MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 2459

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_010408	CGA	2	6	38798	38803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016747
1002	NC_010408	TCG	3	9	38917	38925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016747
1003	NC_010408	GTC	2	6	38946	38951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016747
1004	NC_010408	CGC	2	6	38989	38994	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016747
1005	NC_010408	CGCC	2	8	39008	39015	0 %	0 %	25 %	75 %	189016747
1006	NC_010408	CGGG	2	8	39023	39030	0 %	0 %	75 %	25 %	189016747
1007	NC_010408	CGG	2	6	39148	39153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016747
1008	NC_010408	CGAC	2	8	39165	39172	25 %	0 %	25 %	50 %	189016747
1009	NC_010408	GC	3	6	39179	39184	0 %	0 %	50 %	50 %	189016747
1010	NC_010408	CGG	2	6	39204	39209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016748
1011	NC_010408	CGG	2	6	39322	39327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016748
1012	NC_010408	GC	3	6	39330	39335	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
1013	NC_010408	AGC	2	6	39351	39356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1014	NC_010408	GGT	2	6	39364	39369	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016748
1015	NC_010408	TTCG	2	8	39380	39387	0 %	50 %	25 %	25 %	189016748
1016	NC_010408	GC	3	6	39412	39417	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
1017	NC_010408	GCG	2	6	39444	39449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016748
1018	NC_010408	GCTCG	2	10	39480	39489	0 %	20 %	40 %	40 %	189016748
1019	NC_010408	GTC	2	6	39503	39508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1020	NC_010408	CGT	2	6	39590	39595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1021	NC_010408	GCG	2	6	39621	39626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016748
1022	NC_010408	TCG	2	6	39729	39734	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1023	NC_010408	CGA	2	6	39745	39750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1024	NC_010408	ACG	2	6	39789	39794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1025	NC_010408	CG	3	6	39800	39805	0 %	0 %	50 %	50 %	189016748
1026	NC_010408	TGGC	2	8	39807	39814	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
1027	NC_010408	AGT	2	6	39844	39849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016748
1028	NC_010408	GCGT	2	8	39875	39882	0 %	25 %	50 %	25 %	189016748
1029	NC_010408	ACG	2	6	39912	39917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016748
1030	NC_010408	GCGG	2	8	40031	40038	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1031	NC_010408	GAGT	2	8	40043	40050	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_010408	GC	3	6	40096	40101	0 %	0 %	50 %	50 %	189016749
1033	NC_010408	GAC	2	6	40143	40148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016749
1034	NC_010408	TGG	2	6	40168	40173	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016749
1035	NC_010408	TCG	2	6	40180	40185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016749
1036	NC_010408	GCT	2	6	40226	40231	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016749
1037	NC_010408	CGA	2	6	40301	40306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016749
1038	NC_010408	GCG	2	6	40351	40356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016749
1039	NC_010408	GGGGAG	2	12	40362	40373	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	189016749
1040	NC_010408	GTCG	2	8	40395	40402	0 %	25 %	50 %	25 %	189016749
1041	NC_010408	GTGG	2	8	40422	40429	0 %	25 %	75 %	0 %	189016749
1042	NC_010408	GC	3	6	40576	40581	0 %	0 %	50 %	50 %	189016750
1043	NC_010408	CGG	2	6	40595	40600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016750
1044	NC_010408	CGCCGA	2	12	40652	40663	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016750
1045	NC_010408	CGG	2	6	40708	40713	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016750
1046	NC_010408	CCG	2	6	40742	40747	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016750
1047	NC_010408	CGC	2	6	40759	40764	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016750
1048	NC_010408	GGT	2	6	40836	40841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016750
1049	NC_010408	CGG	2	6	40892	40897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016750
1050	NC_010408	TCC	2	6	40945	40950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016750
1051	NC_010408	GCGGG	3	15	41013	41027	0 %	0 %	80 %	20 %	189016751
1052	NC_010408	GTC	4	12	41063	41074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1053	NC_010408	GGT	2	6	41083	41088	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016751
1054	NC_010408	CAGG	2	8	41123	41130	25 %	0 %	50 %	25 %	189016751
1055	NC_010408	CAGC	2	8	41153	41160	25 %	0 %	25 %	50 %	189016751
1056	NC_010408	GGT	2	6	41207	41212	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016751
