MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 219

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	CA	4	8	39	46	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010408	GC	4	8	347	354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010408	CG	4	8	398	405	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_010408	AC	3	6	909	914	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_010408	GC	3	6	1159	1164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010408	AC	4	8	1625	1632	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010408	AC	3	6	1726	1731	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_010408	CG	3	6	1865	1870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010408	GC	4	8	2593	2600	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010408	CG	4	8	2904	2911	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010408	GC	3	6	3082	3087	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010408	CG	3	6	3206	3211	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_010408	AC	3	6	3254	3259	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010408	GC	3	6	3393	3398	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010408	CA	3	6	3457	3462	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010408	TC	3	6	3848	3853	0 %	50 %	0 %	50 %	189016699
17	NC_010408	GC	3	6	4318	4323	0 %	0 %	50 %	50 %	189016700
18	NC_010408	CA	3	6	4570	4575	50 %	0 %	0 %	50 %	189016701
19	NC_010408	CG	3	6	4832	4837	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010408	GT	4	8	5694	5701	0 %	50 %	50 %	0 %	189016703
21	NC_010408	GC	3	6	5799	5804	0 %	0 %	50 %	50 %	189016703
22	NC_010408	GA	3	6	7001	7006	50 %	0 %	50 %	0 %	189016704
23	NC_010408	TC	3	6	7007	7012	0 %	50 %	0 %	50 %	189016704
24	NC_010408	CG	3	6	7837	7842	0 %	0 %	50 %	50 %	189016705
25	NC_010408	CA	3	6	8034	8039	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_010408	CG	3	6	8353	8358	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
27	NC_010408	CG	3	6	8421	8426	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
28	NC_010408	CG	3	6	8500	8505	0 %	0 %	50 %	50 %	189016706
29	NC_010408	CA	3	6	8660	8665	50 %	0 %	0 %	50 %	189016707
30	NC_010408	GC	3	6	8760	8765	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
31	NC_010408	TG	3	6	8971	8976	0 %	50 %	50 %	0 %	189016707
32	NC_010408	CG	3	6	9419	9424	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
33	NC_010408	GA	3	6	9457	9462	50 %	0 %	50 %	0 %	189016707
34	NC_010408	GC	3	6	9991	9996	0 %	0 %	50 %	50 %	189016708
35	NC_010408	CG	4	8	10145	10152	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
36	NC_010408	GC	4	8	10417	10424	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
37	NC_010408	CG	3	6	10969	10974	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
38	NC_010408	AT	3	6	10989	10994	50 %	50 %	0 %	0 %	189016709
39	NC_010408	GC	3	6	11546	11551	0 %	0 %	50 %	50 %	189016709
40	NC_010408	CA	3	6	11975	11980	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_010408	CG	3	6	13282	13287	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010408	CG	3	6	14394	14399	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010408	GA	3	6	16763	16768	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010408	GC	3	6	16805	16810	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_010408	CG	3	6	16898	16903	0 %	0 %	50 %	50 %	189016712
46	NC_010408	GC	3	6	17383	17388	0 %	0 %	50 %	50 %	189016713
47	NC_010408	CG	3	6	17476	17481	0 %	0 %	50 %	50 %	189016713
48	NC_010408	GC	3	6	18043	18048	0 %	0 %	50 %	50 %	189016714
49	NC_010408	GC	4	8	18597	18604	0 %	0 %	50 %	50 %	189016716
50	NC_010408	CG	3	6	18877	18882	0 %	0 %	50 %	50 %	189016716
51	NC_010408	GC	3	6	21738	21743	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
52	NC_010408	CG	3	6	22301	22306	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
53	NC_010408	CG	3	6	22542	22547	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
54	NC_010408	CG	3	6	23902	23907	0 %	0 %	50 %	50 %	189016724
55	NC_010408	TA	3	6	24379	24384	50 %	50 %	0 %	0 %	189016725
56	NC_010408	GC	3	6	25890	25895	0 %	0 %	50 %	50 %	189016727
57	NC_010408	CG	3	6	26898	26903	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
58	NC_010408	GC	3	6	26997	27002	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
59	NC_010408	AG	3	6	27160	27165	50 %	0 %	50 %	0 %	189016728
60	NC_010408	GC	4	8	27166	27173	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
61	NC_010408	GC	4	8	27205	27212	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
62	NC_010408	GA	3	6	27475	27480	50 %	0 %	50 %	0 %	189016729
63	NC_010408	GC	3	6	27628	27633	0 %	0 %	50 %	50 %	189016730
64	NC_010408	AG	3	6	28075	28080	50 %	0 %	50 %	0 %	189016731
65	NC_010408	GC	3	6	28182	28187	0 %	0 %	50 %	50 %	189016732
66	NC_010408	GC	3	6	28190	28195	0 %	0 %	50 %	50 %	189016732
67	NC_010408	TC	3	6	29894	29899	0 %	50 %	0 %	50 %	189016734
68	NC_010408	CG	4	8	30229	30236	0 %	0 %	50 %	50 %	189016736
69	NC_010408	GC	3	6	30420	30425	0 %	0 %	50 %	50 %	189016736
70	NC_010408	GC	3	6	31343	31348	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
71	NC_010408	CG	3	6	31453	31458	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
72	NC_010408	CG	3	6	31638	31643	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
73	NC_010408	CG	3	6	31709	31714	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
