MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium phytofermentans ISDg chromosome

Total Repeats: 1877

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010001	TATTTG	2	12	2519	2530	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	160878164
2	NC_010001	GATATT	2	12	2761	2772	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878164
3	NC_010001	TATGAT	2	12	5523	5534	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878167
4	NC_010001	CCGATG	2	12	6490	6501	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878167
5	NC_010001	AGGAAA	2	12	7542	7553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878168
6	NC_010001	ATTAAA	2	12	12134	12145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010001	CAGGAG	2	12	14228	14239	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878173
8	NC_010001	TAAGAG	2	12	17278	17289	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010001	TGAAAT	2	12	19937	19948	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010001	GGCGTA	2	12	20544	20555	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_010001	TAATTA	2	12	26257	26268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010001	GAACTT	2	12	26583	26594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878177
13	NC_010001	AGAATA	2	12	31484	31495	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878180
14	NC_010001	GAGGCA	2	12	34575	34586	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878182
15	NC_010001	ATTATA	2	12	34782	34793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010001	CAAGAA	2	12	36448	36459	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878184
17	NC_010001	AAAAGA	2	12	36606	36617	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878184
18	NC_010001	TTATTT	2	12	39973	39984	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010001	TTACCA	2	12	41386	41397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	160878187
20	NC_010001	TGAGTA	2	12	45213	45224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878191
21	NC_010001	AGCAAA	2	12	47052	47063	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878192
22	NC_010001	ACAATG	2	12	47902	47913	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878193
23	NC_010001	ATTATA	2	12	51015	51026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010001	ATAAAA	2	12	51879	51890	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878197
25	NC_010001	TTTAAT	2	12	53168	53179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	160878197
26	NC_010001	AAATAA	2	12	53534	53545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878197
27	NC_010001	TATGAA	2	12	53589	53600	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878197
28	NC_010001	TAAAAA	2	12	53800	53811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010001	ATTTTT	2	12	55307	55318	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	160878199
30	NC_010001	GGTTAT	2	12	57416	57427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878201
31	NC_010001	GGAATT	2	12	65072	65083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878207
32	NC_010001	AAAGAT	2	12	67624	67635	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878210
33	NC_010001	AATCAA	2	12	68734	68745	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010001	CATAGA	2	12	68801	68812	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010001	AAAAAT	2	12	69127	69138	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	160878212
36	NC_010001	CTGCAG	2	12	72771	72782	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878215
37	NC_010001	TTTATC	2	12	75187	75198	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878216
38	NC_010001	TAAGAG	2	12	77544	77555	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010001	TGAAAT	2	12	80340	80351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010001	GGCGTA	2	12	80947	80958	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010001	TAAAAA	2	12	81740	81751	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010001	CTTAAA	2	12	84943	84954	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	160878219
43	NC_010001	AGGAAA	2	12	85378	85389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878219
44	NC_010001	GCAATC	2	12	88559	88570	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878223
45	NC_010001	ACCATA	2	12	88576	88587	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878223
46	NC_010001	CATACA	2	12	89146	89157	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878224
47	NC_010001	TCTTTA	2	12	90476	90487	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878225
48	NC_010001	TAATTG	2	12	90661	90672	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878225
49	NC_010001	AAAAGT	2	12	93278	93289	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878227
50	NC_010001	CTTTAA	2	12	93921	93932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160878228
51	NC_010001	GAACAG	2	12	95156	95167	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	160878228
52	NC_010001	ACTGGT	2	12	95193	95204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	160878228
53	NC_010001	TAGAAG	2	12	107383	107394	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878239
54	NC_010001	AAAGGA	2	12	107975	107986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878239
55	NC_010001	CCACGA	2	12	118458	118469	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	160878249
56	NC_010001	TGCTTT	2	12	119077	119088	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	160878250
57	NC_010001	GCAACC	2	12	122060	122071	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	160878252
58	NC_010001	TGGATT	2	12	123784	123795	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878253
59	NC_010001	CTTAAG	2	12	126084	126095	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_010001	AAATAA	2	12	128653	128664	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010001	TGGTTG	2	12	129910	129921	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010001	TAGTAA	2	12	134914	134925	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010001	AGTTTA	2	12	135710	135721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878262
64	NC_010001	TTTCCT	2	12	138606	138617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	160878264
65	NC_010001	GAAAAG	2	12	139807	139818	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010001	TTTTCA	2	12	141923	141934	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878266
67	NC_010001	TAATAT	2	12	142653	142664	50 %	50 %	0 %	0 %	160878267
68	NC_010001	AATTAT	2	12	142752	142763	50 %	50 %	0 %	0 %	160878267
69	NC_010001	CCGATA	2	12	145234	145245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878268
70	NC_010001	ACACCA	2	12	147573	147584	50 %	0 %	0 %	50 %	160878270
71	NC_010001	AATTGA	2	12	149875	149886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878272
72	NC_010001	GATATG	2	12	152522	152533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	160878272
73	NC_010001	TTGCAT	2	12	153940	153951	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	160878273
74	NC_010001	GAAAAA	2	12	159782	159793	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	160878279
75	NC_010001	GAGGAA	2	12	164491	164502	50 %	0 %	50 %	0 %	160878283
76	NC_010001	AGGGCT	2	12	168469	168480	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	160878285
77	NC_010001	ATAGAA	2	12	168890	168901	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010001	ATATTC	2	12	169571	169582	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160878286