1057	NC_010408	GCT	2	6	41248	41253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1058	NC_010408	TGC	2	6	41277	41282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1059	NC_010408	GAC	2	6	41300	41305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1060	NC_010408	TCG	2	6	41307	41312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1061	NC_010408	CGG	2	6	41317	41322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016751
1062	NC_010408	CTC	2	6	41342	41347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016751
1063	NC_010408	GTA	2	6	41354	41359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016751
1064	NC_010408	TGT	2	6	41374	41379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016751
1065	NC_010408	ACG	2	6	41412	41417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1066	NC_010408	CGT	2	6	41470	41475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1067	NC_010408	ACC	2	6	41509	41514	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016751
1068	NC_010408	AGG	2	6	41545	41550	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016751
1069	NC_010408	CGG	2	6	41563	41568	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016751
1070	NC_010408	AGG	2	6	41580	41585	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016751
1071	NC_010408	TGGG	2	8	41612	41619	0 %	25 %	75 %	0 %	189016751
1072	NC_010408	GGGTGA	2	12	41620	41631	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	189016751
1073	NC_010408	GGCC	2	8	41635	41642	0 %	0 %	50 %	50 %	189016751
1074	NC_010408	GTC	2	6	41651	41656	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016751
1075	NC_010408	CCG	2	6	41755	41760	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016751
1076	NC_010408	GAA	2	6	41786	41791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016751
1077	NC_010408	CGG	2	6	41892	41897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016752
1078	NC_010408	TGC	2	6	41942	41947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016752
1079	NC_010408	GCG	2	6	41966	41971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016752
1080	NC_010408	CGG	2	6	41997	42002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016752
1081	NC_010408	CGT	3	9	42045	42053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016752
1082	NC_010408	ACG	2	6	42059	42064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016752
1083	NC_010408	GCCTC	2	10	42065	42074	0 %	20 %	20 %	60 %	189016752
1084	NC_010408	GCC	2	6	42104	42109	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016752
1085	NC_010408	TCA	2	6	42198	42203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016752
1086	NC_010408	GTC	2	6	42210	42215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1087	NC_010408	CGCT	2	8	42223	42230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1088	NC_010408	TCG	2	6	42316	42321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016753
1089	NC_010408	GCA	2	6	42444	42449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016753
1090	NC_010408	ACG	2	6	42461	42466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016753
1091	NC_010408	CGG	2	6	42471	42476	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016753
1092	NC_010408	GCC	2	6	42478	42483	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016753
1093	NC_010408	GCC	2	6	42490	42495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016753
1094	NC_010408	TCG	2	6	42562	42567	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016753
1095	NC_010408	GCG	2	6	42679	42684	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016753
1096	NC_010408	CGG	2	6	42687	42692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016753
1097	NC_010408	CG	3	6	42749	42754	0 %	0 %	50 %	50 %	189016753
1098	NC_010408	TGG	2	6	42775	42780	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016753
1099	NC_010408	GGT	2	6	42791	42796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016753
1100	NC_010408	CT	3	6	42810	42815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1101	NC_010408	CGG	2	6	42816	42821	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1102	NC_010408	CTAC	2	8	42836	42843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1103	NC_010408	CCT	2	6	42907	42912	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1104	NC_010408	GTTCA	2	10	42927	42936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
1105	NC_010408	AGG	2	6	42946	42951	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1106	NC_010408	GCG	2	6	43007	43012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016754
1107	NC_010408	GGT	2	6	43013	43018	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016754
1108	NC_010408	GGA	2	6	43019	43024	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016754
1109	NC_010408	TCG	2	6	43025	43030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016754
1110	NC_010408	CG	3	6	43046	43051	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
