MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCSL1

Total Repeats: 2459

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_010408	CGG	2	6	19315	19320	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016717
502	NC_010408	CGC	2	6	19386	19391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016717
503	NC_010408	GTC	2	6	19395	19400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016717
504	NC_010408	ATC	2	6	19414	19419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016717
505	NC_010408	GCTC	2	8	19448	19455	0 %	25 %	25 %	50 %	189016717
506	NC_010408	CAG	3	9	19458	19466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016717
507	NC_010408	CCG	2	6	19489	19494	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016717
508	NC_010408	CGG	2	6	19499	19504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016717
509	NC_010408	GCG	2	6	19530	19535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016717
510	NC_010408	CTC	2	6	19539	19544	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016717
511	NC_010408	GCG	2	6	19599	19604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016718
512	NC_010408	GCGCG	2	10	19639	19648	0 %	0 %	60 %	40 %	189016718
513	NC_010408	CGG	2	6	19656	19661	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016718
514	NC_010408	ACG	2	6	19680	19685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016718
515	NC_010408	CCCA	2	8	19719	19726	25 %	0 %	0 %	75 %	189016718
516	NC_010408	TGA	2	6	19738	19743	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016718
517	NC_010408	AGC	2	6	19773	19778	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016718
518	NC_010408	TGA	2	6	19795	19800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016718
519	NC_010408	CGG	2	6	19813	19818	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016718
520	NC_010408	ACG	2	6	19857	19862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016718
521	NC_010408	CGT	2	6	19986	19991	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016719
522	NC_010408	CGG	2	6	20055	20060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016719
523	NC_010408	TGG	2	6	20106	20111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016719
524	NC_010408	GTT	2	6	20131	20136	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189016719
525	NC_010408	GGT	2	6	20160	20165	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016719
526	NC_010408	GGC	3	9	20176	20184	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016719
527	NC_010408	TGC	2	6	20189	20194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016719
528	NC_010408	GGT	2	6	20217	20222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016719
529	NC_010408	CGG	2	6	20232	20237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016719
530	NC_010408	TGC	2	6	20268	20273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016719
531	NC_010408	GGT	2	6	20338	20343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016719
532	NC_010408	CGT	2	6	20367	20372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016719
533	NC_010408	AGG	2	6	20409	20414	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016719
534	NC_010408	TGCG	2	8	20449	20456	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
535	NC_010408	CGA	2	6	20475	20480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016719
536	NC_010408	CGC	2	6	20488	20493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016719
537	NC_010408	CGT	2	6	20511	20516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016719
538	NC_010408	GCC	2	6	20528	20533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016719
539	NC_010408	GTGC	2	8	20610	20617	0 %	25 %	50 %	25 %	189016719
540	NC_010408	C	6	6	20645	20650	0 %	0 %	0 %	100 %	189016719
541	NC_010408	AGC	2	6	20669	20674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016719
542	NC_010408	C	9	9	20915	20923	0 %	0 %	0 %	100 %	189016720
543	NC_010408	GGC	2	6	20924	20929	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016720
544	NC_010408	GTC	2	6	20988	20993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016720
545	NC_010408	CTC	2	6	21061	21066	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
546	NC_010408	GCG	3	9	21184	21192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016721
547	NC_010408	GCT	2	6	21212	21217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016721
548	NC_010408	TGA	2	6	21260	21265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016721
549	NC_010408	GCCAG	2	10	21334	21343	20 %	0 %	40 %	40 %	189016721
550	NC_010408	CGAC	2	8	21347	21354	25 %	0 %	25 %	50 %	189016721
551	NC_010408	CAC	2	6	21355	21360	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016721
552	NC_010408	GCC	2	6	21364	21369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016721
553	NC_010408	GCCG	2	8	21390	21397	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
554	NC_010408	ATG	2	6	21433	21438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016721
555	NC_010408	AAG	2	6	21439	21444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016721
556	NC_010408	CCATGC	2	12	21452	21463	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	189016721
557	NC_010408	GAC	2	6	21477	21482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016721
558	NC_010408	CAG	2	6	21645	21650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016721
559	NC_010408	TGA	2	6	21695	21700	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189016721
560	NC_010408	GC	3	6	21738	21743	0 %	0 %	50 %	50 %	189016721
561	NC_010408	GGC	2	6	21771	21776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016721
562	NC_010408	CCA	2	6	21794	21799	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016721
563	NC_010408	TCA	2	6	21900	21905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
564	NC_010408	ATC	2	6	21975	21980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016722
565	NC_010408	GCG	2	6	22005	22010	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016722
566	NC_010408	CCCG	2	8	22093	22100	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
567	NC_010408	GCG	2	6	22136	22141	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016722
568	NC_010408	ATC	2	6	22143	22148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016722
569	NC_010408	CCGCA	2	10	22176	22185	20 %	0 %	20 %	60 %	189016722
570	NC_010408	ACC	2	6	22192	22197	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016722
571	NC_010408	TCC	2	6	22228	22233	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016722
572	NC_010408	CG	3	6	22301	22306	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
573	NC_010408	CTC	2	6	22319	22324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016722
