MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 plasmid QpH1

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010115	TTCA	2	8	589	596	25 %	50 %	0 %	25 %	161789069
2	NC_010115	TCTT	2	8	823	830	0 %	75 %	0 %	25 %	161789069
3	NC_010115	ATAA	2	8	1375	1382	75 %	25 %	0 %	0 %	161789069
4	NC_010115	CGAG	2	8	2216	2223	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010115	AAAT	2	8	3309	3316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010115	TTAA	2	8	3369	3376	50 %	50 %	0 %	0 %	161789100
7	NC_010115	TATT	2	8	3570	3577	25 %	75 %	0 %	0 %	161789067
8	NC_010115	CGAT	2	8	4415	4422	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_010115	TAAG	2	8	5001	5008	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010115	GGAA	2	8	5094	5101	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010115	TGAC	2	8	5205	5212	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_010115	GAAC	2	8	5543	5550	50 %	0 %	25 %	25 %	161789084
13	NC_010115	AAGA	2	8	6686	6693	75 %	0 %	25 %	0 %	161789093
14	NC_010115	TTAC	2	8	7273	7280	25 %	50 %	0 %	25 %	161789104
15	NC_010115	AACT	2	8	7598	7605	50 %	25 %	0 %	25 %	161789104
16	NC_010115	CGAC	2	8	7824	7831	25 %	0 %	25 %	50 %	161789104
17	NC_010115	TCGT	2	8	7945	7952	0 %	50 %	25 %	25 %	161789104
18	NC_010115	ATGG	2	8	7986	7993	25 %	25 %	50 %	0 %	161789104
19	NC_010115	TGAA	2	8	8065	8072	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
20	NC_010115	CTTT	2	8	8152	8159	0 %	75 %	0 %	25 %	161789104
21	NC_010115	AATT	2	8	8269	8276	50 %	50 %	0 %	0 %	161789104
22	NC_010115	GCTG	2	8	8402	8409	0 %	25 %	50 %	25 %	161789104
23	NC_010115	AGAT	2	8	8452	8459	50 %	25 %	25 %	0 %	161789104
24	NC_010115	AAAG	2	8	8666	8673	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010115	GCAA	2	8	9286	9293	50 %	0 %	25 %	25 %	161789088
26	NC_010115	TCAA	2	8	9557	9564	50 %	25 %	0 %	25 %	161789088
27	NC_010115	TTTG	2	8	9710	9717	0 %	75 %	25 %	0 %	161789065
28	NC_010115	CAGC	2	8	10154	10161	25 %	0 %	25 %	50 %	161789065
29	NC_010115	AAGG	2	8	11001	11008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010115	CAAA	2	8	11697	11704	75 %	0 %	0 %	25 %	161789089
31	NC_010115	ACGT	2	8	11912	11919	25 %	25 %	25 %	25 %	161789089
32	NC_010115	AGGC	2	8	11975	11982	25 %	0 %	50 %	25 %	161789089
33	NC_010115	ATTG	2	8	12069	12076	25 %	50 %	25 %	0 %	161789089
34	NC_010115	ATTT	2	8	12491	12498	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010115	ATTT	2	8	12703	12710	25 %	75 %	0 %	0 %	161789099
36	NC_010115	TTAA	2	8	12720	12727	50 %	50 %	0 %	0 %	161789099
37	NC_010115	GATG	2	8	12932	12939	25 %	25 %	50 %	0 %	161789097
38	NC_010115	TCCA	2	8	13089	13096	25 %	25 %	0 %	50 %	161789097
39	NC_010115	ATTT	2	8	13214	13221	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010115	GTTT	2	8	13493	13500	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010115	GTCA	2	8	13529	13536	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_010115	TGGC	2	8	13615	13622	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_010115	CTTG	2	8	15475	15482	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010115	GGTT	2	8	15701	15708	0 %	50 %	50 %	0 %	161789068
45	NC_010115	GTGA	2	8	15775	15782	25 %	25 %	50 %	0 %	161789068
46	NC_010115	CTTT	2	8	15812	15819	0 %	75 %	0 %	25 %	161789068
47	NC_010115	TTTG	2	8	15930	15937	0 %	75 %	25 %	0 %	161789068
48	NC_010115	GTTT	2	8	15973	15980	0 %	75 %	25 %	0 %	161789068
49	NC_010115	TTTC	2	8	16995	17002	0 %	75 %	0 %	25 %	161789068
50	NC_010115	GCAA	2	8	17006	17013	50 %	0 %	25 %	25 %	161789068
51	NC_010115	AGCG	2	8	17248	17255	25 %	0 %	50 %	25 %	161789068
52	NC_010115	CTTA	2	8	18264	18271	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010115	AACT	2	8	18612	18619	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_010115	TTCT	2	8	18796	18803	0 %	75 %	0 %	25 %	161789066
55	NC_010115	GTTG	2	8	19476	19483	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010115	CAAA	2	8	19562	19569	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010115	ACCC	2	8	20031	20038	25 %	0 %	0 %	75 %	161789081