1111	NC_010408	GC	3	6	43075	43080	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
1112	NC_010408	GCGG	2	8	43211	43218	0 %	0 %	75 %	25 %	189016754
1113	NC_010408	GCC	2	6	43292	43297	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016754
1114	NC_010408	TGATC	2	10	43382	43391	20 %	40 %	20 %	20 %	189016754
1115	NC_010408	GAA	2	6	43403	43408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016754
1116	NC_010408	GGA	2	6	43414	43419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016754
1117	NC_010408	CGGA	2	8	43423	43430	25 %	0 %	50 %	25 %	189016754
1118	NC_010408	GGC	2	6	43431	43436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016754
1119	NC_010408	CCGCGG	2	12	43466	43477	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
1120	NC_010408	ATCC	2	8	43539	43546	25 %	25 %	0 %	50 %	189016754
1121	NC_010408	GCG	2	6	43590	43595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016754
1122	NC_010408	TCA	2	6	43633	43638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016754
1123	NC_010408	GC	3	6	43699	43704	0 %	0 %	50 %	50 %	189016754
1124	NC_010408	CCGC	2	8	43718	43725	0 %	0 %	25 %	75 %	189016754
1125	NC_010408	CAAC	2	8	43808	43815	50 %	0 %	0 %	50 %	189016754
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1127	NC_010408	AGG	2	6	43986	43991	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1254	NC_010408	ACG	2	6	49127	49132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1255	NC_010408	CCT	2	6	49143	49148	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016759
1256	NC_010408	GTGGCC	2	12	49172	49183	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	189016759
1257	NC_010408	TCG	2	6	49190	49195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1258	NC_010408	GAGCGG	2	12	49200	49211	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	189016759
1259	NC_010408	GGAC	2	8	49212	49219	25 %	0 %	50 %	25 %	189016759
1260	NC_010408	GTG	2	6	49229	49234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016759
1261	NC_010408	GCT	2	6	49242	49247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1262	NC_010408	CTC	2	6	49261	49266	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016759
1263	NC_010408	GCG	2	6	49296	49301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016759
1264	NC_010408	GCC	2	6	49309	49314	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016759
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1266	NC_010408	GAGCT	2	10	49343	49352	20 %	20 %	40 %	20 %	189016759
1267	NC_010408	TGG	2	6	49356	49361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016759
1268	NC_010408	CGA	2	6	49422	49427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1269	NC_010408	TCC	2	6	49451	49456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016759
1270	NC_010408	GCG	2	6	49485	49490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016759
1271	NC_010408	ACC	2	6	49534	49539	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016759
1272	NC_010408	CGT	2	6	49611	49616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1273	NC_010408	TGC	2	6	49622	49627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1274	NC_010408	CG	4	8	49743	49750	0 %	0 %	50 %	50 %	189016759
1275	NC_010408	CGT	2	6	49755	49760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1276	NC_010408	TCG	2	6	49820	49825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1277	NC_010408	CTG	2	6	49868	49873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1278	NC_010408	TGA	2	6	49896	49901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016759
1279	NC_010408	TCCG	2	8	49912	49919	0 %	25 %	25 %	50 %	189016759
1280	NC_010408	TCC	2	6	50090	50095	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016759
1281	NC_010408	TCGC	2	8	50120	50127	0 %	25 %	25 %	50 %	189016759
1282	NC_010408	CGA	2	6	50189	50194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1283	NC_010408	CGC	2	6	50212	50217	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016759
1284	NC_010408	GCC	2	6	50236	50241	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016759
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1286	NC_010408	CGC	2	6	50299	50304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016759
1287	NC_010408	GCG	3	9	50327	50335	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016759
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1289	NC_010408	CTCGGT	2	12	50374	50385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1290	NC_010408	GCC	3	9	50419	50427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016759
1291	NC_010408	CGG	2	6	50466	50471	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016759
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1293	NC_010408	GCCGC	2	10	50495	50504	0 %	0 %	40 %	60 %	189016759
1294	NC_010408	TGC	2	6	50508	50513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016759
