 %	60 %	0 %	20 %	218442655
46	NC_011738	ACAGA	2	10	59385	59394	60 %	0 %	20 %	20 %	218442655
47	NC_011738	ATTCT	2	10	66644	66653	20 %	60 %	0 %	20 %	218442661
48	NC_011738	GAAAA	2	10	67128	67137	80 %	0 %	20 %	0 %	218442662
49	NC_011738	TAGTC	2	10	67895	67904	20 %	40 %	20 %	20 %	218442662
50	NC_011738	CTTTC	2	10	68502	68511	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_011738	ATTTT	2	10	69656	69665	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011738	ACAAA	2	10	71709	71718	80 %	0 %	0 %	20 %	218442667
53	NC_011738	GAGTG	2	10	72049	72058	20 %	20 %	60 %	0 %	218442667
54	NC_011738	ATCCC	2	10	73642	73651	20 %	20 %	0 %	60 %	218442668
55	NC_011738	ACCAT	2	10	76320	76329	40 %	20 %	0 %	40 %	218442670
56	NC_011738	CGTAT	2	10	76719	76728	20 %	40 %	20 %	20 %	218442670
57	NC_011738	TTGAT	2	10	78100	78109	20 %	60 %	20 %	0 %	218442672
58	NC_011738	CCATT	2	10	78280	78289	20 %	40 %	0 %	40 %	218442672
59	NC_011738	CTTAT	2	10	79364	79373	20 %	60 %	0 %	20 %	218442672
60	NC_011738	CCTGT	2	10	81835	81844	0 %	40 %	20 %	40 %	218442675
61	NC_011738	ATTTT	2	10	82653	82662	20 %	80 %	0 %	0 %	218442676
62	NC_011738	CTAAT	2	10	86498	86507	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_011738	CTAAA	2	10	86643	86652	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_011738	AAAAG	2	10	87364	87373	80 %	0 %	20 %	0 %	218442679
65	NC_011738	AAGTA	2	10	92390	92399	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011738	GACTT	2	10	93684	93693	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011738	CGCTC	2	10	95566	95575	0 %	20 %	20 %	60 %	218442688
68	NC_011738	ATTTA	2	10	97556	97565	40 %	60 %	0 %	0 %	218442690
69	NC_011738	GAAAG	2	10	99156	99165	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011738	GACTA	2	10	99763	99772	40 %	20 %	20 %	20 %	218442693
71	NC_011738	TTTTC	2	10	100530	100539	0 %	80 %	0 %	20 %	218442693
72	NC_011738	TAAAA	2	10	103193	103202	80 %	20 %	0 %	0 %	218442698
73	NC_011738	TTGAG	2	10	103754	103763	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011738	AATTT	2	10	103972	103981	40 %	60 %	0 %	0 %	218442699
75	NC_011738	GGGTT	2	10	105038	105047	0 %	40 %	60 %	0 %	218442700
76	NC_011738	GATGA	2	10	105536	105545	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011738	TGCAA	2	10	106420	106429	40 %	20 %	20 %	20 %	218442702
78	NC_011738	GGGAA	2	10	108225	108234	40 %	0 %	60 %	0 %	218442704
79	NC_011738	TAATT	2	10	110375	110384	40 %	60 %	0 %	0 %	218442706
80	NC_011738	ACCCA	2	10	110980	110989	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_011738	ATTTC	2	10	111479	111488	20 %	60 %	0 %	20 %	218442707
82	NC_011738	AGCAG	2	10	111603	111612	40 %	0 %	40 %	20 %	218442708
83	NC_011738	AATCT	2	10	114376	114385	40 %	40 %	0 %	20 %	218442711
84	NC_011738	GTTAA	2	10	114738	114747	40 %	40 %	20 %	0 %	218442711
85	NC_011738	TTAAT	2	10	114757	114766	40 %	60 %	0 %	0 %	218442711
86	NC_011738	TTTAA	2	10	114868	114877	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011738	ATCTT	2	10	118872	118881	20 %	60 %	0 %	20 %	218442713
88	NC_011738	AATTT	2	10	119022	119031	40 %	60 %	0 %	0 %	218442713
89	NC_011738	CAAAC	2	10	119365	119374	60 %	0 %	0 %	40 %	218442714
90	NC_011738	AATTA	2	10	121693	121702	60 %	40 %	0 %	0 %	218442715
91	NC_011738	TTATT	2	10	123233	123242	20 %	80 %	0 %	0 %	218442716
92	NC_011738	TGGTT	2	10	125167	125176	0 %	60 %	40 %	0 %	218442716
93	NC_011738	AAGTT	2	10	126310	126319	40 %	40 %	20 %	0 %	218442716
94	NC_011738	AATTA	2	10	129603	129612	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011738	ATGGT	2	10	129951	129960	20 %	40 %	40 %	0 %	218442718
96	NC_011738	AAAAT	2	10	130538	130547	80 %	20 %	0 %	0 %	218442718
97	NC_011738	TGAAA	2	10	132160	132169	60 %	20 %	20 %	0 %	218442720
98	NC_011738	GATCG	2	10	133148	133157	20 %	20 %	40 %	20 %	218442721
