MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CCGT	2	8	8	15	0 %	25 %	25 %	50 %	189016632
2	NC_010399	GAGC	2	8	195	202	25 %	0 %	50 %	25 %	189016632
3	NC_010399	TCCG	2	8	337	344	0 %	25 %	25 %	50 %	189016632
4	NC_010399	CGGC	2	8	526	533	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
5	NC_010399	ACGC	2	8	698	705	25 %	0 %	25 %	50 %	189016632
6	NC_010399	CGAG	2	8	869	876	25 %	0 %	50 %	25 %	189016632
7	NC_010399	GCCG	2	8	1046	1053	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
8	NC_010399	GCCG	2	8	1056	1063	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
9	NC_010399	CGGC	2	8	1304	1311	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
10	NC_010399	GCCG	2	8	1312	1319	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
11	NC_010399	GCCG	2	8	1347	1354	0 %	0 %	50 %	50 %	189016632
12	NC_010399	CAGA	2	8	1556	1563	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_010399	AGAT	2	8	1642	1649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010399	AAGA	2	8	1668	1675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010399	GGCT	2	8	1923	1930	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_010399	CGGC	2	8	2308	2315	0 %	0 %	50 %	50 %	189016633
17	NC_010399	CGGA	2	8	2339	2346	25 %	0 %	50 %	25 %	189016633
18	NC_010399	CACG	2	8	2463	2470	25 %	0 %	25 %	50 %	189016633
19	NC_010399	TGGC	2	8	2489	2496	0 %	25 %	50 %	25 %	189016633
20	NC_010399	CAGC	2	8	2823	2830	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010399	CGGC	2	8	2840	2847	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010399	GCAG	2	8	3650	3657	25 %	0 %	50 %	25 %	189016635
23	NC_010399	GTAC	2	8	3942	3949	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010399	CGAG	2	8	4284	4291	25 %	0 %	50 %	25 %	189016636
25	NC_010399	CGCC	2	8	4483	4490	0 %	0 %	25 %	75 %	189016636
26	NC_010399	GGAA	2	8	4664	4671	50 %	0 %	50 %	0 %	189016636
27	NC_010399	GTTC	2	8	5091	5098	0 %	50 %	25 %	25 %	189016638
28	NC_010399	GCTG	2	8	5254	5261	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
29	NC_010399	GGGT	2	8	5349	5356	0 %	25 %	75 %	0 %	189016638
30	NC_010399	GGTG	2	8	5562	5569	0 %	25 %	75 %	0 %	189016638
31	NC_010399	CCGG	2	8	5610	5617	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
32	NC_010399	TGCG	2	8	6207	6214	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
33	NC_010399	CCGG	2	8	6316	6323	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
34	NC_010399	GCTG	2	8	6478	6485	0 %	25 %	50 %	25 %	189016638
35	NC_010399	TCCC	2	8	6530	6537	0 %	25 %	0 %	75 %	189016638
36	NC_010399	TCGC	2	8	6632	6639	0 %	25 %	25 %	50 %	189016638
37	NC_010399	CCCG	2	8	6808	6815	0 %	0 %	25 %	75 %	189016638
38	NC_010399	GCCG	2	8	6847	6854	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
39	NC_010399	GCCG	2	8	7051	7058	0 %	0 %	50 %	50 %	189016638
40	NC_010399	CGAG	2	8	7134	7141	25 %	0 %	50 %	25 %	189016638
41	NC_010399	TCCC	2	8	8005	8012	0 %	25 %	0 %	75 %	189016640
42	NC_010399	TCGC	2	8	8829	8836	0 %	25 %	25 %	50 %	189016640
43	NC_010399	GAGC	2	8	9309	9316	25 %	0 %	50 %	25 %	189016641
44	NC_010399	GCTG	2	8	9764	9771	0 %	25 %	50 %	25 %	189016642
45	NC_010399	CGGC	2	8	10520	10527	0 %	0 %	50 %	50 %	189016643
46	NC_010399	GTGA	2	8	10533	10540	25 %	25 %	50 %	0 %	189016643
47	NC_010399	CGAG	2	8	11143	11150	25 %	0 %	50 %	25 %	189016643
48	NC_010399	AGCA	2	8	11511	11518	50 %	0 %	25 %	25 %	189016643
49	NC_010399	CGAC	2	8	11550	11557	25 %	0 %	25 %	50 %	189016644
50	NC_010399	GCCG	2	8	11992	11999	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
51	NC_010399	CCGG	2	8	12654	12661	0 %	0 %	50 %	50 %	189016644
52	NC_010399	TCGC	2	8	13010	13017	0 %	25 %	25 %	50 %	189016644
53	NC_010399	GAAG	2	8	13207	13214	50 %	0 %	50 %	0 %	189016644
54	NC_010399	GCGG	2	8	13248	13255	0 %	0 %	75 %	25 %	189016645