74	NC_010408	CG	3	6	31724	31729	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
75	NC_010408	GC	3	6	31981	31986	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
76	NC_010408	GC	3	6	32173	32178	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
77	NC_010408	GC	3	6	32255	32260	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
78	NC_010408	GC	3	6	32291	32296	0 %	0 %	50 %	50 %	189016737
79	NC_010408	CG	3	6	33170	33175	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
80	NC_010408	GC	3	6	33194	33199	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
81	NC_010408	CG	3	6	33612	33617	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
82	NC_010408	CG	3	6	33674	33679	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
83	NC_010408	GC	3	6	33834	33839	0 %	0 %	50 %	50 %	189016739
84	NC_010408	GC	3	6	34005	34010	0 %	0 %	50 %	50 %	189016740
85	NC_010408	GC	3	6	34048	34053	0 %	0 %	50 %	50 %	189016740
86	NC_010408	CG	3	6	34932	34937	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
87	NC_010408	GC	3	6	35463	35468	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
88	NC_010408	CG	3	6	35587	35592	0 %	0 %	50 %	50 %	189016742
89	NC_010408	GC	3	6	36602	36607	0 %	0 %	50 %	50 %	189016743
90	NC_010408	CG	3	6	36622	36627	0 %	0 %	50 %	50 %	189016743
91	NC_010408	AC	3	6	36916	36921	50 %	0 %	0 %	50 %	189016744
92	NC_010408	GC	3	6	37037	37042	0 %	0 %	50 %	50 %	189016744
93	NC_010408	GT	3	6	37759	37764	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010408	GC	3	6	39179	39184	0 %	0 %	50 %	50 %	189016747
95	NC_010408	GC	3	6	39330	39335	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
96	NC_010408	GC	3	6	39412	39417	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
97	NC_010408	CG	3	6	39800	39805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
98	NC_010408	GC	3	6	40096	40101	0 %	0 %	50 %	50 %	189016749
99	NC_010408	GC	3	6	40576	40581	0 %	0 %	50 %	50 %	189016750
100	NC_010408	CG	3	6	42749	42754	0 %	0 %	50 %	50 %	189016753
101	NC_010408	CT	3	6	42810	42815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_010408	CG	3	6	43046	43051	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
103	NC_010408	GC	3	6	43075	43080	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
104	NC_010408	GC	3	6	43699	43704	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
105	NC_010408	GC	3	6	44066	44071	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_010408	CT	3	6	44279	44284	0 %	50 %	0 %	50 %	189016755
107	NC_010408	GC	3	6	44352	44357	0 %	0 %	50 %	50 %	189016755
108	NC_010408	AT	3	6	44481	44486	50 %	50 %	0 %	0 %	189016755
109	NC_010408	CG	3	6	45320	45325	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
110	NC_010408	GC	3	6	45397	45402	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
111	NC_010408	CG	3	6	45561	45566	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
112	NC_010408	CG	3	6	45800	45805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
113	NC_010408	GC	4	8	45819	45826	0 %	0 %	50 %	50 %	189016756
114	NC_010408	CA	4	8	46010	46017	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_010408	CG	3	6	46174	46179	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_010408	CT	3	6	46269	46274	0 %	50 %	0 %	50 %	189016757
117	NC_010408	GC	3	6	46393	46398	0 %	0 %	50 %	50 %	189016757
118	NC_010408	GC	3	6	48077	48082	0 %	0 %	50 %	50 %	189016758
119	NC_010408	CG	4	8	48291	48298	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
120	NC_010408	CG	3	6	48410	48415	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
121	NC_010408	GC	3	6	49329	49334	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
122	NC_010408	CG	4	8	49743	49750	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
123	NC_010408	CT	3	6	51274	51279	0 %	50 %	0 %	50 %	189016760
124	NC_010408	GC	3	6	52480	52485	0 %	0 %	50 %	50 %	189016761
125	NC_010408	GA	3	6	53490	53495	50 %	0 %	50 %	0 %	189016763
126	NC_010408	CG	3	6	53593	53598	0 %	0 %	50 %	50 %	189016763
127	NC_010408	GA	3	6	53843	53848	50 %	0 %	50 %	0 %	189016764
128	NC_010408	GC	4	8	53984	53991	0 %	0 %	50 %	50 %	189016764
129	NC_010408	CG	3	6	54578	54583	0 %	0 %	50 %	50 %	189016766
130	NC_010408	CG	3	6	55035	55040	0 %	0 %	50 %	50 %	189016766
131	NC_010408	GC	3	6	55309	55314	0 %	0 %	50 %	50 %	189016767
132	NC_010408	GC	3	6	55700	55705	0 %	0 %	50 %	50 %	189016767
133	NC_010408	CG	3	6	56293	56298	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
134	NC_010408	CG	3	6	56550	56555	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
135	NC_010408	GC	3	6	56863	56868	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
136	NC_010408	CG	3	6	57057	57062	0 %	0 %	50 %	50 %	189016768
137	NC_010408	CG	3	6	57824	57829	0 %	0 %	50 %	50 %	189016769
138	NC_010408	CG	3	6	58730	58735	0 %	0 %	50 %	50 %	189016770
139	NC_010408	GC	3	6	60055	60060	0 %	0 %	50 %	50 %	189016772
140	NC_010408	CG	3	6	60544	60549	0 %	0 %	50 %	50 %	189016772
141	NC_010408	TC	3	6	60900	60905	0 %	50 %	0 %	50 %	189016772
142	NC_010408	CA	3	6	61055	61060	50 %	0 %	0 %	50 %	189016772
143	NC_010408	CG	3	6	61662	61667	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
144	NC_010408	CG	3	6	62069	62074	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
145	NC_010408	GC	3	6	62159	62164	0 %	0 %	50 %	50 %	189016773
146	NC_010408	GA	3	6	62277	62282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.