99	NC_011738	CAACC	2	10	134661	134670	40 %	0 %	0 %	60 %	218442722
100	NC_011738	AAAAC	2	10	135884	135893	80 %	0 %	0 %	20 %	218442723
101	NC_011738	ACCAA	2	10	136671	136680	60 %	0 %	0 %	40 %	218442724
102	NC_011738	TAAAT	2	10	137355	137364	60 %	40 %	0 %	0 %	218442724
103	NC_011738	ATTGT	2	10	138014	138023	20 %	60 %	20 %	0 %	218442725
104	NC_011738	AGGTA	2	10	141391	141400	40 %	20 %	40 %	0 %	218442725
105	NC_011738	CAAAG	2	10	141787	141796	60 %	0 %	20 %	20 %	218442725
106	NC_011738	TTAAC	2	10	142797	142806	40 %	40 %	0 %	20 %	218442726
107	NC_011738	CGTTT	2	10	145726	145735	0 %	60 %	20 %	20 %	218442726
108	NC_011738	AGTTT	2	10	147770	147779	20 %	60 %	20 %	0 %	218442727
109	NC_011738	TTGCT	2	10	151563	151572	0 %	60 %	20 %	20 %	218442728
110	NC_011738	GGGAC	2	10	152471	152480	20 %	0 %	60 %	20 %	218442728
111	NC_011738	AGTTT	2	10	155102	155111	20 %	60 %	20 %	0 %	218442729
112	NC_011738	AATTT	2	10	156895	156904	40 %	60 %	0 %	0 %	218442731
113	NC_011738	ATGCA	2	10	157139	157148	40 %	20 %	20 %	20 %	218442731
114	NC_011738	GTATT	2	10	157679	157688	20 %	60 %	20 %	0 %	218442731
115	NC_011738	CTGTG	2	10	158008	158017	0 %	40 %	40 %	20 %	218442731
116	NC_011738	CTTGA	2	10	158789	158798	20 %	40 %	20 %	20 %	218442731
117	NC_011738	GTATT	2	10	159597	159606	20 %	60 %	20 %	0 %	218442731
118	NC_011738	TTATC	2	10	165788	165797	20 %	60 %	0 %	20 %	218442732
119	NC_011738	AAATC	2	10	165865	165874	60 %	20 %	0 %	20 %	218442732
120	NC_011738	CACCC	2	10	168183	168192	20 %	0 %	0 %	80 %	218442732
121	NC_011738	GATAA	2	10	170102	170111	60 %	20 %	20 %	0 %	218442732
122	NC_011738	ATTGA	2	10	170801	170810	40 %	40 %	20 %	0 %	218442732
123	NC_011738	TTCTG	2	10	171691	171700	0 %	60 %	20 %	20 %	218442732
124	NC_011738	TCTGT	2	10	172307	172316	0 %	60 %	20 %	20 %	218442732
125	NC_011738	TGCCA	2	10	172605	172614	20 %	20 %	20 %	40 %	218442732
126	NC_011738	AGTGG	2	10	173218	173227	20 %	20 %	60 %	0 %	218442732
127	NC_011738	TCACA	2	10	173610	173619	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_011738	GCGAA	2	10	174294	174303	40 %	0 %	40 %	20 %	218442733
129	NC_011738	ATTTG	2	10	175069	175078	20 %	60 %	20 %	0 %	218442733
130	NC_011738	AGATA	2	10	179305	179314	60 %	20 %	20 %	0 %	218442736
131	NC_011738	TTTAT	2	10	180104	180113	20 %	80 %	0 %	0 %	218442737
132	NC_011738	TTTAC	2	10	180498	180507	20 %	60 %	0 %	20 %	218442737
133	NC_011738	CTAAA	2	10	181871	181880	60 %	20 %	0 %	20 %	218442738
134	NC_011738	AATTT	2	10	183437	183446	40 %	60 %	0 %	0 %	218442739
135	NC_011738	GACAG	2	10	184150	184159	40 %	0 %	40 %	20 %	218442739
136	NC_011738	GAAAG	2	10	185892	185901	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011738	GACTA	2	10	186499	186508	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_011738	ACTAA	2	10	186951	186960	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_011738	AAGTT	2	10	187263	187272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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141	NC_011738	TTTTC	2	10	188132	188141	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_011738	CTTTC	2	10	188481	188490	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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174	NC_011738	AAGTT	2	10	228979	228988	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_011738	ATTAC	2	10	229877	229886	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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264	NC_011738	TCTTT	2	10	321319	321328	0 %	80 %	0 %	20 %	218442842
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272	NC_011738	GTGTA	2	10	326264	326273	20 %	40 %	40 %	0 %	218442845
273	NC_011738	TCTTT	2	10	327246	327255	0 %	80 %	0 %	20 %	218442845

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.