55	NC_010399	ACCG	2	8	13560	13567	25 %	0 %	25 %	50 %	189016645
56	NC_010399	GGCC	2	8	14169	14176	0 %	0 %	50 %	50 %	189016645
57	NC_010399	CCGT	2	8	14425	14432	0 %	25 %	25 %	50 %	189016645
58	NC_010399	CGGC	2	8	15109	15116	0 %	0 %	50 %	50 %	189016646
59	NC_010399	GCGG	2	8	15991	15998	0 %	0 %	75 %	25 %	189016647
60	NC_010399	GCCC	2	8	16581	16588	0 %	0 %	25 %	75 %	189016648
61	NC_010399	GCCG	2	8	16638	16645	0 %	0 %	50 %	50 %	189016648
62	NC_010399	GCGG	2	8	16723	16730	0 %	0 %	75 %	25 %	189016648
63	NC_010399	GTCG	2	8	16824	16831	0 %	25 %	50 %	25 %	189016648
64	NC_010399	GCCG	2	8	17024	17031	0 %	0 %	50 %	50 %	189016649
65	NC_010399	GACG	2	8	17447	17454	25 %	0 %	50 %	25 %	189016649
66	NC_010399	GCCG	2	8	17528	17535	0 %	0 %	50 %	50 %	189016649
67	NC_010399	GGAA	2	8	17658	17665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010399	CGCC	2	8	17953	17960	0 %	0 %	25 %	75 %	189016650
69	NC_010399	CAGG	2	8	18149	18156	25 %	0 %	50 %	25 %	189016650
70	NC_010399	GTTG	2	8	18351	18358	0 %	50 %	50 %	0 %	189016651
71	NC_010399	GCGG	2	8	18441	18448	0 %	0 %	75 %	25 %	189016651
72	NC_010399	GGAT	2	8	18620	18627	25 %	25 %	50 %	0 %	189016651
73	NC_010399	TCCG	2	8	18736	18743	0 %	25 %	25 %	50 %	189016651
74	NC_010399	CCCG	2	8	18947	18954	0 %	0 %	25 %	75 %	189016651
75	NC_010399	ACGG	2	8	19603	19610	25 %	0 %	50 %	25 %	189016652
76	NC_010399	GGGT	2	8	19724	19731	0 %	25 %	75 %	0 %	189016652
77	NC_010399	AGTT	2	8	20259	20266	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010399	GATG	2	8	20382	20389	25 %	25 %	50 %	0 %	189016653
79	NC_010399	AAGG	2	8	20631	20638	50 %	0 %	50 %	0 %	189016653
80	NC_010399	GCGG	2	8	20692	20699	0 %	0 %	75 %	25 %	189016653
81	NC_010399	CAGG	2	8	21070	21077	25 %	0 %	50 %	25 %	189016653
82	NC_010399	TCGG	2	8	21457	21464	0 %	25 %	50 %	25 %	189016654
83	NC_010399	CGAG	2	8	21606	21613	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010399	CGAC	2	8	22014	22021	25 %	0 %	25 %	50 %	189016656
85	NC_010399	GAGC	2	8	22044	22051	25 %	0 %	50 %	25 %	189016656
86	NC_010399	CCGA	2	8	22346	22353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_010399	GCGG	2	8	23135	23142	0 %	0 %	75 %	25 %	189016657
88	NC_010399	CGGA	2	8	23347	23354	25 %	0 %	50 %	25 %	189016657
89	NC_010399	ATCC	2	8	23463	23470	25 %	25 %	0 %	50 %	189016657
90	NC_010399	CCGC	2	8	23642	23649	0 %	0 %	25 %	75 %	189016657
91	NC_010399	CAAC	2	8	23732	23739	50 %	0 %	0 %	50 %	189016657
92	NC_010399	GTCG	2	8	23920	23927	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010399	CATG	2	8	23959	23966	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_010399	GGGA	2	8	24066	24073	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010399	CAGT	2	8	24098	24105	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010399	GATA	2	8	24595	24602	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010399	TGGA	2	8	24845	24852	25 %	25 %	50 %	0 %	189016659
98	NC_010399	ATTG	2	8	25011	25018	25 %	50 %	25 %	0 %	189016659
99	NC_010399	GGGT	2	8	25032	25039	0 %	25 %	75 %	0 %	189016659
100	NC_010399	TGCG	2	8	25409	25416	0 %	25 %	50 %	25 %	189016660
101	NC_010399	GACC	2	8	26393	26400	25 %	0 %	25 %	50 %	189016662
102	NC_010399	GCCT	2	8	26432	26439	0 %	25 %	25 %	50 %	189016662
103	NC_010399	CACC	2	8	27174	27181	25 %	0 %	0 %	75 %	189016664
104	NC_010399	GCCG	2	8	27576	27583	0 %	0 %	50 %	50 %	189016665
105	NC_010399	CCGC	2	8	27740	27747	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_010399	GTCG	2	8	27781	27788	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_010399	CGAT	2	8	27867	27874	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_010399	AGTT	2	8	27893	27900	25 %	50 %	25 %	0 %	189016666
109	NC_010399	TGCC	2	8	28068	28075	0 %	25 %	25 %	50 %	189016666
