MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010408	CGGC	2	8	279	286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010408	CGGC	2	8	820	827	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_010408	ACGC	2	8	965	972	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_010408	GAGC	2	8	1138	1145	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010408	CAGC	2	8	1437	1444	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010408	GCAC	2	8	1495	1502	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_010408	GCAC	2	8	2121	2128	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_010408	ACGC	2	8	2199	2206	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010408	GCCG	2	8	2283	2290	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_010408	CCCG	2	8	2480	2487	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
11	NC_010408	GCAC	2	8	2636	2643	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_010408	CGCC	2	8	2896	2903	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_010408	CCGG	2	8	3074	3081	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010408	CGCC	2	8	3364	3371	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
15	NC_010408	ACGC	2	8	3567	3574	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010408	ACCG	2	8	4306	4313	25 %	0 %	25 %	50 %	189016700
17	NC_010408	GACC	2	8	4400	4407	25 %	0 %	25 %	50 %	189016701
18	NC_010408	CCGA	2	8	4416	4423	25 %	0 %	25 %	50 %	189016701
19	NC_010408	CGGC	2	8	4456	4463	0 %	0 %	50 %	50 %	189016701
20	NC_010408	ACGC	2	8	4739	4746	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010408	TACT	2	8	5276	5283	25 %	50 %	0 %	25 %	189016702
22	NC_010408	CACT	2	8	5401	5408	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010408	CTGG	2	8	5564	5571	0 %	25 %	50 %	25 %	189016703
24	NC_010408	CTCC	2	8	6859	6866	0 %	25 %	0 %	75 %	189016704
25	NC_010408	CGCC	2	8	7268	7275	0 %	0 %	25 %	75 %	189016704
26	NC_010408	GCAG	2	8	7544	7551	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010408	TCCC	2	8	7586	7593	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
28	NC_010408	TCCA	2	8	7875	7882	25 %	25 %	0 %	50 %	189016705
29	NC_010408	CGGA	2	8	8466	8473	25 %	0 %	50 %	25 %	189016706
30	NC_010408	CGCA	2	8	8522	8529	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010408	CGGC	2	8	8668	8675	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
32	NC_010408	GCGT	2	8	8938	8945	0 %	25 %	50 %	25 %	189016707
33	NC_010408	CCCG	2	8	8999	9006	0 %	0 %	25 %	75 %	189016707
34	NC_010408	GCCG	2	8	9170	9177	0 %	0 %	50 %	50 %	189016707
35	NC_010408	GCGG	2	8	9592	9599	0 %	0 %	75 %	25 %	189016707
36	NC_010408	CGAC	2	8	9876	9883	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_010408	GCGG	2	8	9926	9933	0 %	0 %	75 %	25 %	189016708
38	NC_010408	TCAC	2	8	10117	10124	25 %	25 %	0 %	50 %	189016708
39	NC_010408	TCAC	2	8	10137	10144	25 %	25 %	0 %	50 %	189016709
40	NC_010408	GCTC	2	8	10349	10356	0 %	25 %	25 %	50 %	189016709
41	NC_010408	AGCG	2	8	11484	11491	25 %	0 %	50 %	25 %	189016709
42	NC_010408	CGTC	2	8	11994	12001	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010408	CGGA	2	8	12101	12108	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010408	GGCG	2	8	12172	12179	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010408	CGTG	2	8	12328	12335	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010408	CTTC	2	8	12417	12424	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_010408	CGGC	2	8	12713	12720	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010408	CGTC	2	8	13427	13434	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010408	GGAG	2	8	13571	13578	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010408	CGTG	2	8	13589	13596	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_010408	CTCC	2	8	13624	13631	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_010408	CCGG	2	8	14294	14301	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010408	CGCT	2	8	14457	14464	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_010408	GGGC	2	8	14540	14547	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010408	TCAT	2	8	15043	15050	25 %	50 %	0 %	25 %	189016710