79	NC_010001	AAGTAT	2	12	172412	172423	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010001	GATAAC	2	12	173869	173880	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878290
81	NC_010001	TTTAAA	2	12	174131	174142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010001	TTTGGA	2	12	174406	174417	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010001	ACAATT	2	12	177707	177718	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	160878293
84	NC_010001	GAAAGG	2	12	180821	180832	50 %	0 %	50 %	0 %	160878298
85	NC_010001	TATGAT	2	12	183418	183429	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878299
86	NC_010001	AGCGGA	2	12	184507	184518	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	160878301
87	NC_010001	AGAGAA	2	12	186770	186781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	160878302
88	NC_010001	GAAATT	2	12	189400	189411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878303
89	NC_010001	TATAGA	2	12	190246	190257	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160878305
90	NC_010001	ATGAAA	2	12	191877	191888	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878307
91	NC_010001	ATAATT	2	12	196589	196600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010001	TTTAAA	2	12	199485	199496	50 %	50 %	0 %	0 %	160878313
93	NC_010001	GGAATA	2	12	201881	201892	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878315
94	NC_010001	ACCTGA	2	12	202271	202282	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	160878316
95	NC_010001	TTAATG	2	12	208811	208822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878322
96	NC_010001	AGTGAA	2	12	211775	211786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878325
97	NC_010001	TCTTTT	2	12	213579	213590	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	160878327
98	NC_010001	TGTGGA	2	12	213702	213713	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	160878327
99	NC_010001	GATAAG	2	12	222212	222223	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010001	ATGTGA	2	12	223218	223229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010001	TACAAC	2	12	224150	224161	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	160878336
102	NC_010001	TCTTTT	2	12	230760	230771	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010001	ATTTCT	3	18	232229	232246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	160878345
104	NC_010001	CAATTG	2	12	235382	235393	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878348
105	NC_010001	GAAACT	2	12	235413	235424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878348
106	NC_010001	TGGTTG	2	12	240147	240158	0 %	50 %	50 %	0 %	160878351
107	NC_010001	CAAAAG	2	12	244414	244425	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878354
108	NC_010001	TACCAT	2	12	244984	244995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	160878355
109	NC_010001	CTGCAG	2	12	248317	248328	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	160878358
110	NC_010001	AATGGA	2	12	255514	255525	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878363
111	NC_010001	GTTTAA	2	12	258589	258600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010001	GCAGAA	2	12	262423	262434	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	160878371
113	NC_010001	TTCATG	2	12	266352	266363	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_010001	GCACCG	2	12	266678	266689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	160878376
115	NC_010001	TGAGTT	2	12	266743	266754	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160878376
116	NC_010001	TATTAA	2	12	269479	269490	50 %	50 %	0 %	0 %	160878378
117	NC_010001	GCTAGA	2	12	270424	270435	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	160878378
118	NC_010001	AGATAA	2	12	271899	271910	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	160878379
119	NC_010001	GATAGG	2	12	275476	275487	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010001	TACGAA	2	12	278510	278521	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	160878382
121	NC_010001	AAAGCA	2	12	280930	280941	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	160878384
122	NC_010001	TTAATG	2	12	283423	283434	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010001	CTAAAT	2	12	284361	284372	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_010001	TGCATT	2	12	286589	286600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	160878389
125	NC_010001	AAGGGG	2	12	287381	287392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	160878390
126	NC_010001	ATATAA	2	12	295007	295018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010001	AAAATT	2	12	297206	297217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	160878397
128	NC_010001	AATTGT	2	12	298468	298479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	160878398
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139	NC_010001	GTAAAG	2	12	316514	316525	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160878414
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155	NC_010001	ATGCAT	2	12	346640	346651	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	160878436
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229	NC_010001	CGGAAA	2	12	523127	523138	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	160878570
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232	NC_010001	ACAAAT	2	12	530619	530630	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	160878576
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471	NC_010001	TGTGTA	2	12	1164180	1164191	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	160879068
472	NC_010001	TTTAGT	2	12	1164998	1165009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	160879069
473	NC_010001	TCTAAT	2	12	1166286	1166297	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	160879071
474	NC_010001	GATGAA	2	12	1169141	1169152	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160879073
475	NC_010001	AGATGA	2	12	1169651	1169662	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160879073
476	NC_010001	AGAAAG	2	12	1171700	1171711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
477	NC_010001	AATATT	2	12	1172121	1172132	50 %	50 %	0 %	0 %	160879075
478	NC_010001	GAATTA	2	12	1173054	1173065	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	160879075
479	NC_010001	GATGAA	2	12	1181180	1181191	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160879082
480	NC_010001	AGATGA	2	12	1181690	1181701	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	160879082
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483	NC_010001	AAGTAT	2	12	1193168	1193179	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
484	NC_010001	ATATTT	2	12	1195176	1195187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	160879090
485	NC_010001	TATGGA	2	12	1195852	1195863	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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490	NC_010001	GAACAG	2	12	1207381	1207392	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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494	NC_010001	TATTTA	2	12	1217858	1217869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_010001	GCTCTT	2	12	1238636	1238647	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	160879123

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