110	NC_010399	GCCG	2	8	28723	28730	0 %	0 %	50 %	50 %	189016666
111	NC_010399	CTGA	2	8	28792	28799	25 %	25 %	25 %	25 %	189016666
112	NC_010399	CGTC	2	8	28889	28896	0 %	25 %	25 %	50 %	189016666
113	NC_010399	CGTG	2	8	29330	29337	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010399	GCCC	2	8	29480	29487	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
115	NC_010399	CCGC	5	20	29494	29513	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
116	NC_010399	CGGC	2	8	30947	30954	0 %	0 %	50 %	50 %	189016669
117	NC_010399	CGTC	2	8	31209	31216	0 %	25 %	25 %	50 %	189016670
118	NC_010399	CGCT	2	8	32484	32491	0 %	25 %	25 %	50 %	189016673
119	NC_010399	CGGT	2	8	33083	33090	0 %	25 %	50 %	25 %	189016674
120	NC_010399	GTCG	2	8	34200	34207	0 %	25 %	50 %	25 %	189016677
121	NC_010399	ATCC	2	8	34495	34502	25 %	25 %	0 %	50 %	189016677
122	NC_010399	GGCC	2	8	34560	34567	0 %	0 %	50 %	50 %	189016677
123	NC_010399	ACCG	2	8	34635	34642	25 %	0 %	25 %	50 %	189016677
124	NC_010399	GCCG	2	8	34963	34970	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_010399	GGCG	2	8	35871	35878	0 %	0 %	75 %	25 %	189016679
126	NC_010399	CGCT	2	8	36767	36774	0 %	25 %	25 %	50 %	189016679
127	NC_010399	CGAG	2	8	37082	37089	25 %	0 %	50 %	25 %	189016679
128	NC_010399	GCCC	2	8	37345	37352	0 %	0 %	25 %	75 %	189016680
129	NC_010399	CGTC	2	8	37800	37807	0 %	25 %	25 %	50 %	189016681
130	NC_010399	CGGC	2	8	38044	38051	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_010399	GCCC	2	8	38784	38791	0 %	0 %	25 %	75 %	189016682
132	NC_010399	CCGG	2	8	39144	39151	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_010399	CCGG	2	8	39163	39170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_010399	GGCA	2	8	39254	39261	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010399	ACCG	2	8	40100	40107	25 %	0 %	25 %	50 %	189016684
136	NC_010399	ACGC	2	8	40845	40852	25 %	0 %	25 %	50 %	189016685
137	NC_010399	ACGC	2	8	41454	41461	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
138	NC_010399	CGAC	2	8	41764	41771	25 %	0 %	25 %	50 %	189016687
139	NC_010399	GCCG	2	8	41846	41853	0 %	0 %	50 %	50 %	189016687
140	NC_010399	GGCT	2	8	42492	42499	0 %	25 %	50 %	25 %	189016688
141	NC_010399	TCGA	2	8	42826	42833	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_010399	TGGG	2	8	42914	42921	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010399	TGCG	2	8	42961	42968	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_010399	GCCT	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_010399	CCGG	2	8	43680	43687	0 %	0 %	50 %	50 %	189016689
146	NC_010399	CGAC	2	8	43856	43863	25 %	0 %	25 %	50 %	189016689
147	NC_010399	GGCG	2	8	43865	43872	0 %	0 %	75 %	25 %	189016689
148	NC_010399	GCGA	2	8	44203	44210	25 %	0 %	50 %	25 %	189016689
149	NC_010399	GCAA	2	8	44635	44642	50 %	0 %	25 %	25 %	189016689
150	NC_010399	CCGA	2	8	44873	44880	25 %	0 %	25 %	50 %	189016689
151	NC_010399	TCCG	2	8	45096	45103	0 %	25 %	25 %	50 %	189016689
152	NC_010399	TGAC	2	8	45296	45303	25 %	25 %	25 %	25 %	189016689
153	NC_010399	GACG	2	8	45758	45765	25 %	0 %	50 %	25 %	189016690
154	NC_010399	GGGA	2	8	45918	45925	25 %	0 %	75 %	0 %	189016690
155	NC_010399	CCCG	2	8	46916	46923	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
156	NC_010399	CCAC	2	8	47166	47173	25 %	0 %	0 %	75 %	189016691
157	NC_010399	CGAC	2	8	47388	47395	25 %	0 %	25 %	50 %	189016691
158	NC_010399	GTCG	2	8	48018	48025	0 %	25 %	50 %	25 %	189016692
159	NC_010399	GTCG	2	8	48219	48226	0 %	25 %	50 %	25 %	189016692
160	NC_010399	GGCT	2	8	48879	48886	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_010399	CTGC	2	8	49312	49319	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
162	NC_010399	CGAG	2	8	50214	50221	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.