56	NC_010408	CCGT	2	8	15163	15170	0 %	25 %	25 %	50 %	189016710
57	NC_010408	GTCG	2	8	15340	15347	0 %	25 %	50 %	25 %	189016710
58	NC_010408	CGTC	2	8	16220	16227	0 %	25 %	25 %	50 %	189016710
59	NC_010408	GAGC	2	8	16607	16614	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010408	CGCA	2	8	17123	17130	25 %	0 %	25 %	50 %	189016712
61	NC_010408	TCGG	2	8	17507	17514	0 %	25 %	50 %	25 %	189016713
62	NC_010408	TCGA	2	8	17737	17744	25 %	25 %	25 %	25 %	189016714
63	NC_010408	GGCT	2	8	17832	17839	0 %	25 %	50 %	25 %	189016714
64	NC_010408	CCGA	2	8	18020	18027	25 %	0 %	25 %	50 %	189016714
65	NC_010408	CCAC	2	8	18158	18165	25 %	0 %	0 %	75 %	189016715
66	NC_010408	TCGA	2	8	18840	18847	25 %	25 %	25 %	25 %	189016716
67	NC_010408	CAGT	2	8	19080	19087	25 %	25 %	25 %	25 %	189016717
68	NC_010408	GCTC	2	8	19448	19455	0 %	25 %	25 %	50 %	189016717
69	NC_010408	CCCA	2	8	19719	19726	25 %	0 %	0 %	75 %	189016718
70	NC_010408	TGCG	2	8	20449	20456	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
71	NC_010408	GTGC	2	8	20610	20617	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
72	NC_010408	CGAC	2	8	21347	21354	25 %	0 %	25 %	50 %	189016721
73	NC_010408	GCCG	2	8	21390	21397	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
74	NC_010408	CCCG	2	8	22093	22100	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
75	NC_010408	CGGC	2	8	22405	22412	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
76	NC_010408	CGGG	2	8	22433	22440	0 %	0 %	75 %	25 %	189016722
77	NC_010408	GATC	2	8	22642	22649	25 %	25 %	25 %	25 %	189016722
78	NC_010408	CCTG	2	8	22779	22786	0 %	25 %	25 %	50 %	189016722
79	NC_010408	CGCC	2	8	22837	22844	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
80	NC_010408	GCGT	2	8	22918	22925	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010408	ACCC	2	8	23123	23130	25 %	0 %	0 %	75 %	189016723
82	NC_010408	ACGG	2	8	23537	23544	25 %	0 %	50 %	25 %	189016723
83	NC_010408	GCCA	2	8	23606	23613	25 %	0 %	25 %	50 %	189016723
84	NC_010408	GCAG	2	8	23773	23780	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010408	CACG	2	8	23991	23998	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
86	NC_010408	ACGC	2	8	24126	24133	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
87	NC_010408	CGCC	2	8	24143	24150	0 %	0 %	25 %	75 %	189016724
88	NC_010408	CGTG	2	8	24363	24370	0 %	25 %	50 %	25 %	189016725
89	NC_010408	CGAC	2	8	24504	24511	25 %	0 %	25 %	50 %	189016725
90	NC_010408	CCCG	2	8	24868	24875	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_010408	GGCT	2	8	26087	26094	0 %	25 %	50 %	25 %	189016727
92	NC_010408	CCGA	2	8	26292	26299	25 %	0 %	25 %	50 %	189016727
93	NC_010408	GGGC	2	8	26519	26526	0 %	0 %	75 %	25 %	189016728
94	NC_010408	GCCC	2	8	27281	27288	0 %	0 %	25 %	75 %	189016729
95	NC_010408	CGAC	2	8	27528	27535	25 %	0 %	25 %	50 %	189016730
96	NC_010408	GGCG	2	8	27610	27617	0 %	0 %	75 %	25 %	189016730
97	NC_010408	CCAC	2	8	28405	28412	25 %	0 %	0 %	75 %	189016732
98	NC_010408	CCCG	2	8	29315	29322	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NC_010408	CGAG	2	8	29865	29872	25 %	0 %	50 %	25 %	189016734
100	NC_010408	CGGG	2	8	29978	29985	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010408	CATC	2	8	30316	30323	25 %	25 %	0 %	50 %	189016736
102	NC_010408	TCGT	2	8	30585	30592	0 %	50 %	25 %	25 %	189016736
103	NC_010408	CGGT	2	8	30977	30984	0 %	25 %	50 %	25 %	189016737
104	NC_010408	GGGT	2	8	31733	31740	0 %	25 %	75 %	0 %	189016737
105	NC_010408	GAGG	2	8	31836	31843	25 %	0 %	75 %	0 %	189016737
106	NC_010408	TGCG	2	8	32182	32189	0 %	25 %	50 %	25 %	189016737
107	NC_010408	TCGG	2	8	32572	32579	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_010408	GGGC	2	8	32846	32853	0 %	0 %	75 %	25 %	189016738
109	NC_010408	CAGG	2	8	32928	32935	25 %	0 %	50 %	25 %	189016738
110	NC_010408	CGGC	2	8	33082	33089	0 %	0 %	50 %	50 %	189016738
111	NC_010408	CGGG	2	8	33640	33647	0 %	0 %	75 %	25 %	189016739
112	NC_010408	CCTG	2	8	34176	34183	0 %	25 %	25 %	50 %	189016740
113	NC_010408	TGCG	2	8	34974	34981	0 %	25 %	50 %	25 %	189016742