574	NC_010408	AAG	2	6	22353	22358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016722
575	NC_010408	CGG	3	9	22376	22384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016722
576	NC_010408	CGGC	2	8	22405	22412	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
577	NC_010408	GAA	2	6	22415	22420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189016722
578	NC_010408	CGGG	2	8	22433	22440	0 %	0 %	75 %	25 %	189016722
579	NC_010408	CAC	2	6	22455	22460	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016722
580	NC_010408	CGA	2	6	22505	22510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016722
581	NC_010408	CG	3	6	22542	22547	0 %	0 %	50 %	50 %	189016722
582	NC_010408	TTC	2	6	22554	22559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	189016722
583	NC_010408	CCG	2	6	22561	22566	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016722
584	NC_010408	GATC	2	8	22642	22649	25 %	25 %	25 %	25 %	189016722
585	NC_010408	CGA	2	6	22754	22759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016722
586	NC_010408	CGC	2	6	22766	22771	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016722
587	NC_010408	CCTG	2	8	22779	22786	0 %	25 %	25 %	50 %	189016722
588	NC_010408	ACC	3	9	22801	22809	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016722
589	NC_010408	CGG	2	6	22826	22831	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016722
590	NC_010408	CGCC	2	8	22837	22844	0 %	0 %	25 %	75 %	189016722
591	NC_010408	GTG	2	6	22912	22917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
592	NC_010408	GCGT	2	8	22918	22925	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
593	NC_010408	AGC	2	6	23002	23007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
594	NC_010408	ACCC	2	8	23123	23130	25 %	0 %	0 %	75 %	189016723
595	NC_010408	CCG	2	6	23139	23144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016723
596	NC_010408	CTG	2	6	23145	23150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016723
597	NC_010408	GCC	2	6	23153	23158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016723
598	NC_010408	CGC	2	6	23251	23256	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016723
599	NC_010408	GCT	2	6	23355	23360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016723
600	NC_010408	CGC	2	6	23362	23367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016723
601	NC_010408	GGC	2	6	23440	23445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016723
602	NC_010408	GGA	2	6	23446	23451	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016723
603	NC_010408	TCG	2	6	23457	23462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016723
604	NC_010408	ACG	2	6	23466	23471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016723
605	NC_010408	ACGG	2	8	23537	23544	25 %	0 %	50 %	25 %	189016723
606	NC_010408	CGA	2	6	23575	23580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016723
607	NC_010408	GCCA	2	8	23606	23613	25 %	0 %	25 %	50 %	189016723
608	NC_010408	GCA	2	6	23641	23646	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016723
609	NC_010408	CGG	2	6	23665	23670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016723
610	NC_010408	GCC	2	6	23764	23769	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
611	NC_010408	GCAG	2	8	23773	23780	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
612	NC_010408	GGT	2	6	23788	23793	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
613	NC_010408	CG	3	6	23902	23907	0 %	0 %	50 %	50 %	189016724
614	NC_010408	CTC	2	6	23916	23921	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016724
615	NC_010408	GAC	2	6	23931	23936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016724
616	NC_010408	GAG	2	6	23976	23981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016724
617	NC_010408	CACG	2	8	23991	23998	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
618	NC_010408	CCG	2	6	24010	24015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016724
619	NC_010408	GAG	2	6	24120	24125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016724
620	NC_010408	ACGC	2	8	24126	24133	25 %	0 %	25 %	50 %	189016724
621	NC_010408	CGCC	2	8	24143	24150	0 %	0 %	25 %	75 %	189016724
622	NC_010408	TCA	2	6	24205	24210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016724
623	NC_010408	CGC	2	6	24306	24311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
624	NC_010408	CCG	2	6	24332	24337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
625	NC_010408	CGTG	2	8	24363	24370	0 %	25 %	50 %	25 %	189016725
626	NC_010408	TA	3	6	24379	24384	50 %	50 %	0 %	0 %	189016725
627	NC_010408	AGG	2	6	24402	24407	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016725
628	NC_010408	AGC	2	6	24416	24421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016725
629	NC_010408	CGA	2	6	24430	24435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016725
630	NC_010408	ATC	2	6	24443	24448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016725
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632	NC_010408	CGA	3	9	24457	24465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016725
633	NC_010408	TCC	2	6	24489	24494	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016725
634	NC_010408	CGAC	2	8	24504	24511	25 %	0 %	25 %	50 %	189016725
635	NC_010408	ACC	2	6	24530	24535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016725
636	NC_010408	TCTCCC	2	12	24543	24554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016725
637	NC_010408	CGC	3	9	24589	24597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016725
638	NC_010408	GAC	2	6	24599	24604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016725
639	NC_010408	GCC	2	6	24620	24625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016725
640	NC_010408	CGC	2	6	24649	24654	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016725
641	NC_010408	ACG	2	6	24699	24704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016725
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644	NC_010408	CCCG	2	8	24868	24875	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
645	NC_010408	GAC	2	6	24896	24901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016726
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649	NC_010408	GGC	2	6	25115	25120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016726
650	NC_010408	ACG	2	6	25159	25164	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016726
651	NC_010408	CGT	2	6	25205	25210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016726
652	NC_010408	GGA	2	6	25256	25261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016726
653	NC_010408	TCG	2	6	25264	25269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016726
654	NC_010408	CGA	2	6	25285	25290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016726