58	NC_010115	CTTC	2	8	20089	20096	0 %	50 %	0 %	50 %	161789081
59	NC_010115	ATTG	2	8	20718	20725	25 %	50 %	25 %	0 %	161789072
60	NC_010115	TTTC	2	8	20766	20773	0 %	75 %	0 %	25 %	161789072
61	NC_010115	GTTT	2	8	21379	21386	0 %	75 %	25 %	0 %	161789072
62	NC_010115	GGAA	2	8	22069	22076	50 %	0 %	50 %	0 %	161789071
63	NC_010115	ATTG	2	8	22564	22571	25 %	50 %	25 %	0 %	161789071
64	NC_010115	ATGA	2	8	22648	22655	50 %	25 %	25 %	0 %	161789071
65	NC_010115	TTCT	2	8	22817	22824	0 %	75 %	0 %	25 %	161789071
66	NC_010115	TAAT	2	8	22961	22968	50 %	50 %	0 %	0 %	161789071
67	NC_010115	TAAA	2	8	23145	23152	75 %	25 %	0 %	0 %	161789092
68	NC_010115	CAGC	2	8	23321	23328	25 %	0 %	25 %	50 %	161789092
69	NC_010115	GAAT	2	8	24088	24095	50 %	25 %	25 %	0 %	161789091
70	NC_010115	AAAG	2	8	24178	24185	75 %	0 %	25 %	0 %	161789091
71	NC_010115	TTTA	2	8	24200	24207	25 %	75 %	0 %	0 %	161789091
72	NC_010115	TAAT	2	8	24814	24821	50 %	50 %	0 %	0 %	161789091
73	NC_010115	GAAA	2	8	25082	25089	75 %	0 %	25 %	0 %	161789091
74	NC_010115	GCTT	2	8	25281	25288	0 %	50 %	25 %	25 %	161789091
75	NC_010115	TTCT	2	8	25494	25501	0 %	75 %	0 %	25 %	161789076
76	NC_010115	CGAA	2	8	25665	25672	50 %	0 %	25 %	25 %	161789076
77	NC_010115	TGTT	2	8	26200	26207	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010115	TTTA	2	8	26211	26218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010115	TAGT	2	8	26229	26236	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010115	CAGG	2	8	26292	26299	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010115	GGGT	2	8	26518	26525	0 %	25 %	75 %	0 %	161789074
82	NC_010115	GAAC	2	8	26764	26771	50 %	0 %	25 %	25 %	161789074
83	NC_010115	GGTA	2	8	27160	27167	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010115	GCTG	2	8	27241	27248	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010115	CAGG	2	8	27571	27578	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010115	TTCA	2	8	28078	28085	25 %	50 %	0 %	25 %	161789064
87	NC_010115	AGCA	2	8	28408	28415	50 %	0 %	25 %	25 %	161789064
88	NC_010115	GTTT	2	8	28959	28966	0 %	75 %	25 %	0 %	161789079
89	NC_010115	AATT	2	8	29325	29332	50 %	50 %	0 %	0 %	161789079
90	NC_010115	TGAT	2	8	29451	29458	25 %	50 %	25 %	0 %	161789079
91	NC_010115	CCGG	2	8	29696	29703	0 %	0 %	50 %	50 %	161789079
92	NC_010115	CTTG	2	8	30659	30666	0 %	50 %	25 %	25 %	161789106
93	NC_010115	TTGA	2	8	30985	30992	25 %	50 %	25 %	0 %	161789106
94	NC_010115	TTCT	2	8	31022	31029	0 %	75 %	0 %	25 %	161789106
95	NC_010115	ATTT	2	8	31577	31584	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010115	TCGA	2	8	31696	31703	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_010115	TCAT	2	8	31788	31795	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010115	TTTA	2	8	32049	32056	25 %	75 %	0 %	0 %	161789103
99	NC_010115	AAAT	2	8	32248	32255	75 %	25 %	0 %	0 %	161789103
100	NC_010115	GAAA	2	8	32359	32366	75 %	0 %	25 %	0 %	161789103
101	NC_010115	ACCA	2	8	32516	32523	50 %	0 %	0 %	50 %	161789087
102	NC_010115	ATGA	2	8	32676	32683	50 %	25 %	25 %	0 %	161789087
103	NC_010115	GCGA	2	8	32932	32939	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_010115	CCGT	2	8	33474	33481	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_010115	AATA	2	8	34199	34206	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010115	GAAA	2	8	34290	34297	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010115	AGGT	2	8	34794	34801	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010115	GGCG	2	8	35291	35298	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
109	NC_010115	CCAT	2	8	36012	36019	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_010115	GAAA	2	8	36166	36173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010115	GGAT	2	8	37021	37028	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010115	TCTA	2	8	37170	37177	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_010115	GCTC	2	8	37295	37302	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.