1295	NC_010408	GGGC	2	8	50553	50560	0 %	0 %	75 %	25 %	189016759
1296	NC_010408	GCG	2	6	50567	50572	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016759
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1303	NC_010408	GGCG	2	8	50839	50846	0 %	0 %	75 %	25 %	189016759
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1310	NC_010408	TGG	3	9	51000	51008	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016759
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1312	NC_010408	GATG	2	8	51019	51026	25 %	25 %	50 %	0 %	189016759
1313	NC_010408	CGA	2	6	51078	51083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016759
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1321	NC_010408	GCT	2	6	51341	51346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016760
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1327	NC_010408	CGC	2	6	51553	51558	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016760
1328	NC_010408	GGA	2	6	51572	51577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016760
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1330	NC_010408	GCGGG	2	10	51646	51655	0 %	0 %	80 %	20 %	189016760
1331	NC_010408	GTT	2	6	51656	51661	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016760
1332	NC_010408	CGG	2	6	51716	51721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016760
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1334	NC_010408	GCGGCC	2	12	51795	51806	0 %	0 %	50 %	50 %	189016760
1335	NC_010408	GAC	2	6	51824	51829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016760
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1337	NC_010408	G	8	8	51837	51844	0 %	0 %	100 %	0 %	189016760
1338	NC_010408	G	6	6	51889	51894	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1339	NC_010408	CGG	2	6	51926	51931	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1340	NC_010408	CGG	2	6	51945	51950	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1341	NC_010408	CGT	2	6	51951	51956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1342	NC_010408	TGC	2	6	51998	52003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1343	NC_010408	CCA	2	6	52102	52107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1344	NC_010408	CCTG	2	8	52290	52297	0 %	25 %	25 %	50 %	189016761
1345	NC_010408	GAC	2	6	52460	52465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016761
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1347	NC_010408	CGT	3	9	52511	52519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016761
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1350	NC_010408	GATC	2	8	52627	52634	25 %	25 %	25 %	25 %	189016761
1351	NC_010408	CGG	2	6	52736	52741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016761
1352	NC_010408	CGC	2	6	52837	52842	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016761
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1354	NC_010408	GAG	2	6	52862	52867	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016761
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1358	NC_010408	TGA	2	6	52915	52920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016761
1359	NC_010408	CGA	2	6	52953	52958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016762
1360	NC_010408	CCCGAT	2	12	52993	53004	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016762
1361	NC_010408	GAC	3	9	53044	53052	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016762
1362	NC_010408	GTT	2	6	53056	53061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016762
1363	NC_010408	GCC	2	6	53126	53131	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016762
1364	NC_010408	CGC	2	6	53173	53178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016762
1365	NC_010408	ACG	3	9	53255	53263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016762
1366	NC_010408	GAT	2	6	53269	53274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016762
1367	NC_010408	TCA	2	6	53298	53303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016762
1368	NC_010408	C	6	6	53480	53485	0 %	0 %	0 %	100 %	189016763
1369	NC_010408	GA	3	6	53490	53495	50 %	0 %	50 %	0 %	189016763
1370	NC_010408	GCAC	2	8	53529	53536	25 %	0 %	25 %	50 %	189016763
1371	NC_010408	CGC	3	9	53537	53545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016763
1372	NC_010408	CG	3	6	53593	53598	0 %	0 %	50 %	50 %	189016763
1373	NC_010408	CAGCCG	2	12	53599	53610	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	189016763
1374	NC_010408	CCG	2	6	53632	53637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016763
1375	NC_010408	CCT	2	6	53716	53721	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016763
1376	NC_010408	GA	3	6	53843	53848	50 %	0 %	50 %	0 %	189016764
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1378	NC_010408	GAGGT	2	10	53909	53918	20 %	20 %	60 %	0 %	189016764
1379	NC_010408	CGCC	2	8	53946	53953	0 %	0 %	25 %	75 %	189016764
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