114	NC_010408	TGCG	2	8	35247	35254	0 %	25 %	50 %	25 %	189016742
115	NC_010408	GCGG	2	8	35605	35612	0 %	0 %	75 %	25 %	189016742
116	NC_010408	GCGG	2	8	36112	36119	0 %	0 %	75 %	25 %	189016742
117	NC_010408	CCGT	2	8	36609	36616	0 %	25 %	25 %	50 %	189016743
118	NC_010408	GGCT	2	8	36722	36729	0 %	25 %	50 %	25 %	189016743
119	NC_010408	CCGG	2	8	36752	36759	0 %	0 %	50 %	50 %	189016744
120	NC_010408	TCGG	2	8	37096	37103	0 %	25 %	50 %	25 %	189016744
121	NC_010408	CGAG	2	8	37211	37218	25 %	0 %	50 %	25 %	189016744
122	NC_010408	CGGC	2	8	38119	38126	0 %	0 %	50 %	50 %	189016745
123	NC_010408	CGGC	2	8	38326	38333	0 %	0 %	50 %	50 %	189016745
124	NC_010408	CGCC	2	8	38358	38365	0 %	0 %	25 %	75 %	189016746
125	NC_010408	GACC	2	8	38583	38590	25 %	0 %	25 %	50 %	189016746
126	NC_010408	GACG	2	8	38630	38637	25 %	0 %	50 %	25 %	189016746
127	NC_010408	CGCC	2	8	39008	39015	0 %	0 %	25 %	75 %	189016747
128	NC_010408	CGGG	2	8	39023	39030	0 %	0 %	75 %	25 %	189016747
129	NC_010408	CGAC	2	8	39165	39172	25 %	0 %	25 %	50 %	189016747
130	NC_010408	TTCG	2	8	39380	39387	0 %	50 %	25 %	25 %	189016748
131	NC_010408	TGGC	2	8	39807	39814	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
132	NC_010408	GCGT	2	8	39875	39882	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
133	NC_010408	GCGG	2	8	40031	40038	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
134	NC_010408	GAGT	2	8	40043	40050	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010408	GTCG	2	8	40395	40402	0 %	25 %	50 %	25 %	189016749
136	NC_010408	GTGG	2	8	40422	40429	0 %	25 %	75 %	0 %	189016749
137	NC_010408	CAGG	2	8	41123	41130	25 %	0 %	50 %	25 %	189016751
138	NC_010408	CAGC	2	8	41153	41160	25 %	0 %	25 %	50 %	189016751
139	NC_010408	TGGG	2	8	41612	41619	0 %	25 %	75 %	0 %	189016751
140	NC_010408	GGCC	2	8	41635	41642	0 %	0 %	50 %	50 %	189016751
141	NC_010408	CGCT	2	8	42223	42230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_010408	CTAC	2	8	42836	42843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010408	GCGG	2	8	43211	43218	0 %	0 %	75 %	25 %	189016754
144	NC_010408	CGGA	2	8	43423	43430	25 %	0 %	50 %	25 %	189016754
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146	NC_010408	CCGC	2	8	43718	43725	0 %	0 %	25 %	75 %	189016754
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286	NC_010408	GCGG	2	8	86700	86707	0 %	0 %	75 %	25 %	189016804
287	NC_010408	GCGG	2	8	86746	86753	0 %	0 %	75 %	25 %	189016804
288	NC_010408	ATCG	2	8	86794	86801	25 %	25 %	25 %	25 %	189016804
289	NC_010408	CGAG	2	8	87132	87139	25 %	0 %	50 %	25 %	189016804
290	NC_010408	TCGA	2	8	87263	87270	25 %	25 %	25 %	25 %	189016804
291	NC_010408	GCGG	2	8	87504	87511	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
292	NC_010408	CGTC	2	8	88162	88169	0 %	25 %	25 %	50 %	189016805
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297	NC_010408	GGTC	2	8	89650	89657	0 %	25 %	50 %	25 %	189016807
298	NC_010408	GCGT	2	8	90047	90054	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
299	NC_010408	GGCC	2	8	90329	90336	0 %	0 %	50 %	50 %	189016808
300	NC_010408	TCGG	2	8	90370	90377	0 %	25 %	50 %	25 %	189016808
301	NC_010408	CGGT	2	8	90480	90487	0 %	25 %	50 %	25 %	189016809
302	NC_010408	GCGG	2	8	91064	91071	0 %	0 %	75 %	25 %	189016810
303	NC_010408	GCGT	2	8	91219	91226	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
304	NC_010408	GCGG	2	8	91479	91486	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
305	NC_010408	CCGG	2	8	91712	91719	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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311	NC_010408	GCGT	2	8	92587	92594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
312	NC_010408	GCCG	2	8	92755	92762	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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314	NC_010408	CGGG	2	8	93153	93160	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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317	NC_010408	GCGT	2	8	93820	93827	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
318	NC_010408	GCCG	2	8	94327	94334	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.