655	NC_010408	CGA	2	6	25400	25405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016726
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661	NC_010408	GCG	2	6	25620	25625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016726
662	NC_010408	CGG	2	6	25649	25654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016726
663	NC_010408	ACC	2	6	25662	25667	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016726
664	NC_010408	CGC	2	6	25781	25786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016726
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667	NC_010408	ACG	2	6	25902	25907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016727
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671	NC_010408	CAT	2	6	26137	26142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016727
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675	NC_010408	ACC	2	6	26352	26357	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189016727
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678	NC_010408	ACA	2	6	26399	26404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189016728
679	NC_010408	CAG	3	9	26409	26417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016728
680	NC_010408	CGA	2	6	26445	26450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016728
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691	NC_010408	TCG	2	6	26909	26914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016728
692	NC_010408	CCG	2	6	26915	26920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016728
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703	NC_010408	GC	4	8	27205	27212	0 %	0 %	50 %	50 %	189016728
704	NC_010408	GCCC	2	8	27281	27288	0 %	0 %	25 %	75 %	189016729
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713	NC_010408	GC	3	6	27628	27633	0 %	0 %	50 %	50 %	189016730
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716	NC_010408	CATGGG	2	12	27721	27732	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	189016730
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727	NC_010408	GC	3	6	28190	28195	0 %	0 %	50 %	50 %	189016732
728	NC_010408	GCT	2	6	28214	28219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016732
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733	NC_010408	CCAC	2	8	28405	28412	25 %	0 %	0 %	75 %	189016732
734	NC_010408	TCC	2	6	28516	28521	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016732
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742	NC_010408	ACG	2	6	28677	28682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016733
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744	NC_010408	CGC	2	6	28744	28749	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016733
745	NC_010408	CTA	2	6	28765	28770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189016733
746	NC_010408	CGT	2	6	28780	28785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016733
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750	NC_010408	ACG	2	6	28905	28910	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016733
751	NC_010408	TCG	2	6	28947	28952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016733
752	NC_010408	CGC	2	6	28960	28965	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016733
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754	NC_010408	CTC	2	6	28988	28993	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016733
755	NC_010408	TCG	2	6	28998	29003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016733
756	NC_010408	CTC	2	6	29129	29134	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189016733
757	NC_010408	CAG	2	6	29147	29152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016733
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760	NC_010408	CGA	3	9	29209	29217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016733
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762	NC_010408	GCG	2	6	29241	29246	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016733
763	NC_010408	GAC	2	6	29300	29305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016733
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882	NC_010408	CGT	2	6	33445	33450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016739
883	NC_010408	CGT	3	9	33475	33483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016739
884	NC_010408	CGG	2	6	33561	33566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016739
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887	NC_010408	AGC	2	6	33624	33629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189016739
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891	NC_010408	GCCTGC	2	12	33690	33701	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	189016739
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897	NC_010408	CGT	2	6	33820	33825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016739
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934	NC_010408	TGCTG	2	10	35485	35494	0 %	40 %	40 %	20 %	189016742
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951	NC_010408	GGT	2	6	36277	36282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189016742
952	NC_010408	CGC	2	6	36320	36325	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016742
953	NC_010408	CGCACA	2	12	36330	36341	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	189016742
954	NC_010408	CCG	2	6	36372	36377	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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963	NC_010408	GAG	2	6	36658	36663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189016743
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983	NC_010408	GCG	2	6	37564	37569	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016744
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986	NC_010408	GT	3	6	37759	37764	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
987	NC_010408	CGG	2	6	38085	38090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016745
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992	NC_010408	CGGC	2	8	38326	38333	0 %	0 %	50 %	50 %	189016745
993	NC_010408	CGCC	2	8	38358	38365	0 %	0 %	25 %	75 %	189016746
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996	NC_010408	CGG	2	6	38510	38515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	189016746
997	NC_010408	GTC	3	9	38560	38568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189016746
998	NC_010408	GACC	2	8	38583	38590	25 %	0 %	25 %	50 %	189016746
999	NC_010408	GACG	2	8	38630	38637	25 %	0 %	50 %	25 %	189016746
1000	NC_010408	CCG	2	6	38724	38729